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我们若仅以单一方法进行研究，犹如仅从一个角度观察事物，成果将相当有限，且可能造成不同角度之间的矛盾。本书关于上古信仰的考证包含对考古文物、传世神话、古文字等多重证据进行互相参照和补证研究。上古信仰经过数度分合、思想化、形式化、怀疑、否定、重新承受、重新认知的演化过程，从而奠定大中国传统之基础。只有一条一条地搜集不同时代的资料，并循着演化之路线，才可以厘清历代观念的演变。通过不同时代资料的详细对照、研究，从近看远，从远看近；从源头观察不同时代的发展结果，而从不同时代的思想回到其源头。这才是跨学科并将史料置于历史脉络的研究方法。
随着现今学科日趋分化，从事学术的研究者也逐渐失去了全面统筹问题和综合研究的能力。学科划分细化，问题研究的专门化，都导致一些研究出现了一叶障目的情况，非但没有增加每一门学科的精确性，反而成为作茧自缚的举措。专门化学科的路越走越窄，专业研究者在自己的树洞中不敢走出森林，因此众多不知树木的外行仅凭感觉解释整个森林。也就是说，学科之间互不相接而使彼此间不知对方之目标，学者们放弃了历史研究必须有的完整的问题意识，所以，那些对所有学科皆不知悉的人反而出来随意诠释历史。
然而考古学、器物学、文献学、古文字、历史地理与第四纪研究等专业学科，实际上并不是独立、彼此互不相干的学科，反而都是研究历史的方法，皆是重要的研究“工具”。但是在过度区分学科的现状下，每一门独立的学科，都只能在自己的专业范围内对其研究的问题加以描述，往往没法深入到问题的核心，遑论探索问题背后存在的意义。
值得庆幸的是，当代学术界已经察觉到一些端倪。为了避免坐井观天，学术界日益提倡跨学科跨领域的整合式研究，倡导围绕学术问题开展研究的做法。事实上，一切学术研究的伊始，皆始于脑海里形成的问题和疑虑，而且并非仅仅了解问题后就可以结束。当一个研究者找出问题后，最关键的是怎样透过看似单一孤立的表象，尝试去了解背后的原因。在了解的过程中，会不断产生新的问题。当问题不同之时，我们也需要搭配不同的学科、方法和知识来解题。当研究者懂得对症下药，而不是头痛医头、脚痛医脚时，才有可能接近问题背后隐含的意义。因此，学科只是我们研究问题的方法、工具，或者比喻为解决问题的钥匙，而不是由一些毫不相关的学术领域组成的。如果害怕接触非自己专业学科的研究方法，就无法期待能得到精彩的研究成果。
学界经常讨论的“考古与历史如何相配”的问题，其实，这一问题的表述本身就是有误的，其含义应该是“考古学与文献学如何相配”，从而将之汇入人类社会的历史海洋。而这完全是研究方法学的问题。
首先，历史文献并不等于历史事实，而是一种很复杂的史料，被隐藏的往往比被彰显的更多；包括曾经发生过的事情、被记录时的情况、记录者的目标和读者的期待等等很多因素，都会影响到历史文献的最终面貌。文献只是侦探小说的序言，或是一份密码文件。我们应如何解读此侦探小说？我们应如何解码？如果没有传世文献之外的史料，厘清史实的可能性并不高。
所以，如果用文献研究先秦历史，我们应该采取以下角度：一切叙述先秦历史的文献，都应该归类于“神话”。但是，我们将上古文献定义为“神话”的意思，不宜从负面的角度去理解，这并不代表我们要质疑文献完全不可靠；并不意味着这些文献源于古人架空的幻想；而是表达其文献的类型及其特殊的形象语言。诸如苏美尔的吉尔伽美什，希腊的特洛伊战争，犹太的约瑟、大卫王、摩西等，它们都属于神话类型的文献记载，但在各文明中却被视为历史，这些历史神话在一定程度上奠基于史实，并反映出史实。
在世界文明的发展过程中，经过口耳传承后才被记录下来的古史，早已变成“神话化的历史概念”，且在经由漫长时间的演变后，最终成为“历史化的神话”。这代表了文化中对古史神祕化、神圣化的理解，即一种超越性的“神史”理想。这一类“神史”充满形象，并经常用不同的形象表达相同事件，从不同形象的角度表达观念和理想。
解析神话与创造神话，追求史实与神话化史实，这是世界各地历史观念中两种并存的趋势，中国显然也不例外。像黄帝、颛顼、蚩尤、尧舜、禹汤、文武等故事，也是在传世过程中创造出来的神话，并非单纯的历史记载。传世文献中描述的夏商周是三个异族朝代：成汤克夏，武王克商，其三代的兴衰情况都很相似，这显然是一种神话化的历史结构。在更晚期的历史记载中，我们都可以找到这类神话性结构。又如周幽王与“褒姒不好笑”的故事，我们能明白这故事具有浓厚的神话色彩，并非纯粹的历史记载。在世界其他文明中，我们也能找到相同结构的“不笑公主”的故事，同样也有与“烽火戏诸侯”相似的历史记载。
实际上中国历史文献中记录的上古史，大多都具有典型的神话结构。所以，我们在研究这类历史文献记载时，需要使用结构文献学的研究方法，来了解历史故事所蕴藏的要点及其中的各种成分，一步一步地找到隐藏的历史线索，解开历史之谜。解读历史文献的难度就在于此。
例如，现存文献中所载的许多商周时期或更早的传说，都是东周以来才见载于文字，而战国、秦、汉的文人们，依据这些口传及零散的记录，欲通古今之变，了解早期历史脉络，以此编纂史书，成一家之言。因此，早期的史书，如《竹书纪年》、《史记》等等，都有其根据，也在一定程度上反映了古代的实况。但文献阐释的第一步在于理解撰述者的立场、角度，甚至创作目的。那些记录下来的文献，既然是源于某族群的主观历史，就必定会依据其立场角度而有所隐藏，不可能完全反映客观事实。同时，经过历代口耳相传，故事也层累地形成变化，被赋予新的功能或意义。故事的记录者必定会根据自己的背景和理解来记录历史故事，从而使迄今所见的历史故事无不深刻地打上不同时代记录者的烙印。因此这些故事在成书时的形貌就带有强烈的时代色彩，不可避免地成为历史神话，而非历史事实。写故事的人和听故事的人都把自己的喜好和评价有意无意地加了进来。所以，在使用历史文献进行研究时，我们要考虑故事的形成、传世以及定型成文字的背景。
历史的神话还存在一项关键性的变量。这突出表现在文明与国家对国族的形成、成长、胜败的不同理解所派生的自我意识。例如，随着大一统王朝的出现，统治者为了稳固政权，需要配套发展出一统“天下”的意识形态。在“天下观”支配下，以一元史观编纂的历史文献和一元历史叙事便成为主流。但是，虽然经过层层的意识形态加工，历史文献中仍然包含着一些未被扫除干净的蛛丝马迹，只要掌握正确的方法，我们仍可以从中窥知其多元性的本源。
人们一般将历史文献与神话记载作区分，但实际上无论是有历史记载形貌的还是描写神奇怪兽的文献，都属于神话类。在历史神话中，其历史的蛛丝马迹隐藏在由不同时代层叠起来的浓厚“神史”概念背后；而神奇故事，除了超越性的色彩外，一样也蕴含着历史成分。如中国神史的语言，经常使用神兽形象来发声，圣王英雄皆有神兽的表现，这足以表明，在中国上古精神文化中，神兽崇拜占有关键性的地位，并导致历史神话与神奇怪兽的故事更难以区分。
神话的形塑过程是个谜，这个谜底很难再现，因为在形成现有文献所记载的样貌之前，个别族群的信仰、对天地万物的认识以及部分英雄的形象，早已融合成难以分离的线团；随着贵族的通婚、个别族群的融合，神话形象相互混杂或合并。例如在时代早于文献所记载之神话的殷商文明中，在礼器上可见很多混合的造型：龙首、虎目、牛角、四肢鹰爪、马尾、猪鼻等。这些超越性的怪物，实际上表现了不同宗族崇拜对象的结合，这是诸多不同来源之元素合为一体的神奇形象。
神奇故事跟历史神话一样并非凭空而来，对研究者而言，所有的文献其实就是一种密码，各种上古多元文化的元素，则被一并隐藏在这些密码之中。倘若完全没有文献之外的资料，我们就只能经由文献之间的对照，以及整体人类学的考虑，尝试解读这些密码，这就是文献学方法的基本功。但是，另有礼器等实物资料，用形象的方式记载信仰。解读礼器又是另一种器物学及符号学的基本功。但若礼器脱离其原本的位置和作用，又缺乏背景脉络，譬如一些传世器物，则其历史时空背景难以厘清，而又使研究者如同清代经学、考据学家般，不免彷徨难定。对此，近百年来考古学的发展，揭示大量时空背景清楚的、一手的、直接的遗存和证据，开始为研究者提供新的线索途径，提供一串钥匙，让我们得以重新思考早期历史和精神文化的原貌。
从中国考古学诞生开始，文献与考古资料就成了我们研究历史的两条“腿”。但是对于上古历史与社会研究而言，这两条“腿”的支撑力量并不相同，考古这条“腿”会显得更粗大有力。由于考古资料是地下资料，是最真实的第一手史料，因此从史学角度来说，考古出土的“残砖败瓦”比后人编载的故事有更高价值。但是那些“残砖败瓦”并不是那么好读的，地下的这部无字天书，也让不少历史研究者望而却步。在这部无字天书中，镌刻着古老文明的昔日荣光及当时的生计模式，隐含复杂的社会网络关系、社会组织与社会结构，还寄托了古人灿烂的精神文化、无尽的欲望、神祕的信仰和隐秘的仪式。但是，我们怎样才能从这些零散、腐烂的破碎材料中复原曾经鲜活、辉煌的古代社会呢？
碍于许多现实的因素，考古所出土的资料很难解读，而考古发掘现场的面貌，往往只是土中散乱的骨骸和陶片，仅少数遗址才有完整的大型器物和难以辨识的建筑痕迹出土。那么，研究者该如何依靠这些残物和资料去了解昔日的生活、古社会里人与人之间的关系、当时社会的阶层结构和社会活动、经济与权力的发展核心、精神文化及古人的欲望信仰和礼仪、社会理想和价值观等问题呢？
首先，我们必须厘清几个概念：将史学研究人类社会、古人生活与想法的目标，与考古所能提供的资料作对照，从而分辨其间的异同；通过对考古遗存的各种分析，我们可以探索出古代的生产技术；经过对各地遗址进行长期发掘、研究，则可以推论该技术的来源及被采用的范围。例如，大约距今 6 000 年前，在大地域范围里，随处可见一些经常被使用的工具（如石斧、石锛等）和陶器（如鼎、豆等），显然其统一化的程度相当高。由此，我们是否可以推测，采用这些技术的地区，都属于拥有同一物质和精神的文化呢？这显然是不可能的，因为采用这些技术的地区范围，显然是可以大于某一文化的影响区域。
让我们进一步来看，若在大框架中忽略很多细节，从新石器晚期以来，幕阜山以西的长江上中游地区，以大溪、屈家岭文化大体系为主流；太湖以东的长江下游地区，以马家浜、崧泽文化大体系为主流；两地区中间，或可视为以薛家岗大体系为主流。依此，我们是否可以推测当时的长江流域就仅仅是三个大族群的生活范围，或更甚者，将之推论为三个大国存在的证明？显然并非如此，因为生产技术、考古文化以及族群、语言、政权，这是不同层面的问题，因此，我们若仅从考古文化和遗物来加以思考，则难以直接实现古代社会生活的复原，必须采用更细致的研究方法，将考古材料和多种不同史料互相对照，方能得出相对可靠的研究成果。
除了以文献及考古两套“工具”、“柄靶”探寻线索之外，研究者还需要更加了解地域环境所产生的生活方式、各地区之间的关系等。因为文化、国家的肇始，就是在这些“关联”中产生的：人与大自然之间的关联、人与人之间的关联、族群之间的关联、地区与空间的关联、生活方式的内在关联以及不同生活方式之间的关系、时代的转变关联，等等。这些关联即是人类历史的脉络，产生每一个人、家族、团体及社会生活，如果仅广泛地观察表面上假定为主流的文化，是无法从中理解其遗址之间的关系，也无法探究族群和政权问题的。所以，我们必须注意到此中的微小异同处，以及其他不能从考古依据中看到的直接因素。
若仅以单一方法进行研究，犹如仅从一个角度观察事物，成果将相当有限，且会造成不同角度之间的矛盾。故信仰考证必须包含对考古文物、传世神话、古文字、生活环境、人类本质等等多重知识和资料依据的参照研究。
以上所述，即本书所遵守的，使用不同领域的观点和方法研究人类历史问题的原则。