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创新的主角是企业，企业借助技术变革的契机推动经济发展，国家创新系统为此过程提供良好的支撑环境与方向指导。经济合作与发展组织（OECD）在1996年发表的《国家创新系统》报告中也明确了这一观点：“创新是不同主体和机构间复杂的相互作用的结果。创新并不是以一个完美的线性方式出现，而是系统内部各要素之间的互相作用与反馈的结果。这一系统的核心是企业，是企业组织生产和创新、获取外部知识的方式。外部知识的主要来源是别的企业、公共或私有研究机构、大学和中介组织。”OECD进一步揭示了国家创新系统的政策意义，在其《国家创新系统》报告中指出研究国家创新系统政策的意义是纠正技术创新中的系统失效和市场失效，即纠正企业因短视而对技术开发的投入不足。
正如熊彼特反复强调的“创新扩散由于时间和空间的因素必然呈现出不均衡性”那样，国家创新系统的部署并不是简单的创新子系统相加。即使是在工业革命时期的英国，创新也不是遍布全国，通航的运河、水利资源、公路交通以及矿产资源等地理资源要素，都直接影响着创新活动的地理分布。于是，创新活动的空间分布性越来越明显，“sub-national”产业区域在国家经济发展中日益发挥其优越性，而关于“sub-national”区域创新系统的研究价值也逐渐超越了国家创新系统。实际上，人类行为一个最突出的特征就是具有跨越不同空间交换信息和商品的能力。由于空间异质性，导致技术和知识不完全流动理论或缓慢扩散的假设会更接近现实。缺乏空间维度的理论也渐渐显示出不完美，使用“在一个没有空间维度的地方”进行研究（Isard，1956）是区域科学之父艾萨德对于主流经济学的批评。20世纪60年代以后，一些区域经济学家纷纷开始将新古典增长理论逐步完善，认为创新和发明是受空间距离和空间壁垒影响的，将区域内部空间结构的变动对区域增长的影响纳入新古典增长理论（Richardson，1973），综合空间、时间、产业维度构成的区域创新系统功能的优越性在区域经济发展过程中也日益明显。