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自然拼读教学方法可以分为两大类，合成法（systematic）与分析法（analytic）。
合成法也称为系统合成法或系统法，是自然拼读教学法中应用最为广泛的一种。该方法首先教学生字母及其所对应的发音，然后逐步教学生将这些发音组合在一起拼读出单词的完整发音。合成法教学过程包含以下三项：
例如，在对“she”“he”“we”进行发音教学时，教学生理解这三个单词的字母“e”都对应了音素/i/，因此这三个单词的词尾发音是相同的。在学生掌握单音节单词中相同字母和语音的对应关系后，教师继续教学生不同字母和语音之间的对应。例如，单词“me”和“pony”的词尾字母“e”和“y”并不相同，但都对应了音素/i/，因此这两个单词的词尾发音相同。
合成法引导学生识别单词中所学过的字母或字母组合，回想其相应的发音，并将字母组合的发音组合在一起，形成整个单词的发音。例如，在教完字母“b”“u”“s”的对应发音/b/、/ʌ/、/s/后，便可以鼓励学生将三个字母发音组合起来，形成单词“bus”的发音。
首先教会学生听辨单词的音素，然后让学生回忆相对应的字母，接着，把词素写在一起，拼写出书面的单词。例如，让学生先掌握音素/f/、/ɪ/、/ʃ/的发音，然后让学生回忆它们对应的字母和字母组合“f”“i”和“sh”，最后将其连在一起拼写出单词“fish”。
系统合成法已在多个英语国家被接受和推广。2011年3月，英国教育部发布了题为《教学的重要性》
的白皮书，在“课程评估与资格”部分明确指出“要确保每所学校的系统合成自然拼读教学都能得到支持，因为这是阅读的最佳教学方法”。2014年，美国加利福尼亚州教育部发布官方文件
指出学生需具备的基本技能：“儿童在一年级中期能学会如何解码并有规律地拼写单音节单词，这是至关重要的”以及“儿童需要具有语音意识（尤其是切分和组合音素的能力）”。需要注意的是，切分和组合音素的能力是合成法的核心内容。2018年，澳大利亚维多利亚州政府发布了针对自然拼读的官方教学工具包，包含合成法自然拼读教学的指导内容。
分析法是一种通过教学生从一组包含相同音素的单词中识别共有音素的方式来学习单词读音的自然拼读教学方法，这种方法可以在教学生发音的同时帮助其学习拼写。例如，老师会指引学生讨论以下单词的相似之处：“pat”“park”“push”和“pen”，引导学生得出它们都有/p/这个音素的结论。当学生得知“pig”的头音与“pen”和“pat”的头音相同，他们便会得出结论，“pig”一词的首字母应该也是“p”。分析法有时也被称为隐式自然拼读法，因为它暗含了对声音和字母联系的理解，而不是对拼写直接讲授。
分析法还包含类比法，即通过让学生分析单词中的韵脚（由单词尾的元音和该元音后的辅音组成，如在单词“cat”“rat”“mat”中，韵脚是“at”）来类比并记住同韵脚单词的发音。类比法通常需要学生记住大量的韵脚组合，并类推包含该韵脚的单词，对学生本身英语水平的要求较高，因此更适用于以英语为母语国家的学生。
系统法是一种按一定教学计划明确讲授44个音素的发音与字母的对应关系，让孩子通过将字母组合起来的发音来合成单词，最终进行全词拼读的教学方法。例如，孩子学会“b”发/b/，“a”发/æ/，“t”发/t/后，就可以拼读“bat”为/bæt/。分析法侧重于组合较大的语音单元（例如“ab”“ack”“ad”“ag”“am”“an”“ap”“at”等）以及利用已知单词作类比来总结出单词发音（例如通过已学过的单词“big”和“rat”来学习“bat”：“bat”开头的发音像“big”中的/b/，尾音的发音像“rat”中的/at/）。
目前，教育界普遍认为系统法的教学成果优于分析法。有学者考察了38个现有的针对基础教育自然拼读教学的实验研究，结果发现接受系统合成法自然拼读教学的儿童在阅读测试中的表现更好。美国国家阅读研究小组2000年发布的报告不仅明确肯定了自然拼读教学的重要作用，而且深入探究了哪种自然拼读教学方法效果更佳。这个由“阅读方面首席专家”领衔的团队的研究结论是“系统的自然拼读对幼儿园至六年级学生及有拼读障碍的孩子的阅读能力都有显著的促进作用”。
值得注意的是，分析法也有其优势所在。学者强调，分析法更适合儿童的实际阅读过程。同时，分析法不会因为添加多余的元音而让儿童感到困惑（在系统法中，大部分辅音都需要添加元音才能发出，比如给/b/和/t/添加元音“u”）。
但对年龄较小的儿童（6岁左右）来说，分析法较为复杂抽象和难以理解。对于二语国家儿童来说，在英语学习早期就积累、掌握大量单词并根据单词音韵进行类比也较难实现。因此建议教育工作者从系统法入手，在孩子有一定的积累之后，再加入分析法，让孩子分析不同单词发音和形态的异同。本书后续章节在介绍自然拼读教学内容及顺序时也将使用系统法。