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中医运气学的指导思想与《内经》相一致，明显地表现出天人相应的整体思想及唯物辩证法思想。
天人相应的整体思想属于中国传统哲学中一直备受重视的哲学思想和思维方法。人类生活在自然界当中，自然界存在着人类赖以生存的环境和条件，同时，自然界环境的变化又可以直接或间接地影响人体生命活动，可以说，人与自然息息相关。
《内经》在研究人体生命活动规律时，充分运用了天人相应的整体观念来研究人与自然的密切关系。天人相应的整体观贯穿于运气理论的始终。运气理论认为自然界蕴含三阴三阳六气和五行之气的运动变化规律，人体也蕴含三阴三阳六经之气和五脏之气的运动变化规律，而自然气候变化关系于自然界三阴三阳六气和五行之气的运动，人体生命活动正常与否取决于人体自身三阴三阳六经之气和五脏之气是否与自然界三阴三阳之气和五行之气相协调。因此，五运六气理论认为人体生命活动与自然变化密切相关，自然界阴阳五行之气的运动与人体五脏、六经之气的运动是相互收受通应的，正如《灵枢·岁露论》所云：“人与天地相参也，与日月相应也。”
自然阴阳五行之气的升降出入运动变化是宇宙万物变化的总规律。中医运气学认为包括人类在内的整个物质世界始终处在不停顿的升降出入运动变化之中，没有天地自然阴阳五行之气的升降规律运动，就没有自然万物变化及各种生命现象，所以《素问·天元纪大论》云：“动静相召，上下相临，阴阳相错，而变由生也。”自然界一切变化都是由于天地自然界有规律的升降出入运动而产生的，其运动规律是连续的、永恒的。《素问·六微旨大论》也指出：“成败倚伏生乎动，动而不已，则变作矣……出入废则神机化灭，升降息则气立孤危。故非出入，则无以生长壮老已；非升降，则无以生长化收藏。”均说明了物质世界具有不断升降出入运动变化的特性，自然运动规律致使自然界产生各种生命现象。
《内经》认为自然界天地万物、四时六气，乃至人体生命活动等都是相互依存、相互作用、不可分割的运动变化的整体，对于自然界的一切变化，包括人体健康和疾病必须运用整体运动观予以观察与分析。
天人相应的整体运动观在运气学中表现得尤为突出，运气学集中地探讨了自然气象运动规律及其对人体的影响。首先，它强调了人居天地之间、气交之中，与自然界是统一的整体，如《素问·六微旨大论》云：“上下之位，气交之中，人之居也。故曰：天枢之上，天气主之；天枢之下，地气主之，气交之分，人气从之，万物由之，此之谓也。”天气在上而下降，地气在下而上升，人体生命位于天地之气交会之中，故必须顺应天地之气的变化而变化。《素问·至真要大论》则更明确指出：“天地之大纪，人神之通应也。”说明了人体生命活动与天地变化规律是相互通应的。正如《素问·五运行大论》云：“南方生热，热生火，火生苦，苦生心，心生血，血生脾。其在天为热，在地为火，在体为脉，在气为息，在脏为心……喜伤心，恐胜喜；热伤气，寒胜热；苦伤气，咸胜苦。”把天之六气、地之五行、方位与人体的脏腑、七情等方面紧密相连，形成了“四时五脏阴阳”的理论体系。
其次，在自然界的万千变化中，运气学理论突出了气候变化对人体生命及各种生物的影响，并且强调了由于天体周转，才有寒暑交替，才有气候温凉变化，从而产生了各种生命生长化收藏现象及世间万物。正如《素问·天元纪大论》所言：“九星悬朗，七曜周旋，曰阴曰阳，曰柔曰刚，幽显既位，寒暑弛张，生生化化，品物咸章。”运气学还认为气候变化与地域方位有关系，东南西北地域方位不同，其气候亦存在一定差异，西北地势高其气偏寒凉，东南地势低其气偏温暖，如《素问·五常政大论》云：“地有高下，气有温凉，高者气寒，下者气热。”运气学在探求自然界气候变化规律时，将天文、气象、地理等视为一体，进而阐明人体及各种生物的生命状态，指导临床诊治要重视三因制宜。
基于人与自然界息息相通的思想，运气学比较详细地论述了各不同年份气候的常变与发病的关系。如《素问·气交变大论》云：“岁火太过，炎暑流行，肺金受邪。民病疟，少气咳喘，血溢血泄注下……岁金太过，燥气流行，肝木受邪。民病两胁下少腹痛，目赤痛眦疡，耳无所闻。”论述了五运六气太过与不及之岁的致病特点。
其三，运气学理论依据天人相应整体思想，提出了运气异常所致疾病的治疗原则，如《素问·五常政大论》强调了“必先岁气，无伐天和”。所谓岁气，即每年的气候变化；天和，即自然气候的正常变化。岁气每年变迁，四季气候不断更替，治疗用药必须顺应四时规律。所以在运气理论中，对标本中气、岁主脏害、六气淫胜为病等指导临证治疗都进行了较为详细的论述。例如，针对客主相胜为病，《素问·至真要大论》提出了相应的治法和用药原则。如：“高者抑之，下者举之，有余折之，不足补之，佐以所利，和以所宜，必安其主客，适其寒温，同者逆之，异者从之。”诸如此类，不胜枚举。
总之，中医运气学认为人体生命与自然界是一个不可分割的有机整体，自然天地万物包括人体生命都处在不断的运动变化之中。因此，研究自然气候变化规律及其对人体健康及疾病的影响，必须从整体恒动变化的角度予以分析，必须运用《内经》天人相应的整体思想为指导。
我国古代哲学思想对中医学理论体系的形成及发展产生重要影响。精气学说、阴阳五行学说是我国古代关于世界本原及发展变化的宇宙观和方法论，是对中医学包括运气理论体系的形成和发展最有影响的哲学思想。这些思想被运用到中医学各个领域，并成为中医学理论体系的核心。
精气学说，又称“元气论”，或“气一元论”，它是研究宇宙万物生成及发展变化的古代哲学思想，其中蕴含丰富的唯物论辩证法思想。精气学说认为精气存在于宇宙之中，是构成宇宙本原的运动不息的极细微物质，宇宙万物的生成皆是精气自身运动变化的结果，人体生命作为宇宙万物之一亦由精气构成。
精气学说的思想被中医学所运用，反映于《内经》。尤其，运气理论将精气学说应用到医学、天文学、气象学等方面，因此，精气学说在运气学中占有特别重要的地位。运气学认为气是物质的本源，气是运动的，运动是有规律的，形气能相互转化，进而从形气相互转化这一理论出发，探讨了天体演化、宇宙形成及生命的起源。如《素问·五运行大论》云：“夫变化之用，天垂象，地成形，七曜纬虚，五行丽地。地者，所以载生成之形类也。虚者，所以列应天之精气也。形精之动，犹根本之与枝叶也，仰观其象，虽远可知也……地为人之下，太虚之中者也……大气举之也。”指出了地球和其他星体一样，依靠大气的托举及推动悬浮于太虚之中，并在太虚中有规律地运行着。充满生机的宇宙世界是天地精气运动变化的结果，运气学以此为指导思想，全面阐述了以六十年为一个周期的自然界五运六气的运行变化规律及其对人体生命活动的影响。
阴阳五行学说是我国古代用来认识自然和解释自然的世界观与方法论，包含着丰富的辩证法思想。运气学以阴阳五行理论为指导思想，在研究气象、气候运动变化及其对物候、人体病候影响的规律时，无不运用阴阳五行的法则进行阐述，使阴阳五行理论及其思想贯穿于运气学的各个方面。
阴阳学说是研究阴阳的概念内涵及其变化规律，用以解释宇宙万物的发生、发展、变化的古代哲学理论，是古人认识宇宙万物及其变化规律的世界观和方法论。阴阳理论认为阴阳的对立统一是天地万物运动变化的总规律，自然界纷纭众多的物质现象和事物皆可以用阴阳归类，物质世界只有有了阴阳的相互运动，才能产生无穷的变化。
运气学以阴阳学说为指导思想，始终运用阴阳的辩证关系来研究自然规律、气候变化规律，进而分析人体疾病规律。指出“天以阳生阴长，地以阳杀阴藏，天有阴阳，地亦有阴阳”（《素问·天元纪大论》），认为“阴阳之气各有多少，故曰三阴三阳”（《素问·天元纪大论》），说明由于阴阳多寡不一，呈现状态亦异；进而将三阴三阳配以六气来研究气候变化规律，《素问·天元纪大论》指出：“厥阴之上，风气主之；少阴之上，热气主之；太阴之上，湿气主之；少阳之上，相火主之；阳明之上，燥气主之；太阳之上，寒气主之。”运气理论强调阴阳的升降运动是气候变化的根本原因，指出“阴阳之升降，寒暑彰其兆”（《素问·五运行大论》）；运气理论进一步强调自然界一切变化都遵循着“动复则静，阳极反阴”（《素问·六元正纪大论》）的阴阳变化规律；运气理论还运用阴阳理论说明气象变化关系，如“夫阴阳之气，清静则生化治，动则苛疾起”；特别是运气学在预测具体年份气象、物候、病候时全部运用干支阴阳来推求。可以说，阴阳理论作为运气学的指导思想与研究方法贯穿于运气学的始终。
五行学说是确定五行的内涵、特性、归类方法及生克制化关系，并用以解释宇宙万物的发生、发展、变化及其相互联系的古代哲学理论，是含有丰富系统论思想的中国古代哲学的宇宙观和方法论。五行理论认为，宇宙间万事万物的属性可以在不同层次上分为木、火、土、金、水五类，并以此研究自然万物运动规律及相互之间的复杂关系。自然界各种事物和现象的发展变化都是这五种不同属性的物质不断运动和相互作用的结果。
运气学以五行学说为指导思想，不仅用以推求气运变化规律、气运与疾病的密切关系，而且，运用五行理论广泛地研究自然万物之间的普遍联系及相互关系，使古代哲学的五行理论在中医运气学中得到充分运用及发展。在中医运气学中，运用五行理论研究的事物非常广泛。运气理论把五方、五气、五味、五体、五色、五脏等与五行相联系，显示了自然万物之间的系统性及整体性，特别是运用天干及五行总结出天干化五运的规律，进而用以推求主运、客运的变化规律，又运用五行配以干支及三阴三阳六气，总结出了六十年六气变化规律，从整体系统的全方位角度深入研究了自然气候更替规律。
总之，精气学说、阴阳五行学说的基本观点和方法被引入运气学中，与中医学固有的理论及临床经验相融合，构建了运气学独特的理论体系及思维方法，在古代唯物辩证法思想的指导下，研究了天地自然五运六气运行规律，推导了气候物候病候变化规律。