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上海国际航运中心自从20世纪90年代以来，经历了四个阶段，目前正处于攻坚克难的第四阶段。
为了有效地领导、组织、协调推进上海国际航运中心建设，上海市成立了上海国际航运中心建设的相关组织机构。
1996年5月10日，上海国际航运中心上海地区领导小组成立，旨在加强对上海地区港口和航运建设的领导。领导小组下设办公室（简称国航办）承担领导小组的日常工作。国航办设置秘书处、政策法规处、港口规划处、航运协调处。国航办属市政府非常设机构，主要工作职责有六项：①贯彻党中央、国务院关于建设上海国际航运中心的战略决策和指示，研究拟订上海国际航运中心地区建设和发展的方针、政策。②指导、组织编制上海国际航运中心地区建设和发展的总体规划、中长期规划。③负责与中央各有关部委和上海周边港口省市的协调联络，协调组织跨地区、跨部门的建设和经营项目的实施。④组织监督上海国际航运中心上海地区各项重大项目的实施。⑤协调组织上海国际航运中心重大课题的研究、论证、比选。⑥归口管理上海国际航运中心的对内对外宣传及人才培训等。
1997年5月26日，交通部和上海市、浙江省、江苏省政府在上海召开上海国际航运中心第三次联席会议，研究了组建上海组合港管委会等事项。9月18日，国务院批复同意交通部关于成立上海组合港的组建方案。9月29日，由交通部和两省一市政府共同组成的上海组合港管理委员会及其办公室正式挂牌成立。上海组合港设管理委员会（以下简称管委会），作为跨地区的港口集装箱码头行政管理机构，负责对组合港范围内集装箱码头的规划、建设和协调，不代替各港口管理当局的职责。管委会由交通部副部长任主任，上海市副市长、浙江省副省长、江苏省副省长任副主任。原交通部副部长刘松金、洪善祥和徐祖远先后兼任上海组合港管理委员会主任。管委会办公室负责日常工作。办公室主任由交通部选派，副主任由上海市、浙江省、江苏省各选派一人，成员由交通部、上海市、浙江省、江苏省分别选派。办公室内设秘书处、规划处、协调处。根据工作需要，组合港管委会办公室还增设了研究室和信息处。办公室人员原行政隶属关系不变，工资福利由原单位解决。办公室设在上海市，办公设备由上海市提供，办公经费由组合港范围内经济实体按比例分担。
1994年下半年，上海市政府交通办公室已开始组织有关航运市场的调查和课题研究以及《上海航运交易管理规定》等相关法规、规章草案的起草工作。1995年10月，上海市成立上海航运交易所筹建处，全面负责上海航运交易所的各项筹建工作，筹建工作进入实质性启动阶段。1996年1月，李鹏总理在上海召集江、浙、沪领导研究工作时强调，要加紧做好上海航运交易所的筹建工作。同年4月，李鹏总理在交通部领导有关工作汇报上批示：要确保上海航运交易所按时开业。5月，市政府批复市府交通办公室，同意成立上海航运交易所，明确上海航运交易所属于非营利性事业单位，经济上实行独立核算、自收自支，由上海市和交通部共同组建，上海市负责行政管理，交通部负责行业管理。同月，交通部和上海市联名报请国务院审批《上海航运交易所管理规定（送审稿）》。9月18日国务院批复同意《上海航运交易所管理规定》，10月3日由交通部颁发试行（1996年第8号交通部令）。根据《上海航运交易所管理规定》，上海航运交易所的基本功能是“规范航运市场行为，调节航运市场价格，沟通航运市场信息”。在遵循“公开、公平、公正”原则的前提下，上海航运交易所从事航运信息的加工与发布、航运公约的宣传与推广、航运政策的研究与建议、航运业务的沟通与交流、航运交易的经纪与鉴证、航运实务的咨询与代理、航运文本的制定与示范、航运市场的规范与服务。
随着上海国际航运中心的建设，集装箱深水枢纽港成为上海国际航运中心建设的核心，也是中共上海市委、市政府十分关心的问题。1998年2月，时任上海市市长徐匡迪在市十一届人大一次会议上所作的《政府工作报告》中提出，要加快上海国际航运中心规划和建设，主要任务是：“积极推进深水港新选址比选论证和前期准备工作；完成外高桥港区一期码头集装箱化改造和二期集装箱码头建设；加强与组合港其他港口的联合；积极配合和推进长江口深水航道治理一期工程；完善上海航运交易所的交易和服务功能。”由此，上海国际航运中心建设进入以深水枢纽港为核心的基础设施建设阶段，主要体现如下：
1996年8月，交通部下达《关于开展上海国际航运中心新港址论证工作的函》。从9月开始，上海动员各方力量，在市府国航办的组织协调下，围绕大小洋山深水港址，根据交通部提出的比选标准，分150多个专题，开展了艰苦而卓有成效的科学论证和各项前期工作。2002年3月13日，上海国际航运中心洋山深水港区一期工程可行性研究报告和开工报告经国务院第56次总理办公会议审议通过，并同意授权上海市管理洋山港港政、航政和口岸管理的方案。随后，国家计委正式下达批复意见。2002年4月1日，上海国际航运中心深水港建设进入实质性启动阶段。上海市深水港工程建设指挥部宣告成立，作为工程投资主体的上海同盛投资（集团）有限公司也正式挂牌，大桥项目公司成立。4月，跨海大桥和深水港码头的设计先后完成。5月，国家主管部门审查通过一期工程初步设计。6月，洋山深水港区一期工程正式开始基础性开工，于2005年12月10日全面建成。洋山深水港区二期工程于2006年12月竣工投产，共建成4个7~10万吨级泊位，码头岸线长1400米，陆域面积为0.8平方千米，年设计能力为210万标准箱。洋山深水港区三期工程一阶段于2007年12月竣工投产，二阶段于2008年12月竣工投产。共建成7个7~10万吨级泊位，码头岸线长2600米，陆域面积5.9平方千米，年设计能力为500万标准箱。三期工程的完成，标志着洋山深水港区北港区主体工程全面建成。洋山深水港区的建成提升了上海港口的吞吐能力，上海国际航运中心已初现雏形。
长江口深水航道治理工程是一项世界级的工程，规模宏大、技术要求高、施工难度大，从决策到施工得到了党中央、国务院的高度重视。1992年，国家计委将“长江口拦门沙航道演变规律与深水航道整治方案研究”列入国家“八五”科技攻关计划。1994年4月4日，“长江口拦门沙航道演变规律与深水航道整治方案研究”通过国家计委组织的成果技术鉴定会。1995年3月，长江口深水航道工程预可行性研究报告通过评审。11月，交通部和上海市政府联合向国家计委上报《关于报送“长江口深水航道治理工程项目建议书”的报告》。
1997年7月，经国务院批准，国家计委批复同意《长江口深水航道治理一期工程项目建议书》。9月，交通部、上海市政府、江苏省政府联合向国家计委上报《长江口深水航道治理工程一期工程可行性研究报告》。国家计委于11月予以批复统一。
1998年1月27日，长江口深水航道治理一期工程在上海浦东新区外高桥沿江大堤宣告开工。时任国务院副总理的吴邦国在开工典礼上讲话中指出，“作为我国又一项跨世纪的宏伟工程，长江口深水航道治理工程的正式开工标志着我国航道整治水平的提高，标志着上海国际航运中心的建设向前迈出了一大步”。“开辟长江口深水航道，是建设上海国际航运中心的基础工程和前提条件”。由交通部、上海市和江苏省三家出资组建的长江口航道建设有限公司也同时宣告成立。长江口航道建设有限公司作为长江口深水航道治理工程的项目法人，负责这一工程的建设、管理。
长江口深水航道治理一期工程于1998年1月开工，2000年7月通过交工验收，共建成导堤74.6千米，形成底宽300米、水深8.5米的新航道51.77千米。
长江口深水航道治理二期工程于2002年4月28日正式开工，2004年5月10日开通了9米水深航道，2005年3月29日全面完工，形成了一条底宽350~400米、通航水深10米、总长74.47千米的深水航道。
长江口深水航道治理三期工程于2006年9月30日正式开工，2010年3月14日全面建成，通过交工验收，形成了全长92.2千米、底宽350~400米、水深12.5米的双向航道，标志着长江口深水航道治理目标成功实现。
至此，长江口深水航道治理工程走过了12个年头。这是一项世界级的工程，是中国水运工程建设史上的一项壮举，是多学科技术成果的综合体现，也是广大科技工作者和工程建设者集体智慧和心血的结晶，取得了具有国际先进水平的大型河口整治成套技术科技成果。长江口通航水深从7米提高到12.5米，大大提高了航道的通过能力，改善了船舶安全航行的条件，提高了大型船舶的营运水平，带来了显著的社会经济效益，间接的社会经济环境效益也非常巨大。
从1990年开始，上海港国际集装箱吞吐量年增长率一直在20％以上，而上海港集装箱专用泊位少，制约了集装箱运输业的发展。为缓解这一矛盾，1996年，上海市政府决定实施长江口南岸外高桥港区一期码头集装箱化改造，并要求尽快启动二期集装箱码头建设。
外高桥港区一期码头集装箱化改造工程于1997年6月开工，1998年6月竣工，将4个多用途泊位改造成3个全集装箱泊位。
外高桥港区二期集装箱码头建设工程于1997年9月28日正式开工，1999年8月竣工，建成集装箱泊位3个。
外高桥港区三期集装箱码头工程于1999年10月开工建设，2001年11月竣工，建成集装箱泊位2个。
进入21世纪后，上海港实现了新的跨越。鉴于集装箱码头能力与需求存在很大缺口，为继续壮大集装箱优势产业，上海港务局再次集中精力、财力、物力，在五号沟地区开建集装箱新港区。
外高桥港区四期集装箱码头工程于2000年3月开工建设，2002年底完工，建成集装箱泊位4个，同时新建配套内支线集装箱泊位2个。
外高桥港区五期集装箱码头工程于2003年3月28日开工建设，2004年11月30日完工，建成4个5万吨级海轮泊位（兼顾8000万TEU以上集装箱船靠泊作业）和2个3000吨级长江驳泊位。
1997年至2005年的8年间，上海港在外高桥港区先后完成外高桥一期集装箱化改造工程，新建二、三、四、五期工程和配套内支线码头工程，形成大型集装箱泊位12个、多用途泊位4个和支线泊位4个，实现了外高桥港区集装箱业务规模化运营。在洋山深水港区尚未建成的情况下，满足了上海港集装箱业务的发展需求，不仅使该港区成为上海港的集装箱主体港区，集装箱吞吐量占全港集装箱总吞吐量的60％，更重要的是确保了长三角及长江流域每年新增的集装箱转运需求，为长三角及长江流域经济发展做出了重要贡献。
2009年3月25日，温家宝总理主持国务院常务会议，原则通过关于推进上海加快发展现代服务业和先进制造业、建设国际金融中心和国际航运中心的意见。会议认为，在应对国际金融危机的形势下，推进上海加快发展现代服务业和先进制造业，建设国际金融中心和航运中心，对于发挥上海的比较优势和示范带动作用，更好地服务长三角地区、服务长江流域、服务全国，具有重要意义。
2009年4月14日，国务院办公厅下发《国务院关于推进上海加快发展现代服务业和先进制造业建设国际金融中心和国际航运中心的意见》（国发〔2009〕19号），（以下简称《意见》）。该《意见》明确了上海国际航运中心建设的总体目标是：到2020年，基本建成航运资源高度集聚、航运服务功能健全、航运市场环境优良、现代物流服务高效，具有全球航运资源配置能力的国际航运中心；基本形成以上海为中心、以江浙为两翼、以长江流域为腹地，与国内其他港口合理分工、紧密协作的国际航运枢纽港；基本形成规模化、集约化、快捷高效、结构优化的现代化港口集疏运体系，以及国际航空枢纽港，实现多种运输方式一体化发展；基本形成服务优质、功能完备的现代航运服务体系，营造便捷、高效、安全、法治的口岸环境和现代国际航运服务环境，增强国际航运资源整合能力，提高综合竞争力和服务能力。《意见》明确提出上海国际航运中心建设的主要任务和措施是：①优化现代航运集疏运体系。②发展现代航运服务体系。③探索建立国际航运发展综合试验区。④完善现代航运发展配套支持政策。⑤促进和规范邮轮产业发展。
2009年5月11日，上海市政府颁布《上海市人民政府贯彻‹国务院关于推进上海加快发展现代服务业和先进制造业建设国际金融中心和国际航运中心意见›的实施意见》（以下简称《实施意见》），进一步明确了加快推进上海国际航运中心建设的具体任务和措施。全力配合国家有关部门，加快推进国际航运枢纽港、现代航运集疏运体系和现代航运服务体系建设，努力增强国际航运资源整合能力，提高综合竞争力和服务能力。到2020年，基本建成航运资源高度集聚、航运服务功能健全、航运市场环境优良、现代物流服务高效，具有全球航运资源配置能力的国际航运中心。
国务院2009年19号文件和上海市《实施意见》进一步明确了优化现代航运集疏运体系和发展现代航运服务体系的主要任务。其中，优化现代航运集疏运体系的主要任务有：适应区域经济一体化要求，在继续加强港口基础设施建设基础上，整合长三角港口资源，形成分工合作、优势互补、竞争有序的港口格局，增强港口综合竞争能力；加快洋山深水港区等基础设施建设，扩大港口吞吐能力；推进内河航道、铁路和空港设施建设，优化运输资源配置，适当增加高速公路通道，大力发展中远程航空运输，增强综合运输能力；促进与内河航运的联动发展，充分利用长江黄金水道，加快江海直达船型的研发和推广，从船舶技术和安全管理方面采取措施，推动洋山深水港区的江海直达，大力发展水水中转；充分发挥上海芦潮港集装箱中心站及铁路通道作用，做好洋山深水港区铁路上岛规划研究，逐步提高铁水联运比例。
发展现代航运服务体系的主要任务有：积极研究采取措施，降低国际集装箱中转成本，鼓励我国外贸集装箱在上海国际航运中心转运；充分发挥上海靠近国际主航线的区位优势，以及工业基础、人才资源、商务环境等方面的综合优势，大力发展船舶交易、船舶管理、航运经纪、航运咨询、船舶技术等各类航运服务机构，拓展航运服务产业链，延伸发展现代物流等关联产业，不断完善航运服务功能；完善航运服务规划布局，进一步拓展洋山保税港区的功能，发展北外滩、陆家嘴、临港等航运服务集聚区；引导和规范船舶交易市场健康发展，充分发挥上海航运交易所的船舶交易和运价信息发布功能，加快建设全国性船舶交易信息平台，在上海形成具有示范作用的船舶交易市场；建立上海国际航运中心综合信息共享平台，促进形成便捷高效的长三角区域及长江干线港口、航运信息交换系统。
随着上海国际航运中心“两大体系”建设的推进，上海港口吞吐能力不断提升、集疏运体系不断优化、现代航运服务体系不断发展。
2013年，上海外高桥内河集装箱港区、洋山深水港西港区、临港产业区东港区公用码头工程等港口建设有序推进，临港新城东港区一期工程水工码头桩基施工已经完成；长江口深水航道整治三期工程顺利完成，主航道水深达到12.5米；长三角内河高等级航道整治工程全面启动，苏申外港线、大芦线航道整治一期工程已经完成，二期工程已经开工；赵家沟航道经整治后均达到三级航道标准，初步形成连通江浙的高等级内河航道网络；大治河航道、大芦线航道等内河航道整治工作有序开展；洋山深水港区四期及后期工程前期工作继续推进；外高桥六期工程试运行顺畅，目前全面竣工；洋山保税港区进口汽车滚装码头改建工程基本完成；海港集装箱航线得到优化调整，洋山港区已经拥有欧洲、美东、美西、南美、地中海和非洲等多条航线。
上海港集疏运方式结构不断优化，主要体现为水水中转比重和规模不断提高。水水中转是一种现代化的集疏运方式，能有效实现物流的时效性和经济性，增强多种运输方式的融合深度，并有助于解决公路中转造成的城市交通拥堵和环境污染问题，是上海国际航运中心建设的重要标志之一。2013年上海港货物吞吐量完成7.76亿吨，同比增长5.5％；集装箱吞吐量完成3361.7万标准箱，同比增长3.3％。全港货物吞吐量连创历史新高，集装箱吞吐量继续保持世界第一。其中完成水水中转箱量由上年的1393.6万TEU上升到1527.3万TEU，增长9.6％，增速大大高于集装箱吞吐量，发展势头强劲，占比由上年的42.8％上升到45.4％；完成国际中转箱量由上年的178.9万TEU上升到236.5万TEU，占比由上年的5.5％上升到7.0％，增长32.2％。目前，水水中转快速发展的原因，一方面是由于上海港口的水深优势与航线优势正在逐步深化，配套服务不断优化。2013年10月15日，洋山港主航道正式实行双向通航，进出洋山港的船舶平均等待时间将由原来的3.5小时缩短至1.75小时，泊位利用率大幅上升。另一方面是由于上海港口的国际中转量取得明显的增长。优质的服务、经济的中转成本不断吸引国际船舶和货物通过上海中转，促进国际中转箱比重逐年上升。
（1）航运保险业务迅猛发展。截至2012年底，上海拥有132家航运保险专业机构。截至2014年8月初，中国人保、中国太保、中国平安、阳光保险、永安保险、华泰财险、天安保险、大地保险、国寿财险等九家保险机构相继在沪设立航运保险运营中心。2014年1到7月，上海地区船舶险保费收入达26.68亿元，货运险保费收入10.54亿元。目前，保险公司的航运保险业务在上海呈快速集聚的态势（见表4-1）。
表4-1 上海航运保险业经营数据（2014年1~7月）
资料来源：上海航运保险协会
（2）上海航运金融衍生品交易取得突破。上海航运交易所推出上海至欧洲、美西两条航线集装箱远期运价交易、中国沿海散货运价指数、中国沿海煤炭运价指数、南北线煤炭运力衍生品，从而为航运企业提供套期保值、价格发现的交易平台。截至2012年底，累计单边成交金额突破1804亿元。
（3）融资租赁业务规模日益扩大。到2012年底，累计引进8家融资租赁母公司和84家单机单船项目子公司，租赁资产规模超过25亿美元。
2012年8月，交通运输部与上海市政府正式签署《交通运输部、上海市政府加快推进国际航运中心建设深化合作备忘录》。随着2012年11月中共十八大和2013年3月全国两会的相继召开，中国的改革已经进入攻坚期和深水区。因此，需要冲破思想观念的障碍和利益固化的藩篱，敢于啃硬骨头，敢于涉险滩。中央要求上海深入探索具有中国特色、时代特征、上海特点的科学发展之路，当好全国改革开放的排头兵、科学发展的先行者。
随着上海航运服务业的发展，制约上海航运服务业进一步发展的深层次体制机制问题日益突出，政策瓶颈问题日益凸显，主要表现如下：
中资“方便旗”船特案减免税政策实施以来，以特案免税登记方式吸引“方便旗”船回归挂五星红旗并没有取得预期的目标。“特案免税登记政策”适用于2005年之前建造的船舶。据UNCTAD 2006年《Review of maritime transport》的统计数据，当时有1130艘中资外籍船舶。截至2011年12月31日，申请回归的船舶数量总数仅为59艘，共计195万载重吨，已办理登记的船舶仅38艘，共计64万载重吨，与政策执行两年预测回归400万载重吨相去甚远，效果不明显。
自2012年3月中国洋山港“保税船舶登记”正式启动以来，到2013年6月，仅有3艘船舶办理登记业务。其中1艘为外地船公司的船舶，2艘为上海集海航运公司的船舶。国内大型航运企业的船舶仍然选择在香港、巴拿马等地登记。
在人民银行上海总部的领衔下，2009年完成洋山保税港区试验区内企业开设离岸账户的方案研究，提出了以专用账户方式操作离岸账户的设想，为区内企业境外业务提供资金结算便利。到目前为止，在开展国际贸易结算中心试点中，设立专用账户的模式得到了国家外汇管理部门的支持。2010年第三季度，外高桥保税区已有8家企业（营运中心）开展国际贸易结算中心专用外汇账户试点。但离岸账户的方案设计没有在洋山保税港区落地。
2012年8月1日开展首批启运港退税货物运输业务，正式拉开了上海洋山保税港区启运港退税政策试行的序幕。但自从启运港退税业务启动以后，这方面的业务未能继续开展。
洋山保税港区自从启动期货保税交割业务以来，有色金属等大宗商品正在洋山保税港区形成集聚态势，目前已有63家大宗商品龙头企业落户洋山，伦敦金属交易所（LME）指定交割库主要运营商已大部分入驻洋山，20多万平方米大宗商品专用仓库也在加快建设，洋山正逐步成为我国大宗商品进出口物流重要的集散地。涉及的货种主要为电解铜和锌，其中电解铜仓储量达到20万吨，占上海仓储总量的70％~80％。但从目前的运营现状来看，期货保税交割功能不明显，更多地体现为质押融资功能。这些产品大多由一些贸易企业通过外资银行采购，实质上担当了这些贸易企业的质押融资功能，洋山保税港区实际上成为这些贸易企业“保险柜”，这些贸易企业凭借存放的这些产品可以从外资银行取得贷款，转而从事其他的投资业务。真正从事期货保税交割的业务量和成交金额都很少，目前仅为1500吨，交割的价差还不到5‰。
自从国务院2009年19号文颁布以来，上海不断创新海关特殊监管区域的管理制度，并取得了一定的成效。但没有形成系统性地创新海关特殊监管区域的管理制度，对涉及制度性的重要管理政策的推进力度还比较有限，如“国内货物保税延展运作”“洋山保税港区准境外港地位”的争取等，尚未能实现实质性的突破。
由于上述因素制约了上海国际航运中心的新一轮发展，因此上海国际航运中心建设开始进入体制机制创新和政策突破的新阶段，国际航运发展综合试验区开始步入新一轮提升发展的阶段。上海国际航运中心新一轮建设需要创新思维，跳出现有的条条框框，通过先行先试，发挥对长三角乃至全国经济的带动示范作用，可以使上海更好地发挥综合优势，更好地服务长三角地区、服务长江流域、服务全国。2013年9月29日，中国（上海）自由贸易试验区挂牌运行，为上海国际航运中心体制机制创新起到了推波助澜的作用。