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药用植物生态学真正意义上地被提出，是在2004年王德群教授主编的《药用植物生态学》一书。近年来，随着现代生态学理论及方法的发展，对于药用植物生态学的研究也在不断进步。在现代宏观分析方面，研究者运用“3S”技术（遥感技术（remote sensing，RS）、地理信息系统（geography information systems，GIS）和全球定位系统（global positioning systems，GPS））来获得药用植物的适宜性分布区域，为药用植物人工种植提供科学依据。如张小波等人在获得全国各地青蒿素含量数据的基础上，应用统计分析方法研究青蒿素含量与气候因子和地理分布之间的关系，运用ArcGIS软件进行青蒿素含量的气候适宜性等级划分，找到了黄花蒿在我国的最佳人工种植区。在微观机制研究方面，利用分子生态学的手段，可用于研究药用植物品质形成及道地性的分子机制。研究表明，在特定的生长区域，道地药材基原物种选择性地表达与其性状表型相关的基因，使其在形态结构、生理机制、遗传特性等方面表现出与非道地产区药材不同的品质特征。影响道地药材性状相关基因表达的环境生态因子，既包括非生物因素，如光照、温度、水分和土壤等，也包括生物因素，如土壤微生物的菌群结构和植物共生的微生物。环境生态因子影响基因和表观遗传调控，又由于不同等位基因对环境的敏感性有比较大的差异，使得道地产区和非道地产区的药材，以及来源于不同道地产区的药材表现出不同的品质特征。如低温（14℃）环境可促进当归中阿魏酸和黄酮类成分的积累，从而导致当归在道地产区甘肃和非道地产区的品质差异。通过高通量测序对不同产地当归根内生细菌和根际细菌的多样性进行比较，产自岷县的当归根内生细菌的多样性高于渭源县产当归，且部分当归根内生细菌可能来自根际土壤。但环境中生态因子众多，且环境可能会掩饰基因型的非连续变异，使得药材在表型上呈现连续变异，从而使不同产地药材的品质变异变得平滑而不可检测，最终影响与道地药材形成相关的生态主导因子的确定，即环境生态因子对药材次生代谢产物合成和积累的影响是间接的。此外，栽培药用植物时，根及根茎类植物占大多数，“连作”障碍是目前比较突显的一个问题。近年来，对于连作障碍的机制和消减技术的研究越来越多。张重义等人通过化感连作障碍的根际生物学及其分子生态学机制研究，化感自毒物质会介导连作地黄根际灾变，且自毒物质与病原菌协同作用于地黄，使地黄根及叶均出现病变。随着分子生物学研究的不断深入、测序技术的发展及测序成本的降低，群体遗传及生态因子在群体遗传中的作用也成为药用植物生态学的研究热点之一。