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1.农村税费改革
2000—2006年的农村税费改革开始于2000年3月国务院下发的《关于进行农村税费改革试点工作的通知》，该通知中决定先在安徽全省进行试点，试点内容主要包括“三个取消，一个逐步取消，两个调整和一项改革”。2003年，各地根据国务院统一部署，全面推进农村税费改革试点工作，取得积极成效。2004年，农村税费改革依据3种模式运行：一是8省市全部免征农村税；二是12个省份的农业税税率降低3个点征收；三是11个省份的农业税税率降低1个点征收。2005年农业税费改革进一步提速，原计划于2008年全面取消农业税提前到2006年完成，农民除承担农业生产中的要素投入成本支出外，不再需要向政府交纳其他税费负担。
2.公路交通税费改革
1994年，我国提出开征燃油税并开始在海南省实行燃油附加费试点。海南率先将公路养护费、道路通行费、过桥费和公路运输管理费“四费合一”，改为只征收机动车辆燃油附加费。1998年，《中华人民共和国公路法》的颁发与实施从法律上为征收燃油税创造了条件。2001年国务院决定分步实施燃油税改革方案：先行开征车辆购置税取代车辆购置附加费；再根据国际市场原油价格变动情况，择机出台燃油税，取代公路养路费等交通维护和建设方面的部分收费。2008年国务院下发《国务院关于实施成品油价格和税费改革的通知》，公路交通税费改革正式开始。通知规定从2009年1月起在全国范围内实施燃油税费改革，取消公路养路费等6项收费和政府还贷二级公路收费，采取提高现行成品油税额方式依法筹措交通建设资金，使交通建设的投融资方式和资金管理方式发生根本变化。
3.2018年环境保护费改税
国务院于1982年颁布实施了《征收排污费暂行办法》。第十二届全国人大常委会于2016年12月25日颁布了《中华人民共和国环境保护税法》，并于2018年1月1日正式实施，“环保费改税”正式落地。开征环保税，首次全面规定了环保税纳税人、征收对象和纳税范围等改革要素，依照法律对大气污染、污水污染、固体废物污染和噪声污染等4类污染进行征税；逐步取消污水、废气等排污费，取消海洋工程污水排污费，5月份正式废除了排污收费制度。
4.水资源费改税
2016年，《国务院关于全民所有自然资源资产有偿使用制度改革的指导意见》提出，要完善水资源有偿使用制度，严格水源费征收管理，推进水资源税改革试点。随后，财政部等三部委印发《水资源税改革试点暂行办法》，在河北省开展水资源税试点工作。2017年财政部等三部委印发《扩大水资源税改革试点实施办法》，将试点范围拓展至10个省份。2019年通过的《资源税法》也纳入了水资源“费改税”的衔接条款。总体而言，水资源税的征收贯彻了保障公民基本用水需要以及推进水资源节约和保护的立法目的。对于涉及基本民生服务、保障居民基本用水需求的，不征、免征或从低确定税额；对于涉及发展、娱乐功能等非基本生存需求的，应当设定不同的税额，引导纳税人减少地下水开采、加强水资源循环利用等。
1.“费改税”的复杂性
“税”与“费”及合理收费与不合理收费范围的界定和实际操作是复杂的。从现代公共产品理论看，收费与税收的关系有一个主从关系。政府应以收税为主，收费只是补充，但收费也有独特的不可替代的地位和作用，不可偏废。
（1）“税”与“费”两种方式的选择。在政府筹集收入（特别是地方政府筹集收入）时如何选择税或费的方式？在市场经济条件下，政府筹集收入的行为也应考虑效益原则；收税和收费都要发生一定的成本，这就存在一个成本收益比较问题；政府应当选择成本更省的方式；问题在于纯粹公共品与准公共品的边界不是一目了然的，并随市场、技术、管理体制等因素的变化而变化，有时难以清晰划开，当情况变化时，还有必要变换收税或收费的方式。
（2）“费改税”必将涉及中央、地方、部门现有利益格局的调整。“费改税”必然牵扯到沿袭多年的既得利益格局的变化和调整。现实生活中，凡涉及既得利益的改革举措，都会遇到相当大的阻力。过去多次清理整顿之所以效果有限，关键在于没有触及和隔断收费与地方政府、部门、单位的利益联系。要根本改变收费混乱状况，必须打破现有体制和利益格局。因此“费改税”涉及我国政府职能、行政体制、决策体制、法制建设、财税制度、财力分配管理体制和税收征管等多项改革，是一项关系各方面利益重大调整的系统工程，自然会加大其复杂性。
（3）需要根据政府职能的定位确定收费的范围。市场经济条件下政府职能的定位和如何根据政府职能确定财政供给范围，是长久以来改革中急需解决的重要课题，这个基本问题如不明确，就会造成政府管理行为边界不清，进而造成哪些该收费、哪些不该收费的界限不清。乱收费造成的政府收入机制不规范，其深层次的原因就在于政府、企业关系没有按市场经济的要求理顺，即政府职能转变没有到位。因此政府收费体制的改革应结合政府职能的转变和政府机构改革同步进行。
（4）实现“费改税”必须研究的两个法制问题。其一，赋予省一级地方政府一定的税收立法权。地方政府作为一级政府，承担着一定的事权，需要一定的政府支出，需要足够的收入予以支持。地方政府大宗、稳定的税源不足，并且没有设税权。在这种收入格局下，地方政府作为“理性经纪人”，会充分利用中央政府未建立起对地方收费有效监督约束机制的漏洞，自然而然地选择依赖大规模收费筹集收入。想要使“费改税”改革得以成功，从中长期看赋予地方政府一定的税收立法权是必要的，是配套措施之一。其二，强化依法管费。要将现行多个部门、多个层次审批收费的局面逐步改为依法设定收费。在限定政府机关收费范围的前提下，经人民代表大会审议通过法律法规设定收费，透明度高、权威性强，可以较有效地避免行政审批的随意性和盲目性，提高收费的合理性。
（5）费改税也具有一系列管理和技术操作上的难度。例如，将公路养路资金纳入规范的税收分配渠道之中，不仅有利于消除收费的弊端，而且燃油税属于源头控制税，较易防止税源流失，降低征收成本。但是，开征燃油税面临复杂的界定工作，由此而产生的连带问题的处理难度并不低。如许多燃油并不使用于公路，例如飞机、轮船、农用机械、军用设备等等，开征燃油税对这部分用油的税收征管如何掌握难度较高；另外开征燃油税，必然推动燃油价格上涨，由此而产生的生产成本上升和农民因费用加大导致负担增加的问题也需妥善解决。还有，由于地区经济发展的不平衡，燃油税的税源会较多地集中于经济发达地区，情在此况下如何支持老、少、边、穷地区的公路建设和发展也需一并考虑。仅公路养路费改燃油税一例就明显反映了“费改税”的复杂性和工作的难度，必须引起足够的重视。
2.“费改税”改革后期面临的具体难点
（1）“费改税”后的资金分配使用。首先，资金如何在地区间进行公平分配是费改税的一大改革难点。“费改税”后，各地方政府收费都是针对具体项目开征，收费具有专款专用的特点，并由财政部门一并管理，难以满足以前的开支需求，影响到政府部门提供服务的质量。其次，“费改税”后的税收收入公平分配是一个问题，这涉及中央与地方间的利益利益分配地区与地区间的分配，以及部门与部门间的利益分配等，例如燃油费改革，由燃油费改成燃油税不能增加中央的收入，但是却削弱了地方政府使用资金的权力，触及了地方政府的利益。而在各个地区间，如对于地广人稀的西藏，它的公路修缮需要大笔费用，但征收的燃油费少，满足不了日常修缮的需要，然而北京比西藏道路面积小，但是人口密度大、车辆多，它征收的燃油费却可以满足道路的修缮。
（2）关于地方政府税收立法权。“费改税”进入后期阶段，是否应该给予地方政府立法权成为改革的难点之一。我国目前收费项目繁多，涉及的改革部门也多，清理整顿现有的收费项目是一项巨大的工程。由于我国国家的税收立法权由中央掌控，对于全国各地统一的收费项目也许可以直接改为税收，但是对于各地各式各样具有地方特色的项目则比较难办。所以全部的收费项目由中央统一立法解决基本不可能。以资源税的改革为例，改革内容中有一项规定，省级政府可以对未纳入《资源税税目税率幅度表》中的其他矿产品根据实际情况自主确定税目和税率，但仍需要在财政部等部门备案。从上述规定可以看出，地方政府没有立法权，但是面对大量需要整顿的收费，相应的对策是中央授予一定的权力给省级人民政府，由省级人民政府出台因地制宜的政策。随着资源税等税费改革的推进，地方政府是否应该具有立法权，若是直接由地方政府立法，会不会出现管束能力不强，滋生官员贪污腐败等问题，这些都是我们需要考虑的。
（3）收费征管难度加大。“费改税”改革要面临能否对改革后的项目进行有效监管的问题。第一，在20世纪90年代后期，多地地方政府为了加快经济发展速度在全国各地大肆招商引资，多地经济主体变成了地方政府。由地方政府部门主导的收费具有更强的约束力，所以“费改税”后可能出现征管难的问题。第二，“费改税”后新增的税收种类大部分为地方税，然而大部分地方税税源过小明显不适合纳入征收范围，如果征收就会导致税收成本增加，征管难度加大。第三，收费若直接改为税收，必然要修订新的具有针对性的征收规定，并且大部分收费无法与现有的税收种类一一对应，势必要开征新税，这样一来，税制可能会变得更为复杂化，征管难度进一步加大。