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由于文化背景的差异，治理理论在中国高等教育领域的应用有别于国外。需要结合我国国情和高校的现实状况，形成中国高校治理理论。
高校作为一个高度开放的组织，同外在环境一直保持着联系。高校治理主体不仅包括政府、高校，也包括一直在影响高校治理的社会。在世界各地的高校治理中均建立起政府管理、高校治理、社会参与的治理体系。推进高校治理改革，建立多元主体治理结构，顺应治理改革的大潮流，对于我国高等教育与国际接轨，并拥有一定的话语权有重要意义。高校建立多元主体治理结构应树立“多中心治理”的观念，关注多元主体的合法利益诉求，并提供相应的保障制度体系，吸引各治理主体积极参与、协同治理，不断加强合作关系。具体来说，在保障机制方面最有效的途径是国家法律法规的宏观调控。国家制定相关法律法规需要满足以下三个需求：一是需要明确政府、高校、社会治理主体对高校管理的权责分配并厘清治理权边界；二是需要鼓励各社会组织积极参与高校民主治理，推动高校的持续发展；三是需要对高校内部治理权的合理分配进行约束和调整。在社会参与高校治理不足问题层面上，一方面，需要政府向社会转移部分治理权，改进政府与社会治理权之间不均衡的问题，完善高校多元治理体系，提升高校治理效能；另一方面，高校应加强与社会的联系，建立产学研一体化机制，回应社会需求，同时吸引社会积极参与高校治理，实现与社会的良性互动循环。
学术权能够保障高校师生的学术自由，行政权对学术权的越权现状，导致高校行政职务较低或青年教师的学术能力的施展受到制约，因而有许多高校提倡提升学术权，培育出更多优秀人才，推动高校的高质量发展。高校治理理论倡导治理权均衡，因而合理分配行政权和学术权以及处理好二者间的相互关系，提升协调能力，对于高校治理的顺利改革以及高校的持续健康发展有重要推动作用。在行政权长期越权管理的影响下，行政权和学术权难以实现合理的分配，行政权长期压制学术权作用的发挥。推动高校治理改革，一方面需要高校治理“去行政化”，另一方面需要推动“教授治学”以提升学术权地位。具体来说，去行政化的重点内涵是去掉行政权对学术权的越权部分，并进行科学合理的再划分，使学术权发挥其应有的作用。去行政化分内外两个层面：依据治理理论，内部治理去行政化需要对治理权进行整合以及重新合理地分配治理权，促进行政权与学术权的协同合作；外部治理去行政化需要通过政府对高校放权，防止政府再次对高校集权管理。提升学术权地位，需要实行“教授治学”，同时“教授治学”对于“去行政化”也有促进作用。推动“教授治学”的实施需要构建相应的组织架构，并建立有效的制度保障，依据法治保障确定“教授治学”的坚实地位，并确保“教授治学”组织体系的有效运行。
传统管理模式已经无法满足高校发展的需求，需要政府对高校下放相应的治理权。但同时由于权责对等原则，高校在拥有自主权的同时，也需要主动承担相应的责任。改革开放以来我国高校改革的实践表明，政府对高校一味地放权，高校无法有效行使自主权。大学章程作为服务于高校发展及高校治理体系的制度，能够科学合理地划分治理权和责任，并能够平衡高校的权力，保障民主治理权利。通过大学章程的规章制度能够完善高校内部管理体制，提升管理的效能，实现有章可依、有制可循的治理生态。大学章程作为高校内的“宪法”存在，确立大学章程的坚实地位，能够依法推动高校治理改革。推动大学章程的建设，需要高校多元主体的共同参与，提供各治理主体的利益诉求，这有助大学章程的实施并提升各治理主体的参与积极性；需要提升大学章程的权威性，权威性不足，法律地位得不到认可，大学章程的制定也只能流于形式，无法发挥应有的作用。此外，对于如何依法推进高校治理改革，仍需要继续探索研究。