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根据《中华人民共和国企业所得税法》（以下简称《企业所得税法》）第一条的规定，在中华人民共和国境内（以下简称中国境内）的企业和其他取得收入的组织为企业所得税的纳税人，依照本法的规定缴纳企业所得税。
根据《企业所得税法》第一条、《中华人民共和国企业所得税法实施条例》（以下简称《企业所得税法实施条例》）第二条规定，个人独资企业不属于企业所得税的纳税人，应当根据《中华人民共和国个人所得税法》（以下简称《个人所得税法》）缴纳个人所得税。
根据《企业所得税法》第一条的规定，合伙企业不属于企业所得税的纳税人。
根据《中华人民共和国合伙企业法》（以下简称《合伙企业法》）第二条的规定，合伙企业，是指自然人、法人和其他组织依法在中国境内设立的普通合伙企业和有限合伙企业。
（1）普通合伙企业由普通合伙人组成，合伙人对合伙企业债务承担无限连带责任。
本法对普通合伙人承担责任的形式有特别规定的，从其规定。
有限公司是否可以成为合伙企业的普通合伙人
除自然人个人可以成为普通合伙企业的普通合伙人外，有限公司是否可以成为普通合伙企业的普通合伙人呢？
根据《中华人民共和国公司法》（以下简称《公司法》）第十五条的规定，公司可以向其他企业投资；但是，除法律另有规定外，不得成为对所投资企业的债务承担连带责任的出资人。
《公司法》在此设了一个例外，即如果法律另有规定，公司可以成为对所投资企业的债务承担连带责任的出资人。
根据《合伙企业法》第三条的规定，国有独资公司、国有企业、上市公司以及公益性的事业单位、社会团体不得成为普通合伙人。
因此，其余的组织形式并未被禁止作为合伙企业（包括内外资有限合伙、内外资普通合伙、内外资特殊普通合伙）的普通合伙人。
有限责任公司成为普通合伙人并对合伙企业的债务承担无限连带责任，并不意味着有限责任公司的股东承担无限连带责任。有限责任公司是独立的企业法人，有独立的法人财产，其以全部财产对合伙企业的债务承担连带责任，若有限责任公司以其全部财产仍不足以清偿债务，则宣告破产，不会导致有限责任公司的股东承担连带责任（股东未缴足出资或抽逃出资导致公司资本不到位的情形除外）。同样，自然人也可以按合伙协议约定成为有限合伙企业的有限合伙人。
（2）有限合伙企业由普通合伙人和有限合伙人组成，普通合伙人对合伙企业债务承担无限连带责任，有限合伙人以其认缴的出资额为限对合伙企业债务承担责任。
（1）合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人。合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税；合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。
合伙企业的法人合伙人因合伙企业对外投资分得的利润是否可以采用“穿透”原则享受免征企业所得税优惠政策
近年来，创业投资性质的合伙企业越来越多，这类合伙企业设立的主要目的是承担持股平台的作用。但税收上关于合伙企业涉及的一些所得税的处理仍旧存在政策不到位的情况，导致各地执行口径不一。
【 例1-1-1 】甲企业是独立法人企业，投资于有限合伙企业M，占M60％份额。M向乙企业（高新技术企业）投资。另一个合伙人为自然人李某，占M40％份额。2019年M从乙企业分回股息5000万元。则：
自然人合伙人李某应分享的股息＝5000×40％＝2000（万元），本着“穿透原则”视为乙企业直接向李某的分配，在M企业分配给李某时，应当代扣代缴20％个人所得税。M企业按规定计算合伙企业应纳税所得额时，不需要将2000万元并入所得。这个已经较为明确。但对于甲企业应分享的乙企业的股息3000万元（5000×60％），税收上如何处理的问题，存在两种观点：
观点之一：并入M企业的收入，M企业按个人所得税法相关规定计算出应纳税所得额后，按比例分配给甲企业，甲企业再按规定申报缴纳企业所得税。
这种处理的缺陷在于，会造成3000万元股息重复课征企业所得税，违背了企业所得税法的“税不重征”原则。
观点之二：不需要并入M企业的收入，而是视为直接分配给甲企业，甲企业按规定免征企业所得税。这种处理方式，不会造成所得税的重复课税，符合法理，但却与现行政策相悖。
一是与《企业所得税法》第二十六条第（二）项冲突：免征企业所得税的符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，是指居民企业直接投资于其他居民企业取得的投资收益。
免税的条件是直接投资。但甲企业是先投资于合伙企业M，再由M企业间接投资于乙企业，显然不符合免征企业所得税的条件。
二是与申报表填报也存在冲突。免征企业所得税的股息、红利应当填报A107011《符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益优惠明细表》，在填写该表时，需要填写被投资企业名称、投资性质、投资成本、投资比例等，这些内容是填写M企业的还是乙企业的？
国家税务总局广东省税务局在2020年5月18日“汇算清缴热点问题（第一期）”的回答可供参考。
答：甲企业可以享受符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益免征企业所得税优惠。根据《财政部 国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税〔2008〕159号）第二条的规定，合伙企业以每一个合伙人为纳税义务人，合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。居民企业乙企业年终分配股息红利是已经缴纳企业所得税的税后利润，如果合伙企业的合伙人甲企业将分回的股息红利并入企业的应税收入中征收企业所得税，会出现对同一所得重复征收企业所得税。
笔者赞成广东省税务局的答复。在税务总局没有对年度申报表进行调整前，这部分免征企业所得税的股息可以填报在表A105000第45行“其他”第4列进行纳税调减。
合伙企业转让持有的其他企业股权时，自然人合伙人应当按“股权转让所得”还是“经营所得”缴纳个人所得税
先看一个案例。
【 例1-1-2 】李某为M有限合伙企业（不属于创业投资企业）的自然人合伙人。2022年5月M收到N公司分红500万元。2022年11月，M将所持有的N的股票全部对外转让。M已按规定缴纳了增值税和其他相关税费，同时，对于取得的N公司分红和对外股票转让所得，M均按照20％的税率，代扣代缴了李某的个人所得税。
2023年2月，税务机关对M企业检查后通知M，对于股票转让行为，应按5％~35％超额累进税率，申报李某的经营所得个人所得税。收到补税通知后，M解释称，个人转让股权应以股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按“财产转让所得”项目，适用20％的税率计算缴纳个人所得税。M认为，《中华人民共和国民法典》（以下简称《民法典》）第二章第四节，将个体工商户归类为自然人。也就是说，个体工商户转让股权的税率应为20％，个体工商户按照生产经营纳税的收入，不包括股权转让收入。
这种理解是否准确呢？
这种理解是混淆了法律主体关系。
M之所以持上述观点，关键是混淆了自然人、个体工商户和合伙企业三个法律主体之间的关系。按照M的观点，个体工商户归类为自然人，所以个体工商户等同于自然人，合伙企业又等同于个体工商户，所以合伙企业等同于自然人。
根据《民法典》的定义，自然人、个体工商户和合伙企业三者并不能互相等同，具有不同的权利和义务。三者是不同的法律主体，不能从概念上混为一谈。不仅如此，《个人所得税法》及其实施条例，以及相关政策法规引用民法的概念定义，也分别对三者的税收权利和义务进行了明确的规定。因此，从税法的层面，也不应如此推断适用法律法规。
上述案例，应该区分不同的所得，分别按不同的税目计算个人所得税。
（1）N公司分配给M合伙企业的股息红利，按《国家税务总局关于〈关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定〉执行口径的通知》（国税函〔2001〕84号）第二条规定，视为N直接分配给李某，李某按“股息红利所得”缴纳20％个人所得税。
（2）M转让持有的N公司股权所得，则应当属于M企业从事生产经营活动取得的所得，应当按《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（财税〔2000〕91号印发）第四条规定的5％~35％的五级超额累进税率计算出应纳税所得额后，分别由李某和其他合伙人按合伙协议约定的比例分配后，自然人合伙人李某按“经营所得”自行申报缴纳个人所得税。
《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（财税〔2000〕91号附件1）第四条规定，合伙企业每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照个人所得税法的“经营所得”应税项目，适用5％~35％的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。收入总额，指企业从事生产经营以及与生产经营有关的活动所取得的各项收入，包括商品（产品）销售收入、营运收入、劳务服务收入、工程价款收入、财产出租或转让收入、利息收入、其他业务收入和营业外收入。同时，《国家税务总局关于切实加强高收入者个人所得税征管的通知》（国税发〔2011〕50号）第二条第三项规定，对合伙企业从事股权（票）、期货、基金、债券、外汇、贵重金属、资源开采权及其他投资品交易取得的所得，应全部纳入生产经营所得，依法征收个人所得税。
值得注意的是，都是转让股权，但对于自然人股东直接投资和通过合伙企业持股平台进行投资，个人所得税的税目是不一样的，适用税率也有不同。准确税务处理的关键，在于厘清投资主体究竟是自然人个人，还是其投资的合伙企业。
从上述分析来看，合伙企业出售、转让股权所得，属于经营所得范围，应按照经营所得项目，计算缴纳自然人合伙人的个人所得税。
而对于自然人出售、转让股权，《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》（国家税务总局公告2014年第67号发布）有具体规定。《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》（国家税务总局公告2014年第67号发布）明确，股权，指自然人股东（以下称个人）投资于在中国境内成立的企业或组织（不包括个人独资企业和合伙企业）的股权或股份。个人转让股权，属于财产转让所得，应适用20％的比例税率。
（2）合伙企业生产经营所得和其他所得采取“先分后税”的原则。具体应纳税所得额的计算按照《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（财税〔2000〕91号）及《财政部 国家税务总局关于调整个体工商户个人独资企业和合伙企业个人所得税税前扣除标准有关问题的通知》（财税〔2008〕65号）的有关规定执行。
上述所称生产经营所得和其他所得，包括合伙企业分配给所有合伙人的所得和企业当年留存的所得（利润）。
值得注意的是，“先分后税”原则并不是我们望文生义想象的先分配后再纳税。合伙企业的纳税方式，先按个人所得税法相关规定计算得到生产经营所得，然后将此生产经营所得按照一定的比例分摊给各合伙人，注意，这里不是讲利润分配到各合伙人，而是将所得分配。如合伙人是自然人，分得的所得按照“经营所得”适用5％~35％的超额累进税率计算个人所得税；如合伙人是法人或其他组织，则按照适用税率计算企业所得税。在此强调一点，不论合伙企业是否分配，均要按照以上方式计算申报税金，根据《财政部 国家税务总局关于印发〈关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定〉的通知》（财税〔2000〕91号）第五条的规定，上述所称生产经营所得，包括企业分配给投资者个人的所得和企业当年留存的所得（利润）。这就意味着，分配的和留存的所得（利润）都属于前述生产经营所得，应按照相应规定计算税款。
（3）合伙企业的合伙人按照下列原则确定应纳税所得额：
①合伙企业的合伙人以合伙企业的生产经营所得和其他所得，按照合伙协议约定的分配比例确定应纳税所得额。
②合伙协议未约定或者约定不明确的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人协商决定的分配比例确定应纳税所得额。
③协商不成的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人实缴出资比例确定应纳税所得额。
④无法确定出资比例的，以全部生产经营所得和其他所得，按照合伙人数量平均计算每个合伙人的应纳税所得额。
合伙协议不得约定将全部利润分配给部分合伙人。
（4）合伙企业的合伙人是法人和其他组织的，合伙人在计算其缴纳企业所得税时，不得用合伙企业的亏损抵减其盈利。
[2008年12月23日《财政部 国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税〔2008〕159号）]
自然人合伙人需要预缴和汇缴个人所得税吗
根据《国家税务总局关于个人所得税自行纳税申报有关问题的公告》（国家税务总局公告2018年第62号）第二项有关规定，纳税人取得经营所得，按年计算个人所得税，分期预缴。
（1）自然人合伙人在月度或季度终了后15日内，向经营管理所在地主管税务机关办理预缴纳税申报，并报送《个人所得税经营所得纳税申报表（A表）》（见表1-1-1）。可以选择合伙人自行申报的方式，也可以选择由合伙企业代办申报的方式。
表1-1-1 个人所得税经营所得纳税申报表（A表）
（2）自然人合伙人在取得所得的次年3月31日前，向经营管理所在地主管税务机关办理汇算清缴，并报送《个人所得税经营所得纳税申报表（B表）》。可以选择合伙人自行申报的方式，也可以选择由合伙企业代办申报的方式。
（3）自然人合伙人取得两处及以上经营所得时，合伙人必须自行在次年3月31日前选择向其中一处经营管理所在地主管税务机关办理年度汇总申报，并报送《个人所得税经营所得纳税申报表（C表）》。
企业所得税纳税人分为居民企业和非居民企业。
居民企业是指依法在中国境内成立，或者依照外国（地区）法律成立但实际管理机构在中国境内的企业。
根据《企业所得税法实施条例》第四条的规定，实际管理机构是指对企业的生产经营、人员、账务、财产等实施实质性全面管理和控制的机构。
根据《企业所得税法实施条例》第三条的规定，居民企业应当就其来源于中国境内、境外的所得缴纳企业所得税。
详见本书第七篇第四章。
自2008年1月1日起，为规范执行企业所得税法关于居民企业的判定标准，加强企业所得税管理，现对境外注册的中资控股企业（以下称境外中资企业）依据实际管理机构判定为中国居民企业的有关企业所得税问题通知如下：
（1）境外中资企业是指由中国境内的企业或企业集团作为主要控股投资者，在境外依据外国（地区）法律注册成立的企业。
（2）境外中资企业同时符合以下条件的，根据《企业所得税法》第二条第二款和《企业所得税法实施条例》第四条的规定，应判定其为实际管理机构在中国境内的居民企业（以下称非境内注册居民企业），并实施相应的税收管理，就其来源于中国境内、境外的所得征收企业所得税。
①企业负责实施日常生产经营管理运作的高层管理人员及其高层管理部门履行职责的场所主要位于中国境内。
②企业的财务决策（如借款、放款、融资、财务风险管理等）和人事决策（如任命、解聘和薪酬等）由位于中国境内的机构或人员决定，或需要得到位于中国境内的机构或人员批准。
③企业的主要财产、会计账簿、公司印章、董事会和股东会议纪要档案等位于或存放于中国境内。
④企业1/2（含1/2）以上有投票权的董事或高层管理人员经常居住于中国境内。
根据《国家税务总局关于依据实际管理机构标准实施居民企业认定有关问题的公告》（国家税务总局公告2014年第9号）第一条的规定，自2013年1月1日起，符合上述规定的居民企业认定条件的境外中资企业，须向其中国境内主要投资者登记注册地主管税务机关提出居民企业认定申请，主管税务机关对其居民企业身份进行初步判定后，层报省级税务机关确认。经省级税务机关确认后抄送其境内其他投资地相关省级税务机关。
按《国家税务总局关于依据实际管理机构标准实施居民企业认定有关问题的公告》（国家税务总局公告2014年第9号）实施居民企业认定时，经省级税务机关确认后，30日内抄报国家税务总局，由国家税务总局网站统一对外公布。国家税务总局适时开展检查，对不符合条件的，责令其纠正。
境外注册中资控股企业自其被认定为居民企业的年度起，从中国境内其他居民企业取得以前年度（限于2008年1月1日以后）的股息、红利等权益性投资收益，应按照《企业所得税法》第二十六条及其实施条例第十七条、第八十三条的规定处理。
（3）对于实际管理机构的判断，应当遵循实质重于形式的原则。
（4）非境内注册居民企业从中国境内其他居民企业取得的股息、红利等权益性投资收益，按照《企业所得税法》第二十六条和《企业所得税法实施条例》第八十三条的规定，作为其免税收入。非境内注册居民企业的投资者从该居民企业分得的股息红利等权益性投资收益，根据《企业所得税法实施条例》第七条第（四）款的规定，属于来源于中国境内的所得，应当征收企业所得税；该权益性投资收益中符合《企业所得税法》第二十六条和《企业所得税法实施条例》第八十三条规定的部分，可作为收益人的免税收入。
（5）非境内注册居民企业在中国境内投资设立的企业，其外商投资企业的税收法律地位不变。
（6）境外中资企业被判定为非境内注册居民企业的，按照《企业所得税法》第四十五条以及受控外国企业管理的有关规定，不视为受控外国企业，但其所控制的其他受控外国企业仍应按照有关规定进行税务处理。
（7）境外中资企业或其中国主要投资者向税务机关提出居民企业申请时，应同时向税务机关提供如下资料：
①企业法律身份证明文件。
②企业集团组织结构说明及生产经营概况。
③企业最近一个年度的公证会计师审计报告。
④负责企业生产经营等事项的高层管理机构履行职责的场所的地址证明。
⑤企业董事及高层管理人员在中国境内居住记录。
⑥企业重大事项的董事会决议及会议记录。
⑦主管税务机关要求的其他资料。
（8）境外中资企业被认定为中国居民企业后成为双重居民身份的，按照中国与相关国家（或地区）签署的税收协定（或安排）的规定执行。
[2009年4月22日《国家税务总局关于境外注册中资控股企业依据实际管理机构标准认定为居民企业有关问题的通知》（国税发〔2009〕82号）]
[2017年12月29日《国家税务总局关于公布失效废止的税务部门规章和税收规范性文件目录的决定》（国家税务总局令第42号）]
为规范和加强对依据实际管理机构标准被认定为居民企业的境外注册中资控股企业的所得税管理，国家税务总局制定了《境外注册中资控股居民企业所得税管理办法（试行）》，现予以发布，自2011年9月1日起施行。
1）境外注册中资控股企业
境外注册中资控股企业（以下简称境外中资企业）是指由中国内地企业或者企业集团作为主要控股投资者，在中国内地以外国家或地区（含香港、澳门、台湾）注册成立的企业。
2）境外注册中资控股居民企业
境外注册中资控股居民企业（以下简称非境内注册居民企业）是指因实际管理机构在中国境内而被认定为中国居民企业的境外注册中资控股企业。
非境内注册居民企业应当按照《企业所得税法》及其实施条例和相关管理规定的要求，履行居民企业所得税纳税义务，并在向非居民企业支付《企业所得税法》第三条第三款规定的款项时，依法代扣代缴企业所得税。
本办法所称主管税务机关是指境外注册中资控股居民企业中国境内主要投资者登记注册地主管税务机关。
境外中资企业居民身份的认定，采用企业自行判定提请税务机关认定和税务机关调查发现予以认定两种形式。
1）企业自行判定提请税务机关认定
境外中资企业应当根据生产经营和管理的实际情况，自行判定实际管理机构是否设立在中国境内。如其判定符合《国家税务总局关于境外注册中资控股企业依据实际管理机构标准认定为居民企业有关问题的通知》（国税发〔2009〕82号）第二条规定的居民企业条件，应当向其主管税务机关书面提出居民身份认定申请，同时提供以下资料：
（1）企业法律身份证明文件。
（2）企业集团组织结构说明及生产经营概况。
（3）企业上一个纳税年度的公证会计师审计报告。
（4）负责企业生产经营等事项的高层管理机构履行职责场所的地址证明。
（5）企业上一年度及当年度董事及高层管理人员在中国境内居住的记录。
（6）企业上一年度及当年度重大事项的董事会决议及会议记录。
（7）主管税务机关要求提供的其他资料。
2）税务机关调查发现予以认定
主管税务机关发现境外中资企业符合《国家税务总局关于境外注册中资控股企业依据实际管理机构标准认定为居民企业有关问题的通知》（国税发〔2009〕82号）第二条规定但未申请成为中国居民企业的，可以对该境外中资企业的实际管理机构所在地情况进行调查，并要求境外中资企业提供本办法第七条规定的资料。调查过程中，主管税务机关有权要求该企业的境内投资者提供相关资料。
（1）主管税务机关依法对企业提供的相关资料进行审核，提出初步认定意见，将据以做出初步认定的相关事实（资料）、认定理由和结果层报税务总局确认。
（2）税务总局认定境外中资企业居民身份的，应当将相关认定结果同时书面告知境内投资者、境内被投资者的主管税务机关。
（3）非境内注册居民企业的主管税务机关收到税务总局关于境外中资企业居民身份的认定结果后，应当在10日内向该企业下达《境外注册中资控股企业居民身份认定书》，通知其从企业居民身份确认年度开始按照我国居民企业所得税管理规定及本办法规定办理有关税收事项。
非境内注册居民企业发生下列重大变化情形之一的，应当自变化之日起15日内报告主管税务机关，主管税务机关应当按照本办法规定层报税务总局确定是否取消其居民身份。
（1）企业实际管理机构所在地变更为中国境外的。
（2）中方控股投资者转让企业股权，导致中资控股地位发生变化的。
（1）税务总局认定终止非境内注册居民企业居民身份的，应当将相关认定结果同时书面告知境内投资者、境内被投资者的主管税务机关。企业应当自主管税务机关书面告知之日起停止履行中国居民企业的所得税纳税义务与扣缴义务，同时停止享受中国居民企业税收待遇。上述主管税务机关应当依法做好减免税款追缴等后续管理工作。
（2）非境内注册居民企业经税务总局确认终止居民身份的，应当自收到主管税务机关书面通知之日起15日内向主管税务机关申报办理注销税务登记。
（3）主管税务机关应当在非境内注册居民企业年度申报和汇算清缴结束后两个月内，判定其构成居民身份的条件是否发生实质性变化。对实际管理机构转移至境外或者企业中资控股地位发生变化的，主管税务机关应层报税务总局终止其居民身份。
（4）对于境外中资企业频繁转换企业身份，又无正当理由的，主管税务机关应层报国家税务总局核准后追回其已按居民企业享受的股息免税待遇。
非境内注册居民企业应当自收到居民身份认定书之日起30日内向主管税务机关提供以下资料申报办理税务登记，主管税务机关核发临时税务登记证及副本：
（1）居民身份认定书。
（2）境外注册登记证件。
（3）税务机关要求提供的其他资料。
发生本办法规定扣缴义务的非境内注册居民企业应当自扣缴义务发生之日起30日内，向主管税务机关申报办理扣缴税款登记。
（1）非境内注册居民企业应当按照中国有关法律、法规和国务院财政、税务主管部门的规定，编制财务、会计报表，并在领取税务登记证件之日起15日内将企业的财务、会计制度或者财务会计、处理办法及有关资料报送主管税务机关备案。
（2）非境内注册居民企业存放在中国境内的会计账簿和境内税务机关要求提供的报表等资料，应当使用中文。
（3）发生扣缴义务的非境内注册居民企业应当设立代扣代缴税款账簿和合同资料档案，准确记录扣缴企业所得税情况。
（4）非境内注册居民企业与境内单位或者个人发生交易的，应当按照发票管理办法规定使用发票，发票存根应当保存在中国境内，以备税务机关查验。
（1）非境内注册居民企业按照分季预缴、年度汇算清缴方法申报缴纳所得税。
（2）非境内注册居民企业发生终止生产经营或者居民身份变化情形的，应当自停止生产经营之日或者税务总局取消其居民企业之日起60日内，向其主管税务机关办理当期企业所得税汇算清缴。
非境内注册居民企业需要申报办理注销税务登记的，应在注销税务登记前，就其清算所得向主管税务机关申报缴纳企业所得税。
非境内注册居民企业应当以人民币计算缴纳企业所得税；所得以人民币以外的货币计算的，应当按照《企业所得税法》及其实施条例有关规定折合成人民币计算并缴纳企业所得税。
对非境内注册居民企业未依法履行居民企业所得税纳税义务的，主管税务机关应依据《税收征收管理法》及其实施细则的有关规定追缴税款、加收滞纳金，并处罚款。
主管税务机关应按季度核查非境内注册居民企业向非居民企业支付股息、利息、租金、特许权使用费、转让财产收入及其他收入依法扣缴企业所得税的情况，发现该企业未依法履行相关扣缴义务的，应按照《税收征收管理法》及其实施细则和《企业所得税法》及其实施条例等有关规定对其进行处罚，并向非居民企业追缴税款。
（1）非境内注册居民企业取得来源于中国境内的股息、红利等权益性投资收益和利息、租金、特许权使用费所得、转让财产所得以及其他所得，应当向相关支付方出具本企业的《境外注册中资控股企业居民身份认定书》复印件。
相关支付方凭上述复印件不予履行该所得的税款扣缴义务，并在对外支付上述外汇资金时凭该复印件向主管税务机关申请开具相关税务证明。其中涉及个人所得税、增值税等其他税种纳税事项的，仍按对外支付税务证明开具的有关规定办理。
（2）非居民企业转让非境内注册居民企业股权所得，属于来源于中国境内所得，被转让的非境内注册居民企业应当自股权转让协议签订之日起30日内，向其主管税务机关报告并提供股权转让合同及相关资料。
（3）非境内注册居民企业应当按照《企业所得税法》及其实施条例以及《特别纳税调整实施办法（试行）》（国税发〔2009〕2号印发）的相关规定，履行关联申报及同期资料准备等义务。
（4）境外税务当局拒绝给予非境内注册居民企业税收协定待遇，或者将其认定为所在国家（地区）税收居民的，该企业可按有关规定书面申请启动税务相互协商程序。
主管税务机关受理企业提请协商的申请后，应当及时将申请及有关资料层报税务总局，由税务总局与有关国家（地区）税务当局进行协商。
（1）主管税务机关应当做好非境内注册居民企业所得税管理情况汇总统计工作，于每年8月15日前向税务总局层报《境外注册中资控股居民企业所得税管理情况汇总表》。税务总局不定期对各地相关管理工作进行检查，并将检查情况通报各地。
（2）《境外注册中资控股居民企业所得税管理办法（试行）》由税务总局负责解释。各省、自治区、直辖市和计划单列市税务局可根据本办法制定具体操作规程。
（3）《境外注册中资控股居民企业所得税管理办法（试行）》自2011年9月1日起施行。此前根据《国家税务总局关于境外注册中资控股企业依据实际管理机构标准认定为居民企业有关问题的通知》（国税发〔2009〕82号）规定已经被认定为非境内注册居民企业的，适用《境外注册中资控股居民企业所得税管理办法（试行）》相关规定处理。
[2011年7月27日《境外注册中资控股居民企业所得税管理办法（试行）》（国家税务总局公告2011年第45号印发）]
[2015年4月17日《国家税务总局关于修改〈非居民企业所得税核定征收管理办法〉等文件的公告》（国家税务总局公告2015年第22号）]
[2016年6月28日《国家税务总局关于开具〈中国税收居民身份证明〉有关事项的公告》（国家税务总局公告2016年第40号）]