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句法分析即短语（词组）的分析。《马氏文通》有词（字）的分析，有句子的分析，但没有短语的分析。不过，马氏在书中立有“次”，这就弥补了缺少短语分析的不足。主次和宾次对动词而言，可以用来说明主谓和动宾短语，偏次与正次结合为偏正短语，前次和同次结合即为同位短语。马建忠说：
前论名代诸字与动静诸字，所有相涉之义，已立有起词、语词、止词、表词诸色名目，今复以名代诸字位诸句读，相其孰先孰后之序而更立名称，凡以便于论说而已。 （《马氏文通·绪论·界说》）
这里说的“更立名称”指的是不称起词而称主次，不称止词而称宾次，等等。为什么要更立名称？答案是“便于论说”。依照马氏的看法，起词、止词之类是句子中才有的成分，那么不成句的主谓结构、动宾结构该如何称呼呢？只好另立名称，这就是立“次”的真实意图。“次”并非“格”（case）的化身，格是词法范畴，而次属于句法。在语法分析中，并非处处须把整个句子作为分析对象，常常要论及短语，如果没有一些术语来称呼，确实很不方便。
黎锦熙的《新著国语文法》提倡“句本位”，当然不把短语分析放在重要的地位。随着学者对汉语的语法特点愈来愈重视，短语分析也愈来愈显得重要，当然不仅仅是为了“便于论说”。
短语分析通常采取层次分析法。层次分析也叫直接成分分析。直接成分或称为I.C.，这是Immediate Constituent的简称。比如，切分“言传身教”，“言传”和“身教”是直接成分，“言”和“传”、“身”和“教”也是直接成分。当然，每次切分不一定是二分，有时是多分，如“站起来走过去把门打开”的直接成分是“站起来”、“走过去”、“把门打开”。因为这种分析是依次找出直接成分，所以又称为层次分析。
进行层次分析，有人是从大到小，有人是从小到大，究竟哪种方法好呢？
布龙菲尔德的《语言论》（1933）中分析了一个汉语的句子。他是这样说明的：
在“你没把买煤的钱给我”这个句子中，第一个词是主语，其余是谓语；这个谓语是由一个修饰语“没”和一个中心语组成的；在这个中心语中，头五个词又是一个修饰语，而最后两个词（“给我”）又是一个中心，这个中心是动宾结构。在“把买煤的钱”这五个词组成的修饰语中，头一个词是动作，其余的词是宾语；这个宾语是由中心词“钱”和修饰语“买煤”组成的，这个修饰语是以虚词“的”附加在“买煤”这个动宾结构短语上来作为标记的。
这一段话其实是在作层次分析，不过他没有用图表示。他的分析仍旧利用了传统语法的概念，而且是从大到小逐层切分的。
布龙菲尔德以后的一些语言学者，把直接成分分析扩大到语音方面，同时又认为语言的基本构成部分是语素而不是词，在步骤上也强调先指明结合紧密的单位，于是采取了从小到大的方法。例如：
左边是完全的框式图解，右边是简化的框式图解。除了框式图解，还有用树形图解的：
从目前的教学实际来看，似乎采取从大到小的方式为好。理由有三：第一，从小到大的分析，须先确定基本的语言单位，而汉语里确定词与非词的界限，有时会遇到困难。从大到小的分析可以避免这个麻烦。第二，从小到大的分析，必须分析到最大的层次才可以结束，这样不免繁琐。从大到小的分析，可以适可而止。第三，复句的层次分析都是从大到小的，短语和复句的分析宜采取统一步骤。
有人说，层次分析能找出直接成分，但不能说明直接成分之间的句法关系，这是一大缺点。比如“学习文件”、“出口商品”、“保留意见”之类，都有两种含义，用成分分析可以指明它们既可以是偏正短语，又可以是动宾短语，用层次分析无法加以区别。这种说法是把层次分析看作一种自足的方法。殊不知层次分析的主要目的在区分语言单位的结构层次。根据美国结构主义语言学创始人布龙菲尔德的理论，“学习文件”的直接成分是“学习”和“文件”，但是它的核心可以是“学习”，也可以是“文件”。核心是“学习”，整个短语的功能是动词性的；核心是“文件”，整个短语的功能是名词性的。这样看来，层次分析并不满足于找出内部直接成分，还须在这一基础上探求语言单位与别的单位组合时的功能。我们在进行层次分析的时候，同时注明直接成分之间的句法关系，也正是为了这一目的。然而注明关系有时会遇到麻烦。例如：
分析这个例子，层次的确定是没有问题的，可是说明句法关系时，有不同看法：打问号的地方有人认为是偏正关系，有人认为是主谓关系。这是由于不同的语法体系对主语的看法并不一致。谁也不必坚持自己的意见去指责人家的看法，只须在自己的体系内避免矛盾就行了。
语句所表达的意义是许多表意手段综合的结果，层次只是表达意义的要素之一。各种要素在语句中所起的作用往往是互相补充的，在不同的语句中层次可以有不同的作用。举例说吧，“中国历史研究”不同于“研究中国历史”，这里的差别不在词义，而在结构关系。我们可以从句法关系来说明这种差别，也可以从层次结构来说明这种差别，因为两者是吻合的，从任何一个角度来说明都能达到目的。“中国历史研究”有两种含义，一是“中国（的）历史研究”，一是“中国历史（的）研究”。要加以区别，宜从层次分析着手。“反对的是他的朋友”有两种含义，一是“所反对的是他的朋友”，一是“他反对的是他的朋友”。要加以区别，层次分析无能为力了。层次结构和语义密切相关，但并非一件事。“喝了一碗热热的汤”和“热热的喝了一碗汤”的直接成分并不相同，可是从语义上看，“热热的”与“汤”发生关联，不管出现在“汤”的前边还是“喝”的前边。又如“苦头有你吃的”，直接成分是“苦头”和“有你吃的”；“有你吃的苦头”，直接成分是“有”和“你吃的苦头”。切分不同，基本语义并没有改变。
切分时要不要照顾意义？当然要管意义。怎样管法？一句话，要管各个层次的直接成分的含义。举例说，切分“好天气”只能是“好”加“天气”，不能是“好天”加“气”，因为“好天”没有意义。切分“大家学习讲普通话”，如果分成“大家学习”和“讲普通话”，这两个成分有意义，但是“大家学习”和“讲普通话”之间又有什么结构关系呢？既然不能发生结构关系，也就不能表达意义，可见切分不当。切分“穿好衣服上学校”中的“穿好衣服”，只宜分析为“穿好—衣服”，而不能分析为“穿—好衣服”，因为这个短语要安放在更大的语言结构之中，它的意义是受语境的制约的，切分要照顾更高层次的意义。
层次分析来自结构主义语言学。有人说，结构主义只重形式，不讲意义。这种说法多少有点误解。结构主义注重形式，确是如此。但是结构主义讲到语法单位都认为是形式与意义的统一，所以并非不讲意义。
我们的语言里有许多四字成语，人们念的时候总是在当中稍作停顿（或延长），如“今是—昨非”、“一言—难尽”、“打草—惊蛇”、“无穷—无尽”。这样以双音节划分停顿既符合我们的语音习惯，也能反映成语的结构层次。可是像“今非昔比”、“一衣带水”、“打抱不平”、“无所适从”这些成语，念的时候尽管语音习惯与前述的几乎没有多少差别，但是理解它们的意义却要依据下列层次：
如果把层次理解为“今非—昔比”、“一衣—带水”等，那就讲不通了。七言律诗每句的节奏是上四下三，这既是语音上的划分，也是层次上的安排。如杜甫《宿府》诗，第一联是：“清秋幕府—井梧寒，独宿江城—蜡炬残。”接下去的一联是：“永夜角声悲自语，中天月色好谁看？”上句写听到的：悲凉的号角声独自在倾诉；下句写看到的：美好的明月却无心观赏。所以，从意义上看，层次应该是：“永夜角声悲—自语，中天月色好—谁看？”这都说明：语句中的停顿有时能反映层次，有时却不能。拿成语来看，两个双音节之间的停顿大都表示结构层次，少数例外，然而值得注意的正是这些例外。