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从大学的源起与进化历程来看，大学的逻辑既包含了知识分化与知识生产模式演进的自在要求，也包含了大学作为一个特殊社会机构不断适应外部环境的社会选择要求。社会选择既包括社会生产的规律性、客观性要求，也包括社会治理者如政府，从国家建设需要出发，按功利标准对大学实施干预。大学制度必须尊重大学的逻辑，才能保障大学增强知识发展和社会服务能力。但大学的知识活动要求和社会选择之间往往存在冲突，究其根本在于大学内外部主体的利益诉求往往是不一致的。大学治理即协调大学各利益相关主体间的矛盾。从我国大学组织及其管理模式改革的历程来看，以政府为代表的单一外部力量主导着大学的制度改革，大学的自主性相对式微。因此，我国大学治理的核心任务在于改变失衡的大学权力格局，而治理现代化的目标则建构于学术本位的大学制度体系，包括以学术权力为中心的治理结构、以学术诉求为导向的大学文化等。在这个过程中，一方面，政府积极地优化自身的治理权能，这构成了我国大学治理现代化的决定性因素；另一方面，大学立足于知识生产者的内在要求和知识生产规律而积极谋求扩大独立办学的权力。同时，在有针对性的制度安排下，第三方力量也以各自的方式参与这个建构过程。通过这样一个过程，相互冲突的各利益主体达成了共识，进而协商确定了利益共享机制，这是大学治理的核心任务，亦是实现大学有效治理的主要标志。
从改革的现实成效来看，毋庸置疑的是，我国大学治理改革取得了显著进展，然而同样不可否认，我国大学治理现代化仍在较大范畴内面临着失灵的现实和风险，即各方主体在治理理念、利益诉求、行动方式上并未达成理想的和谐秩序，大学治理距离学术本位之目标仍旧甚远。正是基于此，本研究提出了“大学有效治理”这一概念。大学有效治理使大学内、外部双重逻辑由相互疏离、矛盾走向了和谐统一，不同主体相互协作，实现共同发展，它标识着大学治理现代化的本质和建设方向，也是中国特色大学制度建设的重要导向。本书以“大学有效治理”作为理论工具，就如何优化大学治理各要素、推进大学治理现代化，展开系统地探索。