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在初步确定了选题之后，首先要对准备研究的问题进行思考，依据已掌握的理论和事实形成假设或猜测来解决问题，这就需要建立假说（hypothesis）。然后，根据这些假说来设计实验，进行研究，以便验证、修改或完善假说，甚至使假说上升为理论。“幻想是诗人的翅膀，假说是科学的天梯”（歌德）。任何科学实验都必须建立假说，假说的建立是科研选题的核心环节，正确提出科学的假说是科研人员的基本技能。
假说是根据已知的科学事实和理论对研究主题提出假设性的解释。以客观事实和科学理论为基础，能够揭示问题的内在性质和规律，这就是科学假说。科学假设应具有以下基本特征。
1．假说的建立应以必要的科学事实为基础 假说以事实和科学理论为基础，也与已知的科学理论和基本事实相一致。科学假设基于真实的事实，与毫无根据或迷信的言论有着根本的区别。
2．对于假说的阐释应尽量系统化 假说不仅要以事实为基础，而且要能够解释现有的现象，不仅要解释过去的理论、事实和现象，还要解释过去理论无法解释的事实和现象。一个假说能够得到阐释的范围越大，反映客观规律的程度就越好，对假说的系统解释就更好。一个假说不可能解释所有的事实，但应该能够解释大部分的事实，尤其是与假说成立有关的主要事实。
3．假说应当可以被实践验证 假说的科学价值在于可被重复和验证。一个好的假说应当是可以重复和验证的，重复和验证得越多，科学价值越大，越接近理论范畴。对于医学科研，科学假说必须在实践中可以重复和验证。
科学假说的建立通常包括以下过程。
1．准备阶段 在做出初步假设之前，作者应掌握事实，进行深入严谨的观察和总结，综合查阅相关文献，仔细阅读分析，讨论主要矛盾并且找到突破性的想法来解决问题，在此基础上产生的灵感和直觉被称为早期想法或想法的火花。这不仅是做出假说的基础，也是意识进一步发展的前提。这种演绎推理一般是基于已知的知识来想象未知，而不是纯粹的虚构。同时，在选择一个看起来更合理的假设之前，往往需要比较、选择、修改和仔细考虑各种假设。
2．建立阶段 在初步假设的基础上，对事实和信息、已知科学理论的广泛论证及类比、回归和演绎推理方法的使用之后建立假说。一旦做出假说，就需要根据各种事实对假说进行解释。在这个过程中，需要利用各方面的信息和知识来演绎推理。初步假设只有在理论内容得到证实和改进后才能发展成为相对合理的科学假设。演绎推理的形式和功能在这个过程中非常重要。
3．完善阶段 假说成立后，应用这个假说一般可以解释已知的事实和现象。完善一个假说的过程主要基于假说是否可以预测未知事实或新现象，这也是评价假说的科学意义及其应用前景的重要因素。如果所有的假设预测都得到了实验证实，那么所建立的假设的正确性就得到了证实。
上述方法建立的假设只是一个猜测，但必须能够解释现有的现象和事实，并做出预测或结论。当然，这些预测和结论必须能够在未来实践中得到检验。
科学假说的内容和真实性包含着尚未确定的成分。因此假说必须经过实践（调查、观察和实验）去检验和发展，最后人们才能够真正认识到假说背后内在的规律。要检验和发展假说，必须通过严格的科学实验，只有实验结果证实了假说的正确性，才能上升到理论范畴。
假说检验分为两部分，首先进行假说的逻辑分析，其后进行实验检验。
1．逻辑分析 主要检验假说在理论上是否成立，逻辑分析的方法主要是逻辑证明和反驳，即从少量的简单前提出发，通过严密的逻辑推理得出的结论，如果与已知的结论和事实不相矛盾，并能由此预测出新的结果，则可进行下一步实验检验。
2．实验检验 医学实践中假说的实验检验包括调查、观察和实验等不同方法的验证。方法虽然不同，但基本要求却相同，都要求进行科学严谨的科研设计，所得到的结果必须是可重复的。
检验结果大致有以下情况，不同情况应视具体情况具体分析分别对待：
实验结果符合假说的预期结果，这种情况只能认为在你进行实验的特定条件下才是正确的，对有普遍意义的假说一般不被绝对证实，也即真理的相对性。
实验结果部分符合假说预期结果，这种情况要进一步分析实验的科学性和严密性，若无误，对假说进行修改和补充，使之适应矛盾的事实，然后再进行实验，继续修改和补充，直至达到和实验结果相符。
实验结果与假说不符，但也不能否定假说（证伪），这种情况则应从不同角度和侧面再进行检验，而不能随便放弃假说。
实验结果与假说预期结果截然相反，这种情况，即使修改和补充假说也不能自圆其说时，一般考虑放弃原假说。
1．科学假说具有科学性和思辨性两个方面 提出假说，必须要有扎实的科学依据，以实践为基础，实事求是。还要勇于创新，勇于思考，勇于打破传统思维。
2．检验假说不得主观、片面 假说作为一种假设，如果证明与事实不符，无法补充或修改，则必须断然放弃。只有经过实践检验的假说才能发展成规律和理论。
3．全面对待各种假说 人类活动在不断变化，实践的标准是绝对的，也是相对的。围绕同一现象有几个不同的假说是正常的，两个完全相反的假说有可能是一个事实的两个方面，这使我们能够调查与每个假说相关的事实，并得到重要的启示。
（韩冰冰）