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尽管沿边自贸试验区发展机遇广阔，发展潜力大，但同时也应当注意到，当前沿边自贸试验区发展还面临国际局势急剧变化、新冠疫情影响仍未消散、自身经济发展基础比较薄弱等不利因素。
近几年，国际形势发生急剧变化，尤其是2022年俄罗斯乌克兰局势恶化，截至目前冲突仍在持续。国际形势变化对我国沿边自贸试验区的建设、发展造成了一定负面影响。
俄罗斯和乌克兰的地理位置十分重要，是“一带一路”沿线上连通中国与欧盟的关键节点，俄乌局势直接影响到中欧陆路运输和航空运输的安全，对“一带一路”沿线及中国沿边自贸试验区产生了复杂且深远的影响。从短期来看，一是丝绸之路经济带的陆路运输与航空运输受到明显波及，目前乌克兰货物运输基本中断，中乌之间直达班列目前已经停运或改道，经乌克兰抵达匈牙利的长安号班列也已改道。俄罗斯已经关闭了对欧盟的领空，中欧航空运输将不可避免地受到影响，抑制了黑龙江自贸试验区拓展对外贸易。二是我国与俄罗斯的贸易结算受到严重限制。自2022年俄乌冲突爆发以来，美国及欧盟各国不断加大对俄罗斯的制裁，其中就包括禁止俄罗斯部分银行使用国际资金清算系统（SWIFT）。SWIFT在国际贸易中的应用十分广泛，也是国内外贸企业最为普遍的结算方式。俄罗斯无法使用SWIFT，对中俄之间的一般贸易、边境贸易会造成一定影响。目前人民币国际化进程还处在起步阶段，人民币支付占全球支付的比例仍然较低，人民币跨境支付系统（CIPS）还无法取代SWIFT。黑龙江自贸试验区对俄贸易虽然有境内外汇账户（NRA账户）结汇业务、跨境人民币外商直接投资（FDI）和对俄直接投资（ODI）业务的基础，但规模仍较小。
从长期来看，俄乌冲突对地缘政治格局将造成深远影响，中欧、中俄、中亚之间的双边及多边合作格局将变得更加复杂，贸易保护主义和逆全球化趋势可能深化，对各国经济发展前景产生不利影响。俄罗斯与乌克兰是国际上重要的农产品出口国，俄罗斯还是化肥、原油、天然气的重要出口国，目前俄乌局势前景不明，乌克兰农业生产以及粮食出口受阻，俄罗斯的粮食、化肥、原油、天然气出口面临诸多限制，对我国以及全球的粮食和能源安全造成明显影响，沿边自贸试验区建设发展也将受到拖累。
近几年，国际形势发生显著变化，美国利用其技术优势，泛化国家安全概念，滥用出口管制等措施，动用国家力量扩大打击中国企业，对我国进行技术限制和封锁，并干预其他国家与我国开展技术、贸易和投资合作。自美国前任总统特朗普2016年执政以来，中美经贸摩擦迅速加剧。自2018年3月22日至2022年12月12日，美国政府及其以商务部、国防部、财政部为主的职能部门，共把885家中国公司、机构及个人纳入到各类管制名单中。
此外，国际反华势力还借口人权问题，对我国新疆生产和出口的棉花及其制品进行无理打压。国际反华势力对中国的限制在短期内确实会对中国相关产业的发展造成一定不利影响，中国沿边自贸试验区的发展也会受到波及。
新冠疫情暴发后，全球正常的生产、贸易活动受到了极大的影响，疫情导致的停工停产对全球产业链和供应链造成了巨大冲击，引发了全球性经济衰退。国际货币基金组织（IMF）2023年1月发布的《世界经济展望》预测，2022年全球经济增速将仅为3.4%，比2021年下降了2.9个百分点。目前，新冠疫情对经济活动的影响逐步减弱，但新的变异毒株可能会继续产生威胁，沿边自贸试验区发展仍然不能完全忽略新冠疫情的影响。
一是跨境贸易需求下降。我国沿边地区的主要贸易伙伴是俄罗斯和东南亚各国。受疫情冲击，各国经济生产活动都处于收缩状态，需求端的收窄将会导致各大贸易伙伴对我国沿边自贸试验区的货物贸易需求、服务贸易需求大幅萎缩。
二是边境贸易交通物流成本上升，通关效率下降。新冠疫情暴发后，海上、陆地和航空运输均遭受沉重打击，尤其是空运，出现了严重中断和货运运力大幅下降的严峻局面。此外，部分陆路口岸关闭，部分口岸实施严格的卫生防疫措施，严格的人员跨境流动措施、非接触式货物交接模式使得交通物流成本急剧上升，通关效率显著下降。自2023年1月8日起，我国对新型冠状病毒感染实施“乙类乙管”，疫情防控措施的进一步优化将大幅降低边境贸易交通物流成本、提升通关效率，但仍需一段时间才能恢复到疫情发生之前的状态。
一是产业基础薄弱。沿边地区是我国沿边开放的窗口和门户，但由于地理位置远离经济发达地区，开发开放起步晚，长期处于国民经济末梢。沿边地区自然地理条件相对较差、山区多、产业发展条件先天不足，导致长期以来产业结构单一、缺少具有辐射带动作用的支柱型企业和引领性企业，经济发展水平较东、中部地区有明显差距。较弱的产业发展基础制约了沿边地区与周边国家进行更高水平的经贸合作。
二是通道经济比重高。目前，沿边自贸试验区对外贸易规模逐年增加，但出口商品主要来自东、中部地区，进口商品也多销往东、中部地区；依托进出口商品的加工制造业尚处在起步阶段，尽管发展势头迅猛，但比重仍不高，通道经济特征仍较为明显，毗邻周边国家的独特区位优势未能充分转化为经济发展优势。
三是专业技术人才匮乏。沿边自贸试验区要获得快速发展，离不开大量专业技术人才的支持，但长期以来，沿边地区经济发展基础薄弱，收入水平与公共服务水平距离东、中部地区还存在显著差距，对专业技术人才吸引力不强，人才引不来、留不住的问题普遍存在。专业技术人才严重匮乏是长期以来困扰边疆地区经济发展的重要因素，也将制约沿边自贸试验区的高质量发展。
四是跨境交通物流网络有待改善。沿边地区是我国与陆上邻国开展经济社会交流的重要窗口，地缘优势明显，却并未像沿海地区那样对周边区域产生强烈的辐射带动效应，原因除了经济发展基础薄弱，还有交通物流基础设施落后，运输成本偏高，仓储能力、技术相对落后，专业的冷链物流设施不足。如云南与缅甸、老挝和越南接壤，进出口贸易增长很快，有发展跨境物流的优势和条件，但较为落后的冷链运输设施导致30%以上的农产品在运输过程中遭到损耗。
在共建“一带一路”的过程中，我国始终坚持共建、共商、共享的原则，积极发展与“一带一路”沿线国家，特别是邻国的睦邻友好合作。我国不断创新合作模式，积极推进政策沟通、设施联通、贸易畅通、资金融通和民心相通，区域大合作进入新阶段。但我国由于陆上邻国多达14个，是世界上陆地接壤最多的国家，邻国国情迥异，部分邻国政治局势动荡，面临较为复杂的地缘政治环境。沿边地区地处沿边开放前沿，更容易受到地缘政治的影响。
一是周边国家政治体制、民族构成、经济发展水平差异巨大，部分国家与我国的合作存在一定摇摆性，一方面希望搭乘中国经济发展的“快车”，另一方面又希望中国给予更多的援助和支持，帮助本国发展经济。二是反华势力炒作“中国威胁论”“中国责任论”，引起部分周边国家对中国和平崛起的担忧，与中国的经济合作始终处于不温不火状态。此外，部分国家与我国还存在争议海域，容易影响到沿边自贸试验区的正常对外经贸合作。