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我国是农业生产大国，随着农业生产中农药、化肥的过量施用，以及大量的农用薄膜混入泥土，农业面源污染的严重性不断加剧。
自20世纪60年代以来，为了增加农作物产量，我国农户在农业生产中不断增加化学肥料的使用量，导致农业生态环境逐渐恶化。国家统计局公布的数据显示，在2005—2015年的10年间，全国单位种植面积的农用化肥施用量呈递增趋势，从2005年的316.39千克／公顷，增加到2015年的361.99千克／公顷。而国际上该标准为不高于255千克／公顷，显然，我国化肥施用量远高于国际标准规定的上限水平，如图3-1所示。
图3-1 2005—2015年我国单位种植面积的农用化肥施用量
在农用化肥的施用结构方面，由表3-1可见，我国氮、磷、钾肥的施用比例大约为100:30:17，钾肥的施用量偏低，磷肥和复合肥的施用量也较低，而氮肥的施用量较高。长期不适宜的化肥施用配比造成了我国土壤地力的下降和土壤的酸化。2015年，我国三大粮食作物水稻、玉米、小麦的化肥利用率约为32.5%，仅为发达国家的1/2，即化肥营养物除了发生化学反应后以氮氧化物和氨化物的形式融入大气中，剩余大部分残留营养物都随降水或灌溉进入水体中，大大增加了地下水的氮磷物质含量。2015年，我国水体中农业源污染物占比超过50%，在数量上成为我国水污染的主要污染源。与此同时，农户使用污染水对农作物进行灌溉，也使得蔬菜水果中的有害物质严重超标。可见，我国化肥施用量和施用密度过大以及化肥施用结构不合理，造成了化肥营养的流失和农业的面源污染。
表3-1 1990—2015年我国农用化肥施用结构
数据来源：1990—2015年的《中国统计年鉴》。
农药利用率低且农药施用搭配不合理，是造成我国农业面源污染的另一主要原因。农户施用过量的农药甚至高毒农药，其残留物经过各种途径的流转最终将进入水体中，从而引起水体污染。而且众多种类的农药化学性质非常稳定且不易降解，给农田造成的污染将长期难以消除。
近年来，全球气候变暖也带来了病虫害的加重，农户为治理病虫害不断增加农药施用量，使虫体的抗药能力增强，而农户再增加农药的施用量，造成了我国农药施用量的逐年递增。由图3-2可知，我国单位种植面积的农药施用量总体呈现递增态势，从2005年的9.69千克／公顷，增加到2010年的10.94千克／公顷，虽然2012年以后略有下降，但农药施用水平仍然居高不下，2015年达到10.72千克／公顷。据调查，2017年我国批准登记的农药品种有348种，其中，杀虫剂所占比例达到了70%以上。在农业生产过程中农户所使用的农药一般毒性较大，且仅有10%～20%的农药被农作物吸收，剩余的80%～90%则被残留在土壤和水体中，成为农业面源污染的主要根源之一。
图3-2 2005—2015年我国单位种植面积农药施用量
虽然农用薄膜施用技术的推广大幅提高了农作物产量，但也产生了大量不易腐烂、溶解的废旧农膜。随着我国农用薄膜施用量的逐年增加，由废旧农膜引发的农业面源污染问题也越来越严重。《中国农村统计年鉴》中的相关数据显示，全国单位种植面积农用薄膜的施用量呈现逐年递增的趋势，从2005年的11.70千克／公顷，逐步增加到2010年的13.52千克／公顷，2015年则达到了15.65千克／公顷（如图3-3）。《第一次全国污染源普查公报》显示，我国农业塑料薄膜的使用面积已突破亿亩，但回收率仅为80.3%，年均废旧薄膜残留量高达45万吨。农用塑料薄膜多为有机化学聚合物，其在土壤中不断残留与积累，会对农作物根系水分的吸收和生长发育产生不良影响，造成土壤肥力下降与农作物减产 [51] ；而且，农用薄膜降解后产生的有害物质也会逐渐积累并污染土地，进而被农产品吸收而危害消费者健康。
图3-3 2005—2015年我国单位种植面积农用塑料薄膜施用量
1978年，我国实施家庭联产承包责任制，很好地激发了农户的生产积极性，与此同时，农业环境问题也逐渐凸显。1978年12月，我国第一次在《环境保护工作汇报要点》中对环境治理的具体标准和手段进行了说明，并将农业面源污染问题纳入环境管理体系。改革开放伊始直到20世纪90年代中期，由于各地政府将GDP增长作为重要目标，环境保护政策并未得到有效实施，导致开垦荒地、过度耕种、毁坏森林等现象不断涌现；与此同时，化肥、农药过量施用带来的农业面源污染问题也日益严重。20世纪90年代后期，我国农业环境破坏进一步加剧，长期集约化农业生产所造成的农业面源污染已经成为我国最难治理的污染类型之一。直到此时，我国政府才真正开始重视农业面源污染问题，并综合运用命令控制型、经济激励型和公众参与型政策工具对农业面源污染进行治理。
20世纪80年代，政府逐渐认识到农药施用对环境的负面影响，开始制定相关法规对农药的施用进行管理与规制。20世纪90年代后期，各地政府先后颁布了一系列地方性的法律、法规，例如，陕西省颁布了《农业环境管理办法》，安徽、广东、辽宁等也相继颁布并实施了专门的农业环境保护法律、法规。
20世纪90年代以后，随着农业面源污染形势日益严峻，政府相继制定了一系列法律、法规。1989年颁布的《中华人民共和国环境保护法》，对农药、农膜在农业生产中的使用进行了规定，强调应控制化肥、农药、农膜等造成的农田和水环境污染的持续加重，切实有效地解决好由农业面源污染所导致的水体污染问题。随后，为了治理畜禽养殖和农药使用所带来的农业环境污染，我国又相继出台了《农药经营使用相关管理规定》和《畜禽养殖污染防治管理办法》。
进入21世纪，2000年，农业部将肥料产品的准入制度纳入我国的环境管理体系，颁布了《肥料登记管理办法》以加强对肥料的使用与管理。2002年，为了更有效地治理由畜禽养殖废弃物和农业化学品等造成的农业面源污染，我国进一步对《中华人民共和国农业法》进行了补充修订。2003年，为了促进我国农村的清洁化生产，国家实施了《中华人民共和国清洁生产促进法》，要求农业生产者充分了解饲料添加剂、农药、化肥、农用薄膜的科学使用方法，对养殖和种植技术进行改进，逐步使农业生产实现废物资源的循环利用，积极减少农业面源污染，并为社会生产无害、优质的农产品。2008年，为规范我国农村水污染的治理，国家补充修订了《中华人民共和国水污染防治法》，并使其成为我国污染治理的一部重要法典。2009年开始实施的《中华人民共和国循环经济促进法》，对实现农业资源的综合利用和发展农村循环经济进行了详细的规定。2010年后，为了全面防范农业面源污染的产生，我国又相继出台了《畜禽养殖业污染防治技术政策》《农药使用环境安全技术导则》和《农村生活污染控制技术规范》等一系列技术性规范与政策。2012年，为了进一步促进化肥、农药的安全使用，我国对《中华人民共和国农业法》再一次进行修订，提出了推广低毒、高效、低残留农药广泛使用的管理办法。
上述法律、法规为我国农业面源污染的治理提供了原则性、纲领性的指导，但其针对性与可操作性尚显不足。直到2014年，我国首次针对农业面源污染治理的环保法规《畜禽规模养殖污染防治条例》的实施，才使我国的农业面源污染治理迈出了坚实的一步。同年我国进一步修订完善《中华人民共和国环境保护法》，将生态补偿、生态保护红线等制度纳入其中。2015年，新修订的《中华人民共和国环境保护法》开始实施，标志着我国的环保法制体系基本建立。新修订的《中华人民共和国环境保护法》要求各级政府建立环保基金；县级人民政府应负责处置农村生活废弃物，对农户合理使用化肥、农药等农业投入品进行指导，应组织农户学习处理农业废弃物的有效方法，并加强对农业面源污染的监测预警。2016年，《农药管理条例》修订工作被列入国务院工作计划，修订后的《农药管理条例》于2017年3月发布并自2017年6月起施行。
以上政策法规虽然对防治农业面源污染进行了规范与指导，但对基层治理行为的规定不够具体，也没有明确的权责划分，使得农业面源污染的治理成本较高。
在经济激励方面，1995年上海市就颁布了《上海市畜禽污染防治暂行规定》，对排污收费、排污许可证、畜禽粪便处理等问题进行了规定，并对排污标准进行了细化。20世纪90年代初期和中期，为了控制农业面源污染，我国开始将农业综合开发重点转变为改造中低产田、逐渐减少对荒地的开垦。为了使农业发展目标与环境保护目标相协调，我国在这一时期还开展了规模很大的生态修复项目——退耕还林还草工程。在这一时期中，农业面源污染的治理工具主要以命令控制型工具为主，经济激励型工具使用较少。
为了能充分发挥农业生产残留物质的生产潜力并防止农业面源污染扩大，1999年我国开始实施生态农业工程技术，建设低洼地基塘农业生态工程、氧化塘工程、沼气综合利用工程等促进农业生态系统的绿色循环。从2005年开始，我国投资5.4亿元人民币组织实施了测土配方施肥的推广行动。为了贯彻执行《中华人民共和国水污染防治法》和《中华人民共和国环境保护法》，并建设、运行和维护我国人工湿地污水处理工程，国家又制定了《人工湿地污水处理工程技术规范》，对我国人工湿地项目的总体要求进行了规定。为了进一步支持对农业面源污染的治理，“十一五”规划中指出“对垃圾填埋和秸秆焚烧项目提供政策支持、加快发展生物能源”。
为了更好地防治由化肥不当施用引起的农业面源污染问题，我国从2008年6月开始对生产有机肥的企业实施增值税减免政策，并对农户使用有机肥给予支持。为了加强农膜生产管理，政府制定了《农用薄膜行业准入条件》和《农膜行业准入管理办法实施细则》等，促进了我国农用塑料薄膜行业的健康发展。之后，为了加快农药产业结构的调整，政府又颁布了《农药产业政策》，通过对盲目生产农药者的处罚引导我国农药产业的结构性转变。
为了探索我国农业面源污染治理的有效方式，我国在广东省开展了世界银行贷款广东农业面源污染治理项目的试点，为我国治理农业面源污染积累经验。为了使农业补贴促进农业的绿色生态发展，我国将三项补贴合并为“农业支持保护补贴”，将补贴的重点目标转向粮食适度规模经营和耕地地力的保护方面。
总体而言，我国现有农业面源污染治理工具中命令控制型政策工具占据主要地位，我国在经济激励型政策工具的运用上仍存在明显不足，例如没有对传统化肥和高毒农药进行征税，也没有全国性的补贴政策来促进有机化肥的使用和生产；而且我国的经济激励型政策在押金制度方面存在空白，也没有对禽畜养殖和大型的沼气工程提供金融支持。
随着农业面源污染和农村生态环境破坏的形势日趋严峻，公众参与受到越来越多的重视。我国于1998年颁布了《中共中央关于农业和农村工作若干重大问题的决定》，1999年颁布了《秸秆焚烧和综合利用管理办法》，2000年发布了《村镇规划卫生标准》等一系列相关规定，为公众参与环境保护提供了制度性保障，并取得了一定的成果。为了进一步鼓励公众参与环境保护，我国在2008年又颁布了《中华人民共和国水污染防治法》，2010年修订了《村民委员会组织法》等法律、法规，明确了社会公众参与环境保护和治理的权利与义务。
为了引导和鼓励社会公众积极参与对我国农业面源污染的治理，2014年新修订的《中华人民共和国环境保护法》对公众参与治理农业面源污染进行了明确的规定。虽然新修订的《中华人民共和国环境保护法》向公众参与迈出了关键的一步，但基层治理的具体规则仍存在许多管理上的缺失。2014年实施的《畜禽规模养殖污染防治条例》也缺少对基层治理的具体阐述与规定。为了让公众参与环境评价有法律依据，2016年我国修订了《中华人民共和国环境影响评价法》，但仅提出了一些原则性规定，适用性和可操作性较低。
现阶段，我国农业面源污染治理的公众参与渠道主要有村民论坛、举报投诉、民间环保协会、村民会议等。这些公众参与形式对我国农业面源污染的治理起到了一定的促进作用，一定程度上改善了农村的生态环境。但上述法律、法规以及其他相关环保法规对公众参与的规定均比较抽象，使公众参与型政策工具的作用无法得到充分、有效地发挥。