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在改革内政的同时，皇太极征朝鲜、蒙古，然后入关袭扰明朝内地，展开军事攻略。
宁远之战，后金遭遇了与明军作战以来从未有过的失败，一时对明军、宁远产生畏惧心理。不久，努尔哈赤病死。皇太极继位，一方面改革内政，巩固自己统治，另一方面准备进攻朝鲜，剪除明朝助翼，所以希望稳住西部明军。而明朝方面，升任辽东巡抚的袁崇焕等人也希望借机构筑锦宁防线，暂时与后金缓兵，双方各打算盘。天命十一年（天启六年，1626）十月，袁崇焕遣使到后金，借吊努尔哈赤之丧、贺皇太极继位之名，探听虚实。皇太极将计就计，款待明使。一个月后，皇太极也派出使臣，随明使到宁远，要求议和。十二月，袁崇焕以皇太极书信不合体制为由，遣回后金使者。天聪元年（天启七年，1627）正月，皇太极再次派使，向袁崇焕递交议和书，要求两国和好，明朝给以巨额金银等作报礼。三月，袁崇焕派使到达沈阳，提出后金去“僭号”、奉明朝正朔、归还侵地、献叛降等议和条件。显然，双方条件相去甚远，实际上都是借议和拖延时间，开展各自军事行动。
明朝时期，朝鲜作为藩属国，奉明朝正朔，两国关系友好。万历年间，日本侵略朝鲜（“壬辰倭乱”），明朝派大兵援朝抗日，最后打败了日本侵略军，保护了朝鲜主权。萨尔浒之战，朝鲜派军来华，助明朝作战。结果，明军战败，朝鲜军队主帅姜弘立等被俘，兵卒大部分被屠杀，朝鲜与后金形成严重对立。后金希望朝鲜能够归附，与之共同对抗明朝，为朝鲜拒绝。而且，明将毛文龙占据朝鲜西部的皮岛，在朝鲜支持下，不断渡海袭击后金。后金攻克辽沈后，大量辽民又逃入朝鲜。皇太极继位后，决定征讨朝鲜，使其归服。
天聪元年（1627）正月，皇太极命大贝勒阿敏、贝勒济尔哈朗等人率领三万后金军进攻朝鲜。皇太极谕令说：“朝鲜屡世获罪我国，理宜声讨。然此行非专伐朝鲜也，明毛文龙近彼海岛，倚恃披猖，纳我叛民，故整旅徂征。若朝鲜可取，则并取之。”
阿敏等率军乘鸭绿江结冰之机，渡河侵入朝鲜。后金兵临义州（今新义州），城中朝鲜军将毫无防备，仓促应战，很快就被攻陷，城内明兵、朝鲜兵数万被杀。后金兵又分兵进攻占据铁山的毛文龙，但毛文龙已移驻皮岛，未能捉获，只是将其留守官兵消灭。后金军继续东进，进攻安州。安州守将虽婴城固守，但军力悬殊，也被后金军攻克。平壤守军闻风而逃，后金军轻易占领平壤。朝鲜国王李倧眼见不敌，由王京汉城逃往西北的江华岛。二月初，后金兵进至距汉城二百里的平山。李倧向明朝求救，明朝已无力救援。最后，他不得不遣人到后金军营议和。三月，后金与朝鲜达成平壤之盟，规定双方和好，各守封疆，朝鲜不得设防，不得收留满洲逃民，并向后金贡纳岁币。后金要求朝鲜断绝与明朝关系，为朝鲜拒绝。至四月，后金兵退出朝鲜。
后金通过武力征伐，暂时让朝鲜屈服，也打击了毛文龙势力，政治、军事上都有所收获。同时，后金从朝鲜得到大量财物作为岁币，与开互市，经济上也获得益处。但是，朝鲜君臣视被后金打败、订立盟约为耻辱，并没有真正屈服。对于盟约中规定的诸条款，朝鲜也不认真执行。后金要求的互市，朝鲜也打折扣。如，后金粮食短缺，要求朝鲜市籴。天聪二年（1628）正月，朝鲜国王李倧回复称，其国“仓库一空”，“今仅得米三千石，以副贵国之意”，“又开中江之市，通两国之货”，“交市者各从所愿，非可抑勒以致之也。贵国若欲多致米货，须平其价值，使自乐趋”
。朝鲜仍奉明朝正朔，与后金对立。
元朝灭亡后，退居大漠的蒙古族分裂为鞑靼、瓦剌、兀良哈三部。明朝中期，鞑靼部达延汗逐步统一各部。明代后期，达延汗死后，蒙古族又分为漠南蒙古、漠北蒙古、漠西蒙古三大部。漠南蒙古包括察哈尔、科尔沁、喀喇沁、土默特、郭尔罗斯及喀尔喀（由漠北移来之部分）诸部。其中，察哈尔部势力最为强大，控制着辽河以西直至河套的广大地区。察哈尔部首领林丹汗驻营广宁（今辽宁北镇）以北，“士马强盛，横行漠南”，自称蒙古大汗
，致力于统一漠南诸部。后金兴起后，在辽沈地区与明朝、察哈尔部势力形成对立。明朝为了对付后金，拉拢察哈尔部，给林丹汗以大量封赏，“以西夷制东夷”。林丹汗接受明朝抚赏，经常骚扰后金。后金若要入关，必须征服漠南蒙古，尤其是强大的察哈尔部，免除西部、北部的威胁。
天聪元年（1627）三月，林丹汗以兵相逼喀尔喀。五月，喀尔喀奈曼、敖汗等部归附后金，皇太极给予隆重接待。察哈尔部的一些部落，也不堪林丹汗进犯和欺凌，投归后金。林丹汗感到后金的强大威胁，于是西迁到宣府（治今河北张家口）、大同塞外，进入喀喇沁、土默特等部游牧区。次年初，喀喇沁部联合喀尔喀诸部等，与林丹汗大战于赵城（在今内蒙古呼和浩特地区），林丹汗大败而逃。喀喇沁部致书皇太极，要求合击林丹汗。二月，皇太极率军进攻察哈尔多罗特部，大败之，俘获一万余人。此战打通了与喀喇沁部的通道，震动了漠南蒙古。七月，喀喇沁部归附后金。
天聪二年（1628）九月，皇太极率军会同漠南蒙古科尔沁、喀喇沁、喀尔喀诸部，征讨林丹汗。满、蒙联军连克林丹汗部军，追击至兴安岭，大胜而归。但因林丹汗已西迁，所以联军未能找到其主力。
天聪六年（1632）四月，皇太极再次集合科尔沁、喀喇沁、土默特、喀尔喀诸部，第二次亲征林丹汗。林丹汗闻讯，带领部众“弃本土西奔”，“尽渡黄河”
，逃至黄河及河套以西。皇太极率军越兴安岭，至大儿湖，知林丹汗远遁，追之不及，遂转向归化城（今内蒙古呼和浩特）。六月，皇太极自归化城回师。林丹汗部众在奔逃途中，或为后金收降，或归附明朝，所剩无几。林丹汗逃至青海，后因天花病死。
天聪九年（1635）二月，皇太极再次派出大军，挺进黄河河套地区，收抚察哈尔余部。三月，后金军在宣府附近的西喇珠尔格地方招抚了林丹汗大福晋囊囊，收降一千五百余户。大军继续前进，渡过黄河，最后在鄂尔多斯托里图地方，找到林丹汗三福晋苏泰及子额哲，额哲率部下一千余户归降，并献出传为元朝顺帝逃亡时携走的历代传国玉玺。九月，后金军凯旋，回到沈阳。
后金降服察哈尔部，实现了对漠南蒙古的统一，不仅解除了自己右翼威胁，而且漠南蒙古归附后金，也大大增强了后金力量。而明朝失去察哈尔部策应，其“以西夷制东夷”策略被终结，抵抗后金的力量大大削弱。
如前所述，皇太极继位初，明辽东巡抚袁崇焕等人借与后金议和名义，加紧构筑锦宁防线。袁崇焕认识到，与后金军作战，“只有凭坚城、用大炮一策”，因此迅速遣将修缮锦州、中左所、大凌河三城，并“移商民，广开屯种”
，将防线由宁远前推二百里至锦州，进一步加强山海关外军事部署。
天聪元年（天启七年，1627）五月，在征讨朝鲜胜利后，皇太极以明朝在辽西筑城屯田、没有议和诚意为借口，率军五万余人，进攻锦州、宁远。当时，右屯卫、大凌河城尚未修竣，驻守明军见势逃遁，后金军轻取二城，直趋包围锦州。锦州修筑完备，监军太监纪用、总兵赵率教率明军三万驻守。他们一面凭城固守，一面派人与后金议和，拖延时间，等待援兵。皇太极要求锦州投降，遭拒绝，遂下令攻城。赵率教等炮矢齐下，打得金军死伤累累。围攻半月，锦州城岿然不动。皇太极又从沈阳征调援兵，以一部继续包围锦州，自率主力围攻宁远，希望在宁远得手，再下锦州。宁远有袁崇焕驻守，早有准备。同时，明总兵满桂自山海关来援，驻于宁远城东。皇太极不顾手下反对，下令进攻，结果遭到满桂及袁崇焕城上红衣大炮等火器的猛烈打击。进攻两天，后金军损失惨重，皇太极营帐被炸毁，贝勒济尔哈朗等受重伤。皇太极只得撤军。经过锦州时，皇太极再次攻城，结果又遭到明军炮铳打击，伤亡极大。皇太极不得已，下令撤军回师。
宁锦之战，明军取得大胜，但朝中阉党却攻讦袁崇焕不救锦州。袁崇焕乞归，明廷以王之臣代为督师兼辽东巡抚。不久，明熹宗死，思宗继位，清除阉党，重新起用袁崇焕，擢为兵部尚书兼右副都御史，督师蓟辽，兼督登莱、天津军务。此时，明末农民大起义在陕西爆发，屡败明军。明朝内外交困，两线作战，因此思宗对袁崇焕充满期待，所请多允。袁崇焕许诺，“愿假以便宜，计五年，全辽可复”，即五年收复全辽。至辽后，袁崇焕迅速整顿兵备，使松弛的防务复见起色。总兵官毛文龙据皮岛，经常袭扰后金。但袁崇焕认为他专制欺罔骄横，用计斩之，不无失误，毛部“其后致有叛去者”
。
宁锦之败，后金军再次遭到重创。在驱走察哈尔部，漠南蒙古诸部归附以后，皇太极意识到，山海关、宁远、锦州防守坚固，不易攻克，因此决定绕道蒙古入关，“深入内地，取其无备城邑”
。天聪三年（崇祯二年，1629）十月，皇太极率军从沈阳出发，沿途会合蒙古科尔沁等部，到达蓟镇，从大安口、龙井关、洪山口分别进入长城。十一月，后金军克遵化，明巡抚王元雅兵败自杀。山海关总兵赵率教来援，尽被歼灭。皇太极统军直趋北京，北京戒严。后金军连克玉田、三河、香河，驻通州。袁崇焕带兵驰援，兼程赶至北京。两军在广渠门外激战，城上明军开炮助战，后金兵伤亡较大，退屯南海子。
其时，京中流传袁崇焕“纵敌拥兵”、“引敌胁和”流言。袁崇焕要求率兵入城，遭到朝廷拒绝。后金兵移营南苑，皇太极施反间计，令人故意靠近被俘的明朝杨姓太监耳语说：“今日撤兵，乃上计也。顷见上单骑向敌，敌有二人来见上，语良久乃去。意袁巡抚有密约，此事可立就矣。”不几天，后金故意放跑杨某，杨某立即将所谓袁崇焕通敌情报报告给明思宗。十二月，明思宗逮捕袁崇焕，指责他擅杀毛文龙，与后金和议，私通后金。随同袁崇焕驰援北京的锦州总兵祖大寿大惊，“率所部奔锦州，掠夺民物，毁山海关而出”
。次年八月，袁崇焕被杀。
随后，明朝任命总兵满桂为武经略，统领各路援军。皇太极与满桂战于永定门外，大败之，满桂战死。有将领提出乘势攻下北京，皇太极笑着说：“城中痴儿，取之如反掌耳。但其疆圉尚强，非旦夕所能破。得之易，守之难。不若简兵练旅，以待天命可也。”
十二月末，皇太极留下一封信致明思宗，重申议和，然后率军东退。天聪四年（崇祯三年，1630）正月，后金兵先后攻取永平、滦州、迁安、遵化四城，留阿敏据守，其余部队退回沈阳。不久，明军反攻，阿敏杀四城降官、降民，逃回沈阳。
天聪三年（崇祯二年，1629）袭扰关内之役，无论对后金，还是对明朝，都有较大影响。从后金来说，第一次将进攻明朝的战争从山海关外引进关内，熟悉了进攻路径和明朝虚实，为以后再次入关袭扰打下基础；用反间计杀袁崇焕，在战斗中斩杀赵率教、满桂等，使明朝辽左名将丧失殆尽，军威大振；后金在明朝内地大肆抢掠，满载而归，缓解了当时因灾荒带来的社会危机。从明朝来说，长城被突破，北京被包围，山海关宁锦防线再也挡不住敌军铁骑，国防危急，朝野惊恐；损兵折将，部队士气、战斗力都大大降低，《明史·袁崇焕传》谓：“自崇焕死，边事益无人，明亡征决矣”；西有农民起义军，东有后金军，明朝两翼作战，负担更重，难以应付；敌军掳掠，京畿残破，各地勤王，军费剧增，国库匮乏，加派于民，更加深了明朝的统治危机。
后金兵围北京，明朝起用大学士孙承宗兼兵部尚书，主持军事。天聪五年（崇祯四年，1631），孙承宗督理辽东军务，驻山海关。明朝为了恢复辽东，下令筑大凌河城，再恢复右屯卫城，进逼广宁。七月，总兵祖大寿兴工筑大凌河城，运粮建舍。皇太极闻报，生怕城成后变为宁远、锦州之东又一座坚垒，遂亲率军往毁。八月，城工甫竣，后金军联合蒙古军，携新铸红衣大炮至。城中仅有兵马一万四千余人，但精锐能战，且配备大炮。吸取此前攻城屡为明军大炮所伤教训，皇太极表示：“攻城恐士卒被伤，不若掘壕筑墙以困之。彼兵若出，我则与战。外援若至，我则迎击，于计为便。”
于是，他下令沿大凌河城掘长壕三道，将其与外界隔绝。同时，在大凌河至锦州间驻扎重兵，准备打援。皇太极多次劝降，均为祖大寿拒绝。祖大寿几次出击突围，皆未成功，遂困守城中。九月，明朝派遵化总兵吴襄、山海关总兵宋伟来援，被击败。至十月底，大凌河城内粮绝薪尽，杀人为食，析骸而炊，旦夕不能支。祖大寿力竭计穷，被迫出城投降。但他随后佯称往锦州为后金内应，终得逃还锦州。十一月，皇太极毁大凌河城，携缴获的炮枪等大量战利品回师沈阳。
后金兵围大凌河城之际，明朝登莱巡抚孙元化派参将孔有德及李九成之子千总李应元率兵千人往援。孔有德、李九成、耿仲明均为辽东人，原为毛文龙部下、义子，毛文龙死后，调归宁前兵备道孙元化。孙元化升登莱巡抚，三人分别为参将、偏裨、中军。十一月末，兵至吴桥，发生哗变，李九成遂与孔有德叛变，回军攻莱州、登州（今山东烟台）。崇祯五年（天聪六年，1632）正月，耿仲明在登州城内举兵响应，叛军遂占领登州。孔有德自称都元帅，李九成为副元帅，耿仲明为总兵官，铸印置官。叛军先后杀死两任登莱巡抚，势焰嚣张，关内督抚将官一筹莫展。八月，明朝被迫调来辽东祖大寿军，才解莱州围，进围登州。崇祯六年二月，孔有德、耿仲明率兵逃往海上，李九成先已突围战死。四月，孔有德、耿仲明携船六十余艘、兵丁家口一万三千余人投降后金。皇太极大喜，分授都元帅、总兵官，并许领其众，号天佑军。次年二月，广鹿岛副将尚可喜亦率兵丁三千余人投降后金。皇太极授为总兵官，号其军为天助军。
天聪八年（崇祯七年，1634）五月，皇太极再次向明朝发动入塞之战。这次，他选择的突破口是九边重镇宣府和大同。皇太极率军经过蒙古地区，漠南蒙古各部纷纷来会合。七月初，到达宣大地区，皇太极兵分四路，前两路军由独石口、得胜堡入关，至朔州（今山西朔县）会师，后两路军由龙门、尚方堡入关，进攻宣府、应州（今山西应县）。后金军的一支，略保安州（今河北涿鹿）、延庆州（今北京延庆），明朝京师戒严，调辽兵来援大同。八月，皇太极率军攻克代州，赴大同，败明援兵。皇太极致书守卫大同的明总兵曹文诏，假意和议，遭拒绝，遂攻城，但数日不下。于是，后金军转攻怀远，后攻克万全左卫。闰八月，皇太极率军从尚方堡出边班师。这次入塞，后金军攻克城池甚少，但往来奔突于宣府、大同一带，“禾稼尽蹂躏，庐舍尽焚毁，台堡之人俘斩甚众，遇哨卒辄击败之，军威丕振，明之边吏震恐”
。