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运气，即五运六气的简称。它是中国古代研究天时气候变化规律，以及天时气候变化对生物（包括人体）影响的一门科学。运气理论是以天人相应整体观为指导思想，以阴阳五行为理论框架，基于天干、地支规律来研究以六十年甲子周期为单位的气候、物候及病候变化规律，它是古人对自然气候、物候及人体疾病等方面加以整体观察的规律性总结。
中医运气理论主要由“五运”和“六气”两部分组成。五运，即木运、火运、土运、金运、水运，五运分别配以天干，用来推测每年岁运和五个季节的气候变化规律。六气，即风、热、火、湿、燥、寒，六气分别配以地支，用来推测每年岁气和六个时段的气候变化规律。五运是形成气候变化的地面因素，六气是形成气候变化的空间因素，五运和六气相结合，可综合分析及判断每年气候变化和疾病流行的一般规律，还可以判断各年气候变化和疾病流行的特殊情况，从而为预防自然灾害、疾病流行，以及临床诊断治疗等提供依据。
中医运气理论在《内经》中有较详细的记载，并已形成了比较系统且完整的理论体系。历代医家在此基础上运用于医疗实践，使其得到充实和提高。近年来，随着医学模式的转变，对于天体运动节律与生物生命活动节律关系的研究，以及气候变化规律与人体生命节律、发病规律关系的研究日益受到国内外学者的重视，并取得了进展。现代的气象医学、地理医学、环境医学、时间医学等学科均与运气理论密切相关。
中医运气学是中医学理论体系的重要组成部分。它以自然界的气候变化及生物体对这些变化所产生的反应为基础，把自然气候现象与生物的生命现象统一起来，把自然气候变化与人体发病规律、用药规律及养生防病原则统一起来，从宇宙节律角度探讨气候变化对人体健康及发病的影响。这种“人与天地相参”、气候变化与人体生命相关的理论充分体现了中医运气学体系的科学性及其学术特点。
五运六气理论主要记载于《内经》的《素问·天元纪大论》《素问·五运行大论》《素问·六微旨大论》《素问·气交变大论》《素问·五常政大论》《素问·六元正纪大论》《素问·至真要大论》，以及《素问》的两遗篇《刺法论》和《本病论》，在《素问·六节藏象论》《灵枢·九宫八风》等篇也有相关记载。
《内经》五运六气理论属中医外感病因学范畴。它首创了六十年甲子周期的医学气象历法，阐发了六气致病理论，提出了气化学说和病机学说，系统论述了天人相应整体观的治疗原则，扩大了中医学理论范畴，有力地促进了中医理论的发展，并有效地指导着中医临床辨证治疗及疾病预防。诚如《素问·六节藏象论》所云：“不知年之所加，气之盛衰，虚实之所起，不可以为工矣。”强调了学习和研究运气理论的重要性及必要性。
中医运气理论对于阐明外感病因所致的病机变化规律、六十年甲子周期气候变化规律与疾病的关系，进而指导临床诊治及预防均具有重要意义。因此，历代医家都十分重视运气理论及其临床运用，曾有“不懂五运六气，捡遍方书何济”之训。运气学在病因病机方面，突出地强调了“正邪论”和“求属论”，指出“气相得则和，不相得则病”；提出了“审察病机，无失气宜”“谨守病机，各司其属”“必先五胜”“有者求之，无者求之，盛者责之，虚者责之”等审察病机原则；在病位病性方面，则根据各种不同的致病因素和具体临床表现，以木、火、土、金、水五行及肝、心、脾、肺、肾五脏进行定位，以风、寒、暑、湿、燥、火盛衰等进行疾病定性；在治疗方面强调辨证论治，主张“必伏其所主，而先其所因”“谨察阴阳所在而调之，以平为期”等；在方药方面，提出了“治有缓急，方有大小”及君臣佐使的制方原则；根据运气变化规律，提出了如“风淫所胜，平以辛凉，佐以苦甘，以甘缓之，以酸泻之”等独特的四气五味组方用药原则。
中医运气学是古人经长期的实践观察总结出来的天人相应的医学规律，具有重要的学术价值及临床实用价值。五运六气理论涉及天文、历法、气象、物候及医学等诸多学科，其理论是继承和弘扬中医学的重要内容。