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就经济理论而言，在足够小的时间和空间尺度上，对于所观察的现实经济系统进行数据化处理，可以构造一个现实经济系统的数据虚拟映象，承载着现实经济系统的运行规律。在拥有高效的数据分析方法和快速充足的计算能力的前提下，对这个数据虚拟映象进行深度分析，将可能理解和挖掘现实的、复杂的经济系统的行为、状态和规律。
在早期时代，哲学被认为是一门纯思考的学问，似乎更多的理论内容都是依靠冥想得来的。此前著名的哲学家有苏格拉底、亚里士多德、柏拉图等，其中的大多数人更偏重理论方面，没有多少人把哲学与现实联系、印证起来。
经济学的思想和理论，既受到科学的影响，也受到神学的影响。经济学产生于这两种范畴之中，又不完全归属于其中的任何一个。毕竟现有主流经济学的定义更偏重于总体认识和内容体系，与科学的实际价值有所出入，也与神学的宗教属性有些冲突。这两者在思想方面存在着合理的交叉部分，有限地影响着经济学的思想和理论。
这一时期经济学的哲学观主要是从维护奴隶制自然经济、反对商品经济的角度出发，与奴隶主阶级的利益相一致。哲学观认为：在自然界中存在着一种客观的自然规律，源自万物的本性，是不可违背的和不可超越的；相应地，把人们的经济活动分为“合乎自然”的与“不合乎自然”的两种：合乎自然的经济活动被称为“经济学”（为满足人类生活需要而进行的生产、交换、消费和储藏等活动），不合乎自然的经济活动被称为“牟利学”（为卖而买的商业活动）；赞成合乎自然的经济活动，反对不合乎自然的经济活动。当时的思想家在一定程度上认识到客观规律的存在，并且认识到其具有不可违背性。这比后期的教法学者哲学观有进步，只是他们把客观规律说成由万物的本性决定并且完全主宰着人类的活动和命运，这是不正确的。
西欧进入封建社会，中世纪的教法学者的代表人物是托马斯·阿奎那，他用上帝来为封建农奴制辩护，利用唯心的宗教教条来劝说人们服从上帝的安排，不要与命运抗争，以此来维护封建教会对农奴的统治。哲学观认为：自然法则确实存在，但是这一自然法则是由上帝决定的，而不是由世间万物的本性决定的；上帝创造宇宙万物，原本就有高低贵贱之分，低级的东西应当受制于高级的东西，在人类社会中“下等人”应当受“上等人”的统治；上帝的意志高于一切，人们必须遵循上帝的旨意；人的肉体必须服从于灵魂的统治，冲动的情欲必须受制于理性，如果不是这样，社会就会陷于崩溃。从自然法则出发建立起相应的经济学观点，这种主观唯心的哲学观使得当时的经济思想带有很强的主观随意性，例如对于价格、利息等经济范畴的解释就是按照宗教法典来任意理解的。
西欧进入封建社会末期，由于商业活动和对外贸易的发展，重商主义开始成为主流经济思想，对于经济现象的研究适应资本主义生产关系和资产阶级的意识形态。人文主义思想以“人”为中心，用人性来对抗封建的神性、用人权来反对神权、用个性自由来反对宗教道德规范的束缚。人文主义的哲学观认为：应当使用人的观点或者商人的观点来研究社会的一切事物和一切现象，抛弃从神学角度来观察经济现象的做法；应当反对中世纪服从于神学的研究方法，对社会—经济现象进行实际的研究，并注意事物之间的因果关系。但是由于时代的特殊性和局限性，重商主义者所注重的只是商业资本活动的表面现象，没有认识到经济活动的实质，人文主义思想没有使得经济理论沿着正确的方向发展下去。
重农学派产生于18世纪50年代至70年代资本主义萌芽时期的法国，代表人物之一是弗朗索瓦·魁奈，以“自然秩序”为其社会哲学观，这种哲学观是受到法国启蒙思想家伏尔泰、孟德斯鸠、卢梭、狄德罗等影响而形成的。“自然秩序”是指完全合乎人性的制度和秩序（也就是资本主义制度），“人为秩序”就是违背人性的封建的经济制度和政治制度。重农学派还没有完全摆脱封建思想的影响，所提出的自然秩序学说带有宗教色彩，比如他们认为自然秩序是上帝为了人类幸福而安排的秩序，人们的幸福寄托在自然秩序之上。但是魁奈对这一思想进行了大胆的改变，即建立一种“积极秩序”（比如组织政府），制定各种政策、措施，使人们享受到最大化的幸福。重农学派承认经济的内在规律性，人们可以认识和利用规律，而不仅是规律的奴隶。由于历史的局限性，重农学派仍然把自然秩序说成上帝的安排，把资本主义农业生产方式看成唯一的和永恒的，把支配当时生产方式的特殊规律看成永恒不变的，是错误的看法。
古典政治经济学最重要的代表人物之一是亚当·斯密，他的《国富论》建立在“经济人”的哲学观之上，这与工场手工业的发展程度密切相关，工业资本家急需一种自由放任的经济政策使得自己自由地扩张国内外市场。他认为社会是一种交换的联合，而这种交换的联合来源于“人类的本性”；人类的本性一个特征就是具有“互通有无，物物交换，互相交换”的倾向，“这种倾向为人类所共有，同时也为人类所特有，在其他动物中是找不到的”，这种互助的行为并非出于利他主义，而是出于利己主义的理性考虑；个人在追求自身利益的同时也就自然而然地产生相互的或者共同的利益；个人利益与社会利益是一致的，个人在对自身利益做出判断时所做的决定也必然会对社会最有好处；只要社会对个人的经济行为和经济活动不加以干预，“一切听其自然”，无须政府干预，经济活动过程中自会有“看不见的手”（市场机制）来进行调节。
亚当·斯密的经济人哲学观与重农学派的自然秩序哲学观在实质上是相同的，但是在形式上仍然有许多不同。在重农学派看来，只要政府的政策符合自然秩序就会对经济起到有益的作用；而在斯密看来，任何政府的立法都很少会对经济产生积极的影响，因此主张完全的自由放任；重农学派把自然秩序看成上帝的力量强加于人类，而斯密则认为是由利己主义自发产生的。斯密的哲学观从神学的框架里解脱出来，把人类的本性抽象地归纳为利己主义，把资本家唯利是图的本性看成在一切制度下人类的本性。
英国工业发展十分迅速，阶级矛盾也日益突出，斯密的经济人和自然秩序的观念已不能起到有效作用，于是，英国资产阶级思想家边沁的功利主义哲学得到广泛的传播，李嘉图及后来的资产阶级经济学者都采用这一哲学思想。边沁不承认所谓的自然秩序，他认为个人是社会的基础，个人利益是人们行为的准则；社会完全服从于个人，并且完全融入个人之中；社会只是一个由个人组成的“虚构肌体”，人们的行为准则是“最大多数人的最大幸福”；在道德上的善恶不应当取决于教条或者外来的规范，而应当取决于事物是否符合人们的本性，追求幸福是基于人们本性的根本动机，一切行为都是在获得更大的快乐和更小的痛苦之间取得平衡的计算结果；任何人在追求自身利益时的行为都是正当的，不应当受到干预。边沁在伦理学上的个人主义为李嘉图的经济学奠定了思想基础，李嘉图之所以采用功利主义哲学观，其根本目的是更好地为资本主义私有制辩护，因此他的经济政策主张实行完全的自由竞争，反对任何形式的国家干预，认为那是违反最大多数人的最大幸福的。
制度学派与历史学派有着非常密切的联系，更加具体地把社会—经济的历史相对性推进到经济制度的演化过程中，提出经济学应当从经济制度演化的途径和方向上来考察。主要代表人物之一是美国经济学者凡勃伦，他采用达尔文的演化论作为哲学观，认为一切生命都在不断地变更，社会的发展和生物的发展一样都是一个“过程”；批判以前的经济学寻求一个不变的自然规律，为了寻求这个不变的自然规律首先假定一种“常态”的存在，但是实际上并不存在什么“常态”，而只有“过程”；过程实际就是制度的发展过程，是相对的和不断演化的；制度是指广泛存在的“社会习惯”，例如私有财产、价格、市场、货币、竞争、法律等；经济学应当是一门演化的科学，其任务就在于通过研究制度发展过程来考察和分析社会—经济，这就是经济学的“制度约束”；人类的经济行为并不只是受理智的支配，还受本能的支配，经济制度是人类利用天然环境以满足自己物质需要所形成的社会习惯；受本能决定的制度的本质也是不变的，而变化的只是制度的具体形态。
马克思主义政治经济学的哲学观是无产阶级的哲学观，马克思和恩格斯认为，政治经济学所要研究的不是抽象的人与物质财富的关系，而应该是客观存在的生产关系范畴；“人们按照自己的物质生产的发展建立相应的社会关系，正是这些人又按照自己的社会关系创造相应的原理、观念和范畴”；政治经济学研究的是在特定生产方式之下的社会生产关系，而不是关于物与物的关系，更不是主观设想出来的原理和范畴。马克思批判古典学派总是认为经济学研究的是财富、是物与物的关系，并指出，“我们在批判政治经济学时，就要研究它的基本范围，揭露自由贸易制度所产生的矛盾，并且从这个矛盾的两方面做出结论”；研究对象具体化为各种社会制度下的生产关系，按照所有制关系来划分各种人类社会制度，并且以阶级利益的观点来评判各种社会制度的优劣，再用辩证唯物主义的世界观来说明各个社会制度的产生、发展和灭亡的必然规律；批判资本主义制度的剥削性和不合理性，说明社会制度的历史阶段性及客观经济规律的自然属性与社会属性的对立统一关系，无产阶级的历史使命就是要彻底消灭私有制，并且为社会主义制度的建立起到决定性的作用。
在20世纪30年代爆发的“大危机”，使得斯密的“自由放任”和萨伊的“供给自发地创造需求”的观念在现实面前力不从心，经济学者不得不重新审视主流理论，其中具有划时代意义的是凯恩斯的“政府干预”理论。与学者型的斯密不同，凯恩斯一开始便以官员的眼光注视社会，多年的政府工作使得他有充足的机会从一个新的宏观角度去理解和把握经济活动，把政府行为引入经济活动领域，由此形成一种新的哲学观和方法论。
凯恩斯认为，萨伊所说的供求自动均衡的定律并不都适用，宏观不是微观的简单叠加，全理性的微观不能代表宏观的合理性，这包含着部分的系统论观点；经济危机的根源在于“有效需求”不足，而有效需求不足又起因于“边际消费倾向”“对资本未来收益的预期（资本边际效率）”和对货币的“灵活性偏好”以及消费的边际效用递减和投资的边际收益递减；政府应该积极参与经济活动，利用政策的力量来改善经济的运行状态，以实现充分就业的目标。凯恩斯主义的真正意义在于第一次从宏观和政府的角度对经济运行的把握。
凯恩斯处在一个社会政治经济环境迅速变革的时代，生产规模空前扩大、组织形式日益多元化、经营范围超越国界，而与单个资本迅速膨胀相对应的却是垄断性的产生和公共设施建设的相对恶化，垄断性在一定程度上抑制有效需求。他的成就一方面归因于自身的经历赋予一个颇具创新意义的哲学观，另一方面归因于所处的社会—经济环境的变化。
在“二战”后，西方发达国家持续多年的经济繁荣，主要原因是以原子能、电子计算机、空间技术和生物工程的发明和应用为主要标志的“第三次科技革命”，涉及信息科技、新材料技术、新能源技术、生物技术、空间技术和海洋技术等诸多领域。第三次科技革命极大地推动了经济、政治、文化领域的变革，影响了人们的生活方式和思维方式。经济自身的结构化调整使资本和劳动力的重新分配得以部分实现，加上不断扩张的货币政策，使得经济保持20多年的增长活力。
在20世纪70年代出现的“滞胀”，促使一大批实证经济学者迅速地成长起来。他们擅长使用理论模式的演绎来代替对实践问题的切身感受，用大量的数学公式来代替烦琐的语言表述。这种风格使经济理论变得玄而又玄，理论模式显得比对实践问题的分析更为重要。唯一能支撑其理论大厦的似乎是理论或者模式的可预测性，但是这一预测性常常遭到实践的嘲弄，从根本上看，政府行为及后果仍然是其所考察的主要对象。
在经历滞胀后，经济学者对政府干预的无能为力普遍表现出明显的不满。一些经济学者开始重新回归“自由放任”的哲学观，掀起一股“新自由主义经济学”的思潮，另一些经济学者则试图对政府描绘出新的行为模式。正如霍布斯在《经济学的贫困》中所阐述的那样：原先在经济学观点里明显的政策效果也不再出现，政府部门和社会大众对于经济学观点的采用变得很小心；经济学缺乏一种能产生像斯密的哲学观或者凯恩斯主义那样具有明显的实践性的哲学基础，面临“哲学观和方法论”的贫困境地。
经济规律来源于复杂的经济活动，人们要想深入了解经济规律，首先要受到自身认识规律的支配。经济学的方法论就是从科学的哲学观角度，依据一定的逻辑前提，探讨所研究主体的角度选择、范围确定、思考方式、分析工具和认识规律，从而获得特定的经济知识并且把这些知识构建为系统化的经济学理论。
在经济学方法论史上，有过多次科学哲学意义上的论战，包括归纳主义与演绎主义、实证主义与规范主义、个体主义与整体主义。通过长期的激烈论战，各个学派、各种观点开始由冲突走向融合，经济学的方法论就是在这些论战中完善起来的。
归纳推理则是由个别或者特殊的知识概括出一般性的结论，其思维过程是由个别到一般；演绎推理是从一般性的原理、原则中推演出有关个别性知识，其思维过程是由一般到个别。通常来说，归纳推理的前提数量是不确定的，演绎推理的前提数量是确定的；归纳推理的结论一般超出前提所涉及的范围，而演绎推理的结论一般不能超出前提所涉及的范围；归纳推理的结论与前提的联系不是必然的，而演绎推理的结论与前提的联系是必然的，只要前提真实、形式有效，其结论必定可靠。
经济学对于归纳主义和演绎主义的应用非常普遍，经济史学与新古典经济学分别发源于古典政治经济学的历史学派和演绎学派。迄今为止，关于归纳与演绎的激烈交锋共有两次：一次在18世纪，马尔萨斯的归纳主义与李嘉图的演绎主义；另一次在19世纪，德国历史学派的归纳主义与英国奥地利学派的演绎主义。
①亚当·斯密的二重法。
古典经济学的归纳主义认为：归纳法是建立科学理论的方法，“科学始于观察，观察是建立理论陈述的基础”。如果满足归纳原理的条件，那么从有限单位观察的陈述中归纳出普遍性定律是合理的。运用归纳主义分析最早的代表人物是亚当·斯密。他运用归纳的方法，对不同时期和不同地域的历史资料进行详尽的研究，从而得出劳动分工的一般原理。同时他又运用抽象演绎法，提倡归纳和演绎二重法。马尔萨斯也强调归纳法，根据掌握的某些史实，运用绝对稀缺等概念，归纳出“人口论”。
古典经济学的演绎主义认为，科学是真命题的集合，是已经被证明的知识；科学的基础是公理，是所有科学命题的原始前提，可以推导出整个科学理论体系；做社会科学的经济学所采用的方法应当是演绎法，主要在于经济学领域的因果关系相互交错，十分复杂，从而不可能像自然科学那样进行可控制的实验。因此经济学应该在内省和观察所形成的“显然是正确”的假设的基础上进行逻辑推理，构建其演绎体系。
②逻辑抽象法和历史描述法。
逻辑抽象法和历史描述法之争，实际上是演绎法与归纳法之争的延续和深化。旧历史学派的代表人物李斯特、罗雪尔认为，主流经济学的抽象演绎模型是对自然科学方法简单机械地模仿，这种方法对自然科学是适用的，但是社会科学应当采用历史主义的方法论。
在19世纪80年代即“边际革命”前后，奥地利学派的门格尔等与罗雪尔、德国的新历史学派创始者施穆勒等展开关于经济学方法论的激烈争论，围绕着经济学是一门关于论述历史过程的科学，还是一门关于发展一套用以处理资料的分析工具的科学而展开。双方的观点涉及经济学的性质、范围及对政策含义的不同看法。
③演绎法与归纳法的交替。
从20世纪初到20世纪20年代，制度主义学派崛起，主张运用归纳法重新认识和解释历史，并且从描述历史发展的过程中探寻制度变迁的规律。1932年，英国罗宾斯发表《论经济科学的本质和意义》，重申逻辑演绎法传统。在“二战”后，证伪主义思潮出现，波普尔把归纳法看作一种神话，认为归纳法不是站得住脚的逻辑论证。
20世纪80年代，随着实证主义支持者的增多，主张重视归纳法的观点也再次得到强有力的支持，计量经济学派的归纳主义与纯理论构建学派的演绎主义之争兴起。实证主义坚持只有通过观察（感觉）获得的知识才是可信赖的，应尽可能地用数据和计量方法“说话”。
20世纪90年代，实证主义被质疑，归纳主义也受到冲击，演绎主义重生。而后波普尔主义理念出现，基于更加复杂的实证主义理念，表明归纳主义没有退出历史舞台。
经验主义认为理性来源于经验事实，因此在方法论上提倡基于经验论的归纳主义；而唯理主义认为理性是先验的，因此在方法论上提倡基于先验论的演绎主义。由于归纳主义与演绎主义都存在片面性，通过论战，学术界出现归纳法与演绎法进一步融合的倾向。
对经济学是“科学”还是“艺术”的反思始终未曾停止，根本原因还是对方法论的质疑，即经济学研究是实证的还是规范的。
①科学哲学。
实证主义发端于黑格尔对纯思辨哲学的反叛。实证主义哲学的创始人是法国的哲学家孔德，他借鉴自然科学的研究方法，一反“本体论”式思考、纯粹逻辑推演和抽象论证等传统思维模式，把人类的认识对象限定在经验范围或者科学可以实证的范围之内。他指出：哲学好像实证的自然科学，应该通过观察和实验得出事实和知识，建立以近代实验科学为基础的一种“科学哲学”。以此为起点，以后又出现逻辑实证主义和历史主义。
逻辑实证主义者承认人们关于物质或者环境的价值知识的有效性，而不承认真正体现价值特点的描述性知识的有效性。他们认为，个人或者社会对什么是好或者坏的信念是可“计量”的，但是不承认那种认为本来任何事物就是或者可描述为好或者坏的；只有能够体验的事物才应该引起科学的注意，而不能观察或者计量的事物是毫无意义的。
规范主义者认为，条件和状况可以是好的或者坏的，也可以是正确的或者错误的。对于好和坏这一内在价值的描述性知识是可能存在的，这种知识可以用来得出什么是对的和不对的，或者什么是应该做的和不应该做的规则，犹如好和坏是可以体验的。
实证主义排斥历史主义崇尚的“形而上学”，用库恩的范式理论来理解，“形而上学”就等同于“包含价值观”，因此从“形而上学”问题引申到“价值观”，表现出实证主义反对历史主义崇尚“价值判断”的差异。据此，实证主义把科学看成纯经验范围的事情，而历史主义的范式理论则强调科学及其发展是与价值观紧密相关的。
②经济学方法论。
在经济学方法论史上，关于实证分析和规范分析的争端由来已久，其实质是科学哲学把命题分析方法渗透到经济学研究领域的结果。最早可以追溯到纳索·西尼尔和约翰·穆勒，他们有意识地区分实证经济学和规范经济学的“科学”和“艺术”的形式：“科学”是一系列现实经济的真理命题，指实证经济学；“艺术”则是一组规范性的经济准则，指规范经济学；经济学者不应该提出任何政策性的建议，因为这种超科学的伦理价值导向会不可避免地援引价值判断。在此之前，萨伊曾经把政治经济学和自然科学相比拟，认为政治经济学与化学、物理学和天文学一样，是实验科学的一部分，并且试图通过区分政治经济学与政治学把意识形态与价值判断等概念逐出经济学领域。
1740年，英国哲学家大卫·休谟在《人性论》中，提出著名的哲学命题：人们不能从“是”中推论出“应该是”。此命题在事实领域与价值领域之间做出“一刀切”的逻辑区分，被称为“休谟的铡刀”。之后，多数经济学者接受源自西尼尔和穆勒的“实证—规范”的二分法，少数经济学者持有异议，他们认为：经济学可以摆脱评价性或者规范性价值判断，但是不能没有描述性价值判断；经济学存在着实证分析，不应当受到规范分析的束缚。
围绕“休谟的铡刀”的长期争论表明，“是”并非完全独立于“应该是”的领域，“应该是”受到“是”的影响，同时“是”的说明也始终根据“应该是”的说明而得到评价。尽管经过不懈的“实证化”、“理性化”和“科学化”的努力，实证和规范的争论至今仍未结束。从当今的经济学研究来看，纯粹的实证分析是难以做到的。实证分析与规范分析的结合，显现出经济学融人文科学与自然科学为一体的学科特性。
谈到经济学研究的个体主义与整体主义，先要提到还原论和整体论。自17世纪开始，在伽利略、培根、笛卡儿和牛顿等人所创建理论的基础上，逐渐形成以还原论为主导的科学范式。正是还原论成就自亚当·斯密以来的主流经济学，特别是新古典经济学。
①还原论与整体论。
人们认识事物有两种基本的思维方法：一种是从“窄处”着眼的还原论方法。把需要认识的事物像拆卸机械钟表一样进行层层分解，先考察和认识被分解后的事物的组成部分，然后把这些对组成部分形成的认识组合起来，从而推出对事物的整体认识。另一种是从“宽处”着眼的整体论方法。把事物作为一个整体来考察，在思考和解决问题时，把问题的全局作为出发点和落脚点。这两种思维方法交织互现、共同促进，在人类认识能力和认识水平不断提高的过程中都起到重要作用，使得人们对于客观世界的认识不断深化。
还原论的代表人物是古代希腊的德谟克里特，他认为原子是不可再分的物质微粒，万物都是由原子和虚空构成。这一细分事物为原子来认识事物的思想，经过转化和发展，在17世纪的欧洲形成系统的还原论。笛卡儿在《方法论》中提出还原论方法的基本原则：“把我所考察的每一个难题，都尽可能地分成细小的部分，直到可以适于加以圆满解决的程度为止。”
以牛顿力学的建立为标志，自然科学进入一个辉煌的发展时期，还原论方法从物理学向化学、生物学甚至社会科学不断渗透。化学原子—分子学说、细胞学说、能量守恒原理等科学原理都是以还原论方法为基础。经过这一时期的发展，还原论逐步获得主导地位，成为一种观察认识事物的思维定式。当今人类所取得的大量的自然科学成果仍然是建立在还原论的基础上的。
②个体主义与整体主义的对立。
个体主义与整体主义的对立是随着近代自然科学的兴起和社会科学发展的需要而逐渐明朗的。个体主义认为：对于社会生活的解释只能依据在该社会中个体的行为及其结果，并且执着于社会生活的个体性和解释的个体原则。整体主义则强调：社会科学只能从“整体”的视角来看待和解释社会生活，笃守社会生活的整体性和解释的整体原则。
个体主义的思想萌生于古代希腊哲学的“原子论”中，原子论思想蕴含着对每一个原子式个体的重视。人作为单一的个体，其个体意识亦是在认识外部世界过程中得以逐步确立起来，并且在认识外部世界中逐步确立自身之地位，进而触发“认识论”的话题。“理性经济人”一直是主流经济学基本的假设条件，而原子式个体主义成为理性经济人假设的哲学基础。
整体主义的思想发轫于古代希腊哲学家柏拉图和亚里士多德，其兴起以生物科学的产生为先导。整体主义用以解释社会活动的原则：整体的性质不能由其组成部分的性质得到完全的解释，整体的状态不能由其组成部分的状态得到完全的表现；群体的行为规则不能还原为个体的行为规律；个体不仅不能说明和解释整体，而且自身还必须通过整体得到说明和解释。
1957年，英国哲学家卡尔·波普尔在《历史决定论的贫困》中提出：“社会理论的任务是要仔细用描述性的或者唯名主义的词语建立和分析社会学模式，这就是说依据每个人以及他们的态度、期望、关系等情况来建立和分析社会学模式。”与整体主义对整体和结构的倚重不同，个体主义强调从个体层次去描述和分析社会生活，认为所有的社会现象都可采用涉及该现象的个体动因的情境，比照有关个体行为的规律和理论加以描述、分析和解释。由此观之，整体主义和个体主义的对立的实质是围绕社会整体与社会个体的相互关系展开的。
③个量分析与总量分析。
个量分析与总量分析是个体主义与整体主义的具体体现，个量分析的哲学基础是个人主义原则，总量分析的哲学基础是整体主义原则，在经济学中的应用就是经济学方法论两大流派即“经济人”假说和“历史的方法”的不同表现。
建立在还原论基础上的古典经济学，通过对经济人的分析奠定个人利己主义的方法论基础，斯密在西尼尔“四大公理”的基础上提出经济人假说。新古典经济学是牢固地建立在个体主义方法论之上的，以经济人假设为基础，建立一套公理化的演绎体系，把经济人的内涵扩展到“理性经济人”，从而把社会的协调状态通过严格证明的方式给出，比如马歇尔的企业组织理论、瓦尔拉斯的一般均衡理论、希克斯的边际生产力理论、贝克尔的人力资本理论、萨缪尔森的消费者行为理论等。
历史学派的方法论是一种运用归纳法研究有机联系体的总量分析方法，继承以李斯特为代表的反对英国古典经济学的传统，对古典学派分析范式和逻辑演绎方法予以否定，提出自己的分析范式，即“历史的方法”，强调总体考察或者综合考察。他们率先质疑经济人假设，认为经济人是超乎于社会和历史之外的虚设的人，不能反映人的全貌，以孤立的个人经济动机作为分析的起点，就犹如“把政治经济学变成一部单纯的利己主义的自然历史”。
制度经济学派是德国的历史学派在美国的延续，其方法论是与整体主义方法论相联系的。他们认为个人首先是“社会人”和“组织人”，然后才是“经济人”。在有限理性假设的前提下分析制度的功能、构成和运行，研究重心应当从对个人利益的选择转移到对社会整体的选择上。凡勃伦、米歇尔的“集体行动”和缪尔达尔的“循环积累因果论”昭示着总量分析和整体主义方法论的成功运用；科斯的“交易成本理论”和诺斯的“制度供求论”突出经济与社会、个人与环境之间的互动关系，表现出新制度经济学坚持制度方法和新古典理论的整合。