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中国（上海）自由贸易试验区的前身为上海综合保税区，自从2009年11月上海综合保税区正式挂牌成立以来，上海航运功能与制度不断创新。总体来看，中国（上海）自由贸易试验区航运功能与制度创新经历了两个阶段：第一阶段，上海综合保税区航运功能与制度创新；第二阶段，中国（上海）自由贸易试验区航运功能与制度创新。
上海综合保税区由洋山港保税区、外高桥保税区（含外高桥保税物流园区）和浦东机场综合保税区构成，其挂牌成立标志着三区联动实质性启动。上海综合保税区内三区联动，实现了政策、资源、产业和功能的联动互补，集聚效应大大增强，凸显了三区作为海关特殊监管区域的整体优势，使区域功能更丰富、成本更低廉、运作更顺畅、企业更便利，实现了1＋1＋1＞3的放大效应，形成了资源优化整合、区域联动发展的新格局，成为上海建设国际航运中心的核心区域、国际贸易中心的重要载体、国际金融中心的重要突破点。
上海综合保税区在功能与制度领域实现创新的载体主要依托国际航运发展综合试验区。自从挂牌以来，在航运功能领域的创新主要体现为：水水中转集拼业务、启运港退税业务、飞机船舶单机单船租赁业务（SPV）、期货保税交割业务。在航运制度与政策领域的创新主要体现为：中资“方便旗”船舶特案免税、保税船舶登记制度、营业税免征等。取得的阶段性成果如下：
2011年11月，中资“方便旗”船舶特案免税登记政策的实施期限延长至2015年12月31日。
2012年3月，洋山保税港区作为交通运输部海事局批准的全国首个特殊中国籍国际航运登记港，率先启动了保税船舶登记业务，对注册在洋山保税港区从事国际航运业务的保税船舶办理船舶登记业务。
2012年10月，国内首单保税船舶登记业务成功试点运作，该项举措是探索建立“国际船舶登记制度”迈出的第一步，为我国航运企业更为平等地参与国际竞争创造了条件，开辟了中资国际航运“方便旗”船回归的新途径。
（续表）
对注册在洋山保税港区内的航运企业从事国际航运业务取得的收入，免征营业税；对注册在洋山保税港区内的仓储、物流等服务企业从事货物运输、仓储、装卸搬运业务取得的收入，免征营业税。营业税免征政策实施以来，航运企业的税收成本在一定程度上得到了下降。2010年，共有280家航运物流企业执行了免营业税政策，仅2010年洋山保税港区免征营业税额就达16亿元。同时，免营业税政策也深化到了国内航运等业务范围，扩大了政策效应的作用。随着2012年上海市试点营业税改征增值税，注册在洋山保税港区内的仓储、物流等服务企业享受增值税“即征即退”政策，2012年，这些企业即征即退14.21亿元。
2010年10月，“国际贸易结算中心专用外汇账户”试点启动。
2012年8月1日，启运港退税政策试点运作。由上海浦海航运公司、中外运湖北有限责任公司承运，由青岛前湾港、武汉阳逻港出发，并从水路转关直航运输经上海洋山保税港区离境的集装箱货物，试行启运港退税政策。即由原来的“国内货物，国外中转”转变为“国内货物，洋山中转”，缩短了企业出口退税时间，降低了资金占用时间，提高了企业资金周转效率，减少了每年国内流失到国外港口的中转箱量。
2011年12月18日，成功试点运作货物由厦门经外高桥港区运抵洋山区内仓库的业务；在扩大水水中转集拼业务规模的基础上，2012年12月12日至19日，国际中转集拼业务试单运作，首单境外货物由韩国运至外高桥港区，经水上“穿梭巴士”运抵洋山保税港区，在洋山国际中转集拼中心内与国内出口货物组合拼箱后，发往波兰和斯洛文尼亚，开通了国际中转集拼功能全流程，在全国率先实现国际集装箱货物的二次集拼和中转运输。
2009年11月18日，上海“三港三区”联动启动，在体制、政策、监管、功能等方面入手，推动资源整合，提高整体竞争力。
2011年1月13日，启动上海口岸报关报检“一单两报”试点，实现企业进口货物的报检、报关信息通过一个窗口一次录入分别报送海关与检验检疫两个部门，有效减少了企业申报的信息的重复录入，降低了误差率，提高了工作效率，对推动上海国际航运中心建设、推进贸易便利化意义深远。
2010年12月24日，期货保税交割业务启动。试点品种为铜、铝，试点区域为上海洋山保税港区。指定保税交割库自2011年3月16日起接受并办理期货保税标准仓单相关业务申请，制作期货保税标准仓单的货物须为上期所注册品牌。
2012年4月25日，在全国首次启动保税仓单质押融资功能，中国银行与江铜、迈科和瀚骏三家试点企业共同签订以保税仓单质押融资为核心内容的供应链金融战略合作协议。
2013年3月20日，借助试点期货保税交割业务的先发效应，中国第一个大宗商品领域的保税现货价格——“洋山价格”正式在上海亮相。首期产品“洋山铜溢价”通过国内外第三方权威数据平台同步发布。
2010年6月27日，单机单船融资租赁项目在综合保税区正式启动运作。注册在上海综合保税区的5家单机项目公司和1家单船项目公司获颁营业执照，上海综合保税区成为国内首个同步开展飞机、船舶单机单船租赁业务的保税区。
2011年4月11日，波罗的海航运交易所全球航运运价衍生品中央交易系统（Baltex）在上海浦东启动。波罗的海航运交易所全球航运运价衍生品中央交易系统启动由波罗的海交易所与软件开发机构协同开发的中央电子全球交易平台，其开发是为了响应2008年金融危机后，欧盟对柜台交易（OTC）金融衍生产品的监管要求。波罗的海航运运价衍生品自1985年产生以来，全球市场规模达到300多亿美元，主要形式以柜台交易为主。但2008年金融危机爆发以来，欧盟要求场外衍生品要在中央交易系统进行交易，以提高透明性、流动性和可监管性。2008年下半年，波罗的海交易所开始研发航运运价衍生品电子化中央交易系统，并于2010年夏上线测试。全新的中央交易系统将由波罗的海交易所进行运营，由英国金融管理局进行监管，交易将在伦敦清算所、芝加哥商品交易所清算机构、新加坡清算所、挪威清算所进行清算，交易方几乎囊括所有最重要的国际大宗商品贸易商、银行和投资银行，以及重要航运机构，交易量预计将出现成倍增长。
2011年6月28日，上海航运交易所正式推出集装箱远期运价交易，包括上海—欧洲、上海—美西两条航线。航运运价中远期交易第一批交易成交。航运运价中远期交易旨在为船公司、货主、货代、无船承运人、贸易商和投资人等进行航运运价交易活动提供服务。交易商可将航运运价指数衍生品作为风险管理的工具，充分发挥运价指数衍生品发现价格、套期保值、规避风险的积极作用。
2012年11月28日，中国进口原油运价指数（CTFI）和中国进口干散货运价指数（CDFI）两大价格指数正式对外试运行。CTFI指数包括中国进口原油运输两条航线，分别为中东湾拉斯坦努拉—中国宁波和西非马隆格/杰诺—中国宁波，船型为市场主流船舶超大型油轮（VLCC）。CDFI指数包括3条期租航线、11条程租航线，覆盖中国进口的铁矿石、煤炭、粮食和镍矿四大货种，船型为海岬型船、巴拿马型船和超大灵便型船，采用期租（美元/天）和程租（美元/吨）相结合的运价发布形式。
2013年4月16日，银行间市场清算所股份有限公司（简称上海清算所）在上海正式推出人民币远期运费协议（FFA）中央对手清算业务。人民币远期运费协议中央对手清算业务指在中国境内由经纪公司帮助达成交易、以人民币计价和清算结算的远期运费协议产品，由上海清算所提供中央对手清算服务，在规范、专业的风险管理体系下，即使原来交易对手方违约甚至破产，所达成人民币远期运费协议的权利义务也仍然可以确保得到履行。上海清算所FFA业务目前有6家中外经纪商、1家银行作为清算会员。
2010年10月12日上午，由上海出发的意大利歌诗达“浪漫”号邮轮抵达厦门国际邮轮中心，并将于傍晚出发前往台湾。这标志着国际邮轮在中国沿海多港挂靠和两岸直航政策的巨大突破，厦门由此成为第一个享受此政策的邮轮旅游城市。
2011年3月14日，皇家加勒比国际邮轮旗下的豪华邮轮驶抵上海吴淞口国际邮轮码头，这是吴淞口国际邮轮码头建成后迎来的首艘邮轮，意味着该码头正式加入国际邮轮母港行列。
2011年11月18日，中国首家外资邮轮公司——歌诗达邮轮船务（上海）有限公司在上海港国际客运中心揭牌，该项目填补了中国外商独资邮轮船务领域的空白，也标志着上海邮轮母港建设迈入新阶段。
《中国（上海）自由贸易试验区总体方案》明确指出了航运功能与制度创新的主要领域，其中航运功能领域的创新体现为：海关监管模式由以前的先报关、后入区转变为先入区、后报关；开通跨境电子商务平台；支持扩大启运港退税政策试点范围。
（1）沿海捎带业务先行先试。交通运输部已允许中资公司拥有或控股拥有非五星红旗船，先行先试外贸进出口集装箱在国内沿海港口和上海港之间的沿海捎带业务，此举将有利于提高上海港中转能力，同时降低沿海外贸物流综合成本，减少我国外贸箱源外流经第三地中转的现象。
（2）启运港退税试点扩围提上议程。随着启运港退税试点扩围纳入自贸试验区总体方案，上海正在加快研究扩围方案，争取利用好黄金水道资源，更为有效地提高上海港辐射服务能力。同时，上海海关初拟《进出境快件转运中心管理办法》，修订《进出境快件监管办法》，以此作为转运中心管理、转运快件监管的依据；上海检验检疫局发布《中国（上海）自由贸易试验区空运国际中转快件动植物及其产品、食品检验检疫监督管理规定（试行）》，对机坪直转国际转运货物不实施现场查验，对国际中转快件实现电子申报、分类管理和快速放行。在口岸部门的支持下，浦东机场国际中转最短货物衔接时间缩短至6小时以内。
（3）国际中转集拼创新业务启动。2014年8月，国际中转集拼创新业务已经启动。海关已在外高桥保税物流园区和洋山保税港区分别选定一家试点企业开展创新业务的试运作。上海港国际中转集拼业务的突破，将会吸引更多企业来上海中转，预期会带来货源和主要航线的增加。
（4）国际贸易“单一窗口”上线试运行。上海国际贸易“单一窗口”建设首期两个试点项目（一般贸易进口货物的申报与结果反馈、船舶出口岸联网核放）已通过测试，于2014年6月上线运行。其中，一般贸易进口货物的申报与结果反馈，具体体现为：企业通过互联网登录上海国际贸易“单一窗口”平台，一次性录入（或导入）一张大表，可以满足海关、检验检疫、海事等监管部门对货物申报和信息共享的需求，同时口岸管理部门通过该平台，将监管结果信息实时反馈给申报人。船舶出口岸联网核放，实现了海事、海关、检验检疫、边检等通过“单一窗口”办理船舶放行手续，企业不用再分别到各查验单位办理盖章手续，海事部门依据其他三个口岸管理部门的放行信息，直接在单一窗口平台上发出准予船舶离港的信息。
在航运制度领域的创新体现为：
（1）国际船舶登记制度。在现有登记政策的基础上，研究推动实施便捷高效的国际船舶登记制度，简化国际船舶运输经营许可程序，适当放宽登记主体、船龄范围等登记条件，完善船员配备、登记种类、登记收费、船舶航行区域等登记内容，优化船舶营运、检验与登记业务的相关流程。充分发挥上海的区域优势，利用中资“方便旗”船税收优惠政策，促进符合条件的船舶在上海落户登记；在试验区实行已在天津试点的国际船舶登记政策。简化国际船舶运输经营许可流程，形成高效率的船籍登记制度。
（2）促进航运服务便利化的金融制度。改革试点人民币跨境使用、人民币资本项目可兑换、利率市场化和外汇管理制度。支持试验区开展境内外租赁服务。取消金融类租赁公司境外租赁等境外债权业务的逐笔审批，实行登记管理。经批准，允许金融租赁公司及中资融资租赁公司境内融资租赁收取外币租金，简化飞机、船舶等大型融资租赁项目预付货款手续。
（3）促进航运投资便利化的商事登记制度。探索企业登记住所、企业名称、经营范围登记等改革，开展集中登记试点。推进“先照后证”改革。探索许可证清单管理模式。简化和完善企业注销流程，试行对个体企业、未开业企业、无债权债务企业实行简易注销程序。
在航运政策领域的创新体现如下：
（1）放宽外商投资国际船舶运输的股份比例。允许外商在中国（上海）自由贸易试验区以超过49％的比例设立中外合作经营企业；允许船舶登记主体的外资出资比例突破50％的限制；允许外商设立独资企业从事国际船舶管理业务。
（2）实施沿海捎带试点政策。允许中资航运公司利用自有或控股拥有的非五星旗国际航行船舶先行先试外贸进出口集装箱在国内开放港口与上海港之间（以上海港为中转港）的捎带业务。