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皇太极继位后，不失时机地对内政加以改革，以巩固和加强君主专制，发展和壮大后金政权。
努尔哈赤晚年，对辽东民人抗拒者杀戮，俘取者为奴，汉人纷纷逃亡和暴动，社会动荡，生产萎缩，经济陷入困境。皇太极继位后，明确提出：“治国之要，莫先安民。”他宣布，以前汉官、汉民欲潜逃或被人告发者皆赦免，“嗣后惟已经在逃而被缉获者论死，其未行者，虽首告亦不论”
，使汉官、汉民得到一定程度的保护。几天后，他又谕令，以前因为修筑城郭边墙，劳民力役，如今修葺已竣，以后有颓坏者，止令修补，不复兴筑，以体恤民力，发展农业生产；村庄田土，八旗移居已定，今后不许更移，使各安其业。汉民无荒耕种，如各牛录所居有洼下不堪耕种，愿迁移者听之；“满汉之人，均属一体”，凡审拟罪犯，差徭公务，毋致异同。努尔哈赤时期，实行编庄，汉人每十三壮丁编为一庄，按满官品级，分给为奴。而且，汉人与满官同处一屯，常被侵扰，多致逃亡。皇太极下令按官员品级，每备御止给壮丁八人、牛二头，其余汉人分屯别居，编为民户，“择汉官之清正者辖之”；禁止诸贝勒大臣属下人等私至汉官家需索马匹鹰犬，或勒买器用等物，及恣意行游。史称，“由是汉人安堵，咸颂乐土云”
。这些措施，解放了大量汉族农奴，使他们取得“民户”地位，成为后金政权下的个体农民。
努尔哈赤时规定，凡奴仆讦告诸贝勒如犯私通敌国，及谋害宗室兄弟罪，准许其离开主人，获得自由身份。以其他事讦告诸贝勒者，“俱不许离主”。天聪五年（1631）七月，皇太极修定《离主条例》，明确规定，讦告“私行采猎”、“私行隐匿”、“擅杀人命”、“奸属下妇女”等罪，原告准其离主。第二年三月，又对《离主条例》加以补充，宣布“凡讦告之人，务皆从实。如告两事以上，重者审实，轻者审虚，免坐诬告罪，仍准原告离主。如告数款，轻重相等，审实一款，亦免坐诬告之罪。如所告多实，及虚实相等，原告准离其主”
。《离主条例》的修订和补充，限制了满洲贵族的某些特权，使不少汉人奴仆成为自由农民，缓和了满汉民族矛盾。经过几年的努力，后金农业有了较大发展，粮食基本上能够自给，社会矛盾得到缓和。
对于汉族官员和明朝将领，皇太极也优礼有加，争取支持和归顺。如他对明将马光远以及祖大寿手下将领的争取，对毛文龙部下孔有德、耿仲明、尚可喜等人的厚遇，都收到很好效果，使他们死心塌地为其冲锋陷阵，成为后来八旗汉军的主要力量。这些调整，一定程度上缓和了满汉民族矛盾，对后金政权巩固和发展有积极作用。
皇太极继位初，四大贝勒联合执政。凡文武百官朝见，皇太极与代善、阿敏、莽古尔泰三大贝勒“俱南面坐受”，军政大事由四人轮流分值处理，俨然如四汗。三大贝勒虽然拥立皇太极为汗，但也经常自行其是，威胁皇太极的君主集权。俗话说，卧榻之侧，岂能容他人酣睡。作为一位强势英主，皇太极显然不能容忍。即位不几天，他就下令设立“八大臣”及两班“十六大臣”，八大臣“总理一切事务，凡议政处，与诸贝勒偕坐共议之。出猎行师，各领本旗兵行。凡事皆听稽察”；十六大臣一班“佐理国政，审断狱讼，不令出兵驻防”，另一班“出兵驻防，以时调遣。所属词讼，仍令审理”
。通过增加四十位“大臣”议政、稽察、审理词讼，皇太极分化了诸贝勒旗主尤其是三大贝勒的权力，加强了对他们的监督和控制。
尽管如此，但三大贝勒仍位高权重，国政由其“分月掌理”。至天聪三年（1629）正月，皇太极借口三大贝勒“分月掌理”国政，烦劳未便，命八大臣传谕，以后国政可令以下诸贝勒代之，倘有疏失，罪坐诸贝勒。三大贝勒无奈，皆称善。皇太极遂以诸贝勒代理直月之事，剥夺了代善、阿敏、莽古尔泰“分月掌理”国政的权力。
其后，皇太极又先后诛革三大贝勒。他先向二贝勒阿敏开刀。天聪四年（1630）六月，因阿敏导致滦州失守、尽屠永平、迁安官民及遽然逃归，皇太极下令议罪。诸贝勒大臣揣得其意，罗列出阿敏十六条罪状，合词请诛。皇太极表示不忍加诛，下令从宽免死，加以幽禁。十年后，阿敏死于幽禁之所。莽古尔泰暴躁无谋，天聪五年八月，大凌河之战，莽古尔泰不听皇太极指挥，且拔刀相威胁。事后，大贝勒代善及诸贝勒等议准，莽古尔泰在御前露刃，革去大贝勒，降居诸贝勒之列。几个月后，莽古尔泰暴死。
天聪五年（1631）十二月，制定次年元旦朝仪，皇太极下令讨论贝勒莽古尔泰“可否仍令并坐”。诸贝勒集议后，“执不可并坐者半”。代善是个明白人，立即上奏说，我们与皇上并坐“甚非礼也”，“自今以后，上南面中坐，以昭至尊之体，我与莽古尔泰侍坐上侧”。奏闻，皇太极“从之”
。至天聪六年元旦，皇太极开始“南面独坐”，真正君临天下。代善宽柔谨慎，至天聪九年九月，皇太极终于也罗织出其四条罪状，众议革大贝勒名号，并削和硕贝勒职。皇太极命免革职，仅夺罚资产。代善经此打击，权势明显跌落。这样，威胁皇太极集权的三大贝勒势力基本消除。
皇太极还仿照明朝制度，更定后金官制。皇太极十分注意学习汉族统治经验，强调官制要按照《大明会典》而行。天聪三年（1629）四月，他下令设立文馆，翻译汉文典籍，记注本朝政事。皇太极又吸收汉族官员，如范文程、宁完我等入馆理事，并处理国书、奏章，参政议政。天聪十年三月，文馆改为内三院，即内国史院、内秘书院、内弘文院，各设大学士、学士，实际上发挥明朝内阁、翰林院职能。天聪五年七月，皇太极又接受汉官宁完我建议，仿照明朝设立吏、户、礼、兵、刑、工六部。但稍有不同的是，六部由八旗贝勒分掌部务，对皇太极负责，具有旗、政双轨制性质。各部下设承政，相当于侍郎，各设满、蒙、汉复职。这些改革，无疑加强了皇太极的专制集权。
努尔哈赤时期，八旗成员主要是女真人，故称满洲八旗。其中有少量蒙古人和汉人，分隶各旗之中。皇太极继位后，蒙古军民归附者不断增加。天聪三年（1629），在原来八旗满洲内蒙古军基础上，皇太极设立蒙古二旗。天聪九年，蒙古二旗扩充为蒙古八旗，旗色和建制同于满洲八旗，成为后金的另一支主要武装力量。
同时，皇太极着手建立汉军旗。八旗满洲开始主要倚重骑兵，长于野战。在攻城略地的战斗中，皇太极逐渐认识到西洋大炮（红衣大炮）的威力。天聪五年（1631）三月，皇太极新编汉军，操练火炮鸟枪，夺明军火器之所长以攻明军。至天聪七年七月，由八旗下抽调汉人为兵，正式设立汉军一旗。
天聪年间，皇太极建立蒙古八旗、汉军旗，扩大了后金军队的兵源，提高了战斗力。不仅如此，建立蒙古八旗、汉军旗，也打破了满洲八旗贝勒对军队的垄断，削弱了他们的权势，从而进一步巩固了皇太极的君主集权。