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《涪州石鱼题名记》最早的版本为光绪乙未年（光绪二十一年，1895）清风室校刊本。
清风室为钱保塘书斋名，故清风室本实为钱氏自校自刻本。后来上海书店于20世纪90年代编辑出版《丛书集成续编》时，将此书与《涪州石鱼文字所见录》一并收入，合刊印行。
另外，台湾图书馆藏有此书钞本，封面题《涪州石鱼题刻》，正文末另附“龙脊石题刻”内容，亦录有光绪四年钱保塘跋。首题民国十一年（1922）斅宧钞本，收藏印记有朱文长方印“国立中央图书馆收藏”，白文方印“华阳王氏怀六堂所藏经籍金石书画印”、朱文方印“王秉恩”，朱文方印“息存”，白文方印“文焘长年”、朱文长方印“椿荫宦钞本”。斅宧，清末川籍金石学家王文焘的字，其又字寿鲁，四川华阳人，编有《椿荫丛录》，著有《春秋左氏古经》等书，钱保塘在川时期，与之多有往来。而从钤印情况看，此书亦曾经川籍藏书家王秉恩之手，后入民国时期台湾图书馆，并最终迁台保存。钞本行款为10行，行20字，单栏，版心白口，上方记“斅宦所钞之”五字。框高16.2厘米，宽13.5厘米，正楷书就，装帧颇为典雅。此钞本今已由台湾新文丰出版公司影印出版，收入《石刻史料新编》第三辑。
对于钱保塘生平及编写涪州白鹤梁题刻经过和缘由，上节所述甚详，故此不做赘述。下面仅就《涪州石鱼题名记》一书体例及收录题刻情况略作说明，并对二书整体情况略作比较。
《涪州石鱼题名记》不分卷，首页下方题“海宁钱保塘编”，共录入题刻一百段。每段题刻前则依次注明字数、书风等情况。题刻后附按语释读题刻内容，并对题刻中所存人名、地名、官职沿革等进行考释。题刻整体以时代排序，但由于部分题刻时代难以断定，故也并非严遵此例。所录题刻亦依《涪州石鱼文字所见录》之原则，明及之后不做收录。汉文题刻在前，唯一的蒙古文题刻则置于全书最末端。可以说在以上各方面，《涪州石鱼题名记》与之前的《涪州石鱼文字所见录》大体相同。
二书互异之处则在于《涪州石鱼题名记》序中言“光绪四年正月十一日海宁钱保塘序”，后不见有跋语。《涪州石鱼文字所见录》或因前接《涪州石鱼题名记》，故无序，但有缪荃孙题跋，跋中有“光绪三年六月”“江阴缪荃孙跋”等语。
需要注意的是，《涪州石鱼题名记》前附有详细目录并标注石刻年代，而《涪州石鱼文字所见录》不列目录，且石刻年代亦不标明。另外《涪州石鱼文字所见录》于每条石刻下注明拓本尺寸，《涪州石鱼题名记》则略而不书。《涪州石鱼文字所见录》保留了石刻的版式，《涪州石鱼题名记》则不循此例。
至于其他一些方面二者也略有差异。如《朱昂题诗记》，《涪州石鱼文字所见录》记为：“拓本高四尺，宽五尺六寸。记八行，行十字。正书，径三寸。诗凡四行，行十二字，字径三寸五分。衔名一行。”《涪州石鱼题名记》则为“正书，径三寸。凡八行，行十字。衔名一行。诗字径三寸五分，凡四行，行十二字”。又如《刘忠顺等倡和诗》，《涪州石鱼文字所见录》记为：“拓本高四尺六寸，宽八尺二寸。凡十九行，行十八字。正书，径二寸余。”《涪州石鱼题名记》则为“恭士燮正书，径二寸余。十九行，行十八字”。由此可见，《涪州石鱼文字所见录》更多地保留了题刻的原始信息，拓本尺寸实际上就是石刻的尺寸，这就为研究者提供了石刻本身的原始数据。《涪州石鱼题名记》无拓本尺寸，对小注的体例进行了调整，使之简明有序。同时，《涪州石鱼题名记》还对石刻内容作了进一步的考证，对原来缺失的部分进行了补充。如《谢□□题记》
，《涪州石鱼文字所见录》记为“遂请通刺□□□”，《涪州石鱼题名记》记为“遂请通刺史□□”。又如《刘忠顺等倡和诗》，《涪州石鱼文字所见录》记为“圣宋□□元年五月十二日”，“五”为“正”之讹，《涪州石鱼题名记》更正为“圣宋□□元年正月十二日”。
另外，二书条目也有不同。
《涪州石鱼题名记》共收录题刻题记等一百段，而《涪州石鱼文字所见录》则仅有九十六段。缺《卢棠等题名》《张彦中等题名》《何震午等题名》《邢纯等题名》四段。又如《涪州石鱼题名记》中所录《贾涣等题名》在《涪州石鱼文字所见录》一书中录为《贾复等题名》，录文内容则大体相同。
总之，《涪州石鱼文字所见录》与《涪州石鱼题名记》二书均以录文为主。题刻内容虽多只涉及镌刻时间及人物，但亦有部分条目为文学作品，如《朱昂题诗记》：“欲识丰年兆，扬鬐势渐浮。只因同在藻，无复畏吞钩。去水非居辙，为祥胜跃舟。须知明圣代，涵泳杳难俦。”《刘忠顺等倡和诗》：“七十二鳞波底镌，一衔蓂草一衔莲。出来非其贪芳饵，奏去因同报稔年。方客远书徒自得，牧人嘉梦合相先。前知上瑞宜频见，帝念民饥刺史贤。”《王蕃题诗》：“冬旱江成渚，维鱼记石稜。滋濡春遂足，狼戾岁将□。”《何宪、盛辛倡和诗并序》：“何年天匠巧磨□，巨尾横梁了莫穷。不是江鱼时隐见，要知田稼岁凶丰。四灵效瑞非臣力，一水安行属帝功。职课农桑表勤惰，信传三十六鳞中。……巨浸浮空无路通，双鳞纪瑞杳难穷。昔人刊石留山□，今日呈祥表岁丰。众喜有年歌□□，独惭无补助□□。□知显晦将千载，往哲标名岁大中。”《赵汝廪观石鱼诗》：“预喜金穰验石鳞。□能免俗且怡神。晓行鲸背占前梦，瑞纪龟陵知几春。拂石已无题字处，观鱼皆是愿丰人。片云不为催诗黑，欲雨知予志在民。”《刘叔子题诗记》：“啣尾洋洋石上镌，或依于藻或依莲。梦占周室中兴日，刻自唐人多历年。隐见有时非强致，丰凶当岁必开先。太平谁谓真无象，罩罩还歌乐与贤。”《太守杨公留题》：“邀客西津上，观鱼出水初。长江多巨石，此地近仙居。所记皆名笔，为祥旧奏书。丰年知有验，遗秉利将舒。戏草春波静，双鳞乐意徐。不才叨郡寄，燕喜愧萧踈。”其中很多未载于作者文集，借石得传，二书收录后方传于世。
此外，二书所辑录的题刻内容，如《吴缜题记》“江水至此鱼下五尺”，《庞恭孙等题名》“大宋大观元年正月壬辰，水去鱼下七尺”，《贾思诚题记》“石鱼出水面数尺”，《李景孠等题名》“鱼在水尚一尺”，《杨谔等题名》“石鱼出水四尺”，《杜与可等题记》“戊辰春，五马以双鱼出水”，等等，
对民国及中华人民共和国成立初期学者调查题刻情况、研究长江水文史提供了极其重要的参考。