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世界上知名的自由贸易区都是与港口相连的，实行区港一体化布局，如纽约自由贸易区、鹿特丹自由贸易区、新加坡自由贸易区以及迪拜自由贸易区，以综合发挥自由贸易区的政策优势和港口的区位优势，有效促进自由贸易区与航运的联动发展。
从宏观角度来看，境外典型航运中心注重自由贸易区与港口航运的管理体制融合，负责港口航运管理的政府部门参与自由贸易区的规划与管理。从微观角度来看，当地的港口和海关当局共同参与自由贸易区的运营管理。
自由贸易区通常具有转口贸易、国际物流、仓储、加工、商品展示和金融等多种功能，港口航运业通常具有运输、物流和仓储等功能。境外典型航运中心注重自由贸易区功能和港口航运功能的高度融合，实现各自服务功能的拓展和服务能级的提升。
针对货物在批量、价值以及时效性等方面的不同特点，境外航运中心在自由贸易区的发展过程中还充分发挥了海港空港的先导性作用和互动效应。如作为纽约新泽西港的管理者以及自由贸易区的承授人，纽约新泽西港务局还运营管理着与该自由贸易区同在25英里半径范围内的肯尼迪、拉瓜迪亚和纽瓦克三大国际机场。鹿特丹港不仅货物吞吐量依然位居世界港口前十位，继续保持欧洲第一大集装箱港口的地位，而且同城的鹿特丹机场是荷兰第三大机场，与阿姆斯特丹国际机场距离不到一小时路程。海空联运则是新加坡海港与空港合作开展的一项增值业务。迪拜打造了将远东地区货物海运至该地，再直接空运至欧洲、非洲以及南美各地的海空联运模式。