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在组织上，把红军的政治工作机关隶属于军事工作机关，提出“司令部对外”的口号。这种思想如果发展下去，便有脱离群众、以军队控制政权、离开无产阶级领导的危险，如像国民党军队所走的军阀主义的道路一样。
1929年1月红四军开始转战赣南闽西时，党内的一些错误思想再度抬头，最突出的表现便是否定党对军队的领导。一些人对党委支部讨论和决定问题的制度不习惯，感到受约束，主张由长官说了算。更有人认为党委领导是“自上而下的家长制”，甚至把党的领导说成是“书记独裁”。这些问题的存在，引发了红四军第七次党代表大会上围绕党对军队领导等问题的争论。毛泽东毫不动摇地维护党对红四军的领导。
1929年12月，毛泽东主持制定古田会议决议，从理论上阐明了党对军队领导的原则，并从政治上、思想上、组织上确立了党领导军队的一些基本制度和措施。1932年9月12日《中国工农红军总政治部关于红军中党的工作的训令》中，第一次出现了“保障党在红军中的绝对领导”的字句。
“三湾改编”的主要成果之一，是在红军中建立了党的各级组织，明确党的领导地位。但在坚持还是否定党的领导问题上，始终存在斗争，有时斗争还是很激烈的。一些人对军队与党的关系存在模糊认识，片面强调军队与军事工作的特殊性，忽视或轻视党对军队的领导。
在长征途中，张国焘自恃人多，拥兵自重，反对北上，向党闹独立，分裂党和红军，给党和人民军队造成了严重损失。1935年6月17日晚，党中央率红一方面军在经历了长时间的艰苦奋战、辗转颠沛之后，终于在四川懋功达维镇与红四方面军胜利会师，为发展革命战争，开创新的局面创造了有利条件。6月16日，毛泽东、周恩来、洛甫（张闻天）致电红四方面军领导人张国焘等：占领川、陕、甘三省，建立三省苏维埃政权应是我红一、四方面军今后的总方针。但此时的张国焘个人野心膨胀，他看到党中央率领的红一方面军只有2万多人，人劳马困，而红四方面军现有8万余人，则想以兵压党，篡夺党的最高领导权。他先是不同意党中央北上抗日的战略总方针，坚持向川康边发展的错误方针，进而不断向党中央提出要“速决统一指挥的组织问题”，要求自任军委主席之职，并有“独断决行”的权力。在毛泽东领导下，党中央粉碎了张国焘的野心图谋。1935年8月9日，中央在《关于一、四方面军会合后的政治形势与任务的决议》中指出：“中国工农红军是在中国共产党中央的唯一的、绝对的领导之下，生长与发展起来的，没有中国共产党就没有中国工农红军，就没有苏维埃革命运动。”
毛泽东认为，军队是“执行革命的政治任务的武装集团”，“共产党的这种绝对的领导权，是使革命战争坚持到底的重要条件。没有共产党的这种绝对领导，是不能设想革命战争能有这样的坚持性的”。
军队是实现党的纲领、保卫人民利益的工具。党指挥枪的原则，是人民军队实现自己的宗旨的保证。中国共产党以无产阶级和广大劳动人民的利益为自己的最高利益，以全心全意为人民服务为自己的根本宗旨。人民军队是无产阶级和人民大众的保卫者，是人民的子弟兵。只有坚持了党指挥枪，才能保持我军与广大人民群众的血肉联系，实现为人民服务的建军宗旨。