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从Arrow（1962）的启发性文章开始，经济学家们已经认识到市场在R＆D资源分配利用上存在多个市场失灵现象。Dasgupta＆Stigtitz（1980）在实证分析中指出市场决定的R＆D资源分配有如下一些缺点：（1）与社会资源效率最大化相比，私人企业承担的R＆D太少，更重要的是，每个企业R＆D支出的上限水平不受市场规模限制，这表明市场在R＆D资源分配上是基本无效的；（2）太多的企业进入R＆D内部竞争，导致R＆D努力减少不必要的重复（Mankiw＆Whinston，1986）；（3）如果社会需求弹性足够低，则总R＆D支出就会超出社会效用最大化所需；（4）虽然在他们的模型中R＆D企业支出水平和进入任一假定行业的企业数量是内生而且同时决定的，然而在假定不同行业间的横截面研究中，每个企业的R＆D的支出强度会更低，市场竞争会更强。Katsoulacos Y．＆Ulph D．（1995）分析提出了在产品有差异和产品专业研究路径情况下的非锦标赛R＆D竞争模型，推广了Dasgupta＆Stiglitz（1980a）的产品多个研究结论，并分析指出在产品替代性与R＆D效力相关较小时，总体上市场决定的R＆D支出会少于实现社会效益最大化所需，但两者之间的分歧在巨大的市场中会很小。由此可知，只单纯凭借市场对R＆D资源的合理配置是不够的。
Hansen K．F．＆Weiss M．A．＆Kwak S．（1999）采用系统动力学模型，从纵向过程对企业的R＆D资源分配进行了动态管理和动态优化，即对R＆D活动的三个不同阶段——基础研究、应用研究和模拟试验发展进行动态的管理和资源优化，并洞察了改变对各阶段的资源分配的内在影响及其变动的主要动因：内在因素驱动还是外在因素驱动。Gerchak Y．（1998）研究了项目间和项目内的R＆D经费预算分配问题，指出目标对R＆D资源分配优化有重要的影响，尤其是目标的改变对优化分配影响巨大。Barry J．（1992）检验了R＆D投资单凭经验分配方法的经济最优性，考虑了市场激励和完全竞争企业的情况，结果表明竞争企业最优化地将总收入中的一个固定比例投入R＆D上，并且产生它的单凭经验分配方法的条件比市场激励的更加普遍。Winkofsky等（1981）提出了一个针对分散R＆D资源配置并混合了分散R＆D资源分配进程中许多描述特征的决策进程模型，该模型有在包括多个R＆D项目的分散资源分配进程中适应调和试验法的模拟能力，这使其成为企业或政府在分配政策分析中的重要工具。在资源配置方法上，Hegazy（1999）在改进发展程序（Heuristic Procedures）技术的同时，引入遗传算法技术，在上述两方面同时考虑的基础上寻求资源配置最优和水准测量优化的次最优解。该设计方法的一个主要优点在于通过软件系统的辅助使其简单易行。
一些学者针对区域或行业等宏观层面的R＆D资源配置进行了研究。WeiShouhua等（2007）利用空间积聚、变差系数、基尼系数等定量方法，对中国不同区域间R＆D总经费、政府R＆D经费和企业R＆D经费等三个方面作了比较分析，认为从1998年至2004年几年时间里，中国R＆D经费空间集聚的趋势并未改变，政府R＆D经费集聚效应比企业R＆D经费集聚效应更加显著。吴玉鸣（2006）运用空间计量经济学的空间常系数空间滞后模型、空间误差模型、变系数回归模型，对中国省域空间研发与区域创新的计量分析结果发现，中国31个省域创新能力的贡献主要由企业加大R＆D投入实现，大学R＆D对区域创新能力没有明显的贡献，大学科技研发与企业研发的结合没有对区域创新表现出显著的作用。吴林海等（2006）研究了我国R＆D经费的在三大研发主体——科研机构、高等院校和企业，三大研发活动——基础研究、应用研究和实验研究，以及在上述三大科研主体内部间进行合理配置，通过与美国、日本等发达国家比较发现，我国R＆D经费配置效率较低，提出了完善产业投资相关政策建议。高燕（2006）、陈瑶瑶等（2005）分别就江西省与浙江省R＆D资源配置特征进行了研究，并给出一些配套政策措施。以上这些研究仅就根据数据统计分析，得出若干建议，但并未在R＆D资源配置对区域创新系统建设的影响以及具体的资源配置措施方面得出有效的结论。
古典经济学认为资源配置方式有两种极端的形式：市场机制下的价格配置方式与计划机制下的指令配置企业方式。两类市场资源配置方式的典型例子是市场与企业。在市场内部用价格价格变化指导生产，通过市场上的一系列交易活动来实现内部资源的有效配置。在企业内部，这些市场交易被取消，进行这些交易的复杂的市场结构被企业主导者取代，后者指导企业的生产，通过价格指令配置资源。
在交易成本经济学的框架下，经济活动通常区分两类成本——生产成本及进行必需交易的成本，这两类成本一般被认为是不同的和相分离的。即一个企业发生的总成本一般被表示为生产成本（它们包含管理交易的成本，下文简称管理成本）和交易成本（它们只依赖于交易的组织方式）之和。在一般情况下，这两种成本必须被同时考虑，有效率的组织目标并不仅仅是追求最小化交易成本。
从管理成本和交易成本的角度而言，价格和指令这两种资源配置方式各有利弊。对于价格机制来说，一方面，信息的收集与传递在经济主体间横向进行，最重要的是，所有与生产者和消费者有关的信息都归结到了一个市场的信息载体——价格身上。由于信息横向传递速度缓慢，企业之间交易成本很高。但另一方面，在合理的价格系统下，每个经济单位只需考虑自身的利益就已足够了，几乎不存在个别利益与社会利益的矛盾问题，达到了“激励相容”。换言之，由于各个经济主体产权明晰，因而互相之间的管理（监督）成本较小。
对于计划机制而言，信息传递的方式是通过企业主下达指令，进而对资源进行配置。经济主体间信息传递速度快，交易成本很小。但由于经济主体间信息的不对称，企业主无法获得其他经济主体的信息，使得通过指令对资源进行配置的方式无法规避企业主管理（监督）成本高昂的代价。
市场和企业都存在交易成本和管理成本。以MC代表企业内管理交易成本，即管理成本。TC代表市场交易成本。以E代表企业内部非专业化生产成本，F代表市场专业化生产成本，FC＝MC＋E为企业内部非专业化边际生产成本与边际管理交易成本之和，随企业规模扩张而呈先降后升趋势，MD＝TC＋F为市场专业化边际生产成本与市场边际交易成本之和，MR为边际收益，MC＝MD＝MR是为企业均衡点，这一均衡点即是企业与市场规模界区同进也是最佳产量点（如图3-2）。
图3-2 企业交易成本与管理成本曲线
受国家计划经济体制的影响，长期以来我国主要以国家制订的指令性计划进行科技资源配置。政府主导的行政配置方式虽然能够实现科技资源的社会共享，但是由于计划方式存在的固有缺陷：以国家意志为计划目标、缺乏市场需求导向，尽管在短期内会提高社会资源配置效率，但从长期来看会导致科技资源的低效配置、造成社会资源的低效浪费，从而这种政府的计划配置方式对于社会系统而言不是最优的。目前，我国正在进行的科技投入体制改革的重点就是要建立科技资源的市场化配置模式。这种市场化配置模式应当包括：研发机构运作的市场化、科技经费来源的市场化、科研过程的市场化组织和促进科技成果市场化转化机制等四方面。虽然市场是效率最高的资源配置方式，但是由于我国技术市场是不完善的——存在信息不对称等问题，其后果将导致市场交易的不确定性提高，交易成本增加，交易效率下降，交易双方获取信息的需要不能有效传递。而我国技术市场的这种固有缺陷是无法靠其自身的经济功能去弥补和矫正的，因此各级政府的宏观指导行为就成为弥补市场结构不完善的关键要素。同时，由于我国由计划经济向市场经济转轨的特殊国情，受原有计划经济体制强大政策惯性的影响，政府仍将在科技资源配置中起主导作用，科技计划仍是目前我国科技资源配置的主要途径。这种政府的主导作用应包括以下几方面：科技与投资双重管理与审批分离制度方面的科技管理制度的改革，从宏观政策层面上强化科技资源管理，促进科技资源向着科技与经济发展效率高的地方流动；按科技资源自然演化特征及其发展规律，重组科技资源，使其发挥规模经济效益；加快适应当地经济发展的科技资源市场的建设，促进科技资源的有效流动；调整科技资源投入结构，强化国家财政支持，引导社会资金，扩大科研资金投入渠道。
对于推动科技资源配置方式的研究，国内学术界基本上形成了要以市场配置为主、政府配置为辅的观点；同时，在我国，政府仍将在很大程度上对市场起主导作用。国内关于政府主导国家全局作用的单一方面的专题研究较多（如科技财政投入、科技体制改革等），而从整体上对其进行系统研究的较少。政府主导作用的发挥涉及科技要素资源配置的诸多方面，且各个方面是相互联系、相互影响的，任何一方面存在问题都会影响科技资源配置的整体效果。因此，对政府未来时期在科技资源配置过程中的主导作用进行系统实证调查研究，将是对现有研究的有益补充。
对事物的研究，除定性的描述外，定量的研究是不可缺少的。于是很多学者开始采用不同的评价方法对区域创新系统创新能力进行评价研究，其中对于创新要素配置效率定量评价方法的研究是近几年创新资源配置问题研究的核心问题之一，很多学者都在尝试用各种分析与评价方法对科技资源配置的效率进行定量分析，对其中主要内容回顾总结如下：
首先，在评价对象——创新要素的定义及选取方面，周寄中（1999）在对资源配置理论研究的基础上，提出科技资源配置是指各种科技资源在不同时空上的再分配和合理使用，并对“资源配置”进行了详细的划分。其中，科技资源要素的宏观配置指全社会的各项基本科技资源在不同科技活动主体、不同科技活动过程、学科领域、地区和部门之间有效的分配，目标是使科技资源在全社会范围内进行科学配置，促进科技、经济和社会协调发展；微观的科技资源配置则是指具体的某一科技活动主体如何在其内部匹配各种科技资源，以便高效率地产出相应科技成果，其目标是提高科技活动各主体生产活动的产出水平。刘海峰（1999）运用相关数据比较我国与世界各国的科技资源配置情况，分析我国科技资源配置过程中存在的配置效率、规模、结构、体制和机制方面的问题。其次，在具体研究方法方面，国家战略发展研究小组（2002，2003）的《中国区域创新能力报告》基于小组大量采集数据的基础，运用层次分析法对我国各省、自治区、直辖市的创新能力作出了较为全面、系统的分析。综上可见，目前国内外在创新要素配置评价方面的研究已取得了不少的成果。