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早期基督教的基本特征表现为一种具有超越倾向的唯灵主义精神，这种唯灵主义精神最初以朴素直观的形式表现在希腊民间神秘祭——奥尔弗斯教（Orphism）——的轮回转世说中，然后在毕达哥拉斯、苏格拉底和柏拉图等人的哲学中得到理论上的提炼和表述，并通过斐洛的“隐喻”神学和普罗提诺（Plotinus）的神秘主义最终汇入基督教，成为一套系统化的宗教形而上学体系。
在希腊城邦制度的全盛时期，与各城邦所大力推崇的崇高典雅的奥林匹斯宗教相对立 [1] ，在希腊民间流行着一种带有原始粗鄙特点的、下里巴人式的狂欢秘祭，这就是对酒神狄奥尼索斯（Dionysus）的崇拜。酒神祭是希腊人的一种自我放纵的肉体迷狂，酒神的崇拜者们在这种神秘的祭祀活动中喝得酩酊大醉，并且在狂歌欢舞和性欲宣泄中达到一种酣畅淋漓的顶峰体验。在这种原始粗野的神秘祭祀活动中，逐渐产生出庄严肃穆的希腊悲剧和谐谑轻佻的希腊喜剧，并且以一种改革的形式衍生出奥尔弗斯教。在希腊神话传说中，奥尔弗斯（Orpheus）是一个天才的歌手，据说他的琴声能够感动花草鸟兽。按照希腊民间的说法，奥尔弗斯由于追求宁静和秩序，拒绝参加酒神的狂欢秘祭，因此被酒神的狂女们撕成碎片。与热情狂放的酒神狄奥尼索斯不同，奥尔弗斯是一个沉静忧郁的歌手，他用自己的音乐昭示了一种宁静安谧的秩序。奥尔弗斯的追随者们向往一种灵魂的迷狂状态，用沉思冥想的精神陶醉来取代酒神崇拜的肉体放纵。在音乐和冥思中实现精神迷狂和灵魂永生，这就是奥尔弗斯教所向往的至高境界。可以说，奥尔弗斯教是西方最早的禁欲主义宗教，该教派的信徒相信灵魂的轮回转世，严禁杀生和食肉，因为他们认为在动物身上附有人的灵魂。入教者必须奉行一种净洗礼，并且要严守教规，这样才能达到灵魂的“纯洁”。与强调灵肉和谐的奥林匹斯宗教不同，奥尔弗斯教表现了一种灵魂与肉体相对立的思想，以及灵魂轮回转世直至永生的观念。按照奥尔弗斯教的教义，一个人此生的德行将决定他来世的生活，苦行的有德者仍将转世为人，经过几番轮回，最终上升为神，来到星辰上的永恒归宿地；而纵欲的恶徒则将转生为禽兽，如此每况愈下，最终沦入地狱。古代文化研究者汤姆逊（G. Thomson）根据散见于柏拉图著作中的有关片段，对奥尔弗斯教的教义描述道：
按照奥尔弗斯派的教义，人生就是赎救提坦神族罪行的一种忏悔。人的不朽部分被禁锢在他的凡体之中；灵魂被幽禁在他的肉体之中。肉体是灵魂的坟墓……人生是死亡的演习。只有通过死亡，灵魂才能从它的禁锢之中解脱出来，才能从它身体的罪恶之中得到解救。生就是死，死就是生。死亡之后，灵魂要受审判……灵魂在世上经过三世之后，不受肉体玷污，就被永远开释，去和天上的快乐神灵共同交游。
奥尔弗斯神秘祭构成了原始粗野的狄奥尼索斯崇拜向玄奥深邃的希腊哲学过渡的重要中介。希腊第一位具有形而上学倾向的哲学家毕达哥拉斯（Pythagoras，鼎盛年约在公元前530年）就深受奥尔弗斯教的影响。罗素认为，“毕达哥拉斯主义是奥尔弗斯教内部的一种改良运动”
；研究希腊宗教的英国专家简·艾伦·赫丽生（Jane Ellen Harrison）断定，“毕达哥拉斯把原汁原味的俄耳甫斯教（即奥尔弗斯教——引者注）仪式从克里特带到了意大利”
。德国著名哲学史家策勒尔（Eduard Zeller）在谈到毕达哥拉斯学派对奥尔弗斯教的继承和发展时说道：“毕达哥拉斯学派的特点正在于一种特殊的生活方式。就像‘奥尔弗斯的生活’一样，他们的目标也是从生死轮回中解脱出来，再度进入最终的神的极乐世界。通往极乐世界之路，即解脱之路，在这里是基本相同的：从肉欲中净化，超脱人世。在这种净化的方法中，我们可以看到奥尔弗斯教派与毕达哥拉斯学派之间有一种区别，奥尔弗斯教派的纯宗教仪式的特点在这里被理智化和道德化了。”
这种“理智化”的改造意味着毕达哥拉斯学派更加注重通过一种科学（尤其是数学）和音乐的途径来净化灵魂，以实现灵魂对肉体的超脱。毕达哥拉斯的“数”本原说表现了一种神秘主义的思想，尤其是他关于数字的象征性意义（例如1代表理智、2代表意见、4和9代表公正、5代表婚姻、8代表爱情和友谊、10代表和谐等），以及具体事物是对抽象的“数”的摹仿的观点（这种观点后来在柏拉图那里得到了进一步的阐发），都明显地表达了某种“背后的东西”的神秘思想。这种背后的、并不直接出场的东西（“数”），正如同时期开始兴盛的希腊悲剧所大力渲染的神秘“命运”一样，决定着那些出场的具体事物。与这种神秘主义的哲学思想相对应，毕达哥拉斯学派也特别强调灵魂在不同的肉体之间轮回的观点，该学派的一个重要禁忌就是不许杀生，因为他们相信死者的灵魂可能暂时栖居于动物的身体之中。据记载，毕达哥拉斯本人就曾经阻止人们打一条狗，原因是他从这条狗的叫声中听出了他的一位亡友的声音。
黑格尔认为，毕达哥拉斯主义第一次把真正实在的东西（“实体”）理解为抽象的思想范畴，而不再是感性的物质，这样就“形成了实在论哲学到理智哲学的过渡”
。罗素则认为，毕达哥拉斯主义的“数”本原说的一个重要后果就是使人们相信存在着一个超感官的世界，它在思想和感官之间造成了一种分离，这种分离导致了后世形而上学中的种种谬误：
我相信，数学是我们信仰永恒的与严格的真理的主要根源，也是信仰有一个超感的可知的世界的主要根源。
人们根据数学便设想思想是高于感官的，直觉是高于观察的。如果感官世界与数学不符，那么感官世界就更糟糕了……结果所得的种种启示就成了形而上学与知识论中许多错误的根源。
如果说奥尔弗斯教的特点在于用音乐中所体验到的宁静来取代酒神祭的肉体迷狂，那么毕达哥拉斯主义则把这种音乐的沉静上升为更加抽象的哲学思辨，从而开创了一种神秘主义思辨的源流。“历史上神秘主义的宗教信徒往往以哲学思辨为修行途径，毕达哥拉斯派可以说是神秘主义思辨的始祖。”
正是通过毕达哥拉斯主义的中介，奥尔弗斯教的具有宗教迷狂色彩的灵肉对立思想被引入希腊哲学中，并且在苏格拉底和柏拉图的思想中被进一步理智化和发扬光大。
毕达哥拉斯主义关于思想的对象（或“背后的东西”）与感官的对象相分离的思想，到了赫拉克利特和巴门尼德那里就演变为思想与感官的直接对立。赫拉克利特（Heraclitus，鼎盛年约在公元前495年）与巴门尼德（Parmenides，鼎盛年约在公元前475年）虽然在哲学上一直被看作相互对立的思想家，但是他们的思想却有着明显的共通之处，那就是关于“背后的东西”与“在场的东西”相对立。在赫拉克利特那里，这种对立表现在“逻各斯”与火及万物之间，“赫拉克利特说（神就是）永恒的流转着的火，命运就是那循着相反的途程创生万物的‘逻各斯’”
。在巴门尼德那里，这种对立则表现在“存在”与“非存在”之间，这就是关于“存在者存在，非存在不存在”的著名观点。赫拉克利特与巴门尼德的区别仅仅在于，赫拉克利特不仅指出了逻各斯与万物的对立，而且注意到它们之间的同一，而巴门尼德却只是片面地强调“存在”与“非存在”的对立。
赫拉克利特提出的“逻各斯”（logos）概念构成了希腊哲学的一个核心范畴，它是对希腊悲剧朦胧的“命运”意象和毕达哥拉斯主义神秘的“数”概念进一步抽象化的结果。在后来的希腊哲学中，“逻各斯”概念以不同的名称——巴门尼德的“存在”、柏拉图的“理念”、亚里士多德的“实体”等——不断地得以再现，成为一个贯穿于希腊哲学尤其是希腊形而上学的基本概念。在基督教开始从希腊哲学中汲取理论资源时，“逻各斯”概念同样也成为联系上帝与世人的一个重要中介，成为“道成肉身”神学理论的思想依据。赫拉克利特把“逻各斯”说成是一种贯穿于宇宙实体的“以太的物体”，是“创生世界的种子”，这种思想后来通过斯多葛学派的“种子理性”（logoispermatikoi）的中介，深深地影响了奥古斯丁关于上帝创世的“种质论”。
在赫拉克利特和巴门尼德那里明确地表现出来的思想与感官相对立的观点，到了苏格拉底和柏拉图那里，又进一步演化为灵魂与肉体的对立，从而为希腊哲学向基督教信仰的过渡奠定了重要的思想基础。苏格拉底（Socrates，前469—前399）由于公开宣扬一种唯灵主义的神学思想而被雅典城邦处以死刑，在四百年以前预演了耶稣殉道的悲剧。苏格拉底被信奉奥林匹斯宗教的雅典人处死的罪名之一，就是他不信传统的神而试图引进新神。这个新神与奥林匹斯诸神不同之处就在于，它是一个“灵异”，正是这个“灵异”鼓励苏格拉底孜孜不倦地去探寻各种知识，去“追求好的生活更甚于生活本身”，并且鼓励他对死亡采取一种超然的态度。这种唯“灵”主义的殉道精神使苏格拉底成为西方文化史上最伟大的思想圣徒和道德典范，即使在后来的基督徒眼里，苏格拉底之死的重要性也仅次于耶稣受难。苏格拉底在面对死亡时阐述了许多关于灵肉关系的思想，这些思想构成了基督教神学的重要思想来源。鼓励苏格拉底坦然赴死的那个“灵”与基督教所宣扬的“三位一体”的上帝如出一辙，公元2世纪的希腊教父查士丁明确表示：“鼓舞着苏格拉底的理性（即‘道’），自那时以后便化为人形，托生于耶稣基督。所以，基督徒是与苏格拉底及柏拉图崇拜同一个上帝。”
苏格拉底的唯灵主义殉道精神是通过其弟子柏拉图（Plato，前427—前347）的哲学而得以发扬光大的。柏拉图哲学是古希腊形而上学思想发展的重要里程碑，同时也构成了基督教神学理论的主要来源。柏拉图在他的一系列对话录中借苏格拉底之口表达了一套关于理念世界与感觉世界相对立的哲学理论，并且把这种对立归结为灵魂与肉体的对立。柏拉图认为，可感觉的现象世界是虚幻的世界，它只是唯一真实的世界即理念世界的摹本或影子。按照这种理论，在任何感性的具体存在物后面，都有一种更真实、更原始的一般存在，前者只是由于摹仿和分有了后者才得以存在。柏拉图明确地表示：“一个东西之所以存在，除掉是由于‘分有’它所‘分有’的特殊的实体之外，还会由于什么别的途径……凡事物要成为二，就必须‘分有’‘二’，要成为一就必须‘分有’‘一’。”
这种理念本体论后来在基督教神学中，就转化为众信徒由于对基督的信仰和分享圣灵而获救的救赎理论，此外也成为中世纪经院哲学中的实在论的理论来源。
基于这种理念世界与感觉世界二元对立的哲学思想，柏拉图在神学观点上必然宣扬一种鄙夷肉体的灵魂不朽论。既然感觉世界是不真实的、不可靠的，那么肉体快乐和现世生活当然也就是不值得留恋的过眼云烟，是囚禁灵魂的牢笼。灵魂或精神只有摆脱了肉体的束缚之后，才能达到纯粹的理念世界，实现对真理的认识。肉体具有双重的罪恶，它一方面用粗俗的欲望来引诱暂居于它之中的灵魂堕落，另一方面又构成了妨碍灵魂认识真理的“歪曲的媒介”。由此就说明了苏格拉底为什么会对死亡采取一种视死如归的超然态度——正是由于怀着坚定的唯灵主义信念，苏格拉底才以一种常人不可理解的欢欣之情慨然赴死。可见，死亡并不是一件痛苦的事，从某种意义上来说倒是一件值得庆幸的事情。在灵魂不朽的问题上，柏拉图虽然深受奥尔弗斯教和毕达哥拉斯主义的影响，但是他却超越了朴素直观的“轮回转世说”，发展出一种唯灵主义的“灵魂不朽说”，即灵魂可以彻底摆脱肉体的羁绊而上升到纯粹的灵性世界（理念世界）。柏拉图认为，栖居于肉体之中的灵魂本身就是一种堕落的结果，在此之前，灵魂是居住在理念世界中的。在理念世界中，某些灵魂由于未能用理性来控制欲望，所以堕入凡尘，附着于肉体中。堕落的灵魂如果愿意悔过自新——这种悔过自新的途径就是不断地回忆或学习——它终究还能经过几次转世而重返纯粹的理念世界，与神灵为伍。柏拉图这种关于灵魂堕落和复归的观点，后来经过斐洛等人的重新诠释，成为基督教神学关于原罪与救赎理论的重要思想基础。
柏拉图对基督教的最重要的影响在于，他提出了一种系统化的理念世界与感觉世界、灵魂与肉体相对立的二元论，这种二元论后来成为基督教神学最基本的内容。天国高于俗国，来世优于现世，这本是许多宗教的共同信条。但是认为现世只是天国的一个“叛逆的省份”，人只有在对这个“叛逆的省份”再次叛逆后才能进入天国；认为肉体只是灵魂的魔沼，灵魂只有在摆脱和唾弃这个魔沼后才能获得永福，这种思想则是柏拉图哲学和基督教神学的核心所在。这种通过灵魂的堕落和复归（即原罪与救赎）而表现出来的灵肉对立思想，在理论上极大地助长了一种唯灵主义的宗教信仰，在实践上则导致了一种禁欲主义的生活态度。从这种意义上说，柏拉图哲学无论是在理论上还是在实践上都对基督教产生了极其深刻的影响。
至于古希腊哲学的集大成者亚里士多德（Aristotle，前384—前322），其哲学思想对于早期基督教的影响甚微，这是因为与柏拉图哲学相比，亚里士多德哲学带有太多的理性成分。当基督教刚刚开始在希腊罗马文化环境中生长的时候，作为一种受压制的弱势群体的宗教信仰，基督教更多地侧重于狂热的信仰而不是理性的思辨。虽然基督教神学的建构需要从资源深厚的希腊哲学中汲取精神养料，但是只有那些具有超越色彩和神秘倾向的哲学思想才能与基督教的唯灵主义信仰相契合，而过分强烈的理性因素总是难免会导致哲学上的怀疑主义和神学上的异端思想（这就是早期拉丁教父们要坚持认为“哲学导致异端”“耶路撒冷与雅典有何关系”的重要原因）。只是当基督教已经成为欧洲主流的乃至独断的宗教信仰之后，已经初具规模的基督教神学才开始从神秘的柏拉图主义转向审慎的亚里士多德主义。中世纪的神学家们借助于亚里士多德的形式逻辑和形式与质料学说来对基督教神学进行剔精究微的体系化改造，最终形成了博大精深且烦琐晦涩的经院哲学。
柏拉图哲学具有一种狂热的神秘主义特点，这种特点后来也深深地渗透于基督教神学理论中。柏拉图哲学通过罗马时期新柏拉图主义的中介，构成了早期基督教神学的理论基础，这是与早期基督教苦难的生存处境和狂热的精神氛围直接相关的。但是，如果说柏拉图哲学构成了基督教神学的基本内容（只是采取了基督教信仰的概念术语），那么亚里士多德主义系统化的形式逻辑和形而上学理论就为基督教神学提供了重要的论证形式。柏拉图主义为基督教神学提供了信仰的内涵，亚里士多德主义则为它提供了理性的论证。没有柏拉图主义，基督教神学就会变成一种烦琐的教条主义；没有亚里士多德主义，基督教神学就会流于空泛的神秘主义。在基督教发展的早期阶段，从使徒时代到教父时代（1—10世纪），柏拉图主义明显地占了上风。但是到了11世纪以后，尤其是在经院哲学中，亚里士多德主义的影响则后来居上。在整个中世纪的基督教思想氛围中，这两种力量之间始终存在着一种无形的张力。海涅对此评论道：
柏拉图和亚里士多德！这不仅是两种体系而且是两种不同人性的典型，它们自远古以来，就披着各种不同的外衣，或多或少地互相敌对着。特别是经过整个中世纪，一直到今天为止，斗争还是这样进行着，而这场斗争也是基督教教会史的最根本的内容。即使在另外一种名义下，问题总还是关系到柏拉图和亚里士多德。狂信的、神秘的、柏拉图式性质的人们从他们的内心深处显示出基督教的观念以及其相应的象征。实践的、善于整理的、亚里士多德性质的人们从这些观念和象征中建立起一种牢固的体系、一种教义和一个教派。教会终于包含了这两种性质的人们，一派大多盘踞在教士阶层中，另一派则大多盘踞在修道院中，但他们相互之间却进行着不断的斗争。在新教教会中也有同样的斗争，这就是虔诚派与正统派的纷争。这在某种形式上类似天主教的神秘主义者同教条主义者的纷争。新教的虔诚派是没有想象力的神秘主义者，而新教的正统派则是没有灵魂的教条主义者。
柏拉图主义与亚里士多德主义之间的这条错综复杂却始终存在的分界线贯穿于整个基督教神学思想史中，从某种意义上来说，甚至也贯穿于整个西方哲学史中。我们可以概括地把柏拉图主义称为浪漫主义，把亚里士多德主义称为理性主义，二者在不同历史时期以不同形态表现出来的激烈冲突，构成了西方思想史的重要内容。罗素分别用“热情”和“审慎”这两个词来表示柏拉图主义和亚里士多德主义的特征，他认为：“审慎对热情的冲突是一场贯穿着全部历史的冲突。”
柏拉图哲学无疑具有一种神秘主义性质，但是这种性质在柏拉图本人的哲学中仍然处于隐性状态，到了罗马时期的新柏拉图主义中，才被充分发掘出来，成为一种显性标志。事实上，柏拉图主义也正是通过新柏拉图主义的中介才与基督教神学联系起来。在基督教神学最初建构的时代，柏拉图主义的神秘玄奥的形而上学已经与斯多葛主义的阴郁悲观的人生哲学联系在一起了，二者的合流在很大程度上要归功于罗马共和国末期的著名思想家西塞罗。发轫于希腊化时期却盛行于罗马时期的斯多葛主义不仅从赫拉克利特那里继承了“逻各斯”理论，而且从柏拉图笔下的苏格拉底那里沿袭了灵魂与肉体相对立的思想。前者对于基督教的“三位一体”“道成肉身”等重要神学理论的奠定产生了深刻影响，后者却对于基督教唯灵主义信仰和灵修实践（修道运动）产生了重要启迪。
斯多葛学派的特点是把赫拉克利特的“火”和“逻各斯”等概念神秘化，从中发展出一种关于“世界理性”的泛神论思想。他们把火说成是一种有灵魂的东西，而把“逻各斯”说成是“神圣的”火的理性，即“世界理性”，也把它叫作神或宙斯。在斯多葛主义者看来，世界是一个和谐有序的整体，万物都受着严格的必然性规律的支配，这规律就是由神或“逻各斯”决定的，它构成了万物必须服从的“天道”或“命运”。每个人的理性都是“世界理性”的一点火花，它们具有同构性，因此每一个人都可以借助理性而认识到自然规律和客观真理。在伦理学上，斯多葛主义者认为，主要的善就是顺应自然、遵循法律（自然法）、服从普遍的世界理性和既定秩序，这样才能够真正地实现自由。罗马帝国时期的斯多葛主义者进一步把伦理学推向了消极悲观的方面，认为人生在世应当完全服从理性的指导，对于一切快乐、欲望、恐惧和悲哀都应该采取清心寡欲、无动于衷的态度。曾经担任过罗马暴君尼禄的老师和大臣的塞涅卡（Seneca，约前4—65）公然提出了“顺应自然、服从命运”的观点，认为“服从神就是自由”，他的一句名言就是：“愿意的人，被命运领着走；不愿意的人，被命运拖着走。”塞涅卡虽然不是一个基督徒，但是他的思想却与《圣经·新约》的思想极为相似（布鲁诺·鲍威尔认为，《圣经·新约·使徒行传》中的许多文字都是抄袭了塞涅卡），以至早期的教父们把他称为“天生的基督徒”，甚至还伪造了塞涅卡与保罗之间的通信。
塞涅卡对基督教的最重要的理论贡献可以归结为两点：第一，他在人对上帝的责任和人对国家的责任之间做出了明确的区分，认为后者应该服从于前者。他把帝王说成是国家的生命和民众的父亲，但却认为帝王是神的镜子，帝王的统治应该遵循神的旨意，王权应该服从于神权。这种观点后来对基督教会解释上帝王国和恺撒王国的关系具有很重要的影响，最终发展成为中世纪基督教社会权威性的“君权神授”理论。第二，塞涅卡建立了一种神学目的论来支撑禁欲主义的伦理学，用灵魂不灭的信仰来加强柏拉图主义的灵肉对立观点。他把宇宙的秩序说成是神的智慧安排，服从宇宙秩序和道德法则就是对神的意志的服从。一个有道德的人就应该过一种内在的灵性生活，奉行恬淡寡欲的禁欲主义（尽管他本人不断地利用职权敛聚财富而成为罗马帝国的巨富），这样才能使灵魂与神合为一体，达到至善的境界。塞涅卡的这种具有神学维度的伦理学思想，无疑极大地鼓励了基督教的禁欲主义理论和实践。因此，恩格斯把塞涅卡说成是基督教的“叔父”，而把生活在同时期（公元1世纪）的那个希腊化的犹太人斐洛称为“基督教的真正父亲”。
在希腊化世界中，可能没有一个人比斐洛对基督教产生过更大的影响了。斐洛（Philo，约前20—约50）生活在希腊化世界的中心——埃及的亚历山大里亚，他是一个深通希腊文化的犹太人。由于深受在希腊化世界盛行的柏拉图主义的影响，斐洛决心用深邃的希腊哲学来改造直观的犹太教，使它成为一种具有形而上学根基的宗教信仰。像当时许多希腊化的犹太人一样，他用隐喻的方式来解释犹太教经典，从而使《圣经·旧约》从一部纪实性较强的历史典籍变成了一部具有深刻哲理的寓言启示。按照这种寓意解经法，斐洛把《圣经·创世记》解释成一部关于“理性”堕落和重归纯洁的精神发展史。不仅对于《创世记》，而且对于整个《旧约》，斐洛都试图将其提高到希腊哲学的思辨水平，其结果就使希腊哲学的神秘主义与希伯来宗教的圣教历史巧妙地结合起来。黑格尔指出，斐洛的寓意解经法力图从直观的犹太历史传说中读出思辨的哲学内涵，“在摩西身上，他找到了柏拉图”。著名的希腊哲学史专家策勒尔认为，斐洛的做法代表了犹太—希腊哲学的折中主义和宗教调和主义，并且是向着神秘主义的一种过渡。他说道：“斐洛的体系看来与其说是真正的哲学，不如说是犹太神学与希腊神秘主义的混合。然而，他很快就被他的犹太同胞和同道所遗忘，而在另一方面，他成了新柏拉图主义的先驱，并在精心制定基督教会的教义方面起了相当大的影响。”
斐洛对基督教的重大贡献在于，他建构了基督教的基本教义——“道成肉身”——的理论雏形。斐洛从希腊哲学的“逻各斯”概念出发，认为上帝在创造物质世界之前，在他的“逻各斯”或理性中就已经存在着一个无形的世界（理念），就好像一个城市的设计蓝图早已存在于设计者的头脑中一样。他说道：“当神想要创造这个可见世界时，他首先完美地构成了这个理智世界，以便于在他创造物质世界时可以使用这个完全像神的、非物质的原型。物质世界，作为后发生的创造物，为前者的摹本。”
从这种观点中，我们可以看出明显的柏拉图理念论痕迹，它对后来基督教教父派的上帝创世说也产生了深刻的影响。
斐洛在不同的论著中分别把“逻各斯”称为“创造者和受造物之间的纽带”“上帝之子”“作为圣言的大祭司”等，在下面这些文字中，我们可以看到基督教“道成肉身”教义的理论原型：
创造了万物的那位父亲将处于把受造物和创造者分开的分界线上的特权作为一件精美的礼物赐给他的逻各斯，赐给在地位上老资格的他的首要使者。（《谁是神物的后裔》）
那些具有对太一的真知识的人，被恰当地称为“上帝之子”……但是，即使没有一个人配享上帝之子的称谓，也要让逻各斯极力争取到上帝之子（First-born）这个位置，他在众天使中间保持长者地位，仿佛是具有多个名称的大天使。（《论语言的混乱》）
那位祭司长不是人，而是圣言……自有永有的他之圣言是万物存在的保证，并使万物结合在一起，形成整体，使它们不致被松散和分离。（《论飞跃与发现》）
在《旧约》中出现的犹太人的上帝和先祖、先知都是感性直观的，并不具有抽象神秘的色彩，斐洛通过把希腊哲学中的“逻各斯”概念和理念论思想引入《旧约》，使犹太教的上帝、先祖、先知具有了形而上学的性质。上帝的“圣言”即神秘的“逻各斯”或“道”，而整个世界无非是“逻各斯”或“道”的显现，即“道成肉身”。由此可见，《新约·约翰福音》中的“太初有道……道成了肉身，住在我们中间”之类的表述，显然是受了斐洛思想的影响。斐洛的寓意解经法主要是为了把犹太教与希腊哲学结合起来，而不是像同时代或稍晚些时候的使徒和教父那样给基督教信仰奠定神学根基。斐洛有意识地从柏拉图的理念论和斯多葛主义的“世界理性”等思想中来发掘“逻各斯”的神学意义，以此来解释犹太教的《旧约》。但是，他把“逻各斯”或“道”作为上帝与受造物的中介和世界原型的观点，与《约翰福音》中的“道与上帝同在，道就是上帝”的观点之间，仍然存在着神学上的重大差异。正因为如此，在后来确立起来的基督教神学中，作为上帝与世界之中保的深邃玄奥的“逻各斯”概念就逐渐被淡化了，柏拉图主义和斯多葛主义的那种“神—理念或逻各斯—世界”的哲学模型，也被基督教的“圣父—圣子—圣灵”的神学模型所取代。
在寓意解经的过程中，斐洛还提出了另一些对基督教教义有重要影响的观点。例如，当他用隐喻方式解释《旧约》时表述关于“原罪”和“救赎”的思想。他把亚当的堕落说成是“理性”的堕落，这种堕落只有通过“理性”的重归纯洁——通过禁欲、启发和自然的神恩等方法——才能解救。这种观点与基督教关于亚当犯“原罪”、基督行“救赎”的理论具有内在的一致性，《新约·哥林多前书》明确表示：“在亚当里众人都死了。照样，在基督里众人也都要复活。”
斐洛还谈到过童贞女受“道”感应的问题，他说：“‘逻各斯’，大祭司，只能娶永不变为妇人的处女为妻子，这是令人难以相信的，可是事实相反，在她与丈夫的关系中并没有由少女变为妇人。”
这种思想与东方原始宗教中关于处女受神感应而怀孕的传说共同构成了基督教中童贞女玛利亚受圣灵感应而生基督的原型。此外，斐洛还反对犹太教以献祭和牺牲来换取神恩的做法，强调真正的虔诚在于内心的纯洁和信仰。所以恩格斯认为，基督教的那些最本质的思想观念，如原罪、逻各斯、“不是用牺牲而是把自己的心奉献给神的忏悔”等，都已经包含在斐洛把犹太教与希腊哲学相调和的努力中
。
但是，斐洛本人毕竟不是一个基督徒，虽然他所生活的时代是基督教开始从以色列传播到希腊罗马世界的时候，但他与早期基督教的代表人物——彼得、保罗等使徒——没有任何直接的交往，甚至可能完全不知道后者正在从事的工作。尽管如此，早期基督教的传播者和《新约》的作者们显然都受到了斐洛所代表的寓意解经法的影响，而希腊的教父们——查士丁、克莱门特、奥利金等——更是如此。当然，受斐洛思想影响最深的还是要数罗马帝国时期的新柏拉图主义，从这种意义上说，斐洛构成了柏拉图（以及斯多葛主义）与普罗提诺之间的一个不可或缺的理论中介，他通常被说成是新柏拉图主义的思想先驱。
新柏拉图主义的思想代表是生活在公元3世纪的普罗提诺（Plotinus，约204—270），罗素把他称为“古代伟大哲学家中的最后一个人”。普罗提诺生活的时代恰恰处于被英国历史学家爱德华·吉本（Edward Gibbon）称为“黄金时代”的安东尼王朝刚刚结束，而戴克里先和君士坦丁的新秩序尚未建立的那一段混乱时期。此时的罗马帝国已经显示出衰亡的迹象，罗马人纷纷像希腊化时期的人们一样堕入声色犬马的奢靡之中，罗马帝国的政权也陷入一片频繁更迭的混乱中。面对着悲惨的现实状态，普罗提诺像一个真正的柏拉图主义者那样，把眼光投注于现象背后的唯一真实的理念世界，沉迷于真与善的超感官的永恒之域。他的做法就像同时期遭受罗马帝国统治者残酷迫害的基督徒一样（虽然普罗提诺并不是基督徒），以一种充满希望的信念来面对苦难的现实。
普罗提诺的形而上学建立在太一、奴斯和灵魂这三个概念的神秘统一之上，三者的关系就如同基督教三位一体的圣父、圣子和圣灵的关系一样。“太一”是一个比较模糊的概念，它有时也被称为“神”，但却是一种无形无象、更加原始和神秘意义上的“神”。太一既是存在，又是非存在，它是包含着“有”的“无”。总之，太一是一个无法定义的概念，它既是一个绝对的肯定词，又是一个绝对的否定词——它什么都是同时又什么都不是。从这种意义上来说，太一表述了“上帝”这个概念的真实含义，“上帝”就其本性而言应该是一个不可限定的绝对抽象者。真正意义上的“上帝”应该既是一，又是多；既是自身，又不是自身。在这方面，普罗提诺哲学中的“太一”概念显然要比基督教中的“上帝”更加玄奥和神秘。
比“太一”低一等的存在就是“奴斯”（nous，或精神、心智），它是对太一进行规定的结果。他本人认为，奴斯是太一的影子，或者说是具有某种定形的太一。相比而言，普罗提诺所说的“奴斯”相当于斐洛哲学中的“逻各斯”，但是普罗提诺却认为太一与奴斯的先后关系不是时间上的，而是逻辑上的，这样一来，二者的关系就更接近于基督教神学中的圣父与圣子的关系了。普罗提诺把奴斯称作太一的“影子”，并且认为这“影子”与太一本身乃是同一个东西，奴斯可以被看作太一从自身发出并照亮自身的光明。
奴斯是体现为一的太一，它是一种整体性的精神、一般的精神，当它分化为多时就产生出诸多的“灵魂”。这些灵魂居住于它们所创造的物质世界中，每一种生物或非生物都有自己的灵魂，每个灵魂都通过与奴斯的联系而分有太一。众多的灵魂与单一的奴斯相结合，就达到了至高无上的不可定义的太一。这样一种关系，与基督教“三位一体”教义关于圣父、圣子和圣灵关系的表述几乎是同出一辙。在一个基督徒看来，普罗提诺的太一就是上帝，奴斯就是圣子基督，灵魂则是渗透于每个信徒的信仰之中的圣灵。太一通过自我规定而呈现为奴斯，这就是上帝的“道成肉身”；奴斯通过分化为灵魂而与太一重新达到合一，这就是基督复活和在信仰中（以及宗教社团中）实现的灵魂救赎。与斐洛的情况不同，在普罗提诺生活的时代，基督教已经成为一种很流行的宗教信仰，虽然它还受到罗马统治者的迫害，但是基督教的教会组织和神学建构已经蓬蓬勃勃地开展起来了。普罗提诺虽然不是基督徒，但却对基督教的思想有所了解。据他的朋友和门生波菲利记载，著名的希腊教父奥利金与普罗提诺师出同门，都是新柏拉图主义创始人安莫纽·萨卡斯（Ammonius Saccas，175—242）的学生，奥利金有一次还意外地出现在普罗提诺的课堂上，弄得后者“面有赧色”
。当普罗提诺在创立关于太一、努斯、灵魂的哲学体系时，基督教的教父们也已经开始建构“三位一体”的神学教义了。因此，我们很难说二者到底是谁影响了谁，但是它们之间显然具有某种思想上的同构性。正因为如此，后来的奥古斯丁认为，如果普罗提诺再晚生一点，只需“改动几个字句，就是一个基督徒了”。
公元1世纪上半叶，当基督教从西亚传入希腊罗马世界时，它必须面对比希伯来文化具有更高发展水平的希腊—拉丁文化。为了能够在文明的希腊罗马世界中传播基督教的福音，保罗等使徒采用了在地中海东部地区通用的希腊语，并且参照斐洛等人的做法，借鉴影响广泛的希腊哲学来解释基督的福音。但是，保罗等人的目的毕竟是传播新兴的基督教福音，而不是发扬光大希腊哲学，因此在如何处理基督教信仰与希腊哲学的关系上，保罗以及稍后的教父们都面临着一种挑战。虽然基督教神学的建构在很大程度上借鉴了希腊哲学思想，但是在基督教信仰与希腊哲学之间始终存在着无形的张力。这种张力使得基督教一方面潜移默化地接受了希腊哲学的许多思想（尤其是柏拉图主义和斯多葛主义的思想），另一方面却为了信仰的缘故而极力排斥具有太多理性色彩的希腊哲学。当保罗在希腊罗马世界中传教时，他常常借用柏拉图和斯多葛主义的哲学语言，他也承认在希腊哲学中包含着深刻的真理，但是这一切都无法取代耶稣在死而复活的福音中所昭示的至高真理。“在保罗看来，理性的思考是重要的。没有它，非信徒和信徒都会面临灾难。哲学可以被使用，但不能代替信仰和门徒训练。哲学对保罗和其他《新约》作者而言，就像对后世其他许多伟大的基督徒一样，是一个好的仆人。”
在公元64年尼禄皇帝开始对基督徒进行公开迫害之后，彼得、保罗等使徒纷纷殉道，基督教传播的使徒时代随之结束，教父时代则接踵而至。与出身于犹太人的使徒不同，教父们通常都是地道的外邦人，即希腊人、罗马人等。这种身份使得他们在调和“两希”文化方面比使徒更加得心应手。那些既具有深厚的希腊文化教养，又具有坚定的基督教信仰的教父们，在继承使徒遗愿继续传播基督教福音的同时，也开始有意识地借用希腊哲学来为基督教神学进行理论奠基。在公元313年《米兰敕令》颁布、基督教在罗马帝国获得合法性之前，教父们的主要职责就是为处于受迫害状态的基督教信仰进行辩护，这种艰巨的护教工作使得他们在吸取希腊哲学因子的同时，不得不经常强调基督教信仰对于希腊哲学的优越性。他们一方面将深刻的希腊哲学思想引入基督教的基本信条和教义中，使基督教从一种朴素的信仰上升为一套深奥的神学；另一方面则力图说明基督教信仰与希腊哲学之间的差异甚至对立，从而凸显出基督教信仰的超越性和至高无上性。
在从公元64年到313年的大迫害时代，对于随时准备以身殉道的基督徒来说，信仰显然是比知识更加重要的东西。因此，当教父们在为基督教神学进行理论奠基的时候，他们不仅有甄别地从柏拉图主义、亚里士多德主义、斯多葛主义等异教哲学中选择了一些符合基督教信仰的成分，而且对希腊哲学进行了一种神秘化的改造，使其得以成为基督教信仰的“好仆人”。也就是说，教父们不仅使基督教“希腊化”，而且使希腊哲学“基督教化”了。对于早期教父如克莱门特、德尔图良、奥利金等人来说，最高的真知并不是一种希腊式的思辨理性，而是一种与获得救赎相联系的神秘的精神实践。“这个知识不是一种依照论证与分析的理论，而是参预到上帝之中。它不是epistēmē（认识），即科学知识，它是gnōsis（知识，真知），即神秘的参预的知识。它不是自由的思辨的gnōsis（知识），而是参预于教会的会众之中，也参预到上帝之中。”
简言之，这种真知是与狂热的基督教信仰密切相关的，而不是哲学家在书斋中所进行的冷静思辨。
这种关于gnōsis的思想源于诺斯替教的神秘主义。现代教义史专家哈纳克（Carl Gustav Adolf von Harnack）认为，诺斯替主义（Gnosticism）是基督教的“急性希腊化”，而正统神学的较为缓慢和较有节制的教义奠基过程则是基督教的“慢性希腊化”。诺斯替教是希腊罗马时期流传于地中海地区的一支秘传宗教，公元之初该教的一些派别接受了新兴的基督教思想，成为基督教最原始的支派之一
。诺斯替教派的许多观点与斐洛的思想非常相似（有些学者认为，斐洛本人就属于诺斯替教派），只是比后者更加玄奥神秘，带有显著的文化杂糅特点。神学家亨利·查德韦克（Henry Chadwick）认为，诺斯替主义是一个融汇了东西方各种宗教和哲学的大杂烩：
诺斯替主义者宣称他们能揭示出上帝的神秘启示，并把它和来源于各种宗教传统里的神话与礼仪结合在一起。诺斯替主义又是（而且目前仍然是）由多种成分杂凑而成的神智论。在其思想体系中，秘教、东方神秘主义不但与占星术、巫术、犹太教传统哲学相糅合，还吸收了带有悲观情调的、关于人的真正家园并非寓于有形世界之中的柏拉图学说，尤其掺进了基督教中关于基督救赎的认识和理解。另外，精神与物质、心灵与肉体的二元论，以及有着强烈影响的决定论或前定论，也在该思想体系中融为一体。
诺斯替教派的世界观最初是在东方（印度和波斯）宗教的氤氲之下化生而成的，该教派最主要的思想是精神与物质、灵魂与肉体、光明与黑暗相对立的二元论，以及关于灵魂超度的理论。在诺斯替教派的神秘主义世界观中，已经具备了基督教神学的主要教义的理论雏形。虽然诺斯替教派后来由于过分强烈的神秘倾向而被基督教会斥为异端，但是它却对早期教父的思想产生了重要的影响，帮助他们用一种神秘主义的方式完成了对希腊哲学的基督教化改造。
早期教父的主要使命是护教，护教包括两个方面的工作：一是反驳希腊罗马世界的非基督教思想家们对基督教的诽谤和攻击；二是谴责基督教内部的种种异端思想，捍卫“正确的信仰”。在进行上述两个方面的工作时，早期教父们一面汲取深刻的希腊形而上学思想来加强基督教信仰的理论底蕴，另一面却对当时流行的各种希腊哲学流派——伊壁鸠鲁主义、斯多葛主义、怀疑主义甚至新柏拉图主义——进行批判，力图说明基督教是高于一切希腊哲学的真正哲学。早期教父们对于希腊哲学的态度，可以分为对立的两派：一派主张用“基督教哲学”来包摄、容涵希腊哲学，在二者之间寻求同一性，持这种观点的大多是具有深厚哲学修养的希腊教父，如查士丁、克莱门特、奥利金等人；另一派则主张用基督教信仰来彻底否定和对抗希腊哲学，该派人士多为信仰狂热的拉丁教父，如德尔图良、拉克唐修等。然而，无论是哪一派，实际上都自觉或不自觉地汲取了大量的希腊哲学成分，从而为基督教神学奠定了坚实的理论基础。此外还有一点也是共同的，那就是两派都认为基督教要比希腊哲学高明得多。
著名的希腊护教士殉道者查士丁（Justin，约100—约165）第一次提出了“基督教哲学”这个概念，他认为，希腊的一切哲学都是指向基督教哲学这一最终目标的。他在《护教篇》中对希腊哲学的“逻各斯”（或“道”）概念进行了基督教化的阐发，认为基督就是“逻各斯”或“道”。在基督化为人形即“道成肉身”之前，“逻各斯”就体现为宇宙的理性规律，它已经被一些智慧的希腊哲人所意识到。查士丁写道：“我们知道基督是神的首生，我们也宣告他是神的道，是各个种族的人共同拥有的。就算是被人视为无神论者，凡按照‘道’生活的，都是基督徒，例如苏格拉底、赫拉克利特，及希腊人中像他们一样的人。”
他认为，鼓舞苏格拉底去死的那个“灵异”后来就化身为基督，因此苏格拉底和柏拉图与基督徒所崇拜的是同一个上帝。差别仅仅在于，苏格拉底等希腊哲学家只是“部分地”认识了“道”，他们只看到了“道”所启示的真理，并未见到“道”本身；只有当“道成肉身”，化作基督之后，基督徒们才能“完全地”认识“道”。因此，相对于希腊哲学而言，基督教才是真正的哲学，只有它才能认识到绝对的真理。查士丁这种力图用希腊哲学的“逻各斯”概念来说明基督身份的做法，使他成为“逻各斯—肉身基督论”的重要代表，并深深地影响了后来的亚历山大里亚学派的神学家们。
公元前2世纪以后，埃及的亚历山大里亚就成为希腊文化的中心。在罗马帝国时期，亚历山大里亚不仅是学园派哲学和诺替斯主义盛行的重镇，斐洛和新柏拉图主义创始人安莫纽·萨卡斯以及普罗提诺等人都先后在这里生活和工作，而且是基督教神学生长的沃土。“欧洲神学是2世纪护教学家们调和基督教与希腊诺斯替派哲学，在亚历山大城的诲道学校中孕育出来的，这是欧洲思想史的奇特的序曲。”
亚历山大里亚学派的神学家们继承了诺斯替主义、新柏拉图主义和查士丁等希腊教父的思想传统，致力于把深邃的希腊哲学与狂热的基督教信仰结合起来，其代表人物就是公元2—3世纪的两位著名教父克莱门特（Clement，约150—约215）和奥利金（Origen，约185—约253）。克莱门特在《劝勉希腊人》等著作中一方面对希腊多神教进行了猛烈的批判，认为那是一种落伍的低级迷信，充满了淫乱和愚昧的色彩；另一方面却从柏拉图的哲学和希伯来的先知书中发掘出关于上帝救赎的伟大计划，号召希腊人远离邪灵而追随基督。他在《杂记》中详细地论述了基督教信仰与希腊哲学的关系，认为在耶稣降临之前，上帝正是通过哲学而让希腊人领悟到他的救赎计划的。“可能神首先并直接地将哲学赐给希腊人，直到主呼召希腊人的时候为止。因为哲学正如同‘教师’（epaidagōgei）一样，将希腊人带到基督里面，正如律法将希伯来人带到基督里面一样。哲学是一种准备，为人铺路，直到在基督里得到完全为止。”
与他的神学对手德尔图良强调“哲学导致异端”的观点针锋相对，克莱门特坚持认为哲学可以帮助基督教来对抗异端，对逻辑和辩证法弃之不用恰恰才是致使心智混乱的重要原因。克莱门特与查士丁一样强调“逻各斯”或“道”的重要性，他甚至认为理想的基督徒应该是一个“真正的诺斯替主义者”，即完全听从“道”的指导而效法神。
克莱门特的思想通过他的学生奥利金而得以系统化，并且发展出一套具有异端嫌疑的神学理论。在致力于调和基督教信仰与希腊哲学这方面，奥利金堪称早期教父中最重要的思想家。虽然奥利金的父亲就是在罗马帝国逼迫基督教会的活动中殉道而死的（据说奥利金曾极力鼓励其父宁死也不要背叛基督教信仰），而且奥利金本人从年轻时候起就表现出极其热忱的信仰和严苛的禁欲主义倾向，但是这些都并不妨碍他对希腊哲学的深厚感情。奥利金曾对罗马异教哲学家塞尔修斯（Celsus）把基督教说成是无知与迷信的宗教的观点进行了系统的驳斥，他认为基督教提供了一种希腊哲学无法提供的拯救知识，因此基督教超越了一切哲学而成为一种“神圣的哲学”。但是，在奥利金对基督教教义（如三位一体、基督位格等）的奠基和解释中，却充满了希腊唯心主义和诺斯替主义的灵化观点，明显表现出斐洛的寓意释经法和新柏拉图主义哲学的深刻影响。奥利金曾经明确地表示，哲学与几何学、音乐、文法等一样，都不过是“神学的婢女”，然而后世仍然有不少人认为他是一个把理性置于信仰之上的基督教理性主义者。著名教会史家沃尔克（Williston Walker）评论道：
长期以来用希腊化思想解释基督教真理的工作到奥利金手中终于最后完成。他使基督教体系具有他那个时代的最充分的科学地位，那时的科学几乎全部包含在哲学和伦理学之中。他的哲学观点基本上是柏拉图主义和斯多葛主义的，但明显地倾向于当时正在兴起的新柏拉图主义……他刻意探索这种种哲学原理与《圣经》的协调一致……在此基础上奥利金建立起他的庞大的神学体系——信仰之上再加上知识，用这种方法去解释基督教。
奥利金由于坚持用希腊语写作，并且继承和发扬了查士丁、克莱门特等人的注重哲学和理性的思想传统，因此他的思想在西方教会中一直不受主流神学的欢迎。他关于基督教教义的一些观点，如灵魂先存论
、次位论
、赎价论
等，后来都被正统教会斥为异端。尽管如此，他的思想仍然潜移默化地影响了基督教世界中的许多重要人物。神学教授罗杰·奥尔森（Roger Olson）认为，“几乎所有正统大公教会定罪的异端，最终都怪罪到他的头上”，不仅如此，“连许多最伟大的正统英雄，也深受奥利金及其教导的影响”。
奥地利历史学家弗里德里希·希尔（Friedrich Heer）把奥利金称为“希腊文化自由探索精神的代表”，认为他开创的那种“以智力去爱神”（amor dei intellectualis）的做法与中世纪德国神秘主义者埃克哈特以及近代泛神论者斯宾诺莎是一脉相承的。
与希腊教父们力图把基督教信仰与希腊哲学相协调的做法形成鲜明对比，拉丁教父表现出一种用基督教信仰来彻底否定希腊哲学的倾向，力图使基督教与一切哲学划清界限。著名的拉丁教父德尔图良（Tertullian，155—220）认为，基督教是上帝的福音，而哲学则是“魔鬼的学说”，它以一种歪曲的方式来解释上帝的旨意。各种与正统基督教相对立的异端思想，都是由哲学教唆出来的，因此应该彻底抛弃一切哲学，以纯洁基督教信仰。在《论禁止异端》一文中，德尔图良激愤地写下了这段文字：
雅典和耶路撒冷有什么相干？学园与教会有什么相和之处？异教徒与基督徒有什么相干？我们的教导来源于“所罗门廊”。所罗门本人曾教导说：应当以“单纯的心”寻求耶和华。所有试图将斯多葛主义、柏拉图主义和辩证法与基督教信仰混杂在一起的努力，都给我滚蛋！在拥有基督耶稣后，我们不需要出于好奇的争论；在享有福音后，我们不需要质疑！有了信仰，我们不要其他更多的信念。
正是这位激进的拉丁护教士，在论述上帝的儿子被钉十字架和死而复活的问题时，表达了一个在西方哲学史上著名的观点：“正因为其荒谬，所以我才相信。”德尔图良这句话的意思是说，由于人类理性的狭隘性和局限性，所以根本不可能洞见上帝的奥秘。要想认识无限的本质或上帝，人类唯一可以依靠的手段只有信仰。理性是人类制定的准则，信仰却是基督制定的准则，如果基督教的教义（三位一体、死而复活等）在理性看来是荒谬的和不可能的，这恰恰说明了理性自身的局限性。在这里，应该受到指责的不是奥秘的教义，而是理性本身，因为理性太狭窄，无法容纳博大精深的基督教真理，正如同一个狭小的器皿无法装下汪洋大海一样。
另一位著名的拉丁教父拉克唐修（Lactantius，约250—约325）认为，希腊哲学表面上鼓吹善和美德，实际上却滋生出种种罪恶的行径——伊壁鸠鲁主义“倡导最可耻的快乐”，助长了人们及时行乐的堕落之风；毕达哥拉斯主义和斯多葛主义关于不朽的灵魂在不同肉体中轮回转世的观点，鼓励了自杀的倾向；柏拉图的理想国貌似平等，实际上他的废弃婚姻和财产的建议却取消了贞洁和正义的美德，导致了通奸、纵欲和纷争（“没有比许多男人共有一个女人更会引起激烈冲突的原因了”）。至于一直被奉为希腊哲学和道德之典范的苏格拉底，虽然比一般人都要聪明得多，但是他的许多行为仍然是愚蠢的，例如他临死前还念念不忘要向医神埃斯库拉庇乌斯（Aesculapius）献上一只公鸡，这种低级的迷信“不是极端无聊的标志吗？”。拉克唐修把罗马社会中盛行的各种奢靡放荡现象都归咎于希腊哲学，并且通过揭露罗马人的腐化堕落行径来反衬出基督徒的崇高道德境界。拉克唐修和德尔图良一样认为，“哲学家的教导远远地偏离了真理”，真正的智慧只存在于关于上帝的宗教信仰之中。他明确地表述了哲学与宗教之间的对立：
所有哲学家终生都在探索，然而却不能考察、把握、获得它（指真正的智慧——引者注），因为他们或是维护一种腐败的宗教，或是完全取消宗教。因此，让他们全都走吧，他们不指导人的生活，而是使之陷入混乱。他们不能教导自己，又能拿什么来教别人呢？他们又能教育谁呢？病人能治病吗？盲人能指路吗？因此，让我们这些尊敬智慧的人自己来探讨这个主题……
瞧！天上有一个声音在教导真理，向我们展示一道比太阳还要明亮的光芒……我们在推翻一切伪宗教、驳斥所有习惯上或可能用来保护这些宗教的论证、证明了哲学体系是虚假的以后，现在必须走向真正的宗教和智慧。
希腊教父与拉丁教父之间的这种思想分歧——它尤其典型地表现在克莱门特与德尔图良关于希腊哲学的对立态度上——最终由于政治、文化等多方面的原因而逐渐淡化。奥利金等人的观点虽然被大公会议斥为异端，但是在东派教会中却流传甚广，影响了阿利乌、阿塔那修斯等许多重要的神学家；然而在西派教会，德尔图良等拉丁教父的观点却明显占了上风。随着罗马帝国在政治上一分为二以及日耳曼蛮族对西罗马帝国的入侵，西派教会与东派教会也日益分道扬镳、渐行渐远。希腊哲学在西派教会范围（即西欧社会）内的影响也越来越小，希腊哲学的一些重要概念，例如“逻各斯”“世界理性”等，在基督教教义中逐渐淡化。基督教开始创造出一套自己独特的神学术语，圣父、圣子、圣灵的“三位一体”理论取代了上帝、逻各斯、耶稣之间的辩证关系。虽然从表面上看，羽翼丰满的基督教会越来越有意识地排斥希腊哲学，然而后者的思想内涵却已经在基督教生长的最初几个世纪里无形地融入基督教神学中，熔铸成了基督教神学的精髓魂魄。基督教与希腊哲学的关系就如同它与犹太教的关系一样，甚嚣尘上的排犹主义并不能斩断基督教与犹太教之间密切的血脉关系，同样，鼓噪一时的反异教呼声也无法消除基督教与希腊哲学之间内在的精神联系。
希腊哲学对早期基督教的影响，主要体现在基督教教义的建构方面。由于早期基督教会在罗马帝国环境中所面临的生存困境，使得狂热的信仰成为教会得以生存和发展的最重要的精神支柱，相比之下，思辨的理性倒显得无关宏旨了。此外，护教的需要也使教父们有意识地宣扬基督教信仰对于希腊哲学的优越性甚至否定性，努力培养一种重信仰、轻理性和重实践、轻理论的思想倾向。最初的基督教教义和神学理论，正是在这样一种超理性甚至反理性的狂热精神氛围中奠定的，所以它带有明显的神秘化特点。
早在公元2世纪，在使徒传教和《新约》篇章的基础上，就形成了最初的教义雏形，后经教父们的进一步修改完善，逐渐形成了被希腊教会和罗马教会共同信奉的《使徒信经》。该信经简洁地表述了基督教关于三位一体、道成肉身、死而复活、圣灵身体（教会）等基本信仰。基督教信仰在罗马帝国获得合法地位之后，经过公元4—5世纪的历次基督教大公会议的教义之争，又相继形成了《尼西亚信经》《卡尔西顿信经》《阿塔那修斯信经》等文献，它们与《使徒信经》共同组成了古代大公教会的四大信经，确立了关于“三位一体”“基督神人二性”等正统教义。这些教义涉及上帝论、基督论、救赎论等许多重要的神学问题，它们的一个显著特点在于，强调基督教真理是一种超理性的奥秘，只有通过信仰的途径才能把握。尽管四大信经对这些基本的神学问题都做出了权威性的回答，但是它们并没有一劳永逸地结束基督教会内部的教义之争。事实上，在整个中世纪，基督教神学始终无法摆脱烦琐晦涩的教义分歧。这种教义之争的根源正是由于问题本身所具有的神秘性、模糊性和不可理解性。为了说明基督教神学教义的超理性特点，下面简单地对上帝论、基督论和救赎论等基本教义做一点介绍。
关于上帝论的基本教义就是“三位一体”（Trinity）理论，它无疑是基督教的最重要的教义之一。由于上帝构成了整个基督教信仰的基石，因此说明上帝的实质就成为基督教神学的首要任务。但是另一方面，上帝由于其超越性的特点，又无法完全被我们的理性所理解（德尔图良主义）。这种试图说明上帝的实质却又无法用理性方式来加以表述的尴尬状况，典型地表现在“三位一体”教义中。按照“三位一体”教义，上帝被说成是一个实体（one ousia）和三个位格（three hypostases）的和谐统一，但是这二者之间到底是一种什么关系，却是永远无法说清楚的“奥秘”。因此，“三位一体”教义只能用一种似是而非的神秘方式来加以表述。该理论的重要奠基者德尔图良在《驳普拉克西亚》一文中这样解释道：
通过实质的合一，全部合为一体；这个整体又一分为三，这个奥秘的划分仍然是严守的秘密。这三者按着顺序是：父、子、圣灵。但是，所谓一分为三，并不是从实质上而是从形式上，不是从能力上而是从现象上。因为他们是同一实体、同一本质、同一能力。因为上帝是一位，只是以父、子、圣灵为名被认为有这些等级、形式和面貌。
对于“一体”与“三位”之间这种玄奥关系的理解，稍不留神就会流于异端。如果过于强调上帝的同一性，把父、子和圣灵理解为同一个位格之神的三个不同角色或面具，就会导致“形态论”（modalism）或“神格唯一论”（sabellianism）的异端；如果过分强调父、子、圣灵的区别，从而把上帝当作三个彼此分离的实体，就会导致“三神论”（tritheism）的异端。此外，如果像奥利金和阿利乌等人那样坚持次位论的观点，认为圣子在本质上附属并低于圣父，圣灵在本质上附属并低于圣父和圣子，同样也会被正统教会斥为异端。只有像德尔图良这样模棱两可、含糊其辞的表述，才是对“三位一体”教义的精辟理解（与其说是理解，不如说是信仰）！早期基督教神学的重要奠基者奥古斯丁也深谙此中的奥妙，他在谈及“三位一体”教义时说道：“我们相信父、子、圣灵是一神，是宇宙万物的创造者及统治者，‘父’不是‘子’，也不是‘圣灵’；‘圣灵’不是‘父’，也不是‘子’；三位一体是相互关联的三个位格，是有相等本质的合一。我们应当尝试去明白这个真理，但愿我们所愿意去明白的这位神能帮助我们明白他。”
连奥古斯丁这样的大思想家都承认只能“尝试去明白这个真理”，并且求助于上帝的帮助，更何况一般的凡夫俗子！在经过历次大公会议的教义之争而最终确立的《尼西亚信经》中，正统教会以一种毋庸置疑的权威方式宣布了“三位一体”的真理：
我信独一上帝，全能的父，创造天地和有形无形万物的主。
我信独一主基督耶稣，上帝的独生子，在万世以前为父所生， 出于神而为神 ，出于光而为光，出于真神而为真神，受生而非被造，与父一体，万物都是藉着他造的……
我信圣灵，赐生命的主，从父
和子
出来，与父、子同受敬拜，同受尊荣，他曾藉众先知说话。
由此可见，“三位一体”教义对于基督徒来说，始终都是只能信仰、无法理解的神圣奥秘。对于这样的神圣奥秘，最好的方式就是严守《尼西亚信经》的权威信条，不要去寻求理解，否则就可能导致异端。因为诚如德尔图良指出的，我们的理性过于狭小，根本无法理解像汪洋大海一样广阔的神圣奥秘。当代美国神学家帕利坎（Jaroslav Pelikan）对正统教会的“三位一体”信条评论道：“这一信条已成为教会的正式训导，它除了提供使人困惑的谜以外，还为学者提供了其思考不得越此雷池一步的界线。在特定的意义上，‘神学家’就是指在三位一体信条框架内为基督神性辩护的人。”
至此我们就可以明白，为什么拉丁教父要坚持认为哲学（和理性）是滋生异端的根源。
基督论是关于基督本性的理论，具体地说，即关于基督身上的神性与人性之关系的理论。基督论与上帝论是不可分割地联系在一起的，基督作为圣子虽然是上帝的一个位格，但是他却同等地具有神性和人性这两种截然不同的本性。对于这个问题的理解，就如同对于“三位一体”教义的理解一样令人困惑。关于基督的神性与人性之关系的神学分歧，早在尼西亚公会议之前就已经在罗马帝国境内的不同教会中存在了。公元313年《米兰敕令》颁布以后，获得了合法地位的基督教会面临着一个统一教义的历史使命
，因此基督论问题与上帝论问题一样就成为各教派争论的焦点。关于基督二性论的公开辩论最初是在亚历山大里亚教会的神父阿利乌与主教亚历山大之间展开的，但是它很快就把帝国境内的各教会都卷入一场激烈的教义争论之中。从公元325年的尼西亚公会议开始，历经君士坦丁堡公会议（381）、以弗所公会议（431）和卡尔西顿公会议（451），教会先后谴责了阿利乌派（Arianism）、阿波利拿里派（Apollinarianism）、聂斯脱利派（Nestorianism）和一性论派（Monophysism）等异端思想
，最终形成了“基督神人二性结合而互不混淆”的正统教义。在《卡尔西顿信经》中，不仅谴责了“分裂”基督两种本性的聂斯脱利主义，而且谴责了“混淆”基督两种本性的优迪克派（Eutychianism），形成了基督神人二性论的经典教义：
我们跟随圣教父，同心合意教人宣认同一位子，我们的主基督耶稣，是神性完全人性亦完全者；
他真是上帝，也真是人，具有理性的灵魂，也具有身体；
按神性说，他与父同体，按人性说，他与我们同体，在凡事上与我们一样，只是没有罪；
按神性说，在万世之先，为父所生，按人性说，在晚近时日，为求拯救我们，由上帝之母，童女玛利亚所生；
是同一基督，是子，是主，是独生的，具有二性，不相混乱，不相交换，不能分开，不能离散；
二性的区别不因联合而消失，各性的特点反得以保存，会合于一个位格，一个实质之内，而并非分离成为两个位格，却是同一位子，独生的，道上帝，主基督耶稣。
这样一段正统教会的经典性文字，按照正常的理性来看，却是无论如何也无法理解的。神性与人性既然是截然不同的两种本性，那么基督耶稣要么具有完全的人性，要么具有完全的神性，要么就有两位不同的耶稣，一位具有完全的神性，另一位具有完全的人性。然而，上述这些可以被理性所理解的观点却纷纷被教会斥为异端（阿利乌异端、阿波利拿里异端、聂斯脱利异端等）。大公会议最终确立的正统教义告诉人们，同一位基督同时具有两种相互对立的本性（而且是“完全的”！），这两种本性既不相互混淆，又不相互分离，这种奇妙的关系真是匪夷所思！然而，“正因为其荒谬，所以我才相信”。《卡尔西顿信经》所确立的“基督神人二性”教义正是由于具有高深莫测的神秘性，因而才成为不容置疑的信仰。奥尔森对于《卡尔西顿信经》的“四道围墙”评论道：“卡尔西顿定义所说的是，只要你不逾越这些围墙，你就可以用许多种方式，表达道成肉身的奥秘。这个定义所做的一切就是，保护与表达这个奥秘，但它对于奥秘本身，并不做任何解释。”
除了上帝论和基督论之外，救赎论构成了教父派神学关注的第三个重要问题。可以说，关于原罪与救赎——这二者不可分割地联系在一起——的理论构成了基督教神学的核心内容，因为它直接关系到人的生存与希望。从生存论的角度来说，甚至连上帝论和基督论都是以原罪—救赎理论作为核心的，离开了罪的救赎，上帝的实质和基督的本性都将成为一些与人的生活状况漠不相关的纯粹形而上学。
在原罪与救赎理论上，基督教神学思想巨擘奥古斯丁（Augustinus，354—430）的神秘主义决定论起到了重要的奠基作用。罪恶问题是奥古斯丁一生关注的焦点，早年信奉摩尼教的奥古斯丁曾经把罪恶看作与善良同样具有本质性的实体。在皈依基督教之后，他改变了早年的观点，认为只有善才是本质和实体，它的根源就是上帝，而罪恶只不过是“善的缺乏”或“本体的缺乏”。上帝作为至善，是一切善的根源，上帝并没有在世间和人身上创造罪恶。但是人的自由意志（free will）却引诱人背离上帝而自甘堕落，因此，罪恶的最初原因是人（亚当和夏娃）滥用了自由意志。
公元5世纪初，奥古斯丁针对不列颠修道士帕拉纠在“原罪”问题上的自由意志说，进一步阐述了神秘主义决定论的原罪观和预定论（predestination）。帕拉纠（Pelagius，354—418）及其追随者们否认“原罪”的决定论意义，认为亚当滥用自由意志所犯的罪过只能由亚当本人负责，而不应该由他的后代来承担恶果；尽管有许多人由于后天的原因而堕落，但是从本性上来说，人类完全有可能不犯罪，而且人也完全可以仅凭着自己的自由意志来解除自身的罪恶。面对着帕拉纠派的自由意志说，奥古斯丁一方面大力渲染“原罪”的决定论特点，认为亚当的堕落已经通过一种神秘的遗传作用而使其子孙的本性“受到罪恶的污染”；另一方面则强调上帝恩典对于救赎的决定性意义。奥古斯丁指出，人的“原罪”和必死命运——“死是罪的工价”——虽然是由于亚当滥用自由意志所致，但是人却不能通过自由意志来解除罪恶。因为自从“原罪”产生之后，人的意志就已经被罪恶所控制，它已经不再是真正意义上的“自由”意志了。这就如同一个人自杀固然是出于自愿，但是他一旦死了，就不可能再恢复生命。在这种情况下，只能依靠上帝的恩典（Grace of God）才能使一部分人的意志重新获得自由向善的能力，摆脱必死的惩罚而获得灵魂的永生。奥古斯丁在《上帝之城》一书中这样写道：
上帝是本性的创造者，而肯定不是邪恶的创造者，他把人造得正直。然而，人由于拥有自己的自由意志而堕落，受到公正的谴责，生下有缺陷的、受谴责的子女。我们所有人都在那一个人中，因为我们全都是那个人的后代，而那个人受到女人的诱惑而堕落犯罪，这个女人是在他们犯罪前从这个男人中造出来的。我们作为个人生活的具体形式还没有造出来分配给我们，但已经有某种能遗传给我们的精液的本性存在。当这种本性受到罪恶的污染，被死亡的锁链束缚，受到公义的谴责时，人就不能在其他任何境况下出生了。就这样，从滥用自由意志开始，产生了所有的灾难，人类在从他那堕落的根源开始的一系列灾难的引导下，就像从腐烂的树根开始一样，甚至走向第二次死亡的毁灭。第二次死亡没有终点，只有那些得到上帝恩典的人才能幸免。
奥古斯丁在这种决定论的原罪论基础上进一步提出了决定论的救赎理论。他认为，上帝在创世之初就已经根据他自己的理由——这理由是人类无法理解的“奥秘”——预定了哪些人将被拯救，并且通过基督代替人类受难和死而复活的奇迹把他的救恩昭示给人们。拯救体现了上帝的仁慈，因为它是上帝白白赐予的恩典；至于那些未被上帝拣选的人，他们应该为始祖所犯的“原罪”承受惩罚，而惩罚则体现了上帝的公义。作为上帝预定和拣选的印证，上帝把信仰和德行赋予我们，然后使我们因信仰而称义，因德行而蒙恩。看起来得救似乎是我们主观努力的结果，实际上上帝是在幕后操纵一切结局的导演。可见，并不是由于我们具有信仰和功德而被上帝所拣选——上帝作为全知、全能的创造主绝不会因为我们的所作所为而改变他的预先拣选——而是由于我们被上帝拣选所以才被赋予了信仰和功德。奥古斯丁说道：“按公义论，世人都该被定罪……假若他们都被定罪，受该得的刑罚，无疑，这是按着公义而行的。所以，凡靠着恩典得蒙拯救的人，不得称为功劳的器皿，而是称为‘怜悯的器皿’。这是谁的怜悯呢？岂不是上帝的吗？他差遣耶稣到世界来拯救罪人。这些罪人，是他所预知，所预定，所选召，并称他之为义，使之得荣耀的。”
这种具有强烈决定论色彩的“预定论”，使得基督教的救赎论像上帝论和基督论一样，笼罩着一种超理性的信仰主义气氛。一个人（亚当）的一次堕落，就决定了全人类万劫不复的“原罪”；同样，一个神—人（耶稣）的一次救赎，又使所有被拣选的人从罪和死中复活。这种形而上学意义上的原罪和救赎，对于一般信徒来说，具有完全不可理喻的神秘性，只有通过信仰才能领受。它同样也贬抑了自由意志和实践理性的作用，罪恶的本性使人不可能自由地向善，因此人只能在无尽的期盼中等待着上帝恩典的降临。诚如康德后来批评的，这种“祈求神恩的宗教”使得“人或者谄媚上帝，认为上帝能够（通过赦免他的罪责）使他永远幸福，而他自己却没有必要成为一个更善的人。或者，如果这在他看来不可能的话，认为上帝能够把他变成为更善的人，而他自己则除了为此而祈祷之外，没有必要为此再做什么”。
至于亚当的一次堕落为什么就会造成人类的永罪？上帝依据什么预定了一部分人将得拯救？这些都是神圣的“奥秘”，只能在虔诚的信仰中服膺其结果，无法用理性来追问其根据。
从上述这些基本教义的特点来看，在早期基督教神学中，柏拉图主义和新柏拉图主义的影响随处可见。柏拉图主义的形而上学与基督教信仰相结合的结果，使得最初确立的基督教教义打上了深深的神秘主义烙印，表现出一种超理性甚至反理性的思想倾向。到了日耳曼蛮族摧毁西罗马帝国之后，这种超理性的信仰更由于希腊理性精神的凋敝和罗马天主教会的思想专制而得以加强。这种推崇神秘启示、贬抑理性知识的基调，后来构成了中世纪基督教哲学中的奥古斯丁主义传统。一直到中世纪中期，奥古斯丁主义都在基督教神学中占有主流地位。直到13世纪受到亚里士多德—托马斯主义的挑战之后，奥古斯丁主义才开始渐落下风。但是在13世纪以后方济各修会的神学家和经院哲学的唯名论者中，奥古斯丁的神秘主义传统仍然以一种更新的形式得以传承，并且通过德国神秘主义者如埃克哈特大师、陶勒尔等人，对路德和加尔文的神学思想产生了极其深刻的影响。
通过对基督教的文化传统和思想渊源的历史追溯，我们可以看到，基督教这种文化现象绝非突兀产生的，在它之中已经内在地包含了许多异教或异质文化的成分，这些成分既有希腊的，也有东方的。美国史学家布林顿（Clarence Crane Brinton）等人在谈到基督教得以修成正果的原因时指出：“基督教之所以成功不仅是因为它本身能抵挡异教崇拜的尘世妥协精神和粗鄙低劣，而且因为它容纳大量的异教，简言之，因为它绝不是一个崭新的宗教……基督教的不朽和复活的观念与埃及、希腊和希伯来的观念有关；希腊与罗马的哲学，特别是神秘的新柏拉图学派，对已有发展的基督教贡献良多。”
这种兼收并蓄和多元混合所造成的文化上的“杂交优势”，是基督教得以在希腊罗马世界中发展壮大并且最终取得全面胜利的重要原因。但是，尽管基督教具有文化上的“杂交优势”，它在罗马帝国境内的最初发展历程却浸透了血与泪的苦难印迹。
[1] 奥林匹斯宗教是对居住在希腊北部奥林匹斯山上、以宙斯为首的希腊诸神的崇拜形式。据希腊游吟诗人赫西俄德（Hesiod）的《神谱》（ Theogony ）所载，奥林匹斯诸神是继更加古老的提坦神族之后崛起的新兴神族，他们包括新一代的神王宙斯和他的兄弟姐妹如海神波赛冬、冥王哈得斯、天后赫拉、农神得墨忒耳等，以及宙斯与许多女神结合所生的儿女如太阳神阿波罗、战神阿瑞斯、智慧之神雅典娜、爱与美之神阿佛洛狄忒等。在希腊城邦制度的全盛时期，希腊各城邦都信奉奥林匹斯神族，每个城邦都选择奥林匹斯神族中的某位神作为自己的城邦保护者，全希腊四年一届的奥林匹亚竞技会以及各种文艺、体育活动都是为了纪念和崇拜奥林匹斯诸神而举行的。