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公司制企业需要缴纳企业所得税和个人所得税，合伙制企业和个人独资企业按照生产经营所得缴纳个人所得税，按照五级超额累进税率缴纳。从理论上说，公司制企业总体税负高于合伙制企业和个人独资企业。
【示例】 李某投资设立一家企业，年应纳税所得额120万元。李某可做以下三种选择。
第一种：将企业注册为个人独资企业，按照生产经营所得缴纳税款，所得税负担为1200000×35%-65550=354450（元），税后利润为1200000-354450=845550（元）。
第二种：将企业注册为有限责任公司，则需要先计算缴纳企业所得税，后期分配利润按照股息、红利缴纳个人所得税，所得税负担为：1200000×25%+1200000×（1-25%）×20%=480000（元），税后利润为1200000-480000=720000（元）。
通过比较可知，同样的情况有限责任公司比个人独资企业多缴纳所得税845550-720000=125550（元）。
第三种：李某与张某共同成立合伙制企业，各占50%的股权，年应纳税所得额为120万元。每个合伙人按照其所获得的收益缴纳个人所得税，每个合伙人都有按照较低税率计算个人所得税的机会。合伙企业总体税负低于个人独资企业，合伙企业适用较低的税率20%，所得税负担为［（1200000÷2）×35%-65550］×2=288900（元），相比个人独资企业，少缴纳税款为354450-288900=65550（元）。
不同组织形式企业的税基差异体现在，企业所得税和个人所得税在应纳税所得额扣除时受扣除项目的影响。例如，企业所得税符合条件的机器设备扣除相关成本费用时，采用加速扣除或一次性扣除，个人所得税综合所得扣除费用为每年60000元。税率结构的差异在于一般企业所得税税率为25%，无税收政策优惠情况下税收负担不会变化，个人所得税累进税率会因应纳税所得额的增大使得企业税收负担加重。税收优惠差异体现在企业所得税对符合条件的行业和企业给予多项税收优惠，如农林牧渔、环境保护、高新技术企业、创业投资和安置特殊人员等，个人所得税虽然无此类优惠条款但部分区域可以享受核定征收和返税优惠。
【示例】 甲、乙、丙三人欲共同投资一家企业，预计每年会计利润为600万元。企业确定组织形式时，可以从多个层面考虑。
首先，考虑适用的税种。合伙企业和个人独资企业只需要缴纳个人所得税，每个投资人按各自取得的收益分别计算缴纳，平均应缴纳的个人所得税为［（6000000÷3）×35%-65550］×3=1903350（元）。如果设立为公司制企业，则需要缴纳企业所得税和个人所得税：6000000×25%+6000000×（1-25%）×20%=2400000（元）。
其次，需考虑税基的确定。如果企业成立后预购置技术含量很高的200万元的设备，可以按照公司制企业缴纳所得税，享受加速折旧税收抵税；合伙制企业和个人独资企业不能享受税收优惠政策。
最后，需考虑税收优惠政策。如果企业申报高新技术企业，享受所得税15%的优惠政策，应纳所得税则为6000000×15%+6000000×（1-15%）×20%=1920000（元）。虽然需要缴纳企业所得税和个人所得税，但仍然可以少缴纳所得税480000元。如果企业属于特殊行业，可享受“三免三减半”税收优惠，在前三年直接减免，每年只需要缴纳个人所得税6000000×20%=1200000（元）；后三年可以减半缴纳6000000×25%÷2+6000000×（1-25%÷2）×20%=1800000（元），比合伙制企业和个人独资企业少缴纳所得税。农林牧渔企业或者涉及节能节水、环保、安全生产设备，可享受企业所得税的免税、减税或投资抵税政策，实际缴纳的所得税低于合伙制企业和个人独资企业。
企业在设立分支机构时应考虑税收政策，子公司可以独立的法人身份享受地方性税收优惠待遇。分公司作为总公司派出的机构不具备独立的法人地位，不能享受当地的税收优惠政策。分公司的收入及成本费用通常纳入总公司账目汇总申报，如果亏损可亏损抵税。
集团型企业一般以集团章程为共同行为准则，是由母公司、子公司、参股公司或其他机构共同组成的具有一定规模的法定组织或联合体。集团型企业做涉税规划时，需要根据集团内部不同企业实际经营情况及新设立企业未来安排做统一设计，以便实现整体税负最低，税后利润最大化。
【示例】 上海新能源技术开发公司是一企业集团公司，为扩大生产经营范围，准备在江西省某县设立一家A型原料开采企业，在选择新企业组织形式时，做了以下几个方面的考虑。
根据对市场情况的分析，基于江西省某县A型原料赋存状况的预测，前期投入比较大，企业达到规模效应需要4～5年，前期会出现亏损，但亏损额会逐步下降。初步估计第一年亏损额400万元，第二年亏损额320万元，第三年亏损额260万元，第四年亏损额100万元，第五年开始盈利，盈利额为600万元，此后盈利额逐步增加。
上海新能源技术开发公司属于国家重点扶持的高新技术公司，适用的企业所得税税率为15%，该公司除在上海设有总部外，在安徽还有一X子公司，适用的企业所得税税率为25%。经预测，未来四年内，上海公司总部的应税所得第一年、第二年均为800万元，第三年、第四年应纳税所得额为1100万元，X子公司年应税所得分别为480万元、380万元、320万元、120万元。
经分析，对新设企业有三种组织形式方案可供选择。
方案一，将新设企业建成具有独立法人资格的N子公司。因子公司具有独立法人资格，属于企业所得税的纳税人，按其应纳税所得额独立计算缴纳企业所得税。
在这种情况下，上海新能源技术开发公司包括三个独立纳税主体：上海新能源技术开发公司总部、X子公司和N子公司。因A型原料开采企业——N子公司是独立的法人实体，不能与上海新能源技术公司或X子公司合并纳税，所以其所形成的亏损不能抵销该公司总部的利润，只能以此后的利润进行弥补，若亏损超过五个自然年度仍未完全弥补的，则不能再弥补。
前四年，上海新能源技术开发公司纳税总额（方案一）如表2-4所示。
表2-4 方案一该集团公司的纳税总额 单位：万元
四年中，该集团公司共缴企业所得税895万元。
方案二，新设企业为上海新能源技术开发公司的分公司。分公司不具备独立法人资格。按税法规定，分支机构利润与其总部实现的利润合并纳税。此时，上海新能源技术开发集团公司有两个独立的纳税主体：上海新能源技术开发公司总部和X子公司。
在这种组织形式下，N公司作为非独立核算的分公司，其亏损在计算企业所得税时可冲抵上海新能源技术开发公司的利润，降低上海新能源技术开发公司第一年至第四年的应纳税所得额。
前四年，上海新能源技术开发集团公司纳税总额（方案二）如表2-5所示。
表2-5 方案二该集团公司的纳税总额 单位：万元
四年中，该集团共缴纳企业所得税733万元。
方案三，新设企业为安徽X公司的分公司。在这种情况下，新设企业和X子公司合并纳税。此时，上海新能源技术开发公司有两个独立的纳税主体：上海新能源技术开发公司总部和X子公司。在这种组织形式下，因新设企业为X子公司的分公司，与X子公司合并纳税，其前四年的亏损可冲抵X子公司当年利润，降低X子公司第一年至第四年的应纳税所得额，不仅使X子公司的应纳所得税得以延缓，而且使其整体税负下降。
前四年，上海新能源技术开发公司纳税总额（方案三）如表2-6所示。
表2-6 方案三该集团公司的纳税总额 单位：万元
四年中，该集团公司共缴纳企业所得税625万元。
以下情形的个人独资企业都存在涉税风险。
针对核定征收或返税优惠政策成立的个人独资企业，为了提高核心实体企业的成本，低税负开票或开票纳税后在当地享受返税，返税政策到期，立刻注销；设立个人独资企业的目的在于解决实体企业中员工的高额工资绩效、股东的大额分红问题，属于明显的转换收入、偷逃税款；个人独资企业不具有合理的商业目的，不融入企业的日常经营，虽然与被服务单位签订了合同，但是没有服务结果，导致业务链条的证据链不闭合，容易被判定为虚开发票；如果个人独资企业对外定价不公允，价格明显偏高或者偏低，往往是为转移利润。总之，成立的个人独资企业，若纯粹用来虚开发票，套取资金，没有实际业务内容和痕迹，合同流、资金流等证据链经不起实质性测验。个人独资企业虚挂地址或者根本没有实际经营地址和办公场所，没有人员或者人员数量不足以支撑较大的业务量，同样经不起实质性推敲。
设立合伙企业时要注意有限合伙企业和普通合伙企业的差别，有限合伙人对相关事项承担有限责任；合伙企业合伙人是自然人的，缴纳个人所得税；合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。自2022年1月1日起，持有股权、股票、合伙企业财产份额等权益性投资的个人独资企业、合伙企业，一律适用查账征收方式计征个人所得税，企业有可能不再享受核定征收的税收优惠政策。