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李傕、郭汜打败西凉军不久，青州又发生了叛乱，黄巾军余党聚众十几万，攻城略地，声势浩大。李傕等人与文武百官商议平叛，太仆朱儁说道：“平定青州，非曹操不可。”当时，曹操担任东郡太守，李傕便命曹操前往青州镇压黄巾军。曹操奉命出兵，很快扫平了叛乱，收降黄巾军降兵三十万，势力大增，被加封为镇东将军。
曹操在兖州招贤纳士，海内名士慕名来投。当时，投奔曹操的文武幕僚有荀彧（yù）
、荀攸（yōu）、典韦、于禁等人，荀彧又举荐了程昱
，程昱举荐了郭嘉，郭嘉举荐了刘晔，刘晔举荐了满宠和吕虔，吕虔举荐了毛玠（jiè）。有了这些得力幕僚的辅佐，曹操的实力更加雄厚了。
曹操写信给避难琅琊的父亲曹嵩，请父亲带家人来兖州居住。路过徐州时，陶谦以礼相待，又令部将张闿（kǎi）率兵护送。不料张闿见财起意，杀了曹嵩一家老小，夺取财物逃走了。曹操闻讯，迁怒于陶谦，便起兵杀奔徐州而来，要为父亲报仇。曹操传令，只要抓获徐州的百姓，不分男女老幼，统统杀死。陶谦得知曹操滥杀百姓的消息，痛哭不止，召集幕僚商议，谋士糜（mí）竺提议向临近的北海和青州求救。
北海太守孔融是孔子第二十世孙，担任北海太守六年，深得民心。糜竺来到北海请孔融出兵解救徐州。正在此时，忽然得到情报，黄巾军余党进犯北海。孔融出战，被黄巾军打败。孔融无奈，只得派猛将太史慈去平原县请刘备前来相助。刘备带关羽、张飞随太史慈前来解救，与城内的孔融里应外合，打退了黄巾军。刘备进入北海城，得知曹操攻打徐州的事情，答应孔融一同出兵救援徐州。
刘备从公孙瓒那里借来赵云和两千军马，来到徐州城下与孔融相会。刘备令关羽、赵云协助孔融，自己率张飞杀出重围，进入徐州城面见陶谦。刘备说道：“我先写封信给曹操，劝他退兵。如果他不退兵，我们就跟他决战。”曹操接到刘备的来信，与郭嘉等人商议，忽然探马回报说，吕布打败兖州守军，占领了濮（pú）阳。
当初，李傕、郭汜杀进长安，吕布兵败，前去投奔袁术，结果吃了闭门羹，便转而投靠了袁绍，之后又先后投靠张杨、张邈（miǎo）。后来，陈宫也投靠了张邈，并劝张邈派吕布乘虚袭取曹操的老巢兖州，吕布因此才进犯兖州。曹仁、荀彧等人抵挡不住吕布的攻势，向曹操告急。曹操担心兖州失守，便送刘备一个顺水人情，从徐州退兵了。
吕布得知曹操回救兖州的消息，留部将薛兰守卫兖州，自己守卫濮阳，互相照应。曹操派曹仁率兵围困兖州，亲自领军到濮阳与吕布交战。两军对阵，吕布一马当先，率兵掩杀，曹军大败，退后三四十里。当天夜里，曹操袭击吕布的西寨，先胜后败，被吕布团团包围，幸亏典韦拼死护卫，才得以脱险。
陈宫给吕布献计，派濮阳城内的地主田氏向曹操诈降，诱骗曹操入城，然后围剿曹军。吕布依计而行。为防意外，曹操在城外埋伏下两路兵马，自己亲率大军入城。曹操到濮阳城下，望见西门大开，便率先入城，发现城内空无一人，才知道中计，正要下令退兵，吕布部将张辽、臧（zāng）霸、高顺等人率兵杀出，曹军大败。曹操想从南门逃走，被吕布军截住去路，只好转向北门。吕布追上曹操，因之前从未见过曹操，竟没有认出眼前之人就是曹操。吕布用画戟拍打着曹操的头盔，问道：“曹操在哪？”曹操回答道：“前面骑黄马的就是曹操。”吕布听了，拍马往前赶去。曹操赶紧向东门奔去，又遇到典韦，在典韦的保护下，才逃出城。
曹操逃回营寨后，令人放出消息，说自己伤重而亡。吕布得知曹操已死，率兵袭击曹营，结果中了埋伏，大败而回。这一年，蝗灾肆虐，粮食减产。曹操和吕布两军都缺少军粮，便各自退兵，暂时停止了战争。
曹操从徐州退兵以后，陶谦对刘备感激不尽，再加上对刘备一见如故，便拿出刺史印绶，要将徐州刺史之位让给刘备。但不论陶谦怎样劝说，刘备始终不肯接受。陶谦无奈，只好请刘备驻扎在小沛
，协助他镇守徐州。
陶谦当时已经六十三岁了，又体弱多病，眼见自己很快就要死了，便再次请来刘备，请他接任徐州刺史，刘备仍然不肯答应。陶谦说不出话来，用手指着心口，气绝身亡。刘备无奈，只好接任徐州刺史。
曹操得知刘备接任徐州刺史的消息，勃然大怒，说道：“杀父之仇还没有报，刘备小儿就捡了便宜！我要先杀刘备，再挖陶谦的坟！”说罢便要出兵攻打徐州。荀彧劝道：“如果吕布再来袭击兖州，主公就危险了！不如出兵攻打汝南、颍川，夺取黄巾军余党的粮草。”曹操接受了荀彧的建议，亲自率兵攻打汝南、颍川，大获全胜，还收降了虎将许褚（zhǔ）。
曹操听说镇守兖州的薛兰、李封纵容军士四处抢掠百姓，城中兵力空虚，认为有机可乘，便出兵袭击兖州。薛兰、李封大败，被许褚杀死。兖州重新回到了曹操手中。之后，曹操率得胜之兵围攻濮阳。曹操与吕布的战火复燃了。
吕布见曹操率兵攻来，便要亲自出城迎战。陈宫劝吕布召集部将共同出战，吕布不听，说道：“谁敢与我为敌！”便出城挑战，结果战败。吕布想退回濮阳城，不料田氏这次真的投降曹操了，命人紧闭城门，不放吕布进城。吕布无奈，只好逃到定陶。陈宫得知田氏叛变，赶紧打开东门，带着吕布的家人也逃到定陶。
曹操占领濮阳之后，乘胜追击，率兵进逼定陶。当时，定陶城中只有吕布、陈宫和张邈兄弟，张辽、高顺、臧霸等人在城外运粮。吕布见曹营附近有片林子，便用火攻袭击曹军，不料反而中了曹操的埋伏，遭遇惨败。
陈宫得知吕布战败，只好放弃定陶，带着吕布的家人出城与吕布会合。吕布没有了容身之地，只好派人打听袁绍的动向，打算再次投奔袁绍。得知袁绍派大将颜良前来援助曹操，便放弃投靠袁绍的想法，去徐州投奔刘备。刘备安排吕布驻在小沛。
太尉杨彪、大司农
朱儁得到曹操打败吕布的消息，暗中与皇帝商议，召曹操进京诛杀李傕、郭汜等人。皇帝与杨彪等人商议决定，先用离间计
挑拨李傕、郭汜的关系，使他们自相残杀，再命曹操趁机诛杀他们。
李傕、郭汜果然中计，各带兵马在长安城下混战。李傕派侄子李暹（xiān）闯入皇宫，将皇帝和皇后劫持到郿坞。杨彪、朱儁召集六十多位大臣，到郭汜军中劝说郭汜退兵罢战，结果郭汜放回了杨彪、朱儁，劫持了其他大臣。朱儁忧愤成疾，没几天就病死了。皇帝又派西凉人皇甫郦（lì）劝说李傕、郭汜停战。皇甫郦在李傕军中散布谣言，扰乱军心。李傕部将杨奉、李果决定发动兵变，诛杀李傕，结果遭遇失败。李果被杀，杨奉逃走。经过这次内乱，李傕的实力大不如前。正在此时，张济从弘农杀来，胁迫李傕、郭汜讲和，救出皇帝、皇后和文武百官。
皇帝接受张济的建议，前往弘农暂住。一路上，郭汜不断率兵袭击，幸亏董承、杨奉及时赶到，才打退了郭汜。董承一面派人与李傕、郭汜讲和，一面向河东的韩暹、李乐等人求救。韩暹、李乐赶来与李傕、郭汜交战，却吃了败仗。紧急时刻，皇帝抛弃车驾，坐一只小舟渡过黄河，才摆脱了李傕、郭汜的追击。
渡过黄河以后，董承、杨奉、李乐等人护送皇帝来到安邑，在安邑暂时住下。董承、杨奉派人修缮洛阳的皇宫，打算护送皇帝去洛阳，遭到李乐的反对。当皇帝的车驾离开安邑后，李乐勾结李傕、郭汜，图谋劫持皇帝。李乐率先赶来，被杨奉部将徐晃一斧砍死，皇帝这才得以顺利到达洛阳。
曹操听说皇帝到了洛阳，召集幕僚商议对策。荀彧说道：“皇帝蒙难，朝纲混乱。主公应该前去护驾，趁机掌握朝政，以便建立更大的功业。”曹操接受荀彧的建议，立即起兵赶往洛阳。李傕、郭汜得知曹操来到洛阳的消息，立即前来迎战，结果被曹军打败，逃到山中落草为寇。杨奉、韩暹见曹操势力强大，意识到自己不可能再执掌朝政，便离开了洛阳。
曹操接受董昭的建议，以洛阳一带缺粮为由，请皇帝到许都
暂住。皇帝和文武百官不敢反对，只好同意了。车驾刚离开洛阳不久，就被杨奉、韩暹拦住去路。曹操令许褚出战，与杨奉部将徐晃交战。许褚与徐晃大战五十回合，不分胜负，各自收兵。这天夜里，曹操派满宠潜入徐晃营中，劝说徐晃投降曹操，徐晃答应了。失去了徐晃辅佐的杨奉、韩暹很快被曹操打败，转又投靠袁术去了。
到了许都以后，曹操自封为大将军、武平侯，又举荐荀彧担任侍中、尚书令，完全把持了朝政，达到了“挟天子以令诸侯”的目的。