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延续上述历史的划分，接下来我们一起确认一下：源自宗教和神话的人类知识探索，究竟是如何作为一门学科发展至今的？
在人们的认知中，伴随着人类的诞生，宗教产生了。据说，如今有历史记载的宗教起源于公元前6000年左右。
于是，针对诸如“世界是如何诞生的？”“世界是由什么构成的？”“我们为何而生？”“我们又要到何处去？”等关于世界和自我的根源性问题，宗教与神话中开天辟地的宏大故事，赋予了我们最初的答案。
例如，关于世界之初，犹太教和基督教的圣典《旧约圣经》的《创世记》中有如下记载：“起初神创造天地。地是空虚混沌。渊面黑暗。神的灵运行在水面上。神说，要有光，就有了光。”根据东罗马帝国的创世纪元（拜占庭历法），《圣经》中世界诞生之日，即上帝创世的时间为公元前5508年。全世界诸多神话中都有这样的创世神话，日本神话也不例外。传说，伊邪那岐和伊邪那美为兄妹关系，两神结为夫妻，共同创世，创造了世间主要的岛屿和众神。
此外，“彼世真实存在”“信仰可以拯救灵魂”等教诲，也是支撑很多人坚持走完人生之路的强大心灵支柱。因为相信这些教诲，我们就无须独自为探询生存的意义而烦恼。
然而，宗教也残存着诸多问题。回顾整个人类历史，信奉基督教与伊斯兰教、信奉天主教与新教等不同宗教、不同教派的人们之间爆发过多次激烈的斗争。
为了跨越这种宗教信仰的差异，公元前7世纪左右，哲学第一次出现在人类的历史舞台上。在承认“神真实存在”这一大前提的基础上，哲学旨在针对自然构成和人类存在的问题，运用逻辑，考察所有共通原理和思维，并最终得出能够让所有人满意的结论。
当时的哲学家们，包括被世人称为“科学和哲学之祖”的泰勒斯在内，都曾试图通过观察而非神话来揭示自然原理。例如，对于“所有东西都是由什么构成的？”这一问题，他们并未简单粗暴地搬出“神”来敷衍了事，而是尝试着去解释万物的根源到底是“水”还是“火”。在当时那个科学并不发达的时代，只有哲学这门学科试图通过思考来解开世界之谜。
至于人类一直怀有的关于生存的疑问：“我们为什么而生？”“我们要去往何处？”，古希腊哲学家、“西方哲学之父”苏格拉底和他的弟子柏拉图承担了求索重任。
直到12世纪，欧洲的哲学一直都是基督教神学的一部分，即在认同上帝存在的大前提下考察世界。但随着中世纪十字军东征的开始，阿拉伯科学在欧洲大陆强势崛起，欧洲人开始用科学逻辑的眼光打量世界。在12世纪至14世纪，以自然为考察对象的学科以“科学”之名从哲学中独立了出来。到了17世纪，伽利略·伽利雷、艾萨克·牛顿等重量级的天文学家、数学家轮番登场，自此拉开了科学革命时代的宏伟序幕。
但在19世纪以前，人们还未开始使用如今意义上的“自然科学”（natural science）一词，而是使用着“自然哲学”（natural philosophy）和“自然学”（physics）这两种说法。正如牛顿的划时代巨著《自然哲学的数学原理》（简称《原理》，详见第338页）以“自然哲学”为题所示，哲学视野下的自然探索和自然科学视野下的自然探索曾被视为相同的学科领域。自然哲学试图统一阐释所有自然现象，其中也包括对人的本质的分析，因此神学、形而上学、心理学、道德哲学也被涵盖在内。
由此看来，自然哲学的学科范畴曾经远远广于今日的自然科学。从19世纪开始，学科范畴逐渐缩小，同时也更加专业化、细分化。得益于英国工业革命爆发后科学技术的飞速发展，人们能够以实验的形式积极探索自然，自然背后蕴藏的秩序也得以揭露。自此之后，哲学领域的疆土接连被自然科学“侵占”，现在的哲学只是作为一门专门学科来解决有关人的一切疑问。
在与人类社会活动相关的学科中，经济学独立为考察经济活动和社会运转的专业学科。进入19世纪，在科学研究方法论的影响下，近代经济学形成了坚实的学科基础。
纵观当代学科发展，随着资本主义的扩张，经济和科学的学科领域不断扩展，宗教失去了统领世界发展的绝对话语权，哲学领域也在被不断压缩。弗里德里希·威廉·尼采的“上帝死了”（出自《快乐的科学》），不仅是对“盲目极端”宗教的批判，也宣告了曾经持续支撑西方文明的腐朽思想的死亡。
学科的分化过程，可参考下表。
