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实行“费改税”，必然涉及中央与地方政府的权限划分问题。实施“费改税”后，除需要重新确定中央与地方的税收收入及征管范围外，还必须相应考虑税权、财权划分，而这两权的划分必然需要确定事权，并进一步界定政府职能。基于此，可以结合“费改税”，明确给地方政府相对多一些的税收权限。如现在地方政府收费项目改为税收的税种和某些地方收入潜力大的税种的开征、停征权。但税法立法、批准权仍要由中央掌握。同时，可以考虑给地方一定的税收立法权，主要指一些具有地方特色、有利于调动地方积极性的小税种，在报经人大备案的条件下，可由省一级人大立法开征。
重点是改革与收费项目密切相关的税种，应研究一些地方性收费改为收税后，并入现有税种或设立新的税种的科学性、规范性；同时，必须将现行地方税制中相近的税种合并重新调整税目、税率，把“费改税”与地方税制改革结合起来。
现存的各项收费和基金，无论是否合理，都已打入各行政事业单位的收入与支出基数中。靠这些收费才能弥补其资金不足，其中，不少收费项目所筹集的资金，还在支撑着一些不合理的机构和人员的，支撑着一些本应走向市场而不应由政府举办的事业。实行“费改税”后，将一切不合理的收费、基金项目废除，合理项目改成税收纳入国家预算后，如果没有同时进行行政职能的转换，不改革事业体制，不将那些应当走向市场的事业单位推向社会，就不可避免地要设立新的收费项目以满足需要，“费改税”成果也就无法巩固。
“费改税”并不是要把所有的收费都改成税，而是要在对现有的收费项目进行清理的基础上，废除一切不合理的收费项目，把那些虽然合理但属于商品等价交换性的收费转向市场定价范畴，不再作为政府的行政事业性收费管理，使这些单位转化成经营性事业单位，依法经营、照章纳税；对那些合理而又属于税收性质的收费、基金等项目，改成税收，纳入税收征管体系；对那些属于规费性质的各项收费项目保留其收费形式，将其纳入国家预算管理；对保留的各项收费的收费标准和收费范围进行重新审核。随着“费改税”这些改革措施的实现，无论是废除或转出去的，无论是改成税或保留下来的，对原来靠收费支撑的事业单位和机构来说，都将因收入纳入国家预算而相应地减少或失去经费来源，需要财政从预算资金中予以相应的补偿。而就财政来说，在实现了政府职能转换和行政体制改革的情况下，不应当也不可能依然按原来的支出结构供给经费。因为“费改税”后，财政收入虽然会相应地增加，可是其增加量必然大大小于原来各行政事业单位收费的数量。如果依然按原来支出结构分配支出预算，就会由于结构不合理而满足不了各方面的需要。因此，在“费改税”的同时，财政必须实现职能范围的转换，重新配置财政资源，优化支出结构，切实保障公共事业的基本需要，以达到清除乱收费根源的目的。