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在朱熹的眼里，尽管他和柏拉图认为“理念世界”优于“现象世界”一样，也认为“理”优于“气”，不过他却觉得，“理”和“气”是密不可分缺一不可的。这就产生了一个问题，“理”和“气”到底谁先谁后？还是说两者是不分先后的？在当时就有人表示出了这样的疑惑，拿这个问题去问朱熹，希望得到正确的答案，但是不行，因为这个问题朱熹自己也疑惑着呢。
有时候朱熹认为，“理”在先“气”在后，这时候他就说：未有这事，先有这理。但是又有的时候，朱熹认为，“气”在先“理”在后，所以说：若论禀赋，则是气而理随而具。还有的时候朱熹认为，“理”和“气”是不能分开先后的，因此就说：天下未有无理之气，亦未有无气之理。
朱熹所说的这些话，显示出了三种不同的看法，这三种看法是如此的难以调和，居然都被他说了出来，让人理解起来就困难了。但是，假如我们努力去探究朱熹关于这一点的思考时，就会发现他的观点还是可以调和的。
朱熹说，“理”在“气”先，这是从逻辑方面出发的，因为“理”是超越时间的，它不可能在“气”后面。朱熹说，“气”在“理”先，这是从现象方面出发得出的观点，因为通过我们的经验，所得出的结论就会如此。但实际上呢，我们实在无法把“理”和“气”的先后问题分别出来，因为它们的存在总是同时的，因此朱熹就说：天下未有无理之气，亦未有无气之理。
当“理”进入“气”之后，便成了这一事物的“性”。这“性”同样也是一些特性、一些准则，所以，朱熹赞同“性即理”的说法。但这“理”不是最根本的那个“理”，而是个体所禀受的“理”。和“理”一样，“性”也是纯善的，无造作的，无计度的，等等，它和“理”的特性相同。而之所以事物——譬如说我们人——会有恶，有造作，有计度，等等，在于我们有“心”。在朱熹这里，心即知觉，朱熹说：人心亦只是一个知觉。从饥食渴饮，便是人心。用现在的话来讲，人心就是对外界事物产生的被动、机械的感觉和反应。
朱熹用了七十几个比喻来说明“性”和“心”的关系，有把“性”比作包子馅的，有把“心”比作包子皮的，有把“性”比作主簿销注、县尉巡捕的，有把“心”比作官老爷的，等等，什么都有，说了很多。此外还有一层意思是，我们只有通过“心”，才能认识到“性”，也就是说，只有有了“心”具体的表现，我们才能认识到抽象的“性”里有什么，继续往下推，就可以明白“理”了。