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当年年底，历时两个多月，纪晓岚到达福州。
关于纪晓岚提督福建学政，野史和民间颇多传说。一个比较普遍的传说是：纪晓岚到福建做学政，当地人并不知道他的才名。当时南方文士有一种偏见，认为南方山明水秀，所以有成就的文人都出南方。而北方则是荒陋之地，北方人则愚顽不化，没有什么才学。北方人到南方做官，往往会受到南方人的轻视。
纪晓岚到任的第一天，他的寓所门口就被人贴了一副对联，这副对联只有上联，没有下联，写的是：
我南方，多山多水多才子；
纪晓岚一笑，立刻补写了下联，曰：
咱北国，一天一地一圣人。
众人看过，赞叹不已。下联不仅对仗工整，而且极有气势，山多水多，也要天覆地载。才子再多，谁不尊崇圣人？这一下人们服气了。
福建学使的办公地曰“笔捧楼”，当地人传说常有山魈出没。这座楼左右两侧各有一座高塔，上层的窗户又被高墙遮挡得严严实实，室内很少能进光线，只有中午才能看清室内的情况。纪晓岚命人拆掉了墙垣，又把四面窗户都打开。这样不仅室内亮亮堂堂，向外望去，远山翠霭如在眼前。纪晓岚题了一幅匾额“浮青阁”悬在楼前，又写了一副楹联：
地迥不遮千眼阔，
窗虚只许万峰窥。
这副楹联意境开阔，摹景贴切，学使大人的才华渐为人所称道。
乾隆二十八年（1763）十月，纪晓岚奏请将帝王名讳载入《科场条例》，武英殿及各省坊刻经书，一体遵行。奏折略谓：
坊本经书，尚仍全刻庙讳、御名本字，应仿唐石经、宋监本例，凡遇庙讳，俱刊去末一笔，并加有偏旁字者，俱缺一笔。又武英殿官韵及各经书，于御名、本名尚系全刻，及加有偏旁字者，俱未缺笔。请将本字及加有偏旁字者，并行缺笔，载入《科场条例》，如误书者，依不谙禁例处分。武英殿书板校正改刊，并行文各省，一体遵奉，将坊刻各经籍改刊。
（《高宗实录》卷六九六乾隆二十八年十月丁酉条）
这个奏章经军机大臣议覆，得到批准。
十一月初六日，纪晓岚在福建接到了擢升翰林院侍读学士的任命。不久便按试汀州去了。
纪晓岚自记，“乾隆甲申，余视学福建，得梁生斯明、斯仪兄弟于童试中。时封翁年五十余，偕其长君斯震、次君斯志与试诸生间，俱高等。观察朱石君告余曰：‘是其家自明以来为诸生者十四世矣。虽未有掇巍科、登显宦者，然其志初不以此为得失也。’余闻而壮之。既而，梁生兄弟相继举于乡。乙未斯仪成进士，有声词馆
”。
封翁，即梁章矩的祖父梁天池，斯志，名赞图，是梁章矩的父亲。父祖三代同出纪晓岚门下，可为一大奇迹。梁章矩所作笔记中，多记纪晓岚轶事。
梁家是福建世代簪缨的望族，从清初迁居福州，自前明迄清中叶，十五传，皆为郡县学诸生不断。纪晓岚给梁家题写了“书香世业”匾额，与梁家也成为至交。
汀州试院里，堂前有两株古柏，是唐代留下来的。刚到这里时，小吏告诉纪晓岚，要到树前拜谒，纪晓岚说：“木魅也不害人，就不必去管它了。祀典中没有拜树的规定，我就不能去拜它。”
这两株唐柏，长得十分茂盛，隔着好几座房子也能看到。这天晚上月色明亮，纪晓岚走在台阶上，仰面看见树梢上有两个红衣人向他作拜，然后渐渐隐去，纪晓岚把僚属们喊出来，还看到这两个红衣人的淡影。第二天，纪晓岚到两株唐柏前分别作答礼，并在祠堂门旁镌一联，云：
参天黛色常如此，
点首朱衣或是君。
（《滦阳消夏录》卷一）
纪晓岚用“点首朱衣”之典，相传欧阳修任知贡举时，每阅卷，觉座后有一朱衣人。朱衣人点头的，文章就入格，回头看时，却又不见踪影。
这件事纪晓岚后来写入《滦阳消夏录》卷一，袁枚《新齐谐》也收录了这个故事。
上杭人以竹黄制器，精美绝伦，纪晓岚按试汀州时，得到一只竹黄编的箧，题之以诗：
瘦骨碧檀栾，颇识此君面。
谁信空洞中，自藏心一片。
凭君熨帖平，展出分明看。
本自汗青材，我为几上器。
周旋翰墨间，犹得近文字。
若欲贮黄金，籯乃陈留制。
（《上杭人以竹黄制器颇工洁，癸未冬按试汀州偶得此箧戏题小诗二首》）
八十岁的老父亲一路舟车劳顿，赶到福建。他老人家要看看这个当学使的儿子如何履职。在儿子的“镜烟堂”书斋里，父子促膝而谈，往往到深夜。老父亲耳提面命，现身说法，语之谆谆，生怕儿子辜负了皇恩。
福州学使公署，本是明代掌管税收的宦官的官署。宦官横征暴敛，滥杀无辜，害了许多性命，所以人们都说这是一块“凶地”，纪晓岚家的仆人们让种种传闻吓得晚上不敢睡觉。
纪容舒到了这里后，纪晓岚给父亲收拾了一间朝阳的净室，让他居住。可老父亲听说楼上有一间屋子闹鬼闹得最凶，非要住到那间屋子里去，谁也劝不住。
那天晚上纪晓岚一夜不敢合眼，掇了条长凳在门口，守候到天亮。老人家开门见儿子躺在板凳上，朗笑说：“世上本无事，庸人自扰之。我住在这个房子里，就是为了能让你们在这里安下心来，不要庸人自扰。你这是何苦来？”
纪晓岚说：“父亲所言极是。鬼神之事，本来渺渺茫茫，姑妄言之，姑妄听之，或可信其有，或可信其无。可是您老人家这么大年纪，何必以千金之躯同邪秽较量？不值得。”
纪容舒说：“儒家认为没有鬼神，这是个迂腐的观点，也是强词夺理。我就信一点：凡是鬼，必定怕人。因为阴不能胜阳！有的鬼侵犯人，必是因为阳气不足以胜阴气。但是所谓阳气昌盛，并不只是血气壮伟和性情强悍。人的心地，慈祥的为阳，惨毒的为阴；坦白者为阳，险恶者为阴；公正者为阳，阴曲者为阴。所以易象上以阳为君子，阴为小人。如果光明正大，那么他的气也就纯然阳刚，即使有邪魅，也会像在幽室之内，鼓洪炉而炽烈焰，烈焰腾腾，冰冻自然消除。你读书也不算少，见过史传中记载有品行端正的人被鬼侵害的吗？”
纪晓岚频频点头，拜受教诲。父亲这段话，他记了一辈子。
本来，正月十二日是老父亲八十寿辰，纪晓岚安排在学署为老父亲祝寿，老父亲却总是摇头，坚辞不允。他明白了老父亲的用意，学使为父亲庆寿，当地官员少不了布帛酬应，日后难免因此略分守而慢行名，不能公允执掌文柄。
谁想这一次竟成永诀。乾隆二十九年（1764）八月，父亲北归途中遘疾，回到老家却一病不起。讣告至闽中，纪晓岚哀恸欲绝，迅速归里丁忧。
守孝中，他时时忆起父亲音容笑貌。想起父亲讲过，他年轻时读书在崔尔庄“厂里”，偶尔一次折杏花插在瓶中，没想到这枝杏花落花后竟结出两颗青豆大小的杏子，这两颗杏豆儿越长越大，渐渐长到红熟，就像在树上时一样。那一年逢万寿恩科，父亲竟顺利在乡试中举。当时乡贤王德安先生同住，为题额曰“瑞杏轩”。后来这个庄园分家时分给了别门。他曾向族人打听这块匾的下落，可惜没人知道，百索而不得，不禁心中怅然若失。
守制三年，纪晓岚在崔尔庄修筑了对云楼，题诗曰：
还乡翻似到天涯，
筑得书楼便作家。
偶睇郊原成野趣，
拟从田老种桑麻。
长夏云峰入望深，
轩开四面好凭襟。
儿曹莫笑村居隘，
两载经营一片心。
（《自闽回里筑对楼成偶题》）
家居中，纪晓岚续修了父亲在世时手自刊定的《景城纪氏家谱》，与堂兄纪昭以学术相质正，他完成了《陈后山集》的删定，辑刊《镜烟堂十种》，学问大为精进。《镜烟堂十种》囊括了纪晓岚早年治学成果，著述凡十种，其书目为：
第一种，《沈氏四声考》，三卷，音韵学专著。卷下末附《纽字图》（沙门神珙四声五音九弄反纽图）《宋书谢灵运传》《答陆厥书》。
第二种，《唐人试律说》，试律学专著。卷末附纪晓岚题识，谓：“此书以己卯六月脱稿，从游诸子偶以付梓，七月中，余往山西典乡试，诸子亦匆匆入闱，未及校正，今岁偶复阅之，字多讹误，因重为点勘，又随笔更定十余处”云云。
第三种，《删正二冯评阅才调集》，原书十卷，每卷选诗百首，纪晓岚删并为二卷，于原集之首卷中仅录三十六首，第二卷十九首，第三卷十一首，第四卷十三首，第五卷十三首，第六卷三十八首，第七卷十三首，第八卷二十六首，第九卷十九首，第十卷六首。
第四种，《删正方虚谷瀛奎律髓》，卷一有方回之《原序》释其名：“瀛者何？十八学士登瀛州也；奎者何？五星奎聚也；律者何？五七言之近体也；髓者何？非得皮得骨之谓也。”方虚谷原书，所选诗为四十九类，每类编为一卷，而纪晓岚则并其为四卷，每类或节录原选若干，或予以全删。
第五种，《李义山诗集》，三卷，纪晓岚编辑的唐代诗人李商隐诗集。纪晓岚对李商隐诗“详加点定”，该集所收作品，与坊间现行李义山诗集同，而纪晓岚另有《玉溪生诗说》，只择取李氏之诗若干首，其中评语亦详略不同。
第六种，《后山集钞》三卷，陈师道诗文集。其卷一为诗选，卷二、卷三为文选。
第七种，《张为主客图》，前文已论及，此略。
第八种，《审定风雅遗音》，史荣撰。纪晓岚序谓：“此书于集传以外，无所发明，而因人人习读之书，救正其伪谬，以之针砭俗学，敦易于信从，独惜其不知古音，故叶韵之说多有舛误，又门目太琐，辨难太疾，于著书之体亦微乖。退食之暇，重为编录，汰繁就简，弃瑕取瑜，较之原书，以为完善。其文有所损，无所益，有所润饰而不更其意者，亦曰此乃史氏之书，予无与焉耳。”史氏此书，原分四卷，有附录，共二十四门。其中或变换原书之次第，或作部分内容之删削，亦有予以全删者，几可为纪氏一人之作。又是书去取之间，纪晓岚与戴震相参酌，采纳其说处颇多。
第九种，《庚辰集》，五卷，纪晓岚序谓：“余于庚辰七月闭户养疴，惟以读书课儿辈，时科举方增律诗，即点定《唐试律说》，粗明程式，复印近人选本，日取数首讲授之，阅半岁余，又得诗二三百首，儿辈以作者登科先后排纂成书，适比康熙庚辰（三十九年）至今乾隆庚辰（二十五年）止，因之名《庚辰集》。”集中，卷一至卷四为馆阁诗，卷五为试卷行卷，其书选诗二百余首，而注至十七万余言，不免繁冗，纪晓岚壬午之序，则道白其苦心：“此书虽训释太繁，可已不已，然使初学之士，一以知诗家一字一句必有所据，虽试帖小技，亦不可拷腹以成文。一以知兔园册子，事多舛误，当反而求其本源，不可搙撦以自给，则无用之文，安不知有收其用者也。”
第十种，《馆课存稿》，四卷，是书所录，皆为纪晓岚为教授子侄辈所作的馆课诗。
服丧里居期间，纪晓岚完成了《景城纪氏家谱》的续修，纪氏宗谱，原系纪容舒乾隆二十年（1755）手自刊订，“守《史通》断限之法，体例多与此相出入。丙戌（乾隆三十一年，1766）余又遵旧格续焉，弗敢以私意改也
。”
同时，纪晓岚在此间还为亲朋之家谱、族谱制序多篇，如《马氏重修家乘序》《渠阳王氏世系考序》《河间孔氏族谱序》《汾阳曹氏族谱序》等。纪晓岚对于谱牒之学，形成了一套完整的见解，对谱牒之体例、意义、作用以及谱牒之学的源流，都有所创见。他的谱牒学说，也由此建立。
闽中督学的经历，为纪晓岚一生所珍视。他的《寄示闽中弟子六首》，寄寓了这样的情愫：
平生无寸长，爱才乃成癖。
每逢一士佳，如获百朋锡。
甲乙手自评，朱墨纷狼藉。
虽不接笑言，宛然共晨夕。
别来八九年，姓名心历历。
每遇闽峤人，慨焉怀曩昔。
铁网织千丝，持以临沧海。
珊瑚万万株，安能一一采。
遗才良已多，事后恒追悔。
尚喜所已收，颇足敌崇恺。
森竦七尺枝，万目炫光彩。
贡篚耀天琛，声价今无改。
艺禾待其稔，种木待其荣。
殷勤罗国士，实亦期其成。
岂曰植桃李，持以夸公卿。
文章达世用，所冀为国祯。
经济缅忠定，道德尊考亭。
抗怀思古昔，日月悬高明。
二十八年后，他的《题闽中校士砚》诗，深情地回顾那一段岁月，谓：
旧游回首似前身，
弹指流光廿八春。
为问成阴桃李树，
可能还忆种花人。
乾隆三十二年（1767）春天，纪晓岚丁忧期满，携家回京师，堂兄纪昭赶来送行，于临行时送一诗，其中有句云：“敢道山林胜钟鼎，无如鱼鸟乐江湖
”。
纪昭比纪晓岚大八岁，从小天资聪颖，俩人从小一起受业于纪晓岚的父亲纪容舒，又于乾隆十二年（1747）一起中举。纪晓岚在文章方面喜欢辞赋，学术上喜欢汉唐训诂之学，并能吸纳史传百家之言。纪容舒常说他学问太杂，不专一。而纪昭文章必以韩愈、柳宗元为宗，学问以宋理学家周敦颐、张载、程颢、程颐、邵雍所谓“宋五子书”为宗，而且学以致用，身体力行。纪容舒称赞他为人醇谨，学问精深。纪昭乾隆二十二年（1757）中进士，在此之前他已任内阁中书，与堂弟纪晓岚同朝为官。由于二人性格不同，处世方式也不一样。纪晓岚初入官场，意气风发，神采飞扬，每与社会名流相角逐。而纪昭性格比较内敛，做人低调，从不张扬。公务之余，杜门不出，至多与二三志同道合的朋友在家品品茶，讨论讨论学问。乾隆二十三年（1758），宗人府有一名主事的员缺，当时纪昭已在内阁中书位置上干了八年，按资历应该升补。正在这时，父亲纪容雅病重，纪昭请假回家侍奉父亲，从此绝意仕途，在崔尔庄过着自由适意的田园生活，闲来无事，教子孙读书，将自己的乡间书房，题为“怡轩”，并以此自号。“无如鱼鸟乐江湖”，也是他自己心境的写照。
可是，此时纪晓岚正是日高中天，长子汝佶又在这一年中了举人，青云有份，顺风顺水，第二年九月，第三个儿子汝似出生，他怎么能理解堂兄这一片深心呢。
回京后，纪晓岚充三通馆提调兼纂修，署日讲起居注官，授左春坊左庶子，皇帝优宠有加。铺展在他面前的，似乎是一条开满繁花的坦途。