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1655年，法国数学家布莱斯·帕斯卡发明了合成自然拼读，这是一种与阅读教学相关的方法。在这种方法中，先单独发出与特定字素（字母）相对应的音素（音），然后将音素混合（合成）在一起。例如，当采用合成自然拼读教儿童一个单音节单词“cat”的发音时，需要先将其拆成三个字母，每个字母依次代表一个音素，然后把这些音素混合在一起，形成这个单词。
1844年，被誉为“美国公立学校之父”的教育家霍勒斯·曼主张用全语言法进行阅读教学。到了20世纪80年代，全语言法的使用范围比自然拼读法的更为广泛。以文本为基础、强调意义教学，全语言法试图通过阅读理解、以学习者为基础的语言教育、写作过程、学生合作作业来教儿童阅读。但在全语言教学法推行约10年后，研究发现该教学法无法达到预期的教学成果。1992年的全国性测试结果显示，在全语言教学法下，40%的孩子阅读能力未能达到阅读能力测试的基本标准，且推行全语言教学最为积极的加利福尼亚州全体学生考试平均成绩在各州排倒数第一。
从1893年开始，约瑟夫·赖斯对全美公立学校进行了为期3年的调查。其对33000多名儿童进行的拼写测试结果显示，在阅读方面，自然拼读比全语言法的效果更好；采用自然拼读进行教学时学生的拼写效果也最好。在20世纪的前30年，全美多地推行系统的自然拼读与全语言法相结合的教学法，显著提高了全美范围内学生的阅读和拼写能力。
1967年，哈佛大学教育学院的心理学家珍妮·夏尔用3年时间对阅读教学方法进行了评估。通过对55年间学术文献的考察、参与式课堂观察以及对教师和教科书出版商的访谈，查尔认为自然拼读是一种更有效的教学方法。1997年，美国国会成立的国家阅读委员会研究得出结论：系统化的自然拼读教学比没有或较少使用自然拼读法教学更有效。2001年美国国会倡议将为含有明确和系统自然拼读教学的阅读方案提供联邦资金。
由此，自然拼读法再次成为早期阅读教学法的主流，曾一度支持全语言教学法的国际阅读协会（IRA）也声明“自然拼读教学法是早期阅读教学非常重要的组成部分”，其他仍然坚持全语言教学理念的教师及学者也肯定了自然拼读对于儿童早期阅读的重要意义。至此，自然拼读的积极意义得到了广泛肯定，自然拼读也开始为更多的学者、教师、家长和学生所知晓，在英国和美国等国家得到广泛应用。