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最初探究高等教育机构的治理权分配及结构问题是通过对高等院校管理体制的梳理与研究找出相关问题及关键所在。故而，通过研究高校管理体制相关文献梳理高校内部管理的各类主体间的关系，即治理结构，能够为探讨高校治理结构的管理逻辑提供有力的支撑及研究的动力。对于管理体制的外在表现形式，杨威提出管理体制的外在表现形式为高校的组织模式和管理模式。
李金奇（2000）提出“高校内部管理体制”的概念，认为高校内部管理体制是高等学校内部的管理体系和制度，通过梳理德国、法国、美国三国的内部管理系统发现，三国的管理各不相同。德国高校内部治理是通过成立特有的委员会进行全权管理；法国高校则由当地政府统筹管理，其大多数决策都由政府决定，集权程度较高；而美国高校内部管理呈现多样化，但多数仍是“董事会管理模式”。从治理权结构角度来看，大学治理权结构存在共性的特点。阎亚林（2003）通过研究德国、美国、英国高校治理权力配置，发现三国的高校内部治理权力均为行政权与学术权共存的二元权力结构；学术管理和行政管理既有分工，也有联系；院、系是大学学术管理的重心，是教学和科研的基地；重视教授在学校管理中的作用；校外权力有决定性作用。从内部管理的法律依据视角来看，陈岩（2007）以加拿大高校为例，探讨了其高校内部管理体制的特点，发现其存在显著的分权与制衡管理的机制、依法治校、民主治校以及外部性的特点。事实证明，通过建立健全体制架构以及灵活有效的内部治理结构，赋予它们自主学习的治理权，并根据法律持续改进完善学习机制，能给予高校源源不断的活力，能够推动高校实现强有力的发展。因而，刘淑华和刘欣妍（2015）通过研究俄罗斯高等教育内部管理体制变革过程，发现现代俄罗斯高校内部管理呈现法治化，并且决策权向下扩散，治理权重心向下转移，高校内部管理逐渐向内部治理转化。
毕宪顺（2003）提出高校内部治理存在多样化的本质，多样化是事物所共有的特性，并且多样化进程也是高校内部治理的发展进程。高校内部治理多样化是必然的进程，也是不为人控制的。李金奇（2005）提出高校组织结构是“多样性、开放性和松散结合的系统”，并提出高校教学与学术研究是高校独立自主的特征，也是高校明确其在社会经济中的独特地位。因此，明确高校内部学术管理是高校内部治理的需求。张应强和程瑛（2008）对高校内部管理体制改革进程进行梳理，并将其划分为试点、全面改革和不断深化三个主要阶段。研究得出，高校内部管理体制改革主要针对下放高校自主权、高校后勤与社会接轨、人事制度编制的重设、健全党委领导和校长负责之间关系、建设大学内部治理结构。这一系列的改革举措，对高校内部治理结构的建设具有重要的推动作用。戚业国和王徐波（2008）将高校内部管理体制改革划分为四个阶段，提出在未来进一步改革中，应坚持高校内部结构与外部结构相配合，并且应不断适应外部环境以增强改革发展的内生动力。提出今后应将改革的重心放在提升高等教育的质量上，并进一步深化改革。治理权整合是高校内部管理体制的关键所在，高校内部管理体制的改革需要进行治理权的合理分配。黄治国和彭正明（2009）、徐远火和姜娜（2010）提出，在高校内部管理体制改革中，高校应坚持实行党委领导下的校长负责制；明确学术权与行政权的划分标准；实行校党委领导下的学院党政共同负责制；有机地将政治权、行政权与学术权三者结合。廖少纲和许才明（2009）提出借鉴大部制改革的基本思路，按照“精简、统一、效能”的原则，重构机构精简、权责分明的高校行政组织体系。这有利于建立现代大学内部治理结构，避免治理权划分不合理、权责模糊不清等问题。杨敏（2013）指出，中国公办高校内部管理体制中最突出的问题在于治理权失衡，在传统管理主体单一的情况下，政府成为高校内部治理权配置的唯一主体。这些历史问题对实现我国高校内部治理权均衡化路径，对深化高等教育体制改革、依法办好人民满意的教育等都具有极其重要的意义。
从内部管理体制改革角度来看，周文成、高斌（2011）从和谐社会角度研究内部管理体制改革的路径，并提出和谐的高校内部管理体制变革应从树立现代大学理念、建立基于学科的管理体制、充分尊重和行使学术权、推动高校人事体制的改革、建设和谐文化等路径展开。李绍环（2012）发现我国高校现行的管理体制运行中存在学校管理行政化倾向突出、院系办学的积极性和创造性不高、行政管理效率不高等问题，并提出高校内部管理体制改革的路径主要有：提升学术委员会的地位，使高校的政治权、行政权和学术权三者紧密联系、相互协调；校院两级分级管理，相互配合，各履其责；精简管理机构，简化管理程序，建立起立足服务兼顾效益、效率与质量的职业化的行政管理体系。周倩（2015）对法治维度下高校内部管理体制改革进行了研究，并提出在依法治国、依法治校背景下，高校内部管理体制改革应遵循高等教育规律，借鉴国外高校管理经验，立足我国高校教育实际，建立中国特色的现代大学制度、多中心的高校治理模式和利益相关者协调机制，提高师生民主参与水平，规范与整合内部治理权运行。众多学者从不同角度对我国高校内部管理体制改革进行研究分析，并取得了许多优秀成果，普遍认为随着社会的发展，中国的高等教育改革进入攻坚阶段，主要受以下三方面因素影响：①行政干预过多影响学校的自主办学是外部因素；②内部制度缺失和治理权失衡是制度因素；③部门利益是问题产生的内部因素。同时，提出相应的改革策略，包括确立改革的协同目标、明确协同改革的层级和选择协同改革的有效路径。
新中国成立后，我国高校内部管理体制不断变化。在新中国成立初期，高校高度集中管理，没有办学自主权且学术权不受重视，行政权与学术权分配不均，导致二者处于不平衡状态。随着高校管理体制的不断改革，取得了很多重大成果，但上述问题仍然存在。阎亚林、李金奇、陈岩等在对比国外大学内部管理体制后对我国内部管理体制的改革提出建议，包括充分发挥学术权在决策管理中的作用、落实和扩大高等院校办学自主权、依法办学是提高大学内部治理能力的法律保证、要明确树立以人为本的管理思想等。综观西方大学管理体制状况，李金奇提出美国、德国、法国等学校内部管理系统在高校内均有较大的自治权；高校内部的管理机构重视学术权；以教授为主导的学术权在高校内部管理中有着重要作用，即“教授治校”，学术权能够保障学术工作者的学术自由，对于推进人才培育目标的实现有重要意义。通过梳理国内大学管理体制演变过程，毕宪顺提出我国大学管理体制逐步呈现多样化的特点。黄治国、彭正明、徐远火、姜娜、李绍环指出在政治权、行政权与学术权三者之间的权力整合上应不断向均衡发展。