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从道地药材的形成过程来看，就反映了人们已经意识生态环境对药材质量的影响。从特定角度来说，生态环境促成了道地药材的形成，植物生态型是道地药材形成的生物学实质。根据影响因子的不同，又可以分为气候生态型、土壤生态型、生物共栖生态型。因此，药用植物生态学研究方法也可以参考中药资源生态学的研究方法，以现代生态学的方法为参考，建立药用植物生态学的研究方法。
目前，生态学科的基本研究方法为野外考察和定位观测、原地实验和人工控制实验、数学模型和数量分析方法。与普通生态学不同，药用植物生态学除了要关注药物生存、发育、繁育问题外，还要关注植物体内所含次生代谢产物组成与环境的关系，这样就造成本学科与普通生态学在研究方法上有所不同。因此，药用植物的生态学研究除需参考普通生态学的研究方法外，也需结合本学科特点开展方法学的研究。
当然，对于药用植物生态学这门新近学科，还有很多领域需要人们去深入开展研究，还有很多研究领域需要大家去开拓。