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升降出入是《内经》对物质运动形式的基本概括。《内经》认为，升降出入是自然万物气机运动的基本形式。气是形成自然万物的基本元素，宇宙空间及生命体中均存在着气的升降出入运动，气之升降出入运动于生命体是无物不有，无时不有。因此，无论天体还是生物体乃至人体，其气化均以升降出入为基本形式。正如《素问·六微旨大论》云：“出入废则神机化灭，升降息则气立孤危。故非出入，则无以生长壮老已；非升降，则无以生长化收藏。是以升降出入，无器不有。故器者生化之宇，器散则分之，生化息矣。故无不出入，无不升降。化有小大，期有近远，四者之有，而贵常守，反常则灾害至矣。”其中“升降出入，无器不有”即论述了气的升降出入对于生物体存在的普遍性，指出了升降出入是所有物质均具有的基本运动形式；“非出入，则无以生长壮老已；非升降，则无以生长化收藏”则表明了气的升降出入对维持万物生化活动的重要性；“出入废则神机化灭，升降息则气立孤危”，以及“反常则灾害至”又表明反常的气机变化及生命体的死亡均是源自气的升降出入失常或止息。
升降出入理论虽出自运气学说，然由于气本源理论对《内经》理论体系的影响，升降出入理论广泛渗透到了《内经》理论的各个方面。纵观《内经》对阴阳、藏象、经络、营卫气血以及病机等认识，无不是升降出入理论的具体呈现。
升降出入，在自然界表现为阴阳气交运动。天地是自然界之大阴阳，天地之间不仅是自然万物生存的空间，而且天地之气不停息的交流运动，亦为生命体进行生化活动提供了基础。天地之气的交流运动便表现为天气下降，地气上升的不停息的升降运动，如《素问·六微旨大论》云“气之升降，天地之更用也”，“升已而降，降者谓天；降已而升，升者谓地。天气下降，气流于地；地气上升，气腾于天。故高下相召，升降相因，而变作矣”，“上下之位，气交之中，人之居也……气交之分，人气从之，万物由之”。其“高下相召，升降相因，而变作矣”一语指出了天气下降，地气上升，升降相因，阴阳相感的过程是天地之气氤氲而化生万物的过程，只有天地之气升降不息，才有自然界的勃勃生机。
天地云雨之气的形成与转化，也是天地之气升降运动过程的主要表现。《素问·阴阳应象大论》言：“地气上为云，天气下为雨，雨出地气，云出天气”，指出自然云雨的产生是天地之气升降运动相互转化的结果。而四时之气春生、夏长、秋收、冬藏的生化状态，实则是四时阳气春升、夏浮、秋降、冬沉所致，亦源自气的升降出入。张介宾《类经》谓：“天地之交，四时之序，惟阴阳升降而尽之矣。自子之后，太阳从左而升，升则为阳；自午之后，太阳从右而降，降则为阴。大而一岁，小而一日，无不皆然。”因此，如若天气不降，地气不升，则自然界生机止息，万物死亡，如《素问·四气调神大论》所言：“交通不表，万物命故不施，不施则名木多死。”
自然界气机的升降出入运动，在运气学中主要指客气六步位置的升降。主要表现有迁正、退位、不迁正、不退位及升降不前。其中，不迁正、不退位及升降不前属于自然界的气机升降出入运动失常，常易引起气候异常变化，轻则使人体脏腑气机升降失常，重则导致郁气以及温疫的发生。在临床上，可据此分析某些急症及流行病乃至温疫的病机，从而指导辨证论治。
升降出入是人体阴阳之气运动的基本形式。升降，是升清阳，降浊阴；出入，是出浊阴，入清阳。所谓清阳，是指清阳升发之气，为精微物质的轻清部分；所谓浊阴，既可指精微物质的浓厚部分，在某种情况下又指糟粕。《素问·阴阳应象大论》言“清阳出上窍，浊阴出下窍；清阳发腠理，浊阴走五藏；清阳实四支，浊阴归六府”，即是谈人体阴阳之气的升降出入，“清阳出上窍，浊阴出下窍”是人体阴阳之气的升降运动，“清阳发腠理，浊阴走五藏；清阳实四支，浊阴归六府”则是谈人体阴阳之气的出入运动。《素问·生气通天论》之“阴者，藏精而起亟也；阳者，卫外而为固也”，以及《素问·阴阳应象大论》的“阴在内，阳之守也；阳在外，阴之使也”，均是谈阴入阳出的运动过程。人体阴阳的升降出入失常，则产生疾病，如“清气在下，则生飧泻；浊气在上，则生䐜胀”。
升降出入运动是人体脏腑气机运动的基本形式。升降出入运动停止，人体生命活动将终止。人体脏腑功能活动以气化的形式进行，而这种气化形成的基础也是五脏之气的升降出入运动，肝气自左而升，肺气自右而降，一升一降；心气为阳，布达于体表，肾气为阴，主治于体内，一出一入；脾胃位居中焦，为其他四脏气机升降出入之枢纽。如此有升有降有出有入，脏腑不仅可以进行各自的功能活动，而且还能维系着彼此之间相互和谐的关系。正如《素问·刺禁论》所云：“肝生于左，肺藏于右，心部于表，肾治于里，脾为之使，胃为之市。”同时，人体精微之气的代谢和分布，亦是以五脏之气的升降出入为基础的，如《素问·经脉别论》云：“饮入于胃，游溢精气，上输于脾，脾气散精，上归于肺，通调水道，下输膀胱，水精四布，五经并行。”
人体营卫之气运行亦表现为升降出入。人体的营卫之气是人体精气的重要组成部分，具有营养、护卫、温煦等重要生理功能。而营卫之气的运转、敷布，亦呈现为二者升降出入的过程。按《灵枢·营气》记载，营气的循行是沿着十二经脉流注的次序，一阳一阴交替运行，随着人体经脉的阴阳交替而不断地出入与升降。卫气的循行，按《灵枢·卫气行》记载，则昼行于阳经二十五度，夜行于五脏二十五度，随着昼夜的交替而进行着有规律的出入运动，而这种有规律的出入运行，又是人体睡眠机制形成的重要基础，即《灵枢·营卫生会》所云：“气至阳而起，至阴而止”。一旦营卫之气的升降出入失常，则影响睡眠，因此，调和营卫成为临床治疗失眠或多寐的重要原则之一。
人体三阴三阳经脉主持人体阴阳表里出入。《灵枢·根结》指出，人体三阴三阳之气除运行气血，联络脏腑与肢体的功能之外，又有主持人体阴阳之气表里出入的作用，云：“太阳为开，阳明为阖，少阳为枢……太阴为开，厥阴为阖，少阴为枢。”对此，张介宾《类经》解释为“太阳为开，谓阳气发于外，为三阳之表也。阳明为阖，谓阳气蓄于内，为三阳之里也。少阳为枢，谓阳气在表里之间，可出可入，如枢机也”，“太阴为开，居阴分之表也。厥阴为阖，居阴分之里也。少阴为枢，居阴分之中也，开者主出，阖者主入，枢者主出入之间”，即三阳经主持阳气的出入，三阴经主持阴气的出入。张志聪《伤寒论集注》则认为“无病之人，六气循行亦从厥阴而少阴，少阴而太阴，太阴而少阳，少阳而阳明，阳明而太阳”，即人体之气的运行是由一阴而三阴，由一阳而三阳，而邪气的传变，则与正气的运行相反，《伤寒论》所谓的六经传变正是邪气沿六经由表而入里的过程。
天地之气处于不停息的升降运动之中，一旦某种因素导致升降出入失常，便会引发自然界生化活动的紊乱以及人体疾病的产生。《素问·六元正纪大论》便从五运郁滞不发及郁极乃发的角度，论述了人体疾病的发生机制，云：“郁极乃发，待时而作也……土郁之发……故民病心腹胀，肠鸣而为数后，甚则心痛胁䐜，呕吐霍乱，饮发注下，胕肿身重……金郁之发……故民病咳逆，心胁满引少腹，善暴痛，不可反侧，嗌干面尘色恶……水郁之发……故民病寒客心痛，腰脽痛，大关节不利，屈伸不便，善厥逆，痞坚腹满……木郁之发……故民病胃脘当心而痛，上支两胁，鬲咽不通，食饮不下，甚则耳鸣眩转，目不识人，善暴僵仆……火郁之发……故民病少气，疮疡痈肿，胁腹胸背，面首四支，䐜愤胪胀，疡疿呕逆，瘛疭骨痛，节乃有动，注下温疟，腹中暴痛，血溢流注，精液乃少，目赤心热，甚则瞀闷懊
，善暴死。”临床治疗此类疾病应从调整人体脏腑的气机升降出入运动着手，《素问·六元正纪大论》指出：“木郁达之，火郁发之，土郁夺之，金郁泄之，水郁折之。”
历代医家对升降出入理论多有发挥，并结合临床实践，颇有见解。金代医家刘完素认为，玄府是气机升降出入的通道，不仅世之万物皆存在升降出入的气机运动，在个体生命的每一部分亦皆存在气机的升降出入运动，这是人体各部分发挥功能活动的基础，其中，玄府即气机升降出入的通道，而人体疾病的发生，亦因气机运行失常。刘氏在《素问玄机原病式·六气为病》中云：“玄府者，无物不有，人之藏府皮毛，肌肉筋膜，骨髓爪牙，至于世之万物，尽皆有之，乃气出入升降之道路门户也……‘是以升降出入，无器不有’，人之眼、耳、鼻、舌、身、意、神识，能为用者，皆由升降出入之通利也；有所闭塞者，不能为用也。”由此可见，刘完素治疗热证在表者主张开郁散结是以升降出入理论为指导的。
金代医家李杲认为人体气机升降出入与自然之气同理。人以胃气为本，人体气机升降的枢纽在于中焦脾胃，因此，十分重视脾胃的升降作用。人体饮食精微的敷布是在脾胃的作用下升已而降，降已而升。一旦脾胃升降功能失常则精微下泻，气机紊乱。李杲在《脾胃论》中指出：“盖胃为水谷之海，饮食入胃，而精气先输脾归肺，上行春夏之令，以滋养周身，乃清气为天者也；升已而下输膀胱，行秋冬之令，为传化糟粕，转味而出，乃浊阴为地者也……不然，损伤脾胃，真气下溜，或下泄而久不能升，是有秋冬而无春夏。”
金代医家张元素在《医学启源》中把药物的气味与其升降出入紧密结合，制定出药物的“风生升，热浮长，湿化成，燥降收，寒沉藏”等升降规律。如防风、羌活、升麻、柴胡、葛根等为风升之品，黑附子、干姜、乌头、肉桂等属于热浮长之品，黄芪、人参、甘草、当归等属于湿化成之药，茯苓、泽泻、猪苓、滑石、瞿麦属于燥降之品，大黄、黄柏、黄芩、黄连等属于寒沉之类，从而把升降出入理论引用到了临床应用之中。这种药物的分类方法对后世认识药性、合理组方配伍极有裨益。
清代吴达也强调中焦脾胃气机升降在五脏中的重要作用。其在《医学求是·血证求源论》中云：“土位于中，而火上、水下、左木、右金。左主乎升，右主乎降。五行之升降，以气不以质也。而升降之权，又在中气，中气在脾之上、胃之下，左木、右金之际。水火之上下交济者，升则赖脾气之左旋，降则赖胃土之右转也。故中气旺，则脾升而胃降，四象得以轮旋。中气败，则脾郁而胃逆，四象失其运行矣。”指出中焦脾胃在火上、水下、左木、右金五行五脏之位中的重要地位与作用，中焦功能失常直接影响上下左右四脏功能。
清代医家张琦《素问释义·玉机真脏论》亦云“五脏相通，其气之旋转本有一定之次……其左右之行，则水木左升，火金右降，土居中枢，以应四维”，“中枢旋转，水木因之左升，火金因之右降”。脾胃不仅能促进各脏气机正常运转，使之不至于停滞为病，同时有制约各脏气机的升降过度，维持其协调状态的作用。何梦瑶在《医碥·气论》中指出：“藏属肾，泄属肝（升则泄矣），此肝肾之分也；肝主升，肺主降，此肝肺之分也……而静藏不至于枯寂，动泄不至于耗散，升而不至于浮越，降而不至于沉陷，则属之脾，中和之德之所主也。”使脾胃在转枢五脏气机中的作用得以进一步发挥和引申。
清代医家周学海认为气机升降失常多为内伤，气机出入失常多为外感。其在《读医随笔·升降出入论》中指出：“升降者，里气与里气相回旋之道也；出入者，里气与外气相交之道也。里气者，身气也；外气者，空气也。”认为升降是人体内部气机的运转形式，而出入是人体之气与自然之气的交流。其在病机，则“内伤之病，多病于升降，以升降主里也；外感之病，多病于出入，以出入主外也。”强调外感病机在于气机的出入失常，内伤病机在于气机的升降失常，言简意赅地总结了内伤外感病机的不同，逐一列举了治疗方法，提出不可直升直降、直散直敛的用药禁忌。
总之，在《内经》及后世中医学家的论著中，气机升降出入理论不仅指天地自然气机升降出入，而且被广泛地应用于人体脏腑经脉营卫气血生理功能的认识，以及治疗疾病乃至养生学当中，深刻认识其理论内涵，对准确把握中医理论的精髓，从而指导临床辨证治疗具有至关重要的作用。