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根据上述研究目标和研究重点，本书主要采取以下几种研究方法：
文献法：通过文献研究，进行相关政策文本和理论文献的梳理和分析，构建研究的概念框架、政策依据和理论基础。利用Nvivo11质性软件的“词语云”功能，截取1949—2018年相关高等教育政策文本，直观显示高校治理权配置的整体分布，重点介绍当前的研究趋势，以及我国理论研究与高等教育体系发展实践的联系，为政策实施提供理论支持。
比较法：通过国际比较，了解其他国家高校治理权配置状况并借鉴其经验；通过国内比较，汲取政府部门和教育行政部门治理权配置实践经验，为建立高校治理权结构和共同体提供丰富的经验参照。
调查法：主要使用问卷调查法和访谈法等。大致的研究流程如下：①结合文献研究和比较研究，通过访谈，构建初步模型；②运用德尔菲法进行规范的专家访谈，征询相关专家对于模型研究的意见和建议；③运用问卷调查法，大规模收集各利益相关群体对于模型的评价意见和修改建议。
实证法：结合数据挖掘技术对治理权状态进行监控和风险预警，并运用结构方程等方法进行检验和修改完善。