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相比而言，长江经济带上游地区产业处于全国产业链、价值链中低端，产业结构有待进一步优化，主导产业中战略性新兴产业发展相对滞后。一是三次产业结构不优。长江经济带上游地区2020年三次产业比重为11.6∶36.3∶52.1，同期全国为7.7∶37.8∶54.5，长江经济带下游四省（市）三次产业比重为4.22∶40.84∶54.94。对比而言，长江经济带上游地区农业占比偏高，制造业实力不强，服务业规模不大。二是价值链相对低端。长江经济带上游地区产业层次普遍偏低，无论四川、重庆，还是贵州、云南，工业中的资源粗加工占比较大，农业仍以传统经营为主，服务业中的低层次生活服务业比重高，缺乏在全国具有领先优势的先进制造业和具有引领作用的现代服务业。甚至，电子信息、汽车制造等主导产业也呈现“高端产业低端化”的特点，在价值链上分享到的经济效益普遍不高。三是产业结构和布局还不合理。川渝滇黔都有各自的特色产业，也有同类优势产业，例如，四省（市）的医药、烟草和茶产业在国内都具有比较优势，川渝两地的集成电路和新型显示，川渝黔三地的汽车制造、航空装备以及玻璃、白酒、调味品，也都颇具规模。但由于产业空间布局相对“自发”“散乱”，上游地区未能形成具有全球影响力的特色优势产业链或产业集群，产业发展在区域协调上没有发挥出较好的作用。
科技创新能力是产业综合竞争力的重要支撑，但长江经济带上游地区的科创能力尚不及全国平均水平，与京津冀、长三角、大湾区等还存在较大差距。一方面，研发投入强度还不高。四省（市）科学研究与试验发展（R&D）经费投入占GDP比重均达不到全国平均水平。2020年，仅四川R&D投入超过千亿元，研发投入强度相对较高的四川（2.17%）、重庆（2.11%）仍低于全国平均水平（2.40%）
，远低于北京（6.44%）、上海（4.17%）、广东（3.14%）等地，贵州（0.91%）和云南（1.00%）研发投入强度不及全国一半。另一方面，创新综合实力还不强。中国科学院大学中国创新创业管理研究中心发布的《2020年全国区域创新能力评价报告》依据综合研发投入、有效发明专利、高新技术企业数量等方面情况编制的全国创新能力指数榜中，广东（62.14）、北京（55.5）、江苏（49.59）高居榜三，而重庆（29.38）、四川（28.5）居于全国中游，贵州（23.24）、云南（20.92）处于全国中下游水平。
人才是第一资源。人力资源水平不仅决定了一个区域的科技创新能力和产业发展效率，在某种程度上也代表着一个区域未来的发展潜力。但长江经济带上游地区人力资源水平与沿海地区差距巨大，也未达到全国平均水平。一方面，高层次人才数量较少。高层次人才是区域产业发展的核心要素，发挥着重要的引领和支撑作用。根据青塔网的统计
，2013-2017年，在中国大陆31个省份当选的两院院士、“长江学者”特聘教授、海内外资深教授获得者、国家青年高层次人才入选者、国家优青获得者等五类高层次人才中，四川以224人排全国第九位，重庆、贵州、云南分别有58人、34人、14人，四省（市）合计占全国比重仅5.2%，远低于11.8%、14.3%的面积和人口占比。另一方面，劳动生产率相对不高。根据四省（市）的GDP产出和从业人员数量测算，长江经济带上游地区的劳动产出水平不高，反映人力资源水平有待提升。有学者
对我国省域劳动生产率的时空差异进行了分析，2018年重庆、四川、贵州、云南的劳动生产率分别为10.36万元/（人·年）、7.03万元/（人·年）、6.17万元/（人·年）、5.56万元/（人·年），分列全国第8位、第17位、第23位、第28位。除重庆外，其余三省份均处于全国中下游水平。
长江经济带上游地区生态环境敏感脆弱与产业绿色化程度不高的矛盾较为突出，生态环境保护压力较大。一方面，生态环境保护任务艰巨。长江是中华民族的母亲河，也是中华民族发展的重要支撑。川渝黔滇地处长江经济带上游地区和三峡库区腹地，是我国西部地区重要的生态屏障，是长江流域生态环境保护最为关键的区域，生态地位十分重要，同时又是生态环境比较脆弱敏感的地区，保护生态环境的“上游责任”十分重大。另一方面，当前产业发展绿色化程度不高。尽管近年来各地大力加强环境污染防治，水体和大气污染有了根本性好转，但长江经济带上游地区工业污染物排放仍然相对较高，环境保护任务依旧繁重。例如，根据生态环境部公布的《2020年全国大中城市固体废物污染环境防治年报》，四川、云南、贵州和重庆工业固废产生量分别居全国第5位、第12位、第15位、第16位，其中，四川固废产生量超过10000亿吨，约占全国8%；四川和云南的工业危废产生量居全国第5位、第16位，四川排放量约为360万吨，约占全国8%。与此同时，四省（市）的煤炭、锰、钒钛等矿产资源开采和粗加工产业体量较大，但资源利用率普遍不高，精深加工能力总体偏弱。相对沿海发达省（市），发展方式仍然较为粗放，绿色环保产业发展不足。
复杂的自然地理条件造成长江经济带上游地区可利用土地较少，且利用难度较大。在地形上，从海拔4000米以上的青藏高原向东南和东边分别降到2000米以下的云贵高原、500米以下的四川盆地。在地貌上，区域内有高原、山地、丘陵、盆地和平原，沟壑纵横、水系繁多，还有一些岩溶、火山等特殊地貌，除四川盆地和云贵高原的中心部分较为平坦外，其他区域地势高差大、土地破碎。例如，重庆和贵州的山地丘陵面积占比分别达到90.9%、92.5%。因此，四省（市）虽然地域广阔，但可利用的土地较少，适于工业化、城镇化发展的连片平坦的土地更少，并且基础设施建设难度大、建设成本相对更高，对产业集聚发展和城镇群带建设造成了一定客观限制。
西部大开发以来，长江经济带上游地区交通条件显著改善，公路里程和民航机场数量大幅增长，居民出行便利化程度显著提高，但作为产业经济发展重要支撑的交通物流网络还有待完善，尤其是对于大宗商品运输最为重要的、物流成本最低的铁路运输和水运两大短板急需突破。一是铁路密度较低。四省（市）以全国11.8%的土地和14.3%的人口，仅拥有全国8.8%的铁路里程，铁路密度仅为全国平均水平的74.2%。二是水路通航能力较弱。长江干线航道运输船舶平均吨位不高，乌江、岷江等长江重要支流航道建设滞后，通航能力较弱，长江上游总体可通航性亟待提升。
长江经济带上游地区深居内陆，在开放观念、体制机制、服务环境等方面与沿海地区还有一定差距。一是开放平台相对较少。四省（市）拥有国家自贸试验区、综合保税区、保税港区、一类口岸的数量在全国的占比分别为9.5%、11.6%、7.1%、9.1%，均不及国土面积和人口在全国的占比。其中，保税港区仅重庆有1个，贵州、云南尚无自贸试验区。二是外贸经济规模不大。四省（市）货物进出口总额占全国比重不足3.7%，根据《中国海关》杂志发布的“2020中国外贸百强城市榜单”，重庆、成都、昆明、资阳分别排名第12位、第14位、第35位、第83位，贵州没有城市上榜。三是营商环境有待改善。根据全国工商联调查
，2021年全国营商环境十佳省份，长江经济带上游地区仅四川上榜，居第七位；根据北京大学与武汉大学共同发布的《中国省份营商环境评价》报告，四川、重庆、贵州、云南分别为A、A
-
、B
+
、B等级，属于7个等级的中间等级。四是开放意识不强。少数基层政府党员干部眼界不够开阔，对外交流合作主动性差；部分民众仍习惯于传统的生计方式和思维方式，接受新鲜事物和“走出去谋发展”能力弱。
区域、城乡发展不平衡、不充分的矛盾在长江经济带上游地区也较为突出，阻碍了生产要素和资源的有效配置，不利于区域经济持续增长和产业高质量发展。一是高能级的大中城市数量较少。当前重庆都市圈、成都都市圈建设已具雏形，但黔中城市群、滇中城市群发育程度尚且不高。华顿经济研究院对外发布的“2021年中国百强城市排行榜”
显示，四省份仅有7座城市上榜，除重庆（第11位）、成都（第8位）、贵阳（第37位）、昆明（第25位）4座省会城市外，绵阳（第83位）、遵义（第84位）、宜宾（第94位）排名靠后。二是城市化水平总体不高。四省（市）中仅重庆城镇化率超过全国平均水平，其中贵州、云南与全国有较大差距，尚处于城市化中前期。尤其是川西、川西北、黔东南、黔西南、滇西、滇西北等地区，城市建设滞后、发育不足，人均收入偏低。三是区域支持发展政策不鲜明。西部地区尽管资源能源丰富但受限于碳指标分配，无法利用自身优势发展相应产业。同时，在承接产业转移、实施内陆开放、巩固脱贫攻坚成果等方面也需要更多政策支持，仅靠自身能力难以缩小区域城乡发展差距。