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本书内容虽然部分涵盖整个“三代”
的巫觋信仰，并涉及更早的源头和更晚的遗迹，但仍以商文明为中心。一方面，以商文明为“终点”来观察具有神祕象征意义之造型的形成；另一方面，又以商文明为“出发点”，来观察巫觋信仰在两周时期的演化，以及在春秋战国时期被思想化、哲理化的过程。
本书分为三大部分：
上编为“昊天充满神兽：商文明祈天的信仰结构”，旨在探索上古的天神形象，包括将神兽视为天神的崇拜现象、神兽形象的形成和流传、神兽所掌握的自然界和生命范围、神兽对人的影响、神兽与巫师的关系等，主要涉及龙、虎、凤三种神兽形象，神兽崇拜来源与流变，以及表现在文物和礼仪记录里的信仰内容。
中编为“非兽形的崇高对象和人形的天人媒介”，探索昊天和其他非动物形状的“帝”与“祖”等崇高对象；分析相关的崇拜和祭礼、礼器和祈祷占卜文字记录。接着又讨论神界和人界之间的联络者即巫师的身份和角色。
上编和中编探讨的基础资料乃礼器造型和甲骨金文记录，并以后期神话作补正，以观察信仰的演变。两商信仰中有祖先和自然神两种形象不同的崇拜对象，但自殷商末期以来，两者已有混淆的趋势。这些趋势涵盖了自然神的人格化，以及祖先与天神概念互相混合的双向过程。上述主题构成了上编和中编的焦点。
下编为“从天神到天地之道：易与道观念的先迹”，旨在探索商代无形体的信仰对象和相关概念，其昭示商文明信仰中除了具体形象之外也有抽象概念。这一部分着重于探究先秦的“天地”与“四方”观念以及相关祭礼传统，包括若干《易》概念的起源及其哲理化的过程，如“乾”、“坤”、“泰”、“否”、“天地之德”、“神明”等，有些讨论涉及上古的颜色观念及“五色”概念之形成。此外，还讨论了道家形成之前的“道”的观念及其哲理化的过程。
此外，需要特别说明的是，由于汉字是象形文字，字形往往对意义的表达有关键作用。个别简体字由于合并或简化，使其字形难以表达古人信仰或思想的要点，为寻求准确表达，对这些字，笔者仍采用繁体字形、古字或异体字。如“神靈”、“靈验”、“神祕”、“雷電”、“保祐”、“禦祭”、“導”、“隻（獲）”等。相关的说明如下：
简体的“灵”字把原本“靈”字的象形意义改成与本义相反。“靈”系昊天用神靈雨所表达的灵验，变成从“火”的写法，就完全失去其义。在讨论古代信仰的脉络中，我们不能用讹化本义的简体字，因此全书均用“靈”字。
“電”字是从“申”、从“雨”的会意字，表达雷电是“神靈雨”，是天神从天上所吐的水火暴雨，是天神的自然表现。简体字删除偏旁“雨”字以后，其字形就不能表达该字义了。因此在讨论古代信仰的时候，我们一定要用正体的“電”字。
简体字将“祂”、“牠”都写成“它”字。但“它”是无靈性的它，而“祂”和“牠”都是有靈性的。“祂”字的“示”字偏旁表达祭祀之主，在小篆中被用作被祭祀对象的指义符号，所以“祂”是神，是崇高对象的指称，神是绝对有靈性的，所以“祂”字与“它”字的差异很大。“牠”字也是指称有靈性的神兽或牺牲等动物，与无靈性的“它”不能混用。因此，本书使用“它”、“祂”、“牠”三个字时有所区分。
“祐”字，其从“示”，本用来指称来自崇高对象（如祖先或自然神）的保祐。而现在中文通用“保佑”，此“佑”字从“人”，显然失去了“祐”字的意义。因此，在表达上述意义时，本书一般使用“祐”字。“祕”字同理，其本来是表达崇高的神祕性，故在表达此意义时，本书使用从“示”的字形。
再者，“道”和“導”过去完全是同一个字，简体字写成“导”已完全失去其意义，如果讨论“道”字的本义以及“道”观念的渊源，不可用简化的“导”字，繁体的“導”才能准确表达其义。
此外，古有“禦”，为除灾之祭法，不能用“御”字表达，“禦”和“御”两个字的意义不同。再如，甲骨文中有“隻”字，为形容用手获鸟的“获”字之本字，显然不能以简体的“只”字来取代。
在书中，“龙”字一般情况下仍写作简体字“龙”，只有部分地方使用“龍”字。具体说来，当在讨论其作为商王族的图腾符号时，需要使用繁体字“龍”。因为在这种情况下，需要特别指出其时的“龍”是头戴“辛”形冠的单首龙，是商王室的族徽和图腾之一，以便将其与作为大众公共崇拜对象的双嘴神龙相区分。同时“龍”字中的“辛”部首，还具有另一种族群标识意义：即“辛”部是在表达其为十干之“辛”日，也就是说，该字还间接表明商王族是来自十日族群中的辛日族。此处若用简体字“龙”，则完全表达不出这种意思来。
书中使用“鳳”字，也是为了方便考证该字的原型与意义，因为“鳳”的繁体字形与古字一样，有连续性。简体字“凤”则表达不出这种连续性意味。
书中使用“週”字是为了与周朝的“周”相区分。现在简体字将此二字合一，但在古字中它们的意思是不同的。