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1997年前，重庆属四川省管辖，是西南地区出川的重要水道，中药材生产、商贸历史悠久，历代医学著作及各县地方志都记述了大量的重庆市道地药材品种和民间中草药品种。历来是“川药”集散、加工和出口的重要口岸，常年生产收购的地产药材350余种。2016年1月—2019年12月，重庆调整农业产业结构，将中药材种植纳入扶贫产业发展，全市产业扶贫项目19 454个，财政投入资金7.45亿元，带动贫困农户42万户，贫困人口产业增收3 369元。目前全市中药材扶贫产业面积71.46万亩，中药材种植产值52.6亿元，带动贫困人口91 097人，中药农业产业已成为重庆市推进农业农村战略性结构调整的重要产业，山区致富可持续发展不可缺失的产业。早在2000年“百万亩优质中药材产业化工程”就列入重庆市委市政府“十个农业产业化百万工程”，以渝东北和渝东南为主的多个区县已将中药材种植产业作为地方的支柱产业或重点产业来发展，对调整产业结构，实现城乡统筹发展和解决“三农”问题具有重要的战略作用。秀山金银花、石柱黄连、垫江牡丹皮、巫溪独活、巫山党参、奉节的湖北贝母等多个具有地方特色品种的种植、加工已成为山区脱贫致富的重要产业。重庆市启动了中药产业“重构提升”行动，并成立了“重庆市中药产业技术创新联盟”，延长产业链，进一步提升中药产业的技术创新能力，推动中药产业的跨越式发展。中药农业产业作为中药产业的重要组成部分，必将发挥重要作用。
以党的二十大精神以及习近平总书记视察重庆重要讲话精神为指导，坚持安全、有效、稳定、可控理念，以市场需求为导向，以科技创新为驱动，以道地药材生产为重点，持续增加投入，改善生产条件，加强技术服务，强化质量控制，推进规范化种植、产业化经营，加快构建生产、加工、贸易一体化产业体系，推动全市中药材产业可持续健康发展。
紧跟中药材市场贸易变化，加强对中药材产业的宏观指导和信息化服务，优化调整产业结构和种植品种，协调中药材生产、加工、贸易、使用等产业链条中的各个环节，以保障供求关系基本平衡。
加强中药材产业科技创新体系建设，提高协同创新能力，突出应用技术研究，强化良种选育和现代生产技术集成，支撑产业升级。通过建立中药创新体系和创新机制，加强中药研究开发支撑条件建设，整合科研力量，突破中药关键共性技术，建成中药现代化基础研究、应用开发及支撑条件平台，构筑重庆市中药创新体系。到2030年，建成重庆市新药研究中心、符合药品非临床研究质量管理规范实验室、符合药品临床研究质量管理规范的临床基地，承担起新药开发、中药药理、中药毒理、中药药效物质基础研究、药品临床研究的任务。建成中药现代化工程中心，承担起中药产业链条现代化关键技术的开发、集成和推广任务。
以资源保护为基础，突出地方特色，优化产业布局，提高资源可持续利用能力，在中药大健康产业上做长中药产业链，一是大力扶持中药保健食品的开发，培育新兴产业。目前全球范围对保健食品的关注和市场开发出现前所未有的热潮，保健食品以其独特功能具有广泛的市场前景，应充分利用丰富的中药材资源，采用现代科学技术，综合中医基础理论、营养学、食品工业学等多学科理论开发中药保健食品。二是大力扶持中药化妆品的研究开发，促进化妆品行业发展。据考证我国古代记载的美容方剂有1 000余种，涉及药物300余种，在我市资源均较丰富。现代研究充分表明了中药作为化妆品添加剂，具有良好的美容效果，在促进皮肤新陈代谢，增强肌肤免疫力，延缓皮肤衰老等方面疗效显著。目前国内以中药配方研制的化妆品日益增多，而重庆在这一领域的发展相对滞后。因此，重庆应加大力度开发出具有中药材特色的天然化妆品，促进化妆品行业发展。三是进行饮料添加剂、杀虫剂、果蔬保鲜等绿色环保产品的开发。
以稳定、提高中药材质量为目标，构建生产加工质量监控技术体系，大力推行规范化生产和中药材GAP认证。中药材质量不稳定，严重影响中药产品的质量，我市多数中药沿用传统栽培、加工模式，不注意选择土壤，造成了农药、化肥残留量和重金属含量超标，不能保证产品的质量和中成药质量的稳定性、可控性。应按照《药用植物及制剂进出口绿色行业标准》，严格控制中药重金属、黄曲霉素、农药残留量、二氧化硫以及微生物含量，让我市标准与国际标准接轨，截至目前，我市只有巫溪县通过该标准认证，成为“绿色中药出口基地”（全国40家企业约100个品种取得认证）。
按照道地药材原产地进行布局的原则，建立健全中药产业化的GAP种植基地，按GAP（《中药材生产质量管理规范》）标准和《药用植物及制剂进出口绿色行业标准》规范生产，加快黄连、青蒿、红豆杉、党参、葛根、独活、天麻、佛手等特色中药材GAP规范化种植基地规划和建设，逐渐引导形成以巫溪、巫山、石柱等为中心的库区种植基地，以酉阳、秀山、黔江等为中心的渝东南种植基地，以合川等为中心的渝西北种植基地。培育壮大龙头企业，生产出符合绿色标准的药材，打造“绿色中药”国际品牌。进而扩大种植规模，延伸产业链条，实施品牌战略，提高产品市场竞争力，实现集约化经营，提高农民收入。
预计到2028年，全市中药材种植面积达到600万亩，标准化、规范化基地200万亩，总产量达到200万t，种植业产值达到130亿元，综合产值达到1 000亿元，实现利税200亿元以上。做大做强黄连、太白贝母、湖北贝母、独活、前胡、川党参、川黄柏、川厚朴、川玄参、川白芷、川牛膝、川枳壳、川续断、黄精、栀子等渝产道地中药材大品种，注重大力发展药食两用中药材，建设中药材产业科技示范园3个，中药材规范化生产基地50个，种子种苗繁育基地5个，培育规模以上龙头企业20家。在现有市级中药材规范化种植工程技术中心、中药材良种选育工程技术中心的基础上，新建市级中药材资源保护与利用工程技术中心、中药材种子种苗繁育工程技术中心、中药材质量检验检测中心、中药材产地初加工工程技术中心等市级工程技术中心。建设市级药用植物种质资源库1个，选育符合《中华人民共和国药典》（现行版）标准要求的中药材良种20个以上，制定发布20种中药材生产技术规程，成立重庆市中医药学院1所。
按品种分类指导原则，将全市重点区县区分为传统中药材成熟区、增长潜力区和现代示范区三类进行分类指导建设，打造“渝产绿色中药”品牌。发展成熟区包括石柱、秀山、酉阳、万州、开州、云阳等6个区县，稳定面积、提高仓储能力，加大后端产品研发；增长潜力区包括巫山、巫溪、城口、奉节等4个区县大力发展道地药食两用药材、企业需要的原料及加工药材；现代示范区包括渝北、南川、綦江等3个区县，以现代农业的方式发展黄精、栀子、百合、木瓜等品种；按照道地药材原产地进行布局的原则，形成一批规模中药材GAP种植基地：一是以三峡库区巫山、巫溪、城口、奉节、开州、万州、云阳等为主体的渝东北种植区；二是以石柱、秀山、酉阳等为主体的渝东南种植区；三是以南川、渝北、潼南等为中心的渝西种植区。各区县选择适合本地区种植的传统优势品种发展，如石柱黄连，奉节川牛膝，巫山党参，湖北贝母，巫溪太白贝母、独活、款冬花、杜仲、厚朴，城口天麻，南川黄精、栀子，开州延胡索、黄柏、厚朴，云阳乌天麻、山楂等。遵循“稳成熟、强成长、拓现代”的分类指导原则。
在政府宏观指导下，遵循科技先行的原则，统筹规划，科学论证，推动“大企业”“大品种”“大基地”联动，支持优势企业并购重组，整合技术和品种资源，着力培育大企业；以大企业为主体，深度开发优势产品，培育大品种和知名品牌；由大企业带动，调整中药材种植结构，加大良种繁育和规范化生产技术研究，建设道地药材、大宗药材和濒危药材种植大基地。采取四种模式：即“政府（科技特派员）+药企（基地公司、合作社、农户）”“药企+科技机构+基地公司（合作社、农户）”“药企或公司（租赁土地）+科技机构”“基地公司（合作社、农户）+科技机构”。并通过引入农业保险，多方合作建立共同抗风险能力的保障体系，以龙头企业带动、以协会带动、以市场带动、农场或庄园模式带动中药材建设，使基地建设健康稳定有序地发展壮大，建立起50万亩规范化优质药材生产基地。加快规范化栽培技术研究，在总结药农生产技术经验的基础上，对中药材栽培生产的各个环节进行科学研究，引进先进的农业模式化栽培技术，制订优质高产高效的栽培农艺措施最佳组合方案，革新传统粗放的中药材生产管理方式，提高道地药材的产量和质量。
药材基地的建设要根据区域社会经济及自然环境发展情况，防止药材基地的低水平重复建设，把重点放在特色上、优势上，充分考虑基地的道地性包括历史的道地性和生态的道地性，如渝东北地区垂直地带性将是制约三峡库区药材生产的生态决定因素，据此可将三峡库区分为以下3个区域：海拔高度800m以上的广大中高山地区（主要分布于巫溪、巫山、奉节、石柱、武隆、云阳、秀山等县，著名药材有味连、川党参、独活、云木香、款冬花、金银花、华细辛、前胡、药用大黄、天麻、厚朴、杜仲、川黄柏、太白贝母、湖北麦冬、八角莲、七叶一枝花等）；海拔高度300～800m的广大低山丘陵地区（主要分布于长寿、涪陵、丰都、开州、忠县、万州等区县，主要品种有延胡李、玄参、牡丹皮、白术、青蒿、地黄、南沙参、枳壳、佛手等）；海拔300m以下的浅丘河谷地带（即三峡水库正常蓄水位及其邻近地区），可在优先发展粮农、蔬菜和渔业等前提下，适度发展果桑及药材等。最好是结合庭院生态绿化，发展吴茱萸、使君子、花椒、川楝子、小茴香等药材。
基地建设还要充分考虑药材的农药残留、重金属残留等造成的污染；同时也要有市场客户基础，基地的药材应该有稳定的流通去向，如涪陵地区及周围的县、乡药材生产就尽可能面向太极制药生产的需要；渝西片区主要面向希尔安药业、华森制药、桐君阁等企业；渝东片区主要面向四川天府药业等。
我市主要中药材品种有35种，根据产业成熟度分为成熟品种、成长新兴品种、生态品种三类。
一是成熟品种。主要有黄连、川党参、木香、独活、川牛膝、大黄、天麻、小茴香、山银花、青蒿、玄参等，它们的特点是在全国占据优势，产销量比较稳定。主要任务是稳定领先地位，提高抗风险能力。同时，由于川党参、川牛膝、天麻等市场需要量大、价格稳定上涨，根据市场适度加快发展。二是成长新兴品种。包括药食两用品种、用量快速增加品种、企业订单原料药、新资源品种、野生变家种品种、引进提高品种和深加工品种等。主要品种有太白贝母、黄精、淫羊藿、前胡、白芷、百合、菊花、金荞麦、半夏等，逐步扩大规模，加大科技试验示范，开展商品生产，提高市场占有率。三是生态品种。渝东北、渝东南作为生态屏障区域，在不适宜土地开垦的区域（坡度大、土地贫瘠的区域），大力发展木本药材、木质藤本和宿根药材，减少水土流失，主要品种有栀子、厚朴、黄柏、杜仲等。
一是中药产业规模化和规范化建设。以道地药材、道地产区为重点，连片集中打造300个，150万亩中药材商品基地，其中木本药材基地50万亩、规范化种植基地50万亩。二是良种繁育及新技术试验示范基地建设。建成良种繁育及新技术试验、示范基地5万亩，其中试验基地10个，示范基地20个。三是加工处理。建成300个初加工、仓储或电商示范基地。针对个别品种，尝试进行深加工，开发中药材旅游产品、健康食品等。四是产业融合。以药食两用和药用花卉品种为重点，依托风景名胜区、城市郊区建设一批具有中医药特色的休闲观光养生园，达到200个。
传统中药材生产多为单茬栽培，农业资源利用率低，加之目前正在实施的“退耕还林”政策，用地矛盾更加突出。因此，亟需从农业系统结构整体效益角度出发，研究和开发中药林农复合系统良性循环模式，以保证药材生产的相对稳定。组建我市区域药林农复合系统良性循环模式，根据区域生态立体气候特征，从生态系统工程与大农业开发角度，充分利用山区丰富的自然资源及药用植物的生态生物学特性，大力发展包括药材立体种植在内的现代生态农业经济，特别是要注意开发应用间作套种、带作混种、半野半家、人工抚育等药林农生产管理技术，筛选和推广最佳组合方案，从而丰富山区传统农林业生产结构，提高自然资源利用率，多快好省发展中草药材。如黄连是老式的“毁林栽连”，毁林重，产量低，目前结合了植树造林，推广“林连间作”“林间栽连”；独活与洋芋、玉米等粮食作物套种等的科学栽培技术，天麻在保护生态植被的情况下采用仿野生栽培技术，这些新科学栽培技术的使用既能促进库区植被恢复和发展，增强山区生态系统的生产力和抗逆性，又能实现大农业开发移民与国土综合整治相结合。同时要采取“差别化竞争”，在生产上还应根据市场需求，抢先发展紧缺骨干栽培品种，继而开发独特疗效的民族医药。
各级政府应将中药种植产业作为农业发展的重要内容，制订出台扶持中药材种植产业发展优惠政策，认真做好中药材生产信息发布、市场调剂、质量监管等工作，切实发挥中药材生产对农业增效、农民增收的重要作用。建立由农业、发展改革、财政、科技、中医药管理、林业、畜牧等部门参加的产业发展协调推进机制，统筹推进产业发展规划的组织实施。农业部门要发挥主管部门职能，负责牵头协调，切实加强对中药材产业发展的指导和总体管理。发展改革、财政部门要加大基建资金和财政资金对中药材产业发展的支持力度，做好项目实施和资金监管工作。科技部门要努力改善中药材产业科技创新条件，加快推进科技项目成果转化。其他相关部门要根据各自职能范围，加强对中药材产业发展的支持力度。要建立健全中药材产业发展指标考核体系，并将考核结果纳入各主产区政府现代农业发展考核体系。市政府有关部门要制订全市中药材产业发展绩效考评办法，并将绩效考评结果作为市级选择扶持项目的重要依据。充分利用各种现代媒体，加大宣传与普及力度，形成发展中药材产业、支撑中医药事业、传承中医药优秀传统文化的共识，努力营造全社会关心支持中药材产业发展的良好氛围。
建立以政府性资金为引导，企业投入为主体，社会资金广泛参与的投入机制，重点支持良种基地、示范园区基础设施建设、山丘区中药材扶贫开发等，为中药材产业发展提供资金保障。整合农业、林业、科技、卫生、商务等行业部门资金，在产业发展、科技研发方面集中投入，充分发挥资金规模效应。采用直接投资或以奖代补方式，对种质资源圃、野生抚育区、良种选育及引进、质量监控技术体系、中药材育苗基地、生产基地、科技示范园、加工企业等进行扶持。制定扶持产业发展优惠政策，实行生产资料补贴、农机具补贴等补贴制度。将中药材品种纳入重庆市种业发展规划扶持范围，给予资金扶持。探索将黄连、太白贝母、独活等中药材品种纳入政策性农业保险范围。完善信贷担保抵押模式和担保机制，出台对药材种植基地、加工企业及有关科研单位的信贷扶持政策。
完善“公司+基地+合作社”“公司+农场（农户）”等模式，发挥龙头企业和专业合作社的引领带动作用，建立起风险共担、利益共享的合作机制，推动中药材产业稳定发展。提升中药材产业在农业公共服务中的地位，强化高等院校、科研单位、生产企业与广大药农的紧密合作关系，支持中药材专业合作社、专业服务公司、药农经纪人、龙头企业、家庭农场等提供多种形式的生产经营服务。鼓励并支持成立重庆市中药材种植销售行业协会，构建全市中药材组织管理体系。推进行业协会服务能力建设，加强与政府部门的沟通合作，及时传递政策动态，搭建交流协作和行业管理平台，充分发挥行业协会在技术支持、行业自律、营销网络等方面的积极作用。
加大中药材GAP认证力度，从政策、资金等方面支持培育具有突出优势的知名品牌，打造重庆中药材品牌集群。建立出口产品生产，比如党参、独活、味牛膝、川续断等品种，品质优良，深受外商欢迎，今后应做好规划，与外贸部门密切配合，建立稳定的中药出口产品生产基地，充分发挥一带一路连接点优势，加强横向的经济联合，使产、供、销一条龙体系稳步发展。同时，在提高现有出口产品质量时，不断加强产品培育力度，争取多创优质出口产品，为农民增加收益，为国家多创外汇。举办重庆名优中药材交易博览会，为生产企业和药农搭建品牌展示、扩大交易的平台和渠道。引导企业参加全国中药材名优产品评选活动，大力推介优质中药材品牌，增强品牌的社会影响力。
支持重庆市农业科学院、重庆市中药研究院、重庆市药物种植研究所、重庆第二师范学院等大专院校和科研机构，加强中药材良种工程和重大技术协同创新研究，构建中药材产业发展科技创新和资源共享平台。启动重庆市中药材产业技术体系建设，重点加强基础研究和生产关键技术研究，集中力量在良种培育、规范化生产技术、质量控制标准化体系建设、现代生产技术装备等方面取得突破，推动中药材产业升级改造。加快中药材品种的审（认）定工作，提高中药材良种覆盖率。
重庆属重工业生产基地，工业污染、生活污染、酸雨污染、农业污染均比较严重，对环境构成较大威胁。长江、乌江沿线城镇工矿企业较多，“三废”排放量大，处理处置能力较弱。在三斗坪坝址以上的库区，工业废水年排放总量达12亿t，生活废水年排入量3亿t，污染物达50种。大肠菌群、挥发性酚、COD、硫化物、氨氮、COD5、总汞等污染物在一些城市河段严重超标，给药材的生产，特别是出口国外增加困难；同时，在申办中药加工企业时充分考虑环境保护，不能造成环境污染，保持重庆山清水秀美丽之地。
充分利用科研院所、高等院校的技术、人才优势创办科技型企业、建立科技示范点，开展科技承包和技术咨询服务，提高新技术、新成果的入户率和转化率。建立人才培养机制，充分利用泰山学者计划、引智计划等人才建设计划，培养一批在国内外有一定影响、比较优势明显的科技带头人和创新团队，引领全市中药材产业发展。作为药农群体，也要从中药农业创新发展和实现高产多收的角度，自觉进行知识更新和参加各类培训。虽然户传技术可以满足一般或单体的中药农业耕作，但无法满足大面积或群体的中药农业耕作，必须舍得时间和资金，合理掌握最新的中药农业生产技术，应加强对基层技术人员和生产大户的科技培训指导，将中药材生产管理培训纳入市人力资源和社会保障局培训范围，定期对中药材种植经营人员进行技术培训，将技术送到全市中药材种植户和经营户的家里。