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在采用电子商务方式进行贸易时，贸易过程中的许多环节及费用的支付都可以通过网络完成，有些数字化商品甚至可以直接在网上传送。这就使税收的征缴变得非常困难，并产生了许多非常棘手的问题。
概括来说，电子商务主要涉及以下两类税收问题。
（1）由电子商务交易隐匿化引发的问题。电子商务使传统商务的纸质合同、票据、支付等均变成了数字流和信息流，并且计算机加密系统的开发和利用极大地方便了交易双方有效地隐匿交易内容、逃避纳税义务。鉴于法律和技术原因，税务部门无法进入加密程序，也无法获得真实的纳税资料。这使税务部门对隐匿的电子商务交易进行公平、有效的管理成为难题。
例如，德国在2019年正式生效的《2018年税法》旨在确保在线零售商尤其是境外商户履行其在德国缴纳增值税的义务，以杜绝电商的偷税、漏税行为。2018年6月，美国联邦最高法院通过了一项法案，各州政府有权对电商的跨州销售征收消费税，此前美国不对网购征收消费税。新法案的推出打破了电商不征税的“传统”，使美国电商平台和卖家受到了一定的影响。
（2）税收管辖权的问题难以界定。目前，世界各国（或地区）在确定税收管辖权时，有的以属地原则为主，有的以属人（行使居民管辖权）原则为主，有的二者并行。绝大多数发达国家实行的是以属地税制为主的混合税制。属地税收管辖权是以各国（或地区）的地理界线为基准的，而电子商务使经济活动与特定地点间的联系弱化，纯在线交易更难确定属地。
在所有因素都未确定、世界各国（或地区）未达成共识的条件下，跨境电商的征税必然会引起国际税收管辖权的冲突，从而易造成多重征税（多重税收管辖权重叠导致多重征税）或不承担任何税负（游离于所有税收管辖权之外）等情况。
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境外所得征税制度的国际税收原则
境外所得征税制度的国际税收原则有三种：一是属人原则，采用抵免法或扣除法消除双重征税，即居住国（地区）对本国（地区）境内居民的全球所得征税，对其境外所得已缴纳的外国（地区）税收给予抵免，或者作为成本费用扣除；二是属地原则，采用免税法消除双重征税，即居住国（地区）仅对来源于其境内的所得征税，对其居民来源于境外（地区）的所得免予征税；三是以属地税制为主的混合税制，如法国作为以属地税制为主的典型国家，规定企业在国外取得的积极所得适用免税法，但纳税人来源于协定国家（地区）的消极所得适用抵免法，来源于非协定国家（地区）的消极所得适用扣除法。
积极所得： 在境内设立机构、场所从事经营活动而取得的所得。
消极所得： 在境内未设立机构、场所，但有来源于境内的所得，具体包括红利、利息、租金、特许权使用费所得、转让财产所得或其他所得。
电子商务经营者应当依法办理市场主体登记；应当依法履行纳税义务，并依法享受税收优惠；依照规定不需要办理市场主体登记的电子商务经营者在首次纳税义务发生后，应当依照税收征收管理法律、行政法规的规定申请办理税务登记，并如实申报纳税。个人卖家属于电子商务经营者，自2019年1月1日起应当依法办理市场主体登记，也应当依法履行纳税义务。
税收范围包括跨境税收、经营者普通交易税收；缴纳主体包括电商平台、平台内经营者。这也意味着通过电商渠道进行交易的各种方式都需要纳税。
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个人卖家应当缴纳增值税，可以享受小微企业免征增值税的优惠政策
于2017年年底修订的《增值税暂行条例》规定，在中国境内销售货物或者加工、修理修配劳务、销售服务、无形资产、不动产以及进口货物的单位和个人，均为增值税的纳税人，应当缴纳增值税。另外，为了支持小微企业的发展，2023年1月1日起实施的《国家税务总局关于增值税小规模纳税人减免增值税等政策有关征管事项的公告》规定，小规模纳税人发生增值税应税销售行为，合计月销售额未超过10万元（以1个季度为1个纳税期的，季度销售额未超过30万元，下同）的，免征增值税；按固定期限纳税的小规模纳税人可以选择以1个月或1个季度为纳税期限，一经选择，一个会计年度内不得变更。这一规定也适用于电子商务经营者。
《电子商务法》把提供发票作为电子商务经营者应尽的基本义务，其目的除了堵塞税收漏洞外，更多的考量则是营造公平的电商竞争环境。
在传统贸易方式下，商品的跨国（境）流动是由国际性的贸易公司来完成的，我国对此要征收进口环节流转税，如有所得还要征收所得税。如何针对跨境电商征税是目前世界各国（地区）都急需解决的问题。近些年，随着跨境电商进出口额的增加，我国出台了一系列相关的税收政策。
财政部、海关总署、国家税务总局先后两次发布关于跨境电商税收政策的通知，2016年3月24日发布了《财政部 海关总署 税务总局关于跨境电子商务零售进口税收政策的通知》，自2016年4月8日起执行；2018年11月29日又发布了《财政部 海关总署 税务总局关于完善跨境电子商务零售进口税收政策的通知》，自2019年1月1日起执行。这两个通知的核心内容如下。
（1）跨境电商零售进口商品的单次交易限额为人民币5000元，个人年度交易限额为人民币26000元。在限值以内进口的跨境电商零售商品，关税税率暂设为0；进口环节增值税、消费税按法定应纳税额的70%征收。
（2）完税价格超过5000元单次交易限值但低于26000元年度交易限值，且订单下仅一件商品时，可以自跨境电商零售渠道进口，按照货物税率全额征收关税和进口环节增值税、消费税，交易额计入年度交易总额，但年度交易总额超过年度交易限额的，应按一般贸易管理。
（3）跨境电商零售进口商品自海关放行之日起30日内退货的，可申请退税，并相应调整个人年度交易总额。
（4）已经购买的电商进口商品属于消费者个人使用的最终商品，不得进入国内市场再次销售；原则上不允许网购保税进口商品在海关特殊监管区域外采用“网购保税+线下自提”模式。
为有效配合《财政部 税务总局 商务部 海关总署关于跨境电子商务综合试验区零售出口货物税收政策的通知》落实工作，国家税务总局于2019年10月26日发布了《国家税务总局关于跨境电子商务综合试验区零售出口企业所得税核定征收有关问题的公告》（自2020年1月1日起施行），其主要内容如下。
第一，综试区内的跨境电商企业，同时符合下列条件的，试行核定征收企业所得税办法：①在综试区注册，并在注册地跨境电商线上综合服务平台登记出口日期、货物名称、计量单位、数量、单价、金额的；②出口货物通过综试区所在地海关办理跨境电商出口申报手续的；③出口货物未取得有效进货凭证，其增值税、消费税享受免税政策的。
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跨境电商出口货物试行增值税、消费税免税政策
2018年10月1日起，财政部、国家税务总局、商务部、海关总署联合发文明确，对跨境电商综合试验区电商出口企业出口未取得有效进货凭证的货物，同时符合下列条件的，试行增值税、消费税免税政策：①电子商务出口企业在综试区注册，并在注册地跨境电商线上综合服务平台登记出口日期、货物名称、计量单位、数量、单价、金额的；②出口货物通过综试区所在地海关办理电子商务出口申报手续的；③出口货物不属于财政部和国家税务总局根据国务院决定明确取消出口退（免）税货物的。
第二，综试区内核定征收的跨境电商企业应准确核算收入总额，并采用应税所得率方式核定征收企业所得税。应税所得率统一按照4%确定。
第三，综试区内实行核定征收的跨境电商企业符合小型微利企业优惠政策条件的，可享受小型微利企业所得税优惠政策；其取得的收入属于《企业所得税法》规定的免税收入的，可享受免税收入优惠政策。