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周恩来远道赴日，是为了学习新知，寻求真理的。作为一名贫穷的留学生，周恩来到达东京后，在两件事上一点不能松懈。一是学习日文。他以前一直学习的是英文，日文毫无基础。但日文如不学好，便难以学习其他知识。二是考上可以享受官费待遇的学校，因为他掏不起学费。
1917年10月间，他进入位于神田区仲猿乐街7号的东亚高等预备学校学习，主要是学习日文和补习投考大学的各门功课。这所学校有三四百名中国留学生。
为了投考成功，周恩来做过认真的努力。他不但在东亚高考预备学校学习，也去京都大学和早稻田大学旁听。
但是，准备归准备，事实上，他在很长一段时间内无法专心读书。东京高等师范的入学考试时间是1918年3月4日至6日。这年1月上旬，他收到堂兄关于三叔去世的消息，心里很悲痛。念及自己来日本求学不易，以及考试日期越来越近，他为功课的事着急起来，并在日记中表示：“我现在唯有将家里这样的事情天天放在心上，时时刻刻去用功。今年果真要考上官费，那时候心就安多了，一步一步的向上走，或者也有个报恩的日子。”
此刻的周恩来除家事和经济困难的烦恼外，兴趣更多地转向了时事和社会。他自问：“无处不可以求学问，又何必终日守着课本儿叫做求学呢？我自从来日本之后，觉得事事都可以用求学的眼光看。日本人的一举一动，一切的行事，我们留学的人都应该注意。我每天看报的时刻总要用一点多钟。虽说是光阴可贵，然而他们的国情，总是应该知道的。”
当时的功课很紧，他仍坚持到当地的中国青年会去看报，与房东聊天，借以了解日本社会。
1918年2月11日，是中国农历戊午年的春节（初一）。那天天空布满乌云，天气比较寒冷。周恩来立下新年计划，决心在新的一年里做到：第一，想，要想比现在还新的思想；第二，做，要做现在最新的事情；第三，学，要学离现在最近的学问。原则是：思想要自由，做事要实在，学问要真切。
计划中说要想最新的思想，要做最新的事情，要求最近的学问，他都真的做到了。这便是阅读《新青年》，参与政治活动，以及了解、学习马克思主义。
《新青年》是五四时期中国最有影响的杂志，由中国共产党的创始人之一、北京大学教授陈独秀于1915 年9月创办。以这份杂志的创办为标志，在中国逐渐兴起一场以民主与科学为旗帜，向封建传统的思想、道德和文化公开宣战的新文化运动。当时的知识分子或多或少，或早或晚，差不多都受过这份杂志的影响。比如毛泽东，《新青年》创刊后，他就成了热心的读者。他承认：当时，在这份杂志中，“我特别爱好胡适、陈独秀的文章。他们……一时成了我的模范。”不但如此，他还在1917年4月出版的《新青年》第3卷第2号上，以“二十八画生”的笔名发表了长篇论文《体育之研究》。
周恩来初次接触《新青年》杂志的时间也比较早，在1915 年它创刊不久就阅读过。1917年7月1日，周恩来自南开学校毕业前夕，陈独秀还给南开学校应届毕业生作过题为《近代西洋教育》的演讲。周恩来得以在咫尺之间目睹了这位《新青年》主编的仪容风采。但在留日以前，他一直没有认真仔细地阅读过这份饮誉遐迩的杂志，偶尔从书铺里买来看看，也不过是过眼烟云，随看随忘。在赴日途中，他细读了朋友送的《新青年》第3卷第4号，觉得不错。到日本后，便到严修之子严智开那里借阅了《新青年》第3卷的前3号，觉得很受启发，消除了从前的许多谬见。
1918年年初制订新年计划后，周恩来想起了那套不错的《新青年》杂志。2月15日，他早晨起来所做的第一件事，就是把重又借来的《新青年》第3卷（当时最新的一卷）全卷拿来阅读，晚上回来又接着读，对其中有关排孔、独身、文学革命等主张极为赞成。他越读越亢奋，仿佛正在接近真理之光。他在日记中欣喜地写道：“总起来说，从前所想的，所行的，所学者全都是没有用的。从今后要按2月11日所定的三个主义去实行。决不固持旧有的与新的抗，也不可惜旧有的去恋念他。我愿意自今以后，为我的‘思想’、‘学问’、‘事业’去开一个新纪元才好呢！”
周恩来将2月15 日开始的思想变化说成是“忽然的醒悟”。他陶醉在这种“醒悟”之中，在2月17日的日记中又写道：“我自前天忽然的醒悟，将从前一切事体都看成了不足重的事，不足取的事，心里头非常的快活。……我这时候的喜欢好像比平常人信宗教还高兴十倍。宗教家常说人要信宗教就是‘更生’，‘重生’。我觉得我这回大领悟将从前的全弃去了，另辟‘新思想’，求‘新学问’，做‘新事情’，实在是同‘更生’、‘重生’一样子了。”
这是周恩来留学日本期间思想情绪变化的一个分界线。这之前，他一度消极、苦闷、彷徨，过多地沉溺在个人的悲哀之中，甚至想到过摆脱红尘。这之后，他的精神状态为之一新，眼光变得开阔了，天空变得明朗了，新的思想、观念，带给他无限的活力。
也可以说，这是他的思想在经历着海啸山崩般的剧变、震荡。在此之前的一段时间，国家大事，人民的疾苦，政治的腐败，世道的黑暗，常常侵扰他的心头，挥之不去，但他主要还是在接受新的学理，对如何树立新的思想，改造旧中国这个极不公道、极不人道的社会，他想得不多，对新的事物不很敏锐，连《新青年》杂志也没太注意。在此之后呢，他开始确信，世界是不断进化前进的，自己的思想、学问、事业要弃旧求新，“顺着进化的轨道，自然的妙理去向前走”。
也是从制订新年计划之后，周恩来开始摆脱温文尔雅的书生形象，从事一些政治活动。
他以前认为，中国太弱了，“军国”这种主张也许可以救中国。1918年3月，他在留日南开同学会上发表《吾人日后求学的方针》的演讲，说自己通过对日本这个军国主义国家的实地观察，认识到自己以前的想法是完全错误的。他指出：“军国主义必然是扩张主义，一定要被推翻的”，大家“应该随着世界进化的轨道去做那种最近于大同理想的事情”。
从4月上旬起，国内陆续传来消息：北洋政府与日本政府相勾结，准备签订《中日共同防敌军事协定》，共同出兵西伯利亚，镇压俄国革命。周恩来和广大留日中国学生一样，强烈反对北洋政府的这种做法。5 月2日，著名报人彭翼仲写下绝命诗：“霹雳一声中日约，亡奴何必更贪生？”然后从轮船上投海而死。周恩来 5 月10日听到这个消息，受到很大的刺激，随即将这两句诗录入日记之中，自警自励。他 5 月间的日记，记的差不多全是这场留日学生爱国运动的情况。
两个月后，周恩来就要参加东京第一高等学校的入学考试，但是，他已无法安下心来静守书斋。他全心身地投入到了这场爱国运动之中，参加各种集会，散发传单，发表演说。
5 月19日，周恩来参加了留日学生中的政治性爱国团体——新中学会。该会的宗旨是：联络感情，砥砺品行，阐明学术，运用科学方法“刷新”中国。所谓“刷新”中国，就是改造中国的意思。
如何改造中国？周恩来这时主张要勇于学习西方，科学救国。他在入会演说中说：“大家要有哲学的思想，科学的能力，积极从事救国运动。从心中存有这个新字，中国才有希望。”
新中学会很注重会员的集体生活。学会租了一处房子，题为新中寄庐，会员无特殊原因，一律要住到该处。宿舍内烧饭、清洁、看门等日常工作，由大家轮流去做。会员现款一律交公存储，按需支用。经济较宽裕的会员，还要缴付互助济金，帮助有困难的会员的学膳各费。每星期日上午举行会员座谈会，讨论时事及个人学习心得。周恩来参与了该会的各项活动。
和阅读《新青年》的情况差不多，周恩来接触马克思主义也有一个由不在意到在意，由一般涉猎到兴趣猛增的过程。
俄国十月革命爆发于1917年11月7日，这是周恩来到日本后不久的事。十月革命的消息，日本的报纸做了不少报道。周恩来那时常去中国青年会看报，知道一些，但只是当作一般的时事新闻泛泛而过。
1918年4月23日晚上，他到东京堂去买书，无意中翻到一本名叫《露西亚研究》的刊物，上面有一篇论述俄国各党派情况的文章，其中谈到列宁、过激派、资产阶级制度将被打破、俄国是社会主义的试验场等。他当晚在日记本上记下了此文的梗概，但只当作是一般的思潮而已。
当时中国国内许多知识分子是从日本的出版物中了解马克思主义的。这些出版物有很多早在本世纪初即已出版，在日本的一些书店有售。周恩来当时并未留意。
1918年夏，日本因米价猛涨而引发了骚动，史称米骚动。9月中旬，军队开枪打死了十三名参加暴动的矿工。这使周恩来十分震惊。长期以来，他把日本看作是中国学习的榜样，而日本竟存在着如此严重的社会问题！他开始寻求新的救国之道。
这件事以后，周恩来开始关心起有关马克思主义的书籍来。他英文好，日文也能阅读又身在日本，这使他在接受马克思主义方面十分便捷。
他日夜阅读马克思主义的书籍，世界观慢慢起了变化。他在10月20日的日记中快慰地写道：“二十年华识真理，于今虽晚尚非迟。”
从9月起到离开日本前，周恩来对马克思、恩格斯本人的著作读得不多，主要读的是日本早期马克思主义理论家所写的宣传、介绍马克思主义的书籍。如幸德秋水的《社会主义神髓》（1903年出版）、片山潜的《我的社会主义》（1903年出版），河上肇的《贫乏物语》（1916年9月11日至11月26日在《大阪朝日新闻》上连载），另外还有约翰·里德写的反映俄国十月革命的著作《震动环球的十日》等。1919年1月，河上肇个人办的杂志《社会问题研究》（月刊）创刊。刊物用很大版面刊登他撰写的关于马克思主义经济学和辩证唯物主义哲学方面的文章，其中特别引人注目的是连载《马克思主义的理论体系》一文。周恩来成为这份杂志的忠实读者。
通过艰难的探索，周恩来终于找到了马克思主义，感到无比的欣喜。1919年4月他四游京都胜景，诗兴勃发，表达了这种欣喜之情。在《雨中岚山》一诗中，他写道：
潇潇雨，雾蒙浓；
一线阳光穿云出，愈见姣妍。
人间的万象真理，愈求愈模糊；
——模糊中偶然见着一点光明，
真愈觉姣妍。
这首诗浓缩了他留日期间寻求真理的思想历程。