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我们知道，传统政治体系不同于现代政治体系，它在结构和功能方面分化不够明显，加上君主专制本身就是一种高度人格化的政治形式，这为明确区分和界定三种合法性之间的关系带来了很大困难，因此只能根据有关资料，述其大要。
首先，君主专制政体就是一种如何使君主个人独揽国家大权的制度安排，它无疑是君权合法性的必要前提。所谓的“君权”或“皇权”首先是以君主专制政体为母体的。秦汉以后的君主之所以拥有至高无上的、绝对的权力，就是由这种政体所赋予的。君主无论怎么重要，毕竟只是君主专制政体的一个必要组成部分。没有君主专制政体，就谈不上君权问题；如果君主专制政体本身就是不合法的，如果它在人们的心目中本身就是不合时宜、甚至是罪恶的，也就无所谓皇权的合法性问题。比如像满清末年的情形那样，民主共和观念既已深入人心，君主专制乃至君主制本身已被视为近代中国苦难的根源而遭普遍厌弃，丧失了起码的合法性基础，因而哪怕是再有“雄才大略”的人也无法逆流而动、帝制自为。
同时，一个君主的权力合法性也是以其所代表的王朝（政权）合法性为前提的。君主或一个政权的实际建立者并不是孤立地、单枪匹马打天下，在他背后有一个支持着他的群体，他实际上是某个集团、阶级以及某种文化、某个政权的集中代表，在君主个人权力合法性的背后，也还存在着王朝或政权的合法性的支撑作用。从历史事实看，王朝合法性与该王朝下的君权合法性之间甚至存在着某种转移和“传递”现象：一个政权或王朝如果得人心、合法性程度高，也为后继君主提供了更大的政治资本、即权力合法性资源。汉末董卓“欲废帝”，对袁绍说“皇帝冲暗，非万乘之主”，袁绍举出反对的理由也是“汉家君天下四百许年，恩泽深渥，兆民戴之来久，今帝虽幼冲，未有不善宣闻天下，公欲废嫡立庶，恐众不从公议”云云，
就是首先用本王朝的合法性来证明君主个人权力的合法性。在王朝合法性观念支配下，甚至一个人只要具有该王朝的皇室血统，具备了这种特殊的身份而不是能力，在争夺天下时就比其他异性之人更有号召力。这也就是历史上常说的“创业垂统”、“开历垂统”等等。陈胜、吴广起事时不忘以公子扶苏为号召，刘秀能够扫灭群雄、建立东汉，很大程度上就是因为当时“百姓讴吟，思仰汉德”，许多人抱有“汉承尧运，历数延长……有再受命之符”的心理。
而诸葛亮在辅佐刘备谋求帝业的过程中，也是打着“兴复汉室”的旗号，极力渲染刘备“帝室之胄”、“刘氏苗族”的身份。前述《三国演义》的作者和评论者们尊刘抑曹、奉刘备的蜀汉为正统，很大程度上也是因为，刘备是“帝室之胄”。而一些守成的君主动辄就讲“敬天法祖”、“列祖列宗深仁厚泽”之类，如后汉明帝所谓“先帝受命中兴，德侔帝王，协和万邦，假于上下，怀柔百神……朕承大运，继体守文”云云，
也都说明了这种从王朝合法性向君主个人权力合法性转移、传递的可能性。反之，如果这个政权本身就被大多数人视为“僭伪”，乃至遭到普遍唾弃、被认为压根不该存在，毫无合法性可言，则其继位守成的君主也很难取得支持与认同。可见，在君主专制政体这个大前提下，君权的合法性又是以一个政权、一个统治集团整体上的合法性为基础的。
当然，君主作为一个政权、一个统治集团的集中代表，其素质高低、才德大小也会直接影响到人们对这个政权现状与发展趋势的判断，影响到对这个政权的合法性，即所谓正朔“纪乎帝”、正统“出于圣人”，这从古人关于“正统”的讨论中就可看出。如唐代陈鸿在《大统纪序》所说，“历数正朔，纪乎帝也”，此种帝王“统伦群生，冠耀元符，牢笼乾坤之精，弹压山川之灵”，遂能“开历垂统”、“文明光乎百代”，也就是帝王开创正统的意思
；宋人王钦若等著《册府元龟》，也把一个王朝是否出现“德合天地”（帝）或“德合仁义”（王）的“真人”，作为区别“正统”政权和“闰位”政权的重要根据。
此外如明代郑思肖（所南）也指出：“中国之事，系乎正统，正统之治，出于圣人。”
可见，所谓帝王“开历垂统”、正朔“纪乎帝也”，所谓正统“出于圣人”，都说明君主作为一个政权的最高代表，他的作为与努力，他本身的权力合法性问题，也会影响甚至决定其所代表的政权合法性建构。
具体而言，专制政治下君主个人权力合法性程度的高低，会从正反两方面对王朝合法性产生深远影响。如据司马光《资治通鉴》第186卷所记载：隋末李密投唐之后，迎李世民于幽州，但他自以为也曾是领袖一方的豪杰，“自恃智略功名，见上犹有傲色，及见世民，不觉敬服，私谓殷开山曰：真英主业也。不如是，何以定祸乱乎？”可见好的君主也可以为本集团赢得较高的政治信用，使本集团具有更高的凝聚力。又比如清朝这样由少数民族建立的政权，尽管其入主中原之初曾遭汉民族激烈的反抗，面临严重的合法性危机，然最终竟能在中国维持几百年一统天下之局，这和前期几个君主如顺治、康熙等个人的雄才大略以及励精图治的努力是分不开的。反过来，像秦、隋这类“兴也勃、亡也速”的王朝，其短命而亡就和秦二世、隋炀帝等人的荒淫残暴、倒行逆施有着直接关系。
总之，与阿尔蒙德等人对现代政治合法性层次的讨论略有不同，中国传统政治合法性大体存在着政治体系（君主制）合法性、政权或王朝合法性、君权合法性这样三个基本层次。支撑着对“永恒的”君主制合法性的信仰基础，主要是相信君主制乃是整个宇宙秩序在现实世界的集中体现，是普遍永恒的宇宙秩序的一个有机的、甚至是核心的组成部分；而关于王朝或政权的合法性信念，则主要根据以下几点：中国人（而非“夷狄”）行治理中国之事、夺取天下的君主与前朝没有直接的君臣关系（得位须正，否则为篡逆）、男主（而非女主）在位、有足可称道的统治功业与绩效等（空间上统一、时间上持久、以德服人）。在这一前提下，关于君主个人的权力合法性信念则取决于：君主必须有德，并且因而有天命，还要有足以服人的丰功伟业（显示出韦伯所谓的超凡魅力），同时取得君权的手段或程序必须是正当的、“明受”的。三种合法性既有密切联系，又有所不同。没有君主制这种体系本身的合法性，没有君主制下王朝的合法性，就不存在君主个人权力的合法性；而君主个人权力合法性的高低，又会反过来强化或危及王朝合法性。通过这样的区分，才有可能把对中国传统政治合法性的研究引向更具操作性和更加细化的层次上来。