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地理标志的生态价值是指，地理标志所指示的产品拥有的自然因素和人文因素属性所具备的保护自然资源和生态环境的功能。地理标志产品是在气候、土壤、水源等自然因素和生产技艺、传统工艺等人文因素共同作用下的产物。作为自然资源的有机组成部分，地理标志产品与特定区域内的环境密不可分。为维护地理标志产品质量的稳定性，保护产地环境也成为应有之义。因此，地理标志也具有保护生态资源，维护和修复生态环境的生态价值。
具体而言，地理标志的直接现实作用在于维护产地内自然资源和生态环境。就地理标志产品的保护而言，保护地方特色产品，意味着在动物、植物（品种和地方亚种）、植物群落和微生物生态系统等不同层面保护地方的生态系统。
同时，地理标志的生态价值是经济价值的延伸，是生态资源向经济资源的转化。
地理标志产品内在的产品品质要求和市场需求，促使相关优势种植农业规模扩大，加快生态建设的步伐，带动环境开发的需求，促进产地区域内自然生态环境的修复和保护，实现环境开发与经济发展的对接。
“陈化店矿泉水”就是这方面的典型例子。“陈化店矿泉水”是河南省鄢陵县陈化店镇采用天然矿泉水生产的饮用水。“陈化店矿泉水”甘甜爽口，富含人体所需的锶、偏硅酸等多种微量元素，且水质属低钠盐、重碳酸钙镁型，以之泡茶，汤水浓稠，香气浓郁，享有“中原第一水”之美誉。
为保证“陈化店矿泉水”的质量和特色，当地政府对保护区矿泉水主要补给区双洎河上游基岩山区及水系流域加强生态保护，限制开采量，保障水质，保护资源。