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实施产业基础再造工程是新形势下产业政策创新的最新实践。要准确把握政府行为和产业政策实施的依据、科学界定政府行为的边界，必须从政府和市场关系角度进行分析，不断深化对政府和市场关系的认识。青木昌彦、奥野正宽等（1998）认为，产业政策的本质是通过政策措施的适度干预来解决多部门协调失灵和系统失灵等问题。实施产业基础再造工程的理论依据即如此，政府的职责主要是通过适当干预完成企业做不了或者不愿意做的事情。
市场失灵问题主要包括两个方面。 一是公共物品问题。 产业基础具有很强的正外部性，具有公共物品或准公共物品属性。产业基础领域的投资具有规模大、周期长、风险高、门槛高的特点，这使市场主体的投资规模和水平难以满足产业需求，从而出现投资不足和补偿不足的市场失灵问题。在此情形下，必须发挥政府“有形之手”的调节作用。 二是市场竞争中出现的垄断问题。 由于产业基础领域具有分工锁定、行业进入门槛高、技术突破难等特征，国外先发者已经形成了较强的行业垄断和寡头市场特征，国内后发追赶者只有不计成本地加大研发投入，迅速提升生产能力，才有可能在已经形成寡头垄断的市场结构中有足够的能力与国外同行竞争，进而逐步打破分工锁定的市场格局。因此，企业发展初期往往亏损经营并需要政府扶持，市场竞争中对企业短期利润最大化目标追求的设定，并不适用于产业基础部门。
这类问题主要包括经济管理部门之间不协调、研发与应用环节不协调、军民之间不协调、人才的培养与使用不协调等。 一方面，经济管理部门之间不协调。 科技部、工业和信息化部、国家发展改革委各自发布项目指南、指导目录，都要求项目具有技术研发突破、进行产业化能力建设，从而导致项目重复支持等。 另一方面，产业链上下游协调不够。 研发链、产业链分割、缺位，协同衔接能力差，技术成果主要集中在科研院所，缺乏科技成果转化的通道和桥梁，科技成果产业化率低，科技成果与产业化“两张皮”问题突出。支持研发和产业化脱节，一边通过鼓励研发支持国产化技术开发和设备生产，一边又通过出口退税等政策支持进口国外设备，“政策打架”的现象时有发生。同时，由于国内的军工产品难以适应民品市场的需要，民用技术受国外“卡脖子”约束问题突出，部分民用技术装备过多吸收国外元素，存在安全漏洞等问题，导致“民参军”“军转民”渠道不畅通。此外，由于基础领域回报低，大量基础领域人才从学校毕业后进入金融领域工作，造成“学非所用”“用非所学”现象突出。
系统失灵问题主要包括3个方面。 一是行业基础和共性技术研发体系缺失。 240多家科研机构改制以后，削弱了行业服务功能，导致服务成本大幅提高，行业基础和共性技术研发体系缺失。目前以企业为主体的新型研发机构很多实质上成为企业技术中心，没有发挥应有的作用，行业共性技术缺失的问题没有得到根本解决。 二是通用技术、共性技术的扩散应用不够。 目前的产业政策主要聚焦于鼓励前沿技术的突破，技术扩散机构相对缺失，以致忽视了先进适用技术在广大中小企业的应用。 三是产学研资源没有形成合力。 缺乏行业共性技术平台、市场平台和信息平台，各自为战的现象较为突出。
长期以来，我国产业政策的“重显轻潜”现象突出，对市场显示度高的整机及成套设备高度重视、大力支持，对市场显示度低的基础能力发展重视不够甚至忽略。政府采购政策也偏向支持国外产品，使得国内品牌缺乏应用场景，产品市场化应用困难。一些新产品的开发缺乏有效的资金和金融政策支持，风险投资、金融体系不能满足创新创业的需求，技术链、产业链、投资链的完整体系尚未形成。
因此，需要实施产业基础再造工程，通过为市场提供合适的制度设计和政策创新，加强政府在产业基础领域的作为，促进各部门政策协同和系统再造，形成政策合力，显著改善市场绩效。