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《黄帝内经》构建了中医学的基本框架。《黄帝内经》把人看作是一个有机的整体，五脏六腑、四肢九窍通过经络联系起来，表里内外相互影响，人的健康、疾病与自然环境关系密切，提出了“天人合一”，人体是一个统一的整体的观念；在疾病治疗上提出三因制宜、未病先防、既病防变的方法。张仲景的《伤寒杂病论》，创立了“辨证论治”的思想，形成了理、法、方、药临证医学理论体系，从而开创了中医学理论与临床有机结合研究方法的典范。后来的“金元四大家”也从不同角度、不同方法对中医学进行了研究，大大丰富了中医药学的理论。
明清时期疾病流行，促使温病学派形成，温病学派对感染性疾病和传染病做出了卓越的贡献。清初，康熙仍坚持遵循封建文化，强化封建专制，闭关自守，致使资本主义萌芽胎死腹中。在大的历史背景下，与同时期西方医学进入还原分析时代的趋势不同，中医学仍然沿着经验医学发展。譬如明代李时珍著《本草纲目》，成为伟大的药学家；明清时期疫病流行，促使温病学派的形成，对感染性疾病和传染病的诊治做出了卓越贡献。伴随着西方医学传入，中医学对中西医学进行了比较研究，认识到自身缺乏解剖学知识，存在推衍臆测成分较多等缺陷，主张汲取西医学的长处，接纳一些西医诊疗技术用于中医临床诊治，出现了中西汇通学派，但对人体和疾病研究并没有摆脱经验医学的影响。并且，当时国内外的帝国主义和封建主义势力对中医药学采取限制、废除等政策，严重打压了中医药学的生存和发展。
中华人民共和国成立以来，中医药学研究进入了一个新的历史阶段。中医药在继承以往成果的基础上，紧跟现代科学技术和现代医学的发展，从理论到实践，从宏观到微观，系统、全面地与现代科学技术相融合。将中医学“辨证”的宏观诊断改进为“病证结合”，即辨病与辨证相结合；临床和实验室检查相结合；宏观辨证与微观辨证相结合。对患者状态进行全面诊断，了解疾病和病情，推动中医辨证论治工作实现了规范化、现代化，丰富了临床治疗，提高了临床疗效。在骨科损伤、针灸、麻醉等方面的临床研究均取得显著成效。在中药新药研发方面也取得了辉煌的成果，如治疗慢性粒细胞白血病的靛玉红由中药青黛研制而来，治疗急性早幼粒细胞白血病的三氧化二砷注射液由中药砒霜研制而来，防治心脑血管病的丹参酮、丹参素和复方丹参注射液等从丹参研制而来，抗疟新药青蒿素从中药青蒿研制而来等。
当前，中西医学的相互渗透、相互融合，推动了中医药进入现代实验研究和现代化的新阶段，推动了世界中医药的发展。尤其是中国在世界上首次开创了“中西医结合”这一新的专业领域，对各国传统医学与现代医学融合的研究起到了示范和启迪作用。
中医药学作为一门传统医学，应该有自己独特的方法论。要充分运用和发挥中医药学自身的方法论优势，依据中医药学理论和临床实践的特点，积极利用现代科学中最先进的科学技术方法，不断吸收和运用在中西医结合研究中或在中西药交叉渗透中产生的新的理论方法，构架中医药学研究的方法论。
（韩冰冰）