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20世纪60年代以后，许多西方学者开始从不同角度反思以大规模改造为主要形式的“城市更新”运动。在我国，“城市更新”早已被简单理解为单一地对物理环境的“改造”，而“城市保护”则被解释为“什么都不允许动”。20世纪80年代，一些建筑师在如何继承北京的传统城市特色上进行了探索。由吴良镛教授主持的菊儿胡同住宅改造是旧城更新实践的成功案例。早在20世纪70年代末，吴良镛教授就提出了“有机更新”的概念。“有机更新”理论明确提出“结合城市内在发展规律，更好地迎合城市发展机理，在促进城市可持续发展的基础上分析城市的更新与发展”。
“有机更新”理论是吴良镛教授在充分认识中西方城市发展历史和城市规划理论，以及长期研究北京旧城和我国其他城市规划建设的基础上，结合北京实际情况首先提出的，它实际上是理性思考我国城市发展的结果。根据城市固有的发展规律，“有机更新”理论在可持续发展的基础上探索城市的更新和发展，认为城市是一个不断进化的有机体，应当进行自我发展。城市引入“有机更新”是从尺度和规模等相关指标对其加以限制，同时注重城市历史、现在和未来发展的关系，使城市能够实现各功能区均衡发展。有机更新的概念体现出城市更新并不是一蹴而就的，而是一个持续的动态过程。有机更新理论的提出丰富了城市更新的理论成果，特别是其在北京的成功实践，引起了世界的广泛关注和赞誉。
城市有机更新理论区别于传统城市更新理论的关键要素在于，吴良镛教授主张城市更新应“按照其内在的发展规律，顺应城市之肌理，在可持续发展的基础上探求城市的更新与发展”。有机更新是一种观念、思想，更是城市健康发展的过程。因此，有机更新的本质在于探寻城市发展的内在规律和我们对它所做出的动态反应。传统城市更新往往由于因素不同而无法达到预期的效果，而现代有机更新的方法之所以有发展空间，正是因为它与传统更新方法的不同。
“有机更新”理论自提出以来一直在发展，如有学者依托该理论在2000年针对我国首都城市更新所产生的问题进行了分析，并且对社区水平的小规模改造进行了研究，得出了“社区合作更新”的理论构想，其根本上是对“有机更新”理论进行了深化。
“有机更新”从根本上说是一个尚未广泛应用于城市更新的学术概念。计划经济时代所采用的计划方法，在市场经济体制下仍可能会沿用下去。随着国内产业的发展和经济总量的提高，在城市更新模式上，仅仅以经济作为指标已无法满足现实需要，城市功能与社会经济结构之间存在很大冲突。
在上述背景下，城市“有机更新”成为推动我国城市发展的根本途径。有机更新最显著的特征是系统性，即对城市更新的理解和把握不仅需要从时空维度综合考虑，还需要从社会、经济、人文等多个角度进行分析。多年来，政府在城市更新的法律、法规建设方面做出了许多尝试，特别是在上海、南京等一些经济发达城市，政府首先借助市场运作模式推进城市更新，并借助人文环境、经济与社会等进行优化，提升城市综合竞争力。例如，利用上海石库门建筑历史街区有机更新的购物中心，在完成产业升级的同时，也保护了城市原有的外观。
从概念上说，城市有机更新已经超越了传统城市建设的范围，要站在城市未来发展的高度，从整体上保持城市发展活力，更好地推进城市的物质文明和精神文明建设。