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重庆市处于我国东西及南北植物区系交错渗透的地带，同时该地区大部处于我国三大植物自然分布中心之一的“鄂西川东植物分布中心”，且第四纪冰川时期本地区所受侵袭程度较为轻微，湿润的气候，复杂的地形地貌，形成了重庆特有复杂多样的生态环境，有利于多种生物共存，生物资源种类多，具有明显的森林垂直分布、典型的生物群落适宜于众多野生动植物的发育和繁衍，动植物种类丰富；据不完全统计，全市有维管束植物296科1 900余属6 500余种，其中中药材种质资源5 832种，占全国药用动植物种类总数的48%；全国363种重点中药材品种，我市有306种，占84%；中药材资源储藏量163万t，仅次于川广云贵，名列全国前茅。其中既包括牡丹皮、黄连、款冬花、党参、木香、小茴香、青蒿、白芷、玄参等大宗中药材品种，也有荷叶铁线蕨、毛黄堇、朱砂莲、散血沙、胡豆莲、头顶一颗珠、水灵芝等民间珍稀草药品种。丰富的药用植物中有野生的天麻、竹节人参、党参、荷叶铁线蕨、毛黄堇、胡豆莲、朱砂莲等品种，也有引种并大规模人工种植的党参、黄连、太白贝母、独活、杜仲、川厚朴、川黄柏、玄参、白术、盾叶薯蓣、穿龙薯蓣、黄山药和五倍子等大宗品种；有本地栽培生产的牡丹、半夏、小茴香等品种，也有在21世纪加工成中成药的鱼腥草、金荞麦、金银花、四季青等品种。其中的牡丹皮、玄参、补骨脂、葛根、白芷、半夏、青蒿、何首乌、金银花、党参、云木香等品种已经实现了规模化人工种植。杜仲、金荞麦、厚朴、银杏、红花、红豆杉、野生灵芝、野生天麻、白及等国家级保护植物或世界级珍稀植物分布在重庆各中药材主产区县，渝东北地区还是我国药材南—北与东—西引种驯化的重要过渡地带，如月见草、鸡骨草、草珊瑚、淫羊藿、何首乌、绞股蓝、五味子、刺五加、山茱萸等。
中华人民共和国成立以来，结合全国中药资源普查，重庆先后开展了4次大规模的中草药资源调查，在各次调查中，相关研究机构及各区县相关部门参与开展了全区域范围的中药资源调查。通过研究，各地基本掌握了本地区范围内的药用资源概况，部分地区编著了药用植物或经济植物名录，如万州地区卫生局编著的《万县中草药》、重庆市药物种植研究所编著的《金佛山经济动植物名录》，各区县地方志均对本地区的药用植物资源品种情况作了记载；通过几十年的研究积累，先后出版了《重庆市药用植物名录》《长江三峡天然药用植物志》等区域性专著，为系统研究本地区天然药物资源具有重大现实指导意义。随着中药产业的发展和对野生药材资源需求量的逐步增加，各种野生资源逐渐呈现出不能满足社会需求的趋势，部分资源逐步趋于枯竭，我市根据资源情况有目的地开展了野生药用植物资源的保护和可持续利用研究，如大规模对常用中药材，如黄连、川党参、黄精、山银花、青蒿、玄参、木香、枳壳、佛手、栀子等的人工栽培研究，通过研究对推动我市中药材野生变家种，减少对野生资源的破坏，为推动中药材种植产业发展起到了技术支撑作用；目前我市种植的黄连交易占世界的80%；党参、木香、独活、味牛膝、玄参等品种也影响着60%的全国市场。