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由于区位、自然地理、产业发展基础等方面存在差异，沿海、内陆和沿边自贸试验区的战略定位和发展目标也具有明显差异。其中，沿海自贸试验区，如上海、广东、福建、浙江等，以港口片区为核心发展区域，凭借优越的港口条件，大力推动沿海地区高端制造业和现代服务业的发展，推动区域经济结构转型升级。内陆自贸试验区，如武汉、重庆、西安等，大力发展战略性新兴产业和高技术制造业，承担中国经济内循环的重要功能。沿边自贸试验区利用特殊区位条件，注重区域产业结构的升级换代和与周边国家的协调发展。如广西和云南作为我国与南亚和东南亚经济合作的两个重要地区，自贸试验区的发展重点是成为与南亚和东南亚国际合作的前沿窗口，是跨境经贸、跨境金融、跨境旅游、跨境医疗、跨境文化交流等国际合作新形式的试验区；而黑龙江作为向北开放的重要窗口，自贸试验区的发展重点是拓展对俄罗斯及东北亚地区的区域合作。
沿海地区作为我国对外开放的“火车头”，其自贸试验区建设服务国家推进高水平对外开放战略，是构建以国内大循环为主体、国内国际双循环相互促进新发展格局的重要阵地。
沿海自贸试验区承担着扩大对外开放以及先行先试的职责，凭借得天独厚的区位优势，依托优良的海港、便捷的出海通道与跨洋运输条件，成为技术和信息等高端要素聚集区，具备发展先进制造业和现代服务业的突出优势。尤其是在发展沿海贸易、向海经济等沿海开放型经济方面具有显著优势，对沿海地区形成了强烈的辐射带动效应，并带动了内陆地区的对外贸易和经济发展。沿海自贸试验区围绕服务内地、面向世界的战略要求，贯彻落实中央关于加强经济和社会发展创新力、转变经济发展方式、建设海洋强国的号召，以加快推进新旧发展动能接续转换、发展海洋经济为己任，形成了对外开放的新高地；
充分发挥沿海对外开放的前沿优势，旨在建设21世纪海上丝绸之路核心区域、打造面向21世纪海上丝绸之路沿线国家和地区开放合作的新高地。
（1）推动沿海地区现代服务业与高端产业发展
沿海地区作为我国经济最发达的区域，其自贸试验区发展目标是充分利用其在国民经济结构调整中的优势，推动我国经济结构转型升级。如上海临港新片区的发展规划是建立全球最先进的工业集群，形成新的经济增长极；辽宁作为中国曾经最大的工业基地，其自贸试验区产业发展重点是先进航空设备、制造业、汽车及其零部件以及金融、港航物流等现代服务业领域，推动辽宁乃至东北老工业基地产业结构实现转型。
（2）推进制度创新，与国际先进标准接轨
制度创新是我国自贸试验区建设承担的重大任务。从我国自贸试验区发展规划来看，沿海地区，尤其是经济比较发达的省份，改革起点和发展基础要远远好于内陆和沿边地区。沿海自贸试验区制度创新的重点是对标国际先进自由贸易港，围绕海洋运输国际贸易模式、国际航运、港口监管服务和海洋经济等领域进行探索。在运输监管上，海南自贸试验区首创不同品种保税油品同船混装的监管模式；在港口监管上，辽宁自贸试验区大连片区首创“保税混矿”的监管举措；在海事服务上，浙江自贸试验区首创单一锚位为一艘国际航行船舶提供整套海事服务；在海洋经济领域，山东自贸试验区烟台片区在全国率先探索推动“水产种业知识产权保护制度创新”。同时，沿海自贸试验区在金融服务、税收优惠、贸易投资以及人员流动等方面，也积极进行制度创新和改革探索。
（3）对外开放与共建“一带一路”的先锋
沿海自贸试验区是我国对外开放和共建“一带一路”的先锋，是对外开放的最前沿。广东、海南等沿海地区的自贸试验区（港），遵循着面向世界、服务内地的思路，相互协同，大力推动粤琼港澳多边深度合作。福建自贸试验区通过发展闽台合作，以建成深化两岸经贸合作示范区为战略目标，打造两岸区域性的金融和贸易中心。上海、浙江、福建、广东等自贸试验区承担“一带一路”合作平台的重要战略定位，旨在扩大对21世纪海上丝绸之路沿线国家港口的投资，加强与国外港口的对接合作，连接长江经济带与亚欧大陆桥，建设成为亚欧间的国际交通枢纽。
内陆自贸试验区不仅赋予了内陆地区经济发展新动能，还作为经济腹地承接沿海地区产业转移，为东部地区提供原材料和中间产品，并承担着联通东部地区与西部地区、带动西部地区发展的重要任务。
从区位条件看，内陆自贸试验区位于我国腹地，既不沿边也不靠海，但借助于自身陆港、沿海地区海港，依托内陆腹地的资源和市场优势，在承接东部产业转移和发展加工制造业等方面发挥着关键作用。同时，内陆自贸试验区积极顺应发展趋势，大力发展“空中经济走廊”，与高速公路、铁路等运输方式相衔接，加速内陆自贸试验区商品流、资金流、信息流的聚集，打造内陆开放型经济高地。
在对外开放方面，内陆自贸试验区积极参与“一带一路”建设发展，在促进与丝绸之路沿线城市互联互通、建设国际陆路大通道、打造内陆地区改革开放高地、服务我国西部地区开放上起着重要的示范引领作用。内陆自贸试验区依托内陆无水港、空港等综合交通优势以及作为交通枢纽的区位优势，与沿海、沿边地区的海港和边境口岸联动，开通运营中欧班列，形成带动中西部地区经济发展的内陆开放型经济，其功能定位是建设“一带一路”国家内陆型改革开放新高地、内陆开放型经济示范区。
如陕西自贸试验区的战略定位是丝绸之路经济带的国际门户、临空现代服务引领区、航空高端制造科研聚集区和国际内陆型空港城市示范区；湖北自贸试验区的战略定位是打造中部有序承接产业转移示范区、内陆对外开放新高地。
（1）承接东部地区产业转移
受劳动力成本和土地成本快速上升的影响，不少沿海地区企业有向中西部地区转移的动机。内陆自由贸易试验区的设立，将有利于中西部地区承接来自沿海地区的产业转移。这种产业转移对于拉动中部地区投资、促进中部地区产业结构调整优化、提升中部地区在我国经济双循环中的地位，作用关键。
如重庆、陕西和湖北等内陆自贸试验区把汽车制造、高端装备、生物医药等先进制造业作为重点产业，并结合各自优势分别把白酒产业、农业技术国际服务产业及“互联网+”产业作为特色优势产业。
（2）带动中西部连片区域的发展
一方面，内陆自贸试验区的建立与发展对本地经济发展具有巨大的推动作用，并将带动周边邻近地区经济发展。国务院有关自贸试验区建设的各项规划均指出，在自贸试验区内实行更为开放、自由的投资和贸易政策的一个重要出发点就是要让自贸试验区带动整个区域的发展。另一方面，内陆自贸试验区还承担着立足内陆、连接东部地区与西部地区，加快西部大开发，将自贸试验区建设成为推进中西部地区开发开放引领区的重要任务。
（3）促进内陆地区融入“一带一路”建设
内陆自贸试验区作为“一带一路”沿线的重要节点地区，也是推进内陆地区对接“一带一路”合作共建、推动内陆地区深化对外开放的重要平台。如作为“一带一路”南向、西向联通21世纪海上丝绸之路的枢纽，河南自贸试验区通过建立现代化的立体运输系统和现代物流系统，很好地促进了内陆地区融入“一带一路”建设；陕西自贸试验区以制度创新为核心，聚焦“丝路自贸区”“科创自贸区”“农业自贸区”“会展自贸区”建设，以推进陕西产业发展为主线，着力打造内陆改革开放高地、“一带一路”商贸物流枢纽、“一带一路”人文交流基地、西部创新高地先行区、开放型产业发展引领区。
与沿海、内陆自贸试验区相比，沿边自贸试验区区位条件特殊，位于我国边疆地区，毗邻陆路周边国家，海关监管和自贸试验区建设需要与邻国协同推进，且人员、交通工具跨境往来频繁，陆路口岸海关监管、检验检疫、防止非法物品或人员入境等工作压力大。
这意味着沿边自贸试验区的战略定位和发展目标不同于沿海和内陆自贸试验区。
沿边自贸试验区拥有特殊区位条件，与周边国家相邻地区铁路、公路相联通，以跨境贸易为核心，积极推进跨境金融、跨境物流、跨境加工、跨境旅游、跨境劳务等跨境合作新业态。如广西自贸试验区对外开放合作的主要对象是东南亚国家，重点内容是围绕西部陆海新通道建设，打造对南亚和东南亚对外开放的前沿门户；云南自贸试验区对外开放合作的主要对象是南亚和东南亚国家；黑龙江自贸试验区对外开放合作的主要对象是俄罗斯和东北亚国家，重点内容是建设欧亚大陆北桥和中蒙俄经济走廊。沿边自贸试验区以对周边国家和地区经贸合作为重点，以带动边疆地区经济发展、形成沿边开放型经济发展特色为主要功能定位。
（1）增强与邻国的国际经济合作
沿边自贸试验区要充分发挥沿边地区的区位优势，加强与周边国家合作，创新沿边跨境经济合作模式，推进与周边国家投资贸易自由、人员往来便利，加快发展跨境经贸合作、跨境文化交流等多领域的国际合作。
广西、云南是我国与东南亚、南亚地区开展经济合作最主要的地区，两省区的自贸试验区发展规划都提出了建设以南亚、东南亚尤其是东盟国家为主要经济合作对象的发展方向，在加强与邻国基础设施联通的基础上，在自贸试验区内开展跨境贸易、跨境加工、跨境金融、跨境物流等业态。黑龙江自贸试验区作为我国最北端的自贸试验区，发展目标是建设北方对外开放的重要窗口，建设面向俄罗斯和东北亚地区的区域合作枢纽。
（2）内陆地区连接“一带一路”的重要门户
2019年，国家发展改革委印发《西部陆海新通道总体规划》。西部陆海新通道位于中国西部地区腹地，向北通过重庆联通丝绸之路经济带，向南通过广西、云南联通21世纪海上丝绸之路，同时协同衔接长江经济带，在我国区域协调发展格局中具有重要战略地位。西部陆海新通道是中国西部纵贯南北的运输大动脉，包括铁海联运、空运、跨境公路、跨境铁路等多种交通方式。西部陆海新通道通过广西、云南自贸试验区的磨憨、凭祥等口岸，将我国内陆地区与越南、缅甸、老挝三国通过陆路交通连接，进而辐射到整个中南半岛；在广西北部湾港口形成铁海联运枢纽，南下联通新加坡等东盟国家，并以新加坡港口为二次枢纽中心，辐射至全球各个国家和地区。
可见，广西、云南自贸试验区作为西部陆海新通道的重要对外门户，承担着连接内陆地区与21世纪海上丝绸之路的重要任务。
（3）推动边疆地区外向型经济发展
沿边自贸试验区拥有沿边与跨境的独特优势，沿边自贸试验区高水平对外开放是推动边疆地区外向型经济高质量发展的重要力量，有助于进一步缩小边疆地区与内地、沿海地区之间的经济发展差距。广西自贸试验区将打造面向东盟的临港石化产业基地、高端装备制造产业基地、电子信息和智能制造产业基地，支持数字经济产业集群发展，培育发展生物医药产业基地，全面推进广西外向型经济高质量发展；云南自贸试验区将构建现代产业体系的新动能、新路径和新模式，提升云南产业发展水平，提升产业链、供应链稳定性、安全性和竞争力，推动云南外向型经济高质量发展；黑龙江自贸试验区将深化产业结构调整，支持跨境电子商务综合试验区建设，积极扶持高端装备、智能制造、新一代信息技术、新能源、新材料等新兴产业发展，推动黑龙江外向型经济发展，带动东北地区振兴。