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在朱熹的哲学中，“理”是事物的根本，而事物之所以没有完全按照“理”去塑造，在于受到了“气”的影响。“天地之间，有理有气。理也者，形而上之道也，生物之本也。气也者，形而下之器也，生物之具也。是以人、物之生，必禀此理，然后有性，比禀此气，然后有形。”因为“理是无情意，无计度，无造作的”，所以不能产生物，物的产生必须要有“气”的凝结。
这看起来像是生物学方面的问题，朱熹在解决万物是怎么由来的，其实并不如此。就科学而言，朱熹的确是非常感兴趣的，他经常会想天外面是什么东西，想的几乎得了病。后来他还拿浑天仪做过实验，并发表了许多猜想。不过，朱熹感兴趣的主要还是在伦理方面，所以，他承袭前人所说的“气”的概念，并不是要了解万物的起源，他的目的在于解决人性的善恶问题。
这个问题在很久以前就有人开始探讨了，孟子和告子曾就这个问题做过很激烈的讨论。最后，孟子赢了，这不奇怪，因为和孟子辩论你几乎是赢不了的。在我看来，要想赢他，那就唯有用他的那种辩论方式，以其人之道还治其人之身才行。而他的方式就是下定义。他认为每个人都应该有君有父，否则就不能算是人，只能算是禽兽，因为只有禽兽才无君无父。下了这样的定义之后，孟子就得出结论，墨子和杨朱就是禽兽，因为他们眼中无君无父。
倘若告子也用他这样的辩论方式，那么在跟孟子谈论义是内在的东西还是外在的东西的时候，就可以先下定义说，承认义是外在的，就是人，不承认义是外在的，就是禽兽。这样，尽管孟子最后或许能找出充分的理由来证明义的确是内在的东西，但如此证明的同时也就证明了他自己是禽兽。
其实，不管他们两个人最后是谁胜利了，都不能由此证明胜利的一方就是正确的，因为他们辩论的时候总喜欢用比喻来论证自己的观点，动不动就要来上个把比喻，把人性比作树啊、水啊什么的。孟子反驳了告子所有的比喻，但是他却没有发现，他自己所说的比喻其实也是特别不靠谱的。众所周知，比喻可以加深我们的理解，不过是不能用来论证自己的观点的。
就拿人性问题来说，告子提到，人性犹如急流的水，在东方开了决口便向东流去，在西方开了决口就向西流去，所以，人性不分什么善与不善，犹如水的流向不分什么东方西方一样。孟子听了就反驳他说，水的流向诚然不分什么东方与西方，难道也不分上与下吗？人性的善犹如水向下流。人没有不善的，正如水没有不向下流的。如果拍击它，使它溅起，便可以高过人的额头，如果使它倒流，便可以流上高山。这难道是水的本性吗？外在的形势使它这样罢了。所以，人可以做坏的事情，其本质正如同外在形势使水性改变一样。
但是，倘若我们把他们的话互相置换一下的话，就会发现一个特别有趣的现象。这样一来，孟子得先说道，人性的善犹如水向下流。人没有不善的，正如水没有不向下流的。告子就可以说，水的流向诚然会分上下，但是难道会分东西吗？在东方开了决口便向东流去，在西方开了决口就向西流去，下面如果是岩石，莫非它还能够流下去吗？所以，人的本性没有善与不善，只看外在的形势如何去塑造它而已——不知道孟子对此会有什么看法？
最后，孟子当然是胜利了，他这“人性本善”的观点也一直被当做正统，尽管，后世的荀子提出了“性恶论”攻击孟子的观点，要把它击倒，但这观点并没有被击倒，倒是荀子自己的观点倒掉了。不过，孟子为他的观点所提出的依据，却并不是非常坚固的，朱熹就这个问题提出了新的依据。在朱熹眼里，他根本不承认恶是人的本性，在他看来，人性是善的，因为“理在物谓之性”，这也就可以说，“性即是理”，“理”是善的，因此，“性”也是善的，至于恶，那不是“理”的问题，而是“气”的问题。这样一来，人性的善恶问题就完美解决了。