12.院政时代

1028年（万寿五年）1月，藤原道长病死，其长子藤原赖通继续担任关白，“摄政”三代天皇，把持朝纲五十二年之久。但是，藤原赖通的女儿藤原嫄子虽然嫁入皇室为朱雀天皇（930—946年在位）的妃子，却未能生下可以继承皇位的皇子。这为之后天皇打破摄关家对朝政的垄断扫除了先天障碍。

尽管藤原赖通努力将政权集于自身，且表面上权倾天下，但是，历经一百七十多年，由藤原氏摄关家统治下的日本社会，早已积蓄了普遍的不满，特别是仕进无门、长期受压的中小庄园主们更是满腔愤懑、渴望变革，各地方的世情陷入不安之中。

1068年（治历四年），与藤原家族没有血缘关系的后三条天皇壮年即位，开始尝试从藤原家族手中夺回政权。

支撑摄关家权势的经济根基，是遍布日本各地的私家庄园。私家庄园与摄关家保持着经济效忠与政治庇护的利益关系。这种利益勾结，侵蚀着天皇朝廷的财政基础。于是，后三条天皇决定将巩固朝廷财政根基作为改革入口。

1069年（治历五年）2月22日，后三条颁布了内容严厉的《延久庄园整理令》，设立类似于国土管理局的“记录庄园券契所”。任命亲信担任稽查官员，严格审查各庄园领主、国司乃至摄关家的庄园文书。发现证书不全，便没收庄园，即使是摄关家的庄园也不能豁免。尊奉摄关家为“领家”的庄园主们看到天皇权威有恢复的趋势，便随风转舵，纷纷与摄关家脱离关系，转而把庄园“寄进”给天皇，“换汤不换药”等于是追捧天皇为自己的新“领家”。归附天皇的中、小庄园主及其武士集团，成为天皇政权继续改革的政治依靠。此次整治收效明显，不仅夯实了皇室的经济基础，也打击了摄关家的权威。

1073年（延久五年），后三条天皇去世，白河天皇即位。1086年（应德三年），为了彻底摆脱摄关家的控制，白河天皇让位于年仅8岁的堀河天皇，自己以“上皇”（太上皇）的身份继续掌管朝政。这次皇位禅让，实际上是一种“明修栈道，暗度陈仓”的政治手腕；针对摄关家的控制，天皇索性将计就计，让出皇位带走实权，使得摄关家的控制目标完全傀儡化，自己则“金蝉脱壳”、创新制度、获得新的权力空间。

上皇的居所称为“院”，上皇“执天下政”时期，史称“院政时代”。上皇的办公机构称为院厅，院厅中的官员称为“院司”，院司多由上皇的亲信担任，院厅发出的文书称为“院厅下文”，上皇的指令称为“院宣”。院厅还设置“北面武士” 等机构，依靠新兴的武士集团为武力支柱。

院政时代持续了将近一百年，共经历了白河上皇、鸟羽上皇和后白河上皇三代。三位上皇都具有强烈的专制性格，随着上皇权势的日渐强大，“院厅下文”和“院宣”也更具权威性。摄关家虽然继续把持摄政和关白之职，但是，由于中小庄园领主纷纷投靠上皇，摄政、关白府第“门前冷落鞍马稀”，日薄西山暮气沉。

院政时代初期，上皇已经独揽大权，但是由于白河上皇与藤原赖通的儿子藤原师实的关系紧密，因此，藤原师实还能任关白左大臣，置于群臣首位，在运行政事之时白河上皇也会参考藤原师实的意见。1094年（嘉保元年），藤原师实与儿子藤原师通相继去世，年少的孙子藤原忠实因没有任何朝政根基而无法延续祖辈的权势。

为了扫荡摄关家的基层势力，上皇又推广“知行国”制度，把各个属国及其税收封赏给大贵族和武士首领。这些大贵族和武士首领就派儿子或亲戚前往封国担任“国司”，与摄关家的地方势力分庭抗礼。

正所谓“前门拒狼，后门引虎”，上皇对武士集团的过度依赖，渐渐又为武家干预政治大开便利之门。11世纪中叶，实力雄厚的武士首领源氏就以“天下第一武勇之士”的身份出入朝廷。到12世纪初，源氏家族中担任重要官职的人数已经超过了藤原氏摄关家。而另一个强大的武士集团——平氏家族，也在朝廷中赢得了举足轻重的地位。

在政权斗争尚未平息之时，三位上皇又相继到寺院出家做了“法皇”，利用佛教加持巩固自己的权力和地位，继续把持朝廷政权。但是，为了在寺院的生活更加舒适，上皇们需要不断地获取钱财修建大寺院。于是，上皇们常常任命有钱的贵族去担任“知行国”的国司，朝廷中随即大兴卖官鬻爵之风，吏治腐败。而且，信佛的白河法皇禁止伤害一切生物，又令犯禁者杀无赦，所以，渔夫和猎户从此便失去了谋生之路，渔猎供应断绝，国人吃不到鱼、肉，怨声载道。

白河天皇从退位为上皇之日起，又实际控制朝权四十三年，继历堀河天皇之后，又立儿子鸟羽和孙子崇德为天皇。

1129年（大治四年），白河法皇去世，鸟羽法皇同样随心所欲操纵朝政。1141年（永治元年），鸟羽要求崇德天皇让位于年仅3岁的弟弟近卫天皇。1155年（久寿二年），17岁的近卫天皇去世，鸟羽法皇无视崇德上皇的存在，推立其弟弟后白河天皇继位。由此埋下了两兄弟相互仇恨的种子，两方支持力量长期的对立被激化，导致皇室内斗、兄弟相残。1156年（保元元年），鸟羽法皇去世，身为兄长的崇德上皇与弟弟后白河天皇之间爆发战争。结果，弟弟后白河天皇先发制人，打败对方，将哥哥崇德上皇流放到赞岐（今香川县），史称“保元之乱”。

“保元之乱”看似一场简单的皇位之战，实际上是一场积蓄多年的武士集团之间的斗争，是众武将以京都为战场的武力冲突。因此，“保元之乱”亦被视为日本“武者之世”的开幕之战，僧人慈圆在《愚管抄》中称“日本国乱逆势起后，武者之世到来”。

在“保元之乱”中立下战功的源义朝，不满受封官位低于平清盛，投靠藤原信赖。1159年（平治元年），乘平氏离京城参拜神社之机，源氏与藤原信赖联手拘禁了后白河上皇、二条天皇，引发“平治之乱”。

平清盛得知消息后，立刻率兵回京，杀死源义朝、藤原信赖。平氏势力急剧膨胀，确定了霸权地位。然而，源氏的故事并没有就此终结，源义朝的儿子——13岁的源赖朝（1147—1199）——被流放至伊豆半岛（今静冈县），为日后源氏的再度兴起埋下了希望的种子。