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在某种程度上，企业财税合规管理的运作模式取决于企业财税合规的体制架构和合规管理的运行状态。从企业体制架构上考察，财税合规管理的运作模式是涉及企业内外的一体化运行模式，即大合规运作模式；从其运行的状态考察，表现为日常性合规管理运作模式和突发性合规管理运作模式。
在现代公司治理结构中，合规组织通常有四个层级：一是董事会下设的合规管理委员会；二是首席合规官；三是企业合规部门；四是企业下属部门或分支机构的合规部门或合规专员。从组织模式上看，财税合规管理组织体系是其重要组成部分。因此，财税合规管理的运作离不开上述四个层级的关系处理和组织协调，以及企业内部各部门各环节各成员之间的关系。
大合规管理就是一方面要将合规管理要求注入企业内部各项工作流程，将合规业务操作手册发到每个合规义务人手中，并配之以合规文化的理念支撑、各部门各环节之间的协作，而不是合规管理部门单打独斗；另一方面除了四个层级自上而下和自下而上的协调配合，还需要自内而外和自外而内的合作共享，即企业同其商业合作伙伴之间的关系协调，以及与外部监管部门的关系协调。这意味着，企业财税合规管理不仅实施于企业内部，而且要拓展至企业外部，在外部合规监管制度内化的同时，将财税合规制度外化，即与合作伙伴以及监管部门进行有效沟通，分享财税合规文化和具体合规操作方案，以此来检视财税合规管理的有效性，做到与外部环境同频共振，达到财税合规运作的良好状态。
“大合规模式”是时代发展的必然产物。随着市场竞争规则的变化，市场竞争模式从过去传统的单个企业之间的竞争发展到产业链竞争，从单打独斗发展到合作共享。如果产业链某个环节出了问题，就会给整个产业链带来巨大合规风险。因此，在产业链、价值链内部各企业之间需要始终保持“合规、合作、共赢”的经营理念。
“日常性合规管理模式”，即常态化的合规风险管理模式，目的是防患于未然，将合规风险消灭在萌芽状态。就是在合规风险发生之前，根据企业实际搭建日常性合规管理体系，并将外部和内部合规管理要求内嵌于各项业务流程。由于企业在决策、经营、财务、人事等管理环节可能存在制度漏洞，存在不合法或不合规的情况，尽管没有形成现实危机，却带来潜在的财税合规风险。因此，日常性财税合规管理应覆盖企业决策、经营、财务、人事等管理环节，形成完整的合规治理体系。
合规管理制度建立后，合规义务部门及其人员，在日常业务中必须按照合规政策、合规准则及合规业务操作手册开展工作，认真落实事前、事中和事后过程管控要求。各部门各环节需要开展日常性核查，依据风险管理的识别、排序、应对、考评流程，对出现的合规风险和潜在的合规风险及时处理和报告，预防违规行为发生。合规部门要牵头会同财税部门及业务部门联合开展合规审查，利用企业内部的信息管理系统，对企业经营的每一环节进行实时合规监控，对发现的财税风险及时预警和处置，对合规管理体系进行持续改进与完善；定期开展合规管理考核，对违规操作造成损失的予以责任追究。
总之，企业合规的治理结构包含四项要素：一是作为企业宪章的“合规章程”；二是作为实体规范的合规政策和员工手册；三是作为企业组织规范的合规组织体系；四是作为企业管理程序规范的合规流程。上述四项合规制度要素，相互结合和补充，形成了完整的日常性合规管理体系。
企业建立常态化的合规管理体系，可以发挥以下几个方面的作用：一是定期评估潜在的合规风险，并根据合规风险建立相应的专项合规管理体系；二是通过合规政策、员工手册、尽职调查、合规培训等，对企业基层员工、管理人员、子公司、客户、第三方商业伙伴和并购企业发挥行之有效的违法预防作用；三是通过合规报告、合规审计、内部举报系统，对企业违法犯罪事件进行实时监控；四是在违法犯罪行为发生之后，通过针对性的合规整改，可发现合规管理的漏洞，消除合规管理的隐患，推动企业合规管理体系的不断完善。通过常态化的合规管理体系建设，企业发生违法犯罪事件的概率将大大降低，相应的合规风险可得到及时有效的识别、监控、预防，企业自行改进合规管理体系的动力机制也能发挥作用。
“突发性合规管理运作模式”，亦称为“危机应对合规管理模式”，即企业因涉嫌违规、违法或者犯罪，在面临行政执法检查、民事诉讼、刑事追诉或者国际组织制裁的情况下，针对其在经营模式、管理方式、决策机制等方面存在的漏洞和隐患，进行针对性制度修复和错误纠正，依据合规风险情况对企业及外部商业合作伙伴予以合规整改。
企业之所以要进行合规整改，是因为合规整改是一种有效的激励机制，表明企业的运营过程是在合规框架下开展的，可以说服行政机关免除或者减轻行政处罚，说服司法机关作出不起诉决定或者其他宽大处理，说服国际组织解除制裁，恢复企业的社会信用等级和市场准入资格。为达到上述效果，企业需针对自身存在的合规漏洞和制度隐患，采取针对性补救措施，建立或完善合规管理制度。
1.隐瞒收入或转换收入名目
注意事项：①赔偿金；②其他应付款；③预收账款。
2.视同分红或发放薪酬的若干业务
注意事项：①与关联企业签订虚假购销合同，预支大量资金；②将资金借给股东或关联方；③将资金借给企业高管；④出资为企业股东或高管个人购买车辆、房产等。
3.借款利息涉税风险
注意事项：①与非关联方签署借款协议，计算利息，但不开具发票；②借款给关联方，无借款协议，无利息无偿使用。
4.成本费用虚增风险
注意事项：①以虚开的发票套取资金；②虚开发票转化为股东代支付业务，从而向股东转移资金；③成本或费用虚高，导致企业利益外流。
5.报销不合规风险
注意事项：①报错不该报销的费用；②费用超标；③舍近求远采购；④不当报销，以增值税普通发票代替增值税专用发票等。
6.合同成为财税合规的障碍
注意事项：①合同隐瞒真相；②合同费用不合常理；③合同不列明金额或交易条件；④合同数量或金额不实；⑤合同不约定发票类型与税率；⑥合同不约定损失的处理方案及后续管理。
7.被迫确认收入的风险
注意事项：①长期挂账，如应付账款或其他应付款超过3年，且无法证明该笔款项仍须支付，被迫确认收入纳税；②获取的赔偿款项，也须确认收入。
8.无序对冲往来账的风险
注意事项：①分属不同主体的长期挂账进行对冲；②资产与负债对冲。
大合规管理模式、日常性合规管理模式和突发性合规管理运作模式是在不同维度呈现的具有不同特征的管理模式。大合规管理模式体现财税合规管理制度体系的广度和作用范围，合规管理不能只局限于企业本身，还要延伸至企业外部，后两种模式都体现了大合规管理理念；日常性合规管理模式体现财税合规管理制度体系的深度和作用程度，合规管理根植于企业各项业务、各个环节，直达企业员工日常的具体行为；突发性合规管理运作模式则体现财税合规管理制度体系的高度和作用强度，当企业遭遇监管部门的行政处罚和刑事追诉等不利形势时，企业可以凭借其完整的财税合规管理制度体系，争取更多的合法权益，获得免于处罚或减轻处罚、修复信用、免予起诉等实际利益。日常性合规管理模式和突发性合规管理运作模式各有其适用的对象和空间，可以独立发挥合规治理的作用，但两种模式各有局限性，单靠一种模式，企业无法形成有效的财税合规管理制度体系。
从企业合规的长远发展来看，日常性合规管理侧重于企业常态化的合规管理体系建设，旨在增强企业的商业竞争优势，应对监管部门日益严格的合规监管要求；而合规整改则注重对企业的制度纠错体系和违法犯罪预防体系进行完善，旨在兼顾“针对性”和“体系性”的合规改进。从有效防控合规风险的角度来看，两种合规模式可以在以下几个方面进行必要衔接，以便发挥制度合力：一是通过加强日常性合规管理，减少企业违规、违法行为的发生，避免任意启动合规整改程序；二是通过危机后的合规整改，推动日常性合规管理体系的完善；三是两种模式齐头并进，互为补充，从不同角度推动企业的有效合规治理。日常性合规管理使违法犯罪事件发生的概率大为降低，因此，企业为应对危机而进行合规整改的必要性就会大大降低。可见，有效的日常性合规管理是减少企业合规整改的必由之路。
